|
|
Metody identifikace PHA produkujících bakterií
Skřivanová, Veronika ; Turková, Kristýna (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá testováním, optimalizací a porovnáním metod vhodných pro identifikaci bakterií produkujících polyhydroxyalkanoáty. V rámci práce byly využity metody kultivační a mikroskopické, kde byly bakteriální buňky barveny lipofilními barvivy Nilská červeň a Sudánová čerň. Dále byla využita průtoková cytometrie a metody spektroskopické, a to Ramanova spektroskopie a infračervená spektroskopie s Fourierovou transformací a také metody molekulárně biologické, kde byla analyzována přítomnost genu kódujícího PHA syntázu (phaC) pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). PCR test se skládá ze dvou reakcí, v první reakci je phaC gen amplifikován společně s 16S rRNA oblastí společnou pro všechny bakterie (multiplexní PCR). Druhá reakce je pak specifická pro PHA syntázu katalyzující biosyntézu mcl-PHA. Podle výsledků práce je při identifikaci PHA produkujících kmenů za účelem eliminace falešně pozitivních výsledků metod analyzujících genotyp a falešně negativních výsledků metod zkoumající fenotyp kombinovat oba přístupy. Jako velice perspektivní se jeví kombinace PCR pro stanovení přítomnosti phaC genu a následné analýzy přítomnosti PHA v bakteriálních buňkách. K tomuto účelu se nám nejlépe osvědčila Ramanova mikrospektroskopie, která je schopna zachytit i nízký obsah PHA v buňkách a zároveň nehrozí záměna PHA za jiné lipidické látky. Výsledky práce poskytují přehled testovaných metod, jejich výhody a nevýhody a také porovnání různých kritérií, dle kterých je možné vybrat metodu identifikace v závislosti na nastavených požadavcích.
|
|
| |
|
|
Příprava grafenu metodou CVD
Procházka, Pavel ; Kromka,, Alexander (oponent) ; Mach, Jindřich (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je převážně zaměřena na výrobu grafenových vrstev na měděné fólii metodou chemické depozice z plynné fáze (Chemical Vapour Deposition – CVD). Za tímto účelem byla dokončena a plně automatizována vysokoteplotní komora pro výrobu grafenu. Experimentálně bylo dosaženo výroby velkých ploch grafenu na měděné fólii. Provedené měření Ramanovým mikroskopem a rentgenovou fotoelektronovou spektroskopií dokázalo, že se jedná převážně o jednu vrstvu grafenu. Grafenová vrstva byla rovněž přenesena na nevodivý substrát.
|
|
|
Aplikace SPM při studiu a modifikaci ultratenkých vrstev Pt, Co a graphenu
Lišková, Zuzana ; Červenka,, Jiří (oponent) ; Bartošík, Miroslav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá vytvářením velmi tenkých vrstev a jejich studiem především pomocí metod rastrovací sondové mikroskopie. Pulzní laserovou depozicí byly nanášeny ultratenké vrstvy Pt na Pt(111) a atomárně svazkovým napařováním vrstvy Co na Pt(111). Tyto vrstvy měly pokrytí substrátu mnohem menší než činí jedna atomární vrstva (řádově setiny monovrstvy). Prostřednictvím těchto experimentů byla ověřována nukleační teorie tzv. Onset metodou. Dále byly připravovány graphenové vrstvy na povrchu Si/SiO2 mechanickým odlupováním z grafitového krystalu. Vyrobené graphenové vrstvy byly zkoumány mikro-Ramanovou spektroskopií, mikroreflektometrií, atomární silovou mikroskopií a příbuznými technikami. Tyto metody prokázaly, že nejtenčí vytvořené grafitové vrstvy byly složeny ze dvou graphenových monovrstev.
|
|
|
Deposition and analysis of DLC thin films
Rudolf, Miroslav ; Čech, Vladimír (oponent) ; Šikola, Tomáš (vedoucí práce)
Diploma thesis outlines the problems during preparation and analysis of DLC:H thin films. Many scientists have been interested in these films already for several decades. In the present time, many techniques exist for their preparation and analysis. The preparation of DLC has a significant influence on their characteristics and applications. There are many criteria how to examine the films. In this thesis, the DLC:H layers prepared on the crystalline silicon by the RF-PECVD method are discussed. Subsequently, the mechanical, tribological and optical properties have been investigated. The techniques as XPS, Raman spectroscopy, reflectometry, hardness and adhesion measurements have been employed. A part of the thesis deals with the modelling of DLC and DLC:H films from the first principles. The first-principle simulation software Abinit is used for this purpose. Abinit has been distributed under the GPL. The way of selection of input parameters has been studied with respect to the convergence of the results. Attention has been paid to computing the vibrational spectra in the middle of the Brillouin zone and the overall density of electronic states of DLC cluster in a cubic supercell. These data can be compared with results experimentally obtained from Raman spectroscopy and XPS of the valence band, respectively.
