|
|
Funkce p53 proteinu v mitochondriích
Magdálková, Kateřina ; Stibůrek, Lukáš (vedoucí práce) ; Kalous, Martin (oponent)
P53 je známý především jako tumor supresorový faktor, který reguluje expresi množství genů účastnících se regulace buněčného cyklu, oprav DNA a buněčné smrti. Řadu procesů však reguluje i mimo jádro buňky svými na transkripci nezávislými aktivitami. Určité množství proteinu p53 se nalézá i v mitochondriích, kde přispívá k udržování integrity mitochondriálního genomu. Za apoptotických podmínek pak dochází k rapidní translokaci velkého množství proteinu p53 na vnější mitochondriální membránu, kde se účastní pro-apoptotické signalizace. Klíčová slova: p53, mitochondrie, mtDNA, apoptóza
|
|
|
Šíření kudlanky nábožné (Mantis religiosa) v Evropě
Vitáček, Jakub ; Janšta, Petr (vedoucí práce) ; Gvoždík, Václav (oponent)
Klimatické změny jsou jedním z hlavních faktorů určujících rozšíření živočichů. V Evropě jsme svědky šíření severním směrem u mnoha druhů hmyzu, které mají hlavní centrum rozšíření v mediteránní oblasti. Jedním z nich je i kudlanka nábožná (Mantis religiosa). Jde o jediný druh řádu Mantodea, který se vyskytuje i ve střední Evropě. Severní okraj evropského výskytu v současnosti prochází zhruba podél 53. rovnoběžky a právě zde tedy lze pozorovat jevy probíhající na okraji areálu. Ačkoliv jde o dobře známý druh, nebylo dosud věnováno mnoho pozornosti studiu jeho fylogeografie. Pro studium fylogeneze kudlanek nábožných byly zvoleny úseky tří mitochondriálních genů COI, COII a Cyt b. Výsledky provedených analýz ukazují tři statisticky dobře podpořené linie kudlanek v Evropě, které pravděpodobně odpovídají třem glaciálním refugiím, do nichž byly kudlanky zatlačeny v době posledního glaciálu a z nichž se po jeho skončení následně rozšířily. Jde o linii východoevropskou, západoevropskou a středoevropskou. Nízká haplotypová diverzita v populacích na severním okraji rozšíření ukazuje na nově vzniklé populace. Kvůli odlišnému typu dědičnosti jaderné a mtDNA byla zvolena též analýza čtyř mikrosatelitových lokusů, aby bylo možné porovnat výsledky získaných na nezávislých zdrojích genetických dat. Studium...
|
|
|
Fylogeneze vybraných rodů gekonů Mediteránu a přilehlých oblastí
Červenka, Jan
Fylogeneze vybraných rodů gekonů Mediteránu a přilehlých oblastí Jan Červenka disertační práce Abstrakt Disertační práce, jejímž základem jsou tři již publikované práce a jeden rukopis, je zaměřena na fylogenezi vybraných rodů gekonů z oblasti Mediteránu a oblastí přilehlých. Cílovou skupinu taxonů spojuje z morfologického hlediska absence přísavných lamel na prstech a z hlediska historie výzkumu skupiny také jejich předpokládaná blízká fylogenetická příbuznost. Na problematiku studovanou v této práci byly aplikovány především metody molekulární fylogenetiky s využitím sekvenčních dat získaných z mitochondriálních genů. Morfologické znaky, u ještěrů tradičně používané, byly zkoumány zejména v souvislosti s ekologií studovaných forem. Práce umožnila první podrobnější náhled na fylogenezi zkoumaných taxonů. Ze zjištěných výsledků vyplývá, že rod Cyrtopodion, dříve považovaný za monofyletický, monofylem není, neboť rody Bunopus a Agamura tvoří jeho vnitřní skupiny. Jeho podrod Mediodactylus tvoří monofylum, nikoli však blízce příbuzné ostatním zástupcům rodu a byl povýšen na samostatný rod Mediodactylus. Enigmatický a doposud poměrně málo prozkoumaný rod Carinatogecko tvoří se všemi svými zástupci vnitřní skupinu rodu Mediodactylus. Na základě vnější morfologie a ekologických charakteristik bylo též doporučeno...
|
|
|
Variabilita mitochondriální DNA u populací střední Evropy.
