|
|
Studies of NK cell receptors and other proteins using recombinant expression and mass spectrometry
Kavan, Daniel ; Bezouška, Karel (vedoucí práce) ; Tučková, Ludmila (oponent) ; Řehulka, Pavel (oponent)
Univerzita Karlova v Praze P írodov decká fakultař ě Katedra biochemie Studium receptor NK bun k a jinýchů ě protein pomocí rekombinantní expreseů a hmotnostní spektrometrie Autoreferát dizertační práce Daniel Kavan Školitel: Prof. RNDr. Karel Bezouška, DSc. Praha 2010 Daniel Kavan Úvod Úvod NK bu ky a jeden z jejich receptor CD69ň ů P irození zabiječi (NK bu ky) jsou subpopulacíř ň velkých granulárních lymfocyt , kterým na bun čnémů ě povrchu schází receptory charakteristické pro B a T bu ky.ň Jsou nicmén charakterizovány p ítomností NKp46 a NKp30ě ř [Moretta L. et. al. 2002]. Pojmenování bun k p irozeníě ř zabiječi vzniklo podle funkce v organismu, protože nepot ebují žádnou p edchozí aktivaci a p esto jsou schopnyř ř ř eliminovat nenormální (tedy infikované nebo transformované) bu ky z tkánň ě [Kiessling R. et. al. 1975]. Tato funkčnost je založena na kontrole MHC molekul I. T ídyř okolních bun k. Výsledná akce (zničení nebo nezničeníě cílové bu ky) je výsledkem rovnováhy aktivačních aň inhibičních signál zprost edkovanými povrchovýmiů ř receptory a p evedenými na konkrétní signální dráhyř [Raulet D. H. et. al. 2001]. Specifita NK bun k není závislá na jediném druhuě receptoru, jako je tomu u B a T bun k, ale je dánaě r znorodostí jejich povrchových receptor [Lanier L. L.ů ů 2005]. Tyto receptory pak...
|
|
|
Programy monitoringu výskytu a početnosti ptáků jako zdroj ekologických dat
Mourková, Jindra ; Fuchs, Roman (vedoucí práce) ; Reif, Jiří (oponent) ; Bejček, Vladimír (oponent)
2 SOUHRN VÝSLEDKŮ DISERTAČNÍ PRÁCE Regionální údaje o ptačích společenstvech jsem zkoumala z pohledu druhového bohatství a výskytu ptačích druhů v závislosti na prostředí a v případě zimujících ptáků také na klimatických podmínkách. Zdrojem dat o výskytu (příp. početnosti) ptačích druhů pro mne byly regionální síťový atlas Prahy (Fuchs et al. 2002), záznamy ze zimního sčítání vodních ptáků ve středních Čechách, vlastní údaje o hnízdní populaci labutě velké na Třeboňsku a údaje z individuálního značení labutí velkých poskytnuté Kroužkovací stanicí Národního muzea. Součástí disertace je také ukázka z připravovaného Atlasu hnízdního rozšíření ptáků na Třeboňsku, na kterém se autorsky podílím. První příspěvek (Mourková J., Fuchs R., Sedláček O., Janovský Z., Exnerová A., Škopek J. & Formánek J.: Bird species richness in urban environments: increased habitat diversity or natural refuges?)se zabývá analýzou faktorů ovlivňujících diversitu urbánní avifauny. Základní otázkou bylo, zda je druhové bohatství ptáků zvyšováno spíše rozlohou refugií přirozených biotopů nebo heterogenitou prostředí. Dále jsme se ptali, zda ochuzování městské avifauny směrem od okraje do centra města je způsobeno izolací od okolní krajiny či zda lze tento fenomén zcela přičíst složení a heterogenitě prostředí. K analýze vlivu prostředí na...
|
|
|
Vodomilovití brouci (Coleoptera: Hydrophiloidea): taxomomie, fylogeneze a fosilní záznam vybraných skupin
Fikáček, Martin ; Prokop, Jakub (vedoucí práce) ; Engel, Michael (oponent) ; Balke, Michael (oponent)
Souhrn Předložená disertační práce sestává ze dvou částí, z nichž první se týká fosil- ního záznamu vodomilovitých brouků. Úvodní kapitola této části shrnuje sou- časné znalosti autora o této problematice založené na rešerši veškeré dostupné literatury a publikovaných i nepublikovaných údajích autora. Součástí kapito- ly je souhrn historie studia této skupiny, stručný výčet problémů týkajících se studia fosílií vodomilovitých brouků a diskuze o významu fosilního záznamu této skupiny. Jsou přiloženy dva publikované články a dva rukopisy týkající se systematiky a taxonomie vybraných vodomilovitých brouků z evropských třetihorních lokalit. Tyto výsledky poukazují na diverzifikaci vývojové větve velkých vodomilů podtribu Hydrophilina ve středním eocénu a na výskyt tro- pického rodu Hydrobiomorpha v Evropě během eocénu až pozdního oligocénu. Z pozdně oligocenního naleziště Aix-en-Provence je popsána první známá fosí- lie rodu Limnoxenus (podtribus Hydrobiusina), pomocí fylogenetické analýzy kombinující morfologická data recentnách a fosilních druhů je testována její taxonomická pozice a je diskutován význam tohoto nálezu. Druhá část práce se týká vybraných skupin suchozemských vodomilů podčeledi Sphaeridiinae. Úvodní kapitola shrnuje současné představy o vzniku suchozemského způsobu života u zástupců nadčeledi...