|
|
|
Analýza biologicky významných látek
Maděránková, Denisa ; Rychtárik, Milan (oponent) ; Roleček, Jiří (vedoucí práce)
V této diplomové práci jsou popsány vybrané metody Ramanovy spektroskopie jako je povrchově zesílená Ramanova spektroskopie a jednomolekulová Ramanova spektroskopie. Také jsou zde uvedeny základy numerických metod „Discrete Dipole Approximation“ a „Finite Difference Time Domain“ pro modelování optických vlastností mikro- a nanočástic, které se používají pro povrchově zesílenou Ramanovu spektroskopii a další nanospektrometrické metody. Je zde dále popsána základní instrumentace používaná pro měření Ramanových spekter. Experimentální část práce je zaměřena na numerické modelování jevu „photonic nanojet“ vznikající na zastíněné straně dielektrických mikročástic. Tento jev by bylo možné využít pro novou metodu konfokální mikroskopie se současným snímáním Ramanových spekter. Pro modelování byla použita metoda „Finite Difference Time Domain“. Druhá experimentální část práce obsahuje výsledky měření klasických Ramanových spekter beta-karotenu a povrchově zesílených Ramanových spekter beta-karotenu v suspenzi nanočástic.
|
|
|
Molecular modelling - Structure and Properties of carbene-based catalyst
Kulovaná, Eva ; Hermanová, Soňa (oponent) ; Richtera, Lukáš (vedoucí práce)
By using molecular modelling it is possible to predict the behaviour of new compounds and to help interpreting of the experimental data. The objective of the thesis was the prediction of selected properties of polymerization catalysts based on carbenes, the prediction of their structures and spectral characteristics and the study of the mechanism of the ring-opening polymerization of lactide. To confirm the behaviour of carbenes and their precursors based on chlorides selected characteristics of a molecule were studied. The calculation of selected molecular orbitals and electrostatic potential maps was made. Subsequently, bond distances and bond angles of selected imidazole and imidazoline compounds, “free” carbenes and their possible hydrolysis products were obtained by using computer programs. Data of structural similar compounds, which have already been characterized, were obtained from CCDC (Cambridge Crystallographic Data Centre) and were compared with the calculated data. Infrared and Raman spectra of the imidazole salt and the infrared spectrum of the appropriate carbene were measured. The measured spectra were compared with the predicted ones. For the better spectra interpretation the spectra of possible hydrolysis products were calculated. Subsequently, the mechanism of the ring-opening polymerization of lactide was investigated. Based on calculated energies of stationary points the novel mechanism of polymerization was suggested.
|
|
|
Ramanova spektroskopie biologicky aktivních látek a protinádorových léčiv
Třeštíková, Liběna ; Vetterl,, Vladimír (oponent) ; Vrána, Oldřich (vedoucí práce)
SERRS spektra biologických materiálů jsou velmi komplexní, neboť zahrnují dohromady signály všech přítomných molekul. Svoji pozornost jsem zaměřila zejména na SERRS spektra protinádorových látek a jejich komplexů s dvoušroubovicí DNA. Bylo studováno léčivo doxorubicin a jeho deriváty, jenž by mohly být využity při léčbě nádorových onemocnění. Doxorubicin, který patří do skupiny antracyklinových antibiotik, se již používá při potlačování bujení rakovinových buněk, ale hledají se nové možnosti léčby s vyšší efektivitou a s nižší úrovní nežádoucích účinků. SERRS představuje jednu z možností studia těchto látek a jejich interakcí s DNA.
|
|
|
Příprava grafenových vzorků pro experimenty v UHV podmínkách
Mareček, David ; Mach, Jindřich (oponent) ; Čechal, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce pojednává o elektrické vodivosti grafenu a přípravě grafenového polem řízeného tranzistoru. Teoretická část popisuje elektrické vlastnosti grafenu, jeho přípravu pomocí metody CVD a přenos na SiO_2. Experimentální část této práce se zabývá přípravou grafenového polem řízeného tranzistoru s velkou vzdáleností elektrod. Kapitola se věnuje návrhu držáku vzorku a přivedením kontaktů v UHV podmínkách. Poslední část popisuje naměření závislosti vodivosti grafenové vrstvy na hradlovém napětí se zřetelem na polohu Diracova bodu při úpravě vzorku v UHV podmínkách.
|
|
|
Příprava grafenových vrstev různými metodami a charakterizace jejich vlastností
Zahradníček, Radim ; Bartošík, Miroslav (oponent) ; Lišková, Zuzana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá výrobou grafenu různými metodami. Grafen byl připraven pomocí mechanické exfoliace a chemických metod. Oxid grafenu (GO) byl nejdřív připraven modifikovanou Hummersovou metodou a rozpuštěn v roztoku isopropylalkoholu. Následně byl redukován pomocí fotoredukce, UV záření a termické redukce. Vyrobené grafenové vzorky byly charakterizovány pomocí optické mikroskopie, elektronové mikroskopie, mikroskopie atomárních sil, Ramanovy spektroskopie a rentgenové fotoelektronové spektroskopie. Výsledky měření a zhodnocení kvality výroby grafenu jsou uvedeny z této práci.
|
host ::
RSS.