|
|
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
|
|
|
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
|
|
|
Využití environmentálního sekvenování pro studium diverzity eukaryot
Lukešová, Soňa ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Bakalářská práce se zaměřuje na metodu environmentálního sekvenování a její využití při zkoumání diverzity eukaryotických mikrobů. Popisuje samotnou metodu, její mechanismus, možnosti použití i problémy s ní spojené. V práci je popsán současný pohled na fylogenetiku hlavních eukaryotických linií. Není opomenuta ani bližší charakteristika těchto linií. Pozornost je věnována zejména nově objeveným skupinám. Práce řeší příbuzenské vztahy uvnitř těchto skupin, shrnuje poznatky o jejich ekologii, potravních zdrojích a morfologii. Samostatná kapitola je věnována výskytu protistních skupin v extrémních podmínkách prostředí. Klíčová slova: Diverzita eukaryot, environmentální DNA, sekvenace, rRNA, fylogenetika.
|
|
|
Fylogeneze vybraných druhů letounů Afriky na základě cytogenetického a molekulárního přístupu
Koubínová, Darina ; Zima, Jan (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Martínková, Natália (oponent)
Fylogenetické vztahy byly zkoumány ve vzorku obsahujícím 248 netopýrů patřících do 19 druhů a čtyř čeledí (Hipposideridae, Rhinolophidae, Molossidae a Vespertilionidae) ze Senegalu (západní Afriky) s použitím multilokusových sekvenčních dat a nediferenciálně obarvených chromosomů. Karyotypy Hipposideros ruber, H. tephrus, H. jonesi a H. cyclops byly popsány poprvé. Standardní formule rodu Hipposideros byla zaznamenána u H. tephrus, H. jonesi a H. ruber (2n = 32, FNa = 60, FN = 64). Karyotypy H. cyclops (2n = 36, FN = 66) a H. gigas (2n = 52, FN = 64) se nápadně lišily od této typické chromosomální sady. Rhinolophus landeri a R. fumigatus měli shodný diploidní počet chromosomů (2n = 58), ale lišili se jejich morfologií (R. fumigatus - FNa = 60, FN = 64; R. landeri - FNa = 64, FN = 68). Rhinolophus landeri se karyotypově odlišoval od ostatních afrických populací, což může signalizovat přítomnost kryptických forem v rámci tohoto druhu. Karyotypy Chaerephon pumilus a Mops condylurus obsahovaly 48 chromosomů (FN = 54), což odpovídá standardní sadě nalézané u příslušníků této čeledi. Chromosomy, Bayesiánské metody, maximální pravděpodobnost a analýza genetických distancí naznačily existenci kryptických forem u pěti z deseti vyšetřených druhů západoafrických vespertilionidních netopýrů - Pipistrellus...
|
|
|
Diverzita, rozšíření a genetická struktura tribu Pipistrellini
Eliášová, Kristýna ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Fornůsková, Alena (oponent)
Tato literární rešerše diskutuje fylogenetické vztahy v rámci čeledi Vespertilionidae, s podrobným zaměřením na tribus Pipistrellini a následně vztahy jednotlivých rodů a druhů uvnitř tohoto tribu. Obsahuje historický přehled snahy o rozřešení fylogenetických vztahů uvnitř taxonu nejprve na základě morfologických studií, porovnání karyotypu a nejnověji na základě genetických markerů. Mitochondriální genetické markery jsou užitečné při studiu fylogeografie, jak tato práce ukazuje na příkladu druhového komplexu Pipistrellus pipistrellus s.l. a na druzích Nyctalus azoreum, Nyctalus leisleri, Nyctalus noctula a Pipistrellus abramus. Dále tato práce popisuje současnou distribuci jednotlivých taxonů tribu, fosilní záznam a migrační chování evropských temperátních druhů, dané do souvislosti s jejich populační strukturou (též studovanou u některých druhů pomocí mtDNA a mikrosatelitů) a v příloze zobrazuje areály rozšíření všech pěti rodů tribu Pipistrellini. Klíčová slova: Pipistrellini, fylogenetika, fylogeografie, distribuce, populační struktura
|
|
|
Klasifikace organismů na základě nukleotidových četností
Kremličková, Lenka ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá klasifikací organismů na základě nukleotidové četnosti. Cílem práce je seznámit se s problematikou vyhodnocení příbuznosti organismů na základě podobnosti DNA sekvencí, navrhnout a realizovat v programovém prostředí Matlab algoritmus pro klasifikaci organismů na základě klasické fylogenetické metody, základních i pokročilých numerických metod a tyto metody mezi sebou porovnat.
