|
|
The role of CRL4 ubiquitin ligase complex in homeostasis and regeneration of gastro intestinal tract
Daněk, Veronika ; Procházka, Jan (vedoucí práce) ; Janečková, Lucie (oponent) ; Čermák, Lukáš (oponent)
Ubikvitinace představuje důležitý regulační mechanismus ovlivnění funkce proteinů. Aberantní funkce Ub-ligáz je spojena s rozvojem různých patologických stavů. Úplná komplexnost ubikvitinační sítě v homeostáze tkání a karcinogenezi však stále není objasněna, což snižuje potenciál Ub-ligáz stát se terapeutickými cíli. Ve svém doktorském projektu jsem se zaměřila na odhalení role E3 ubikvitinových ligáz, zejména CUL4A, ve změnách regulačních drah, které vedou k poruchám homeostázy trávicího traktu a nádorové expanzi. Pomocí nové techniky sémantického biklastrování jsme provedli profilování exprese E3 ubikvitin ligáz a navrhli dosud nepopsané funkce Ub-ligáz specifických pro trávicí trakt na základě jejich tkáňově specifické exprese a ontologických vztahů. Testování identifikované kompenzační sítě na myším modelu ukázalo, že geny ze stejné ontologické skupiny současně mění svůj expresní vzorec po indukovaném poškození epitelu, což odhaluje jejich pomocnou roli při regeneraci tkáně. Dále jsem se zaměřila na funkci CUL4A jakožto kotvy v rámci komplexu Cullin4-RING E3 ubikvitin ligázy (CRL4). Popsali jsme, že CUL4A je exprimován populacemi sekrečních buněk v tenkém a tlustém střevě. Deficit CUL4A narušuje rovnováhu mezi jednotlivými buněčnými typy podél transverzální struktury střevního epitelu a a vede...
|
|
|
Klasifikace založená na směsových modelech
Janečková, Lucie ; Komárek, Arnošt (vedoucí práce) ; Maciak, Matúš (oponent)
Tato práce se zabývá klasifikací založenou na směsových modelech, a to převážně na modelech konečných normálních. Nejprve jsou zavedeny základní definice a vlastnosti konečných směsí. Následně je zde popsána metoda maximální věrohodnosti a její úskalí v kontextu konečných směsí, kterou použáváme pro odhadování neznámých parametrů. Poté je popsán EM algoritmus, který je používán pro získání maximálně věrohodných odhadů a explicitně spočteny vzorce pro jednu iteraci EM algoritmu. V poslední části je ukázáno, jak lze konečné normální směsi využít ke klasifikaci. 1
|
|
|
Transkripční faktor Tcf4 v obnově střevního epitelu a patologii
Müllerová, Tereza ; Janečková, Lucie (vedoucí práce) ; Vávra, Jiří (oponent)
TCF4 (z angl. T-Cell Factor 4, někdy také TCF7L2) je významným efektorem kanonické signální dráhy Wnt. Je produkován v mnoha různýchizoformách,jejichž exprese bývá tkáňově specifická a jejichž funkce se mnohdy diametrálně liší. Ve střevě je TCF4 klíčovým faktorem při regeneraci epitelu a udržování homeostázy kmenových buněk. Jeho deplece způsobuje ztrátuproliferujícíhokompartmentukrypt a úplný rozpad architekturystřevní sliznice. Procesy ve kterých působí jsou tedy stěžejní a musí být silně regulované pomocí signální dráhy Wnt. Poruchy v expresi či alternativním sestřihu TCF4 často vedou k rozsáhlé škále komplexních patologií jako jsou rakovina tlustého střeva, ileální Crohnova choroba a diabetes mellitus 2. typu.
|
|
|
In vitro 3D organizace varlat u savců
Zahradníková, Hana ; Tlapáková, Tereza (vedoucí práce) ; Janečková, Lucie (oponent)
Dosud se nepodařilo vytvořit testikulární organoid, který by uspokojivě rekapituloval architekturu testikulární tkáně a zároveň byl schopen zajistit kompletní proces spermatogeneze in vitro. Dosažení tohoto cíle by znamenalo vyvinutí 3D modelu varlat, který by z hlediska buněčného uspořádání napodoboval situaci in vivo a mohl by tak přispět k hlubšímu pochopení fyziologického fungování testikulárního mikroprostředí. Takovýto model má mimo jiné velký potenciál pomoci při objasňování příčin mužské neplodnosti a hledání možností její léčby. Tato práce se zabývala tvorbou organoidů z testikulární buněčné suspenze myši nebo člověka, čehož lze využít například i ke studiu organogeneze de novo. Testovány byly celkem čtyři 3D kultivační systémy, z nichž nejlepších výsledků bylo dosaženo kultivací ve vrstvě měkké agarózy (SACS). Dále byl v rámci této práce úspěšně zaveden a optimalizován postup přípravy testikulárních organoidů pro snímání pomocí light sheet mikroskopie umožňující hodnocení jejich vnitřní struktury. Ze suspenze testikulárních buněk 5denní myši se podařilo připravit organoidy, jejichž struktura v některých ohledech připomínala organizaci varlete in vivo. Za klíčový výsledek lze považovat zejména přítomnost tubulárních struktur. Ze suspenze testikulárních buněk dospělého muže byly získány...
