|
|
Exprese markerů imunogenní buněčné smrti na buňkách karcinomu plic
Kobosilová, Linda ; Špíšek, Radek (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Imunogenní buněčná smrt (ICD) je charakterizována přítomností specifických molekul, mezi které patří na povrchu exprimovaný kalretikulin (CRT) a proteiny teplotního šoku HSP70 a HSP90. Dalším charakteristickým znakem je uvolnění ATP a HMGB1 do extracelulárního prostoru. Pro indukci ICD v plicních nádorových buňkách byl použit vysoký hydrostatický tlak (HHP), HHP indukuje povrchovou expresi imunogenních markerů CRT, HSP70 a HSP90, a sekreci ATP do extracelulárního prostředí. Pulzací dendritických buněk (DC) nádorovými buňkami ošetřenými HHP dochází k fenotypické maturaci charakteristické zvýšenou expresí maturační molekuly CD83, kostimulačních molekul CD80 a CD86, chemokinového receptoru CCR7 a MHC glykoproteinu II. třídy HLA-DR. Pulzované DC současně vykazují zvýšenou fagocytózu nádorových buněk ošetřených HHP a indukují výrazně nižší procento regulačních T lymfocytů oproti nematurovaným DC. V plicních nádorových buňkách dochází po ošetření HHP k aktivaci kaspáz (-8, -9, -3) a dalších proteinů (fosforylace eIF2α), které hrají klíčovou roli v apoptotické dráze spouštěné stresem endoplazmatického retikula. Pomocí širokého spektra metod se podařilo potvrdit, že ošetření HHP je schopno indukovat ICD u buněk plicních nádorových linií. Byla popsána fenotypová a funkční charakteristika dendritických buněk a...
|
|
|
Lectin receptor-ligand interaction important in experimental tumor therapy
Grobárová, Valéria ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Filipp, Dominik (oponent) ; Krulová, Magdaléna (oponent)
Lektin-sacharidové interakce jsou zapojeny do mnoha biologických procesů, které jsou nezbytné pro přežití a správnou funkci mnohobuněčných organismů. Receptory podobné lektinům C-typu, které se nacházejí převážně na povrchu buněk vrozeného imunitního systému, rozpoznávají sacharidové struktury na mikrobech a také glykosylační vzorec na nádorových buňkách. Rodina receptorů NKR-P1 byla mezi prvními identifikovanými rodinami receptorů NK (natural killer-"přirozený zabíječ") buněk, nicméně ligandy pro některé členy zůstávají stále neznámé. V nedávné době byly po prošetření Etickou komisí Mikrobiologického ústavu AVČR v. v. i. a Univerzity Karlovy v Praze některé publikace popisující oligo- sacharidové struktury zakončené N-acetylglukosaminem jako možné ligandy pro NKR-P1 receptor doporučeny ke korekci/retrahování. Přezkoumání účinku glykodendrimerů, zejména vliv osmivětevných dendrimerů s N- acetyl-D-glukosaminem na polyamidoaminové kostře (GN8P), ukázalo většinou nepřímou roli NK buněk na modulaci imunitní odpovědi. Správně složené rozpustné rekombinantní potkaní NKR-P1A a myší NKR-P1C receptory nevážou neoglykoproteiny modifikované GlcNAc strukturami. Kromě toho byly pro vazbu sacharidů zjištěny nové cílové populace buněk (NKT buňky a makrofágy).
|
|
|
Obec a ochrana životního prostředí z právního pohledu
Černý, Jan ; Žákovská, Karolina (vedoucí práce) ; Snopková, Tereza (oponent)
Cílem této práce je analyzovat postavení a možnosti obce v České republice v oblasti ochrany životního prostředí. Práce je rozdělena do šesti základních částí. V úvodu je stručně naznačen význam obcí a vysvětlen systém této práce. První kapitola se zabývá životním prostředím, zejména pak jeho ochranou zakotvenou v českém ústavním právu. Ve druhé kapitole jsou charakterizovány obce a jejich orgány. Následující kapitola popisuje územní plánování a příklady obecně závazných vyhlášek vydávaných obcemi v rámci jejich samostatné působnosti k ochraně životního prostředí. Kapitola čtvrtá uvádí právní nástroje, jež mohou být užity při ochraně životního prostředí ve sféře přenesené působnosti obce. V závěru autor upozorňuje na některé problémy související s účastí obcí na ochraně životního prostředí, nicméně zdůrazňuje, že obce v této oblasti hrají nezpochybnitelnou roli.
|
|
|
TAL Effectors: Tools for DNA Targeting
Jankele, Radek ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Přes dvacet let trvající výzkum interakcí fytopatogenních bakterií rodu Xanthomonas s jejich hostiteli vyústil objevem nové proteinové rodiny nazvané Transcription Activator like (TAL) efektory. TAL efektory jsou hlavní faktory virulence umožňující rozmnožování a následné šíření bakterií změnami genové exprese rostlinných buněk. TAL efektory rozpoznávají prostřednictvím struktury jejich DNA-vazebné domény specifické sekvence v promotorech hostitelských genů, jejichž transkripci následně aktivují. DNA-vazebná doména obsahuje krátké repetitivní peptidové moduly, které obtáčejí dvouvláknovou DNA a vytvářejí tak unikátní strukturní motiv. Jednotlivé moduly rozpoznávají po sobě jdoucí nukleotidy v cílové sekvenci prostřednictvím jedné ze dvou polymorfních aminokyselin ve smyčce kontaktující velký žlábek DNA. Dvojce těchto aminokyselin určují rozpoznávané nukleotidy takto: NI > A, HD > C, NH > G, NG > T a NN > A nebo G. Tento jednoduchý kód umožňuje přípravu umělých TAL DNA-vazebných domén s požadovanou sekvenční specifitou během jednoho týdne s minimálními náklady. Umělé TAL domény spojené s nukleázovou nebo aktivační doménou nacházejí uplatnění ve výzkumu, biotechnologii a genové terapii pro cílené genové modifikace a pro regulaci genové exprese. TAL efektor nukleázy (TALENy) umožňují provádět cílené genové...
|
|
|
Význam autofagocytózy a její interakce s apoptotickou signalizací pro buněčné přežití či buněčnou smrt.
Pazour, Vítězslav ; Anděra, Ladislav (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Autofagie je buněčný proces umožňující, degradaci části cytoplasmy, proteinových agregátů nebo celých organel. Hlavní funkcí autofagie je udržování buněčné homeostáze, ochrana před stresem a mobilizace interních zdrojů. Má však také roli například v imunitě, vývoji a diferenciaci. Autofagická dráha také může interagovat s apoptotickou signalizací. Tato interakce probíhá na mnoha úrovních od interakce regulačních proteinů po vzájemnou degradaci a štěpení komponent obou signálních drah. Autofagie interaguje jak s dráhou vnitřní indukce apoptózy tak s dráhou vnější indukce apoptózy. Autofagie ale může za určitých okolností aktivovat buněčnou smrt. Tento děj se také nazývá programovaná buněčná smrt typu II a vyznačuje se vysokou vakuolizací a lysozomální autodestrukcí buňky. Autofagická buněčná smrt byla dokumentována především při vývoji Drosophily, ale také u savčích buněk. Autofagie hraje také významnou roli v tumorogenezi, kde může rakovinné buňky jak chránit před stresem tak může přispívat k jejich smrti. Další výzkum autofagické signalizace a mechanismů interakce autofagie a apoptózy by kromě nových poznatků mohl také přispět k terapii rakoviny. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Impact of Toll-like receptor 4 polymorphism on pro-inflammatory responsiveness in great tit (Parus major)
Vinklerová, Jitka ; Bryja, Josef (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Toll-like receptor 4 (TLR4) je jedním z nejdůležitějších Pattern recognition receptorů, jehož úkolem je včasné rozpoznání bakteriální infekce. Po navázání endotoxinu (lipopolysacharidu, LPS) na TLR4 dochází ke spuštění signální kaskády vedoucí k produkci imunomodulčaních molekul, cytokinů. Jednou z funkcí cytokinů je řídit infiltraci leukocytů z krevního řečiště do místa zánětu, která vede ke vzniku otoku. Patogen je následně eliminován těmito buňkami fagocytózou a oxidačním vzplanutím. Je známo, že polymorfismus v TLR4 může ovlivňovat resistenci hostitelského organismu k některým chorobám. TLR4 by tak mohl hrát důležitou roli v koevoluci hostitele a parazita. Ve své diplomové práci jsem se zaměřila na aminokyselinovou substituci Q549R v TLR4, která je u sýkory koňadry asociovaná s mírou exprese ornamentálního zbarvení. U jedinců, kterým bylo injikováno LPS, došlo k poklesu poměru heterofilů a lymfocytů (H/L) v krvi. Tento pokles mohla způsobit infiltrace krevních buněk do zanícené tkáně. Naopak u zvířat, kterým bylo injikováno pouze PBS, došlo k nárůstu H/L, patrně v důsledku stresu. Prokázala jsem, že substituce Q549R nemá vliv na celkovou kondici či hematologické parametry jedince. Zjistila jsem však vliv interakce mezi genotypem Q549R hostitele a typem LPS (Escherichia coli / Salmonella...
|
|
|
Epigenetická regulace genů HLA II. třídy a její modifikace během života
Lamborová, Věra ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Úvod: Molekuly hlavního histokompatibilního komplexu (MHC) hrají důležitou úlohu v regulaci imunitní odpovědi a udržování imunitní homeostázy. Regulace jejich exprese je proto klíčovým faktorem ovlivňujícím adaptivní imunitní odpověď. Jedním z mechanismů této regulace je methylace DNA v promotorových oblastech, která ovlivňuje dostupnost DNA pro transkripční faktory. Stárnutí organismu je spojeno se změnami v methylaci DNA a zvýšená predispozice k rozvoji autoimunitních onemocnění ve stáří by proto mohla být spojena právě se změnami v methylačním stavu regulačních oblastí genů MHC II. třídy. Cíle: Cílem této práce je analýza methylačního stavu regulačních oblastí genů DQA1 a DQB1 a porovnání rozdílů mezi generacemi a jednotlivými alelami. Dále je porovnána úroveň exprese mRNA genu DQA1 mezi generacemi a mezi jednotlivými alelami. Metody: Z krve odebrané dárcům ze tří různých věkových skupin byly izolovány DNA a RNA. DNA byla modifikována bisulfitovou konverzí, dále byly amplifikovány regulační oblasti genů DQA1 a DQB1 a tyto úseky byly klonovány do bakterií. Pozitivní klony byly sekvenovány a podrobeny methylační analýze. RNA byla pomocí reverzní transkripce přepsána do cDNA a relativní úroveň její exprese byla poté určena pomocí kvantitativní PCR. Výsledky: Statisticky významný rozdíl v...
|
|
|
Regulation of mast cell activation at the level of the high-affinity IgE receptor and STIM1
Bugajev, Viktor ; Dráber, Petr (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Hašek, Jiří (oponent)
(CZ) Tato disertační práce je zaměřena na dva důležité regulátory signalizace žírných buněk. Prvním z nich je komplex vysoce afinního receptoru pro imunoglobulin E (IgE) (FcεRI), který se podílí na získaných (adaptivních) imunitních odpovědí a druhý je stromální interakční molekula 1 (STIM1), která monitoruje hladiny vápníku v endoplasmickém retikulu (ER) a po uvolnění Ca2+ z ER se podílí na otevření vápníkovým uvolněním aktivovaných vápníkových (CRAC) kanálů. I když je struktura FcεRI známá již mnoho let a byla popsána řada molekul asociovaných s tímto receptorem, přesný molekulární mechanismus zahájení a ukončení FcεRI signalizace zůstává nejasný. V této studii jsme vyhodnotili dosavadní poznatky o molekulárních mechanismech iniciace fosforylace FcεRI s důrazem na nově popsaný model, podle kterého vzájemné interakce mezi protein tyrosin fosfatázami (PTPs) a protein tyrosin kinázami (PTKs) nastaví práh tyrosinové fosforylace FcεRI (PTK-PTP interakční model). Dále jsme rozšířili poznatky týkající se topografie fosfatáz citlivých k oxidaci po stimulaci FcεRI v rámci klastrů transmembrálních adaptorových proteinů: T buňky neaktivující "linker" (NTAL) a "linker" aktivovaných T lymfocytů (LAT). Žírné buňky původem z kostní dřeně (BMMC) jsme použili jako modelový systém pro získání nových poznatků o...
|
|
|
Myosin 1c isoforms and their functions in the cell nucleus and in the cytoplasm
Venit, Tomáš ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Hašek, Jiří (oponent)
Souhrn Jaderný myosin 1 je první myosin, který byl nalezený v buněčném jádře. Účastní se procesů jako je transkripce polymerasami I a II, remodelace chromatinu a pohyby chromosomů. Dosud však nebyl popsán přesný mechanismus funkce NM1 v buněčném jádře. Proto jsme připravili myš, která má deleci v genu kódujícím NM1 (NM1 KO). Myo1c je izoforma NM1, která byla charakterizována jako cytoplasmatická. Jediným rozdílem mezi těmito dvěma izoformami je 16 aminokyselin, které obsahuje NM1 na svém N-konci a které byly dříve považovány za jaderný lokalizační signál. Nám se ale podařilo ukázat, že obě izoformy jsou translokovány do jádra, protože jaderný lokalizační signál se nachází v krku, což je doména, která je společná pro obě izoformy. Navíc jsme ukázali, že poměr mezi oběma izoformami je v jádře i v cytoplasmě stejný a delece NM1 nezpůsobuje kompenzační expresi Myo1c. NM1 KO myši jsou životaschopné a vykazují minoritní změny v minerální hustotě kostí a velikosti červených krvinek. Dále jsme zjistili, že Myo1c může NM1 zastoupit ve funkcích jako je transkripce polymerasou I, což naznačuje, že tyto dvě izoformy jsou v buněčném jádře zaměnitelné a duplicitní. V cytoplasmě byla popsána interakce mezi Myo1c a PIP2, lipidem ze skupiny fosfoinositolů. Ukázali jsme, že PIP2 se nachází i v jádře, kde přispívá k propojení...
|
|
|
Myosin-PIP2 interaction in the cell nucleus
Yildirim, Sükriye ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Forstová, Jitka (oponent)
SOUHRN Přestože jaderný myosin 1 (NM1) a myosin 1C (Myo1C) jsou produkty stejného genu, jejich struktura není stejná. Díky alternativnímu startu transkripce obsahuje NM1 navíc 16 aminokyselin na N-konci. Podle dosavadních vědeckých studií je Myo1c lokalizován v cytoplasmě, zatímco NM1 je přítomen v jádře buněk. Proto byla za jaderný lokalizační signál (NLS) považována právě N-terminální extenze NM1. V této práci ovšem ukazujeme, že NLS je obsažena ve druhé IQ doméně, která váže kalmodulin (CaM) v závislosti na hladině vápníku. Vzhledem k tomu, že NLS je obsažen v doméně, která je společná pro NM1 i Myo1C, obě izoformy jsou schopny lokalizovat do buněčného jádra, což jsme experimentálně prokázali. Je známo, že Myo1C v cytoplasmě váže fosfatidylinositol 4,5-bisfosfát (PIP2) ocasní doménou. Testovali jsme, zda NM1 a Myo1c mohou interagovat s PIP2 v jádře. Zjistili jsme, že obě izoformy vážou PIP2 ocasem a tato interakce umožňuje vazbu dalších jaderných proteinů do tohoto lipoproteinového komplexu. PIP2 vytváří komplex s proteiny účastnícími se transkripce polymerasou I (Pol I) a následného úpravy rRNA. Kromě toho byl pozorován významný pokles v transkripční aktivitě Pol I po snížení hladiny PIP2. NM1 a aktin jsou z literatury známy jako proteiny podporující transkripci. Z našich experimentálních dat vyplývá,...
|
host ::
RSS.