|
|
|
Bootstrappingové metody ve fylogenetice
Sedlář, Karel ; Vohánka,, Jaroslav (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
V posledních desetiletích zaznamenala fylogenetická rekonstrukce velký rozvoj. Použitím nově získaných molekulárních znaků a počítačového zpracování bylo dosaženo toho, že začala být brána jako objektivní věda. Rychlý vývoj však ukázal, že je potřeba výsledky vyhodnotit, neboť nové techniky vytvořily fylogramy i z nespolehlivých dat. Pro tyto účely byly do fylogenetiky aplikovány vzorkovací statistické metody, z nichž později začal převládat bootstrapping. I ten má však omezení, se kterými je nutno počítat při interpretaci výsledků, které nám poskytl. Spojením principů bootstrappingu a konsenzuálních stromů však lze získat fylogramy, jejichž vlastnosti jsou lepší než vlastnosti klasických fylogramů jak prokazuje tato práce.
|
|
|
Metody rekonstrukce fylogenetických superstromů
Kosíř, Kamil ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
V posledních 30 letech zaznamenala fylogenetika velký rozvoj. Počítače se staly silnější a lépe dostupné a spolu s více sofistikovanými algoritmy přichází snaha vědců zrekonstruovat z velkého množství fylogenetických dat kompletní strom života. Právě pro tyto účely vznikají fylogenetické superstromy, které umožňují kombinaci všech doposud získaných informací. Cílem této práce je nalezení a sestrojení metody konstrukce superstromu, která bude dávat přesné výsledky.
|
|
|
Metody rekonstrukce fylogenetických superstromů
Jirásková, Kristýna ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Fylogenetika v posledních desetiletích zaznamenala velký rozvoj. Vývojem počítačů a přístrojů pro sekvenování biopolymerů bylo získáno ohromné množství fylogenetických dat z různých zdrojů a odlišných typů. Snahou vědců je zrekonstruovat z těchto dat kompletní strom života. Fylogenetické superstromy tuto možnost teoreticky představují, jelikož na rozdíl od fylogenetických stromů umožňují kombinaci všech doposud získaných informací. Tato práce představuje metodu konstrukce superstromů metodou průměrného konsensu.
|
|
|
Paratrypanosoma is a novel early-branching trypanosomatid
SKALICKÝ, Tomáš
The kinetoplastids are a widespread and important group of single-celled eukaryotes, many of which are devastating parasites of animals, including humans. We have discovered a new insect trypanosomatid in the gut of Culex pipiens mosquitoes. Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase- and SSU rRNA-based phylogenetic analyses show this parasite to constitute a distinct branch between the free-living Bodo saltans and the obligatory parasitic clades represented by the genus Trypanosoma and other trypanosomatids. From draft genome sequence data, we identified 114 protein genes shared among the new flagellate, 15 trypanosomatid species, B. saltans, and the heterolobosean Naegleria gruberi, as well as 129 protein genes shared with the basal kinetoplastid Perkinsela sp. Individual protein phylogenies together with analyses of concatenated alignments show that the new species, here named Paratrypanosoma confusum n. gen., n. sp., branches with very high support at the base of the family Trypanosomatidae. P. confusum thus represents a long-sought-after missing link between the ancestral free-living bodonids and the derived parasitic trypanosomatids. Further analysis of the P. confusum genome should provide insight into the emergence of parasitism in the medically important trypanosomatids.
|
host ::
RSS.