|
|
|
Štípaná kamenná industie v kontextu starší doby bronzové
Rychtaříková, Tereza ; Limburský, Petr (vedoucí práce) ; Šebela, Lubomír (oponent)
Tato práce je zaměřena studium štípané industrie starší doby bronzové v Čechách a řešení otázek spojených s jejím výskytem v sídlištních a hrobových celcích. V první části práce jsou prezentovány výsledky analýz souboru ŠI z Kolína-obchvatu, Pátku u Poděbrad, Polep u Kolína, Velkých Přílep a Vliněvsi, který čítá 108 artefaktů. Byly sledovány typologické a morfologické vlastnosti ŠI, použitá surovina a další vztahy ŠI vzhledem k jejich poloze v objektu a dalším nálezům. V druhé části práce jsou shrnuty dosavadní poznatky o prestižních artefaktech, jako jsou silicitové dýky, sekery a šipky. Dále je řešena otázka kontaktů středních Čech s Moravou na základě distribuce moravských kamenných surovin. Součástí práce je katalog štípané industrie ze středních Čech.
|
|
|
Generování proteinových sekvencí s danou charakteristikou
Hrbáň, Hugo ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Lokoč, Jakub (oponent)
Proteiny jsou nezbytné pro život, protože hrají zásadní roli v mnoha biologických procesech. Navrhování nových proteinů s požadovanou funkcí je důležitým problémem ve vývoji léků a biologickém výzkumu. Velké databáze proteinových sekvencí lze použít k trénování velkých jazykových modelů převzatých ze zpracování přirozeného jazyka na řeči proteinů zapsané v abecedě aminokyselin. V této práci demonstrujeme, jak lze velké jazy- kové modely založené na předtrénovaných hlubokých neuronových sítích efektivně vyladit pro kontrolovatelné generování proteinových sekvencí z několika odlišných proteinových rodin. Pomocí bioinformatických metod a metod založených na hlubokém učení ukazu- jeme, že model je schopen generovat vysoce kvalitní proteinové sekvence, které vykazují nízkou podobnost s existujícími proteiny.
|
|
|
Znalostní management v projektovém řízení v mezinárodních firmách
Peschová, Nikol ; Běhounková, Olga (vedoucí práce) ; Gruber, Jan (oponent)
Cílem bakalářské práce je postihnout aplikaci znalostního managementu v kontextu projektového řízení v mezinárodních firmách. Nejprve je představen koncept znalostního managementu a související teoretická východiska jako intelektuální kapitál, znalostní pracovníci a koncept učící se organizace. Pozornost je věnována strategickému přístupu k implementaci znalostního managementu, jeho přínosům a významu v mezinárodních organizacích. Popsáno je projektové řízení, jeho specifika v mezinárodních organizacích, rizika ohrožující jeho úspěšnost a důležitost znalostního managementu v projektovém řízení. Dále je práce zaměřena na poučení z projektů ("lessons learned"), jejich identifikaci, ukládání a sdílení a metody využívané v jednotlivých fázích práce s poučeními. Součástí práce je kvantitativní šetření realizované pomocí online dotazníku. Cílem šetření je zjistit, zda velké mezinárodní firmy v rámci projektového řízení aplikují znalostní management a zda zachycují, ukládají a využívají poučení z projektů. Respondenty šetření jsou projektoví manažeři z pražských poboček velkých mezinárodních firem. Klíčová slova: znalostní management, znalostní ekonomika, znalostní pracovník, intelektuální kapitál, projektové řízení, poučení
|
|
|
Asistent pro psaní textu založený na velkých jazykových modelech
Klement, David ; Helcl, Jindřich (vedoucí práce) ; Libovický, Jindřich (oponent)
Standardní přístup k mnoha úlohám zpracování přirozeného jazyka je vzít existující předtrénovaný velký jazykový model a dotrénovat jej pro danou úlohu. Tento přístup vede k tomu, že pro každou úlohu vznikne samostatný model, navíc je nutné dotrénování opakovat při přechodu na lepší předtrénovaný model. Tato práce zkoumá možnosti po- užití jediného veřejně dostupného modelu pro tři různé úlohy bez nutnosti dotrénování. Představujeme Preditor, asistenta pro psaní, který umí přepsat větu po nahrazení jed- noho z jejích slov, navrhuje pokračování věty a navrhuje slova, která se hodí doprostřed věty. Systém navrhujeme nezávisle na konkrétním modelu, což umožňuje jednoduchý pře- chod na nový model. Poskytujeme také rozšíření, které integruje asistenta do textového editoru. 1
|
|
|
From Modular to End-to-End Speaker Diarization
Landini, Federico Nicolás ; Ganapathy, Sriram (oponent) ; Bredin, Herve (oponent) ; Burget, Lukáš (vedoucí práce)
Speaker diarization is usually referred to as the task that determines ``who spoke when'' in a recording. Until a few years ago, all competitive approaches were modular, i.e. voice activity detection, segmentation, embedding extraction, clustering and overlapped speech detection and handling were tackled by different sub-systems and applied in a cascaded fashion. Systems based on this framework reached state-of-the-art performance in most scenarios but had major difficulties dealing with overlapped speech. More recently, the advent of end-to-end models, capable of dealing with all aspects of speaker diarization with a single model and better performing regarding overlapped speech, has brought high levels of attention. This thesis is framed during a period of co-existence of these two trends. We describe a system based on a Bayesian hidden Markov model used to cluster x-vectors (speaker embeddings obtained with a neural network), known as VBx, which has shown remarkable performance on different datasets and challenges. We comment on its advantages and limitations and evaluate results on different relevant corpora. Then, we move towards end-to-end neural diarization (EEND) methods. Due to the need for large training sets for training these models and the lack of manually annotated diarization data in sufficient quantities, the compromise solution consists in generating training data artificially. We describe an approach for generating synthetic data which resembles real conversations in terms of speaker turns and overlaps. We show how this method generating "simulated conversations" allows for better performance than using a previously proposed method for creating "simulated mixtures" when training the popular EEND with encoder-decoder attractors (EEND-EDA). We also propose a new EEND-based model, which we call DiaPer, and show that it can perform better than EEND-EDA, especially when dealing with many speakers and handling overlapped speech. Finally, we compare both VBx-based and DiaPer systems on a wide variety of corpora and comment on the advantages of each technique.
|
|
|
Detection of Similar Binding Sites in Protein Structure Databases
Telčer, Jakub ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Galgonek, Jakub (oponent)
Vyhodnocování podobnosti protein-ligand vazebných míst je důležité v mnoha oblastech, jako je výzkum nových využití stávajících léčiv nebo evoluční studie. Nejmodernější současné přístupy dosahují dobrých výsledků, ale pracují pouze s definovanými vazebnými místy, což není možné v nepředzpracovaných pro- teinových databázích. Pokud tato místa nejsou známá, je nejprve nutné prohledat proteinové struktury nástroji pro jejich predikci. To významně navyšuje cenu velkých databází podobných vazebných míst. Tato práce se zaměřuje na popis stávajících metod pro hodnocení podobnosti protein-ligand vazebných míst a zkoumá možnosti rychlého vyhledávání podobných míst ve velkých databázích příbuzných struktur. Je zde navržena jednoduchá metoda umožňující rychlejší než lineární vyhledávání bez nutnosti predikce potenciálních vazebných míst. Předběžné výsledky naznačují, že tento přístup je hoden další pozornosti, ačkoliv je stále zapotřebí více vhledu do dané problematiky.
|
|
|
Analýza jazyka sportovních komentátorů Formule 1 se zaměřením na slovní zásobu
Hais, Petr ; Schneiderová, Soňa (vedoucí práce) ; Trunečka, Ondřej (oponent)
Práce pokrývá téma sportovního komentáře Formule 1 v českém a slovenském jazyce. Jejím cílem je nalézt charakteristické prvky v komentáři tohoto sportu a porovnat základní rozdíly se sporty českého mainstreamu (fotbal, hokej). Pro účely práce je vybrána obsahová analýza, která klade důraz na slovní zásobu užitou v komentáři s přihlédnutím k rozdílu mezi slovní zásobou specifickou pro motorsport a Formuli 1 a běžným slovníkem sportovního komentátora. Analyzováno bylo celkem osm velkých cen z let 2021 až 2024, při jejich výběru bylo zohledněno několik faktorů včetně postavení závodu v kalendáři a jeho atraktivita z obou stran spektra, tj. byly vybrány závody s vysokou i nízkou atraktivitou. Definice specifik a odlišností slovní zásoby komentáře Formule 1 je hlavním cílem práce. Text zároveň představuje hlavní odlišnosti sportovní žurnalistiky s dalšími odvětvími novinářské práce spolu s nastíněním definice sportovního komentáře a jeho problematiky v akademické rovině. Výsledkem práce je zjištění přesností i chyb v rámci užívání pojmů z Formule 1 a prezentování intenzity užití slov v komentáři. V porovnání se sporty českého mainstreamu, práce nalezla klíčový rozdíl v pozici experta a také v technické náročnosti Formule 1, v důsledku čehož dochází ke zvýšení počtu pojmů a práce komentátorů je tím...
|
host ::
RSS.