|
|
|
Study of the substrate specificity of the LACTB tumour suppressor enzyme
Baudyšová, Alžběta ; Kečkéšová, Zuzana (vedoucí práce) ; Janečková, Lucie (oponent)
Mitochondriální beta-laktamasa (LACTB) je nádorový supresor, jehož exprese způsobuje změny v metabolismu mitochondriálních fosfolipidů a indukuje diferenciaci nádorových buněk v buňky nerakovinné. Tento jev je způsoben down regulací fosfatidylserin dekaboxylasy (PISD), což následně vede ke snížení množství fosfatidyletanolaminů a lysofosfatidyletanolaminů v membráně mitochondrie. PISD ale není LACTB přímo štěpeno a tedy otázka, co je fyziologickým substrátem LACTB, zůstává stále nezodpovězená. Abychom se pokusili zaplnit tuto mezeru v našem poznání o mechanismech a funkci nádorového supresoru LACTB, byla tato diplomová práce zaměřena na nalezení substrátu LACTB pomocí proteomické analýzy PICS. Aby mohla být analýza provedena, bylo třeba nejprve vyizolovat rekombinantní wild-type LACTB a také LACTB se zrušeným katalytickým místem, zjistit, jaké je ideální in vitro prostředí pro práci s rekombinantním LACTB a také jaké podmínky jsou nutné pro to, aby LACTB tvořila multimery. Mé výsledky ukázaly, že aktivita LACTB in vitro stoupá se zvyšujícím se pH a také po přidání vápníku. Také jsem ukázala, že monomery LACTB v multimerních formách jsou spojeny disulfidickými můstky a že se tyto multimery rozpadají po přidání dithiothreitolu. Nejzajímavějším výsledkem práce byl poznatek, že LACTB je svým vlastním...
|
|
|
Klasifikace založená na směsových modelech
Janečková, Lucie ; Komárek, Arnošt (vedoucí práce) ; Maciak, Matúš (oponent)
Tato práce se zabývá klasifikací založenou na směsových modelech, a to převážně na modelech konečných normálních. Nejprve jsou zavedeny základní definice a vlastnosti konečných směsí. Následně je zde popsána metoda maximální věrohodnosti a její úskalí v kontextu konečných směsí, kterou použáváme pro odhadování neznámých parametrů. Poté je popsán EM algoritmus, který je používán pro získání maximálně věrohodných odhadů a explicitně spočteny vzorce pro jednu iteraci EM algoritmu. V poslední části je ukázáno, jak lze konečné normální směsi využít ke klasifikaci. 1
|
|
|
Novel mechanisms of T cell-mediated intestinal autoimmunity to Paneth cells
Brabec, Tomáš ; Filipp, Dominik (vedoucí práce) ; Janečková, Lucie (oponent)
(Cz) Panethovy buňky jsou jedním z hlavních aktérů udržujících homeostatický vztah mezi střevní mikrobiotou a imunitním systémem. Tato funkce je z velké části zajištěna jejich produkcí baktericidních střevních α-defensinů a dalších antimikrobiálních produktů. Poškození funkcí Panethových buněk je spojeno se závažnými onemocněními, jako jsou Crohnova choroba a APECED. Existuje pouze velmi omezené množství informací o interakcích a regulačních smyčkách mezi Panethovými buňkami a střevním imunitním systémem, ať už ve zdraví, či v patologických podmínkách. Předešlá studie provedená v naší laboratoři popsala nový mechanismus zahájení a udržovaní autoimunity namířené proti Panethovým buňkám. Navržený model předpokládal, že T buňky specifické na střevní α-defensiny unikají selekci v thymu, infiltrují střevo a snižují počet Panethových buněk skrze autoimunitní destrukci. Tento proces byl také spojen s nahromaděním prozánětlivých bakterií. Z toho pozorování bylo vyvozeno, že tyto bakterie mohou zhoršovat zánětlivou autoimunitu. Jelikož tento model je značně korelativní, jeho vnitřní mechanismy a funkční vztahy mezi imunitním systémem, Panethovými buňkami a mikrobiotou jsou nejasné. V této práci nejdříve shrnujeme publikovaná data týkající se role Panethových buněk a střevního imunitního systému ve slizniční...
|
|
|
Frakcionace hliníku při vodárenské úpravě.
Houšková, Lucie ; Benešová, Libuše (vedoucí práce) ; Janečková, Lucie (oponent)
Tato práce se zaměřuje na úpravu vod s vyšším obsahem hliníku. Cílem práce bylo nalezení optimálních podmínek pro odstranění hliníku koagulací. Sledované podmínky byly dávka koagulačního činidla, intenzita míchání a pH. Jako koagulační činidlo byl použit síran hlinitý a pro optimalizaci podmínek byla využita sklenicová zkouška. Dále byl sledován vliv síranu hlinitého na zastoupení frakcí hliníku v upravené vodě. V poslední části práce byly porovnávány výsledky získané pro síran hlinitý s výsledky železitých koagulantů (síran železitý a chlorid železitý). Z provedených experimentů vyplynulo, že je pro odstranění hliníku z vody koagulací vhodnější použít pouze rychlé míchání. Na účinnost koagulačního činidla má také vliv hodnota pH. V experimentech bylo pH zvýšeno přídavkem vápenné vody. Optimální dávka síranu hlinitého odpovídala dávce, při které bylo dosaženo nejnižší koncentrace zbytkového hliníku a nejnižší CHSKMn. Dávka koagulačního činidla ovlivnila také zastoupení frakcí hliníku v upravované vodě. Při optimální dávce docházelo ke snížení koncentrace téměř u všech frakcí. Z porovnání koagulačních činidel vyplynulo, že železité koagulanty mají vyšší účinnost odstranění hliníku. Přesto je síran hlinitý vhodným koagulačním činidlem pro úpravu vod s vyšším obsahem hliníku, je však potřeba dodržet...
|
|
|
Wnt/β-catenin signalling in the development of the marine annelid Platynereis dumerilii
Žídek, Radim ; Kozmik, Zbyněk (vedoucí práce) ; Janečková, Lucie (oponent) ; Macůrková, Marie (oponent)
Radim Žídek "Wnt/β-kateninová signalizace ve vývoji mořského kroužkovce Platynereis dumerilii" (disertační práce) Abstrakt: Wnt/β-kateninová signalizace je zásadní pro raný embryonální vývoj mnohobuněčných živočichů, od ustavení tělních os, přes určení zárodečných listů a tkání až po vývoj orgánových soustav. Použil jsem farmakologické ovlivnění aktivity Wnt/β-kateninové dráhy u planktonních larev mořského mnohoštětinatého kroužkovce, nereidky Platynereis dumerilii, zástupce skupiny Spiralia, abych prošetřil úlohu Wnt/β-kateninové signalizace ve vývoji a evoluci tří charakteristických znaků dvoustraně souměrných živočichů (Bilateria): centrální nervové soustavy, tělního článkování a trávicí trubice. Wnt proteiny jsou u nereidky produkovány ve všech tří výše zmíněných soustavách, kde spouští Wnt/β-kateninovou dráhu v sousedních buňkách. Vůbec poprvé zde u nereidky popisuji homolog koncového transkripčního faktoru celé dráhy, Pdu-Tcf, který je předmětem alternativního sestřihu a spolu s cílovým genem Wnt signalizace, Pdu-Axinem, exprimován v tkáních s aktivní Wnt signalizací - v mozkových gangliích, v neuroektodermu podél břišní středové linie, v článcích, v posteriorní růstové zóně a ve střevě. Farmakologické manipulace naznačují, že Wnt/β-kateninová signalizace v ektodermu nereidky specifikuje progenitory...
|
|
|
Stanovení enantiomerů aminokyselin metodou HPLC
Michalčíková, Regina ; Tesařová, Eva (vedoucí práce) ; Janečková, Lucie (oponent)
Abstakt Bakalářská práce se zabývá stanovením enantiomerů aminokyselin, v praktické části konkrétně alaninu, pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie za využití chirálních stacionárních fází na bázi teikoplaninu. Rešeršní část je zaměřena na shrnutí základní problematiky chirality a chirálních aminokyselin v potravinách, na charakteristiku vysokoúčinné kapalinové chromatografie, jako jedné z nejvhodnějších metod k enantioseparaci aminokyselin, a popis metod derivatizace, jež se využívají ke zvýšení citlivosti stanovení enantiomerů aminokyselin. Experimentální část se pak zabývá separací jednotlivých enantiomerních forem alaninu, volbou vhodného separačního systému pro tuto separaci a stanovením D- a L- alaninu v ovocném džusu.
|
host ::
RSS.