Veselá, Monika ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Cílem této diplomové práce bylo zhodnotit genetickou diverzitu mtDNA populací střední Evropy a posoudit, zda a jak souvisí s geografickými vzdálenostmi či jazykovou příslušností jednotlivých populací. Pro tento účel byly sekvenovány HVS-1 úseky mtDNA 194 jedinců rozdělených do 6 slovenských populací. Získané sekvence byly vyhodnoceny prostřednictvím základních parametrů genetické diverzity a porovnány s obdobnými daty publikovanými jinými autory (jednalo se o 4 798 sekvencí HVS-1 segmentu mtDNA 42 populačních celků střední Evropy). Intra-populační analýzy ukázaly na vysokou míru genové a nukleotidové diverzity jednotlivých populací, s patrným poklesem hodnot od severu k jihu. Nejvyšší míry genetické diverzity vykazovaly slovenské populace, nejnižší hodnoty pak byly zaznamenány pro populace chorvatské. Z výsledků ΦST vzdáleností je patrná jistá podobnost populací slovanských (Slovensko, Česká republika, Polsko, Slovinsko, Srbsko, Bosna a Hercegovina), germánských (Německo, Rakousko, Švýcarsko) a také některých skupin z Maďarska a Rumunska. Nejvzdálenější se jevily především populace Chorvatska, které se lišily téměř od všech populací zahrnutých do studie. AMOVA ukázala, že geografické členění populací vysvětluje rozložení genetické variability poněkud lépe než jazykové třídění. Na variabilitu mezi...
|
|
|
Mitogenomická fylogeografie a adaptivní evoluce norníka rudého Clethrionomys glareolus
Filipi, Karolína ; Kotlík, Petr (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Práce je součástí projektu sekvenování genomu a transkriptomu norníka rudého (Clethrionomys glareolus). Význam selekce v evoluci mitochondriální DNA (mtDNA) je předmětem časté diskuse; zatímco některé studie nenašly důkazy, že by selekce významně ovlivnila fylogeografii studovaných druhů, jiné studie naopak adaptivní evoluci mtDNA přikládají velký význam. Norník rudý je hlavním modelem, na kterém studujeme adaptaci na klimatické změny. Jako v případě jiných druhů byla dosud fylogeografie norníka hodnocena na základě variability malé části mtDNA. Cílem mé práce ale bylo osekvenovat celou kódující část mitochondriálního genomu zástupců hlavních linií mtDNA norníka s využitím Sangerovy metody a technologie Illumina, a na příkladu tohoto druhu zhodnotit význam selekce a adaptace v evoluci a fylogeografii. Ačkoli adaptivní evoluce v mtDNA patrně nehrála klíčovou roli při postglaciální kolonizaci Evropy, známky adaptace v mtDNA norníka nalézt můžeme - identifikovala jsem záměnu aminokyseliny s možným funkčním významem a některé populace nacházející se na okrajích areálu rozšíření (severním a jižním) vykazují signifikantní změny fyzikálně-chemických vlastností proteinů kódovaných v mtDNA. Klíčová slova: adaptace, molekulární evoluce, populační genetika, sekvence DNA, mitochondriální DNA, mtDNA, cDNA,...
|
|
|
Fylogeneze vybraných rodů gekonů Mediteránu a přilehlých oblastí
Červenka, Jan ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Moravec, Jiří (oponent) ; Gvoždík, Václav (oponent)
Fylogeneze vybraných rodů gekonů Mediteránu a přilehlých oblastí Jan Červenka disertační práce Abstrakt Disertační práce, jejímž základem jsou tři již publikované práce a jeden rukopis, je zaměřena na fylogenezi vybraných rodů gekonů z oblasti Mediteránu a oblastí přilehlých. Cílovou skupinu taxonů spojuje z morfologického hlediska absence přísavných lamel na prstech a z hlediska historie výzkumu skupiny také jejich předpokládaná blízká fylogenetická příbuznost. Na problematiku studovanou v této práci byly aplikovány především metody molekulární fylogenetiky s využitím sekvenčních dat získaných z mitochondriálních genů. Morfologické znaky, u ještěrů tradičně používané, byly zkoