|
|
TAL Effectors: Tools for DNA Targeting
Jankele, Radek ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Přes dvacet let trvající výzkum interakcí fytopatogenních bakterií rodu Xanthomonas s jejich hostiteli vyústil objevem nové proteinové rodiny nazvané Transcription Activator like (TAL) efektory. TAL efektory jsou hlavní faktory virulence umožňující rozmnožování a následné šíření bakterií změnami genové exprese rostlinných buněk. TAL efektory rozpoznávají prostřednictvím struktury jejich DNA-vazebné domény specifické sekvence v promotorech hostitelských genů, jejichž transkripci následně aktivují. DNA-vazebná doména obsahuje krátké repetitivní peptidové moduly, které obtáčejí dvouvláknovou DNA a vytvářejí tak unikátní strukturní motiv. Jednotlivé moduly rozpoznávají po sobě jdoucí nukleotidy v cílové sekvenci prostřednictvím jedné ze dvou polymorfních aminokyselin ve smyčce kontaktující velký žlábek DNA. Dvojce těchto aminokyselin určují rozpoznávané nukleotidy takto: NI > A, HD > C, NH > G, NG > T a NN > A nebo G. Tento jednoduchý kód umožňuje přípravu umělých TAL DNA-vazebných domén s požadovanou sekvenční specifitou během jednoho týdne s minimálními náklady. Umělé TAL domény spojené s nukleázovou nebo aktivační doménou nacházejí uplatnění ve výzkumu, biotechnologii a genové terapii pro cílené genové modifikace a pro regulaci genové exprese. TAL efektor nukleázy (TALENy) umožňují provádět cílené genové...
|
|
|
Analysis of short Argonaute isoforms from mouse oocytes
Jankele, Radek ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Petr, Jaroslav (oponent)
Analýza kratkých isoforem proteinů Argonaůt z mýsích oocýtů Abstrakt: Proteiny z rodiný Argonaůtů, řízené malými molekůlami RNA, představůjí konzervované jádro mechanismů ůmlčování RNA (RNA silencing). Týto mechanismý potlačůjí prodůkci virů, šíření mobilní DNA, a regůlůjí genovoů expresi na základě sekvenční informace nesené asociovanou RNA. V somatických bůňkách savců je dominantním mechanismem regůlační microRNA (miRNA) dráha. Malé miRNA ovlivňůjí expresi většiný savčích genů. Argonaute proteiny inhibůjí translaci a indůkůjí deadenylaci mRNA s částečnoů homologií k navázané miRNA. Deadenylace obvykle výústí degradaci mRNA. Těmito mechanismý miRNA dráha citlivě kontrolůje hladiný prodůkovaných proteinů. Na rozdíl od příbůzného mechanismů RNA interference (RNAi) výůžívajícího katalyticky aktivní proteiny Argonaute schopné rozštěpit komplementárních molekuly RNA, miRNA ůmlčování je závislé na celé řadě dalších faktorů. Role miRNA regulace v komplexních biologických procesech od organogeneze, přes krvetvorbů až po rakovinu je dobře doložená. Mýší oocýtý postrádající kanonické miRNA jsoů překvapivě schopné oplození a úspěšně projdoů preimplantačním vývojem. Ani nejčetnější oocýtární miRNA však nejsou sto efektivně ůmlčet cílové gený, přestože příbůzný mechanismůs RNAi, sdílející s miRNA mechanismem klíčové...
|
host ::
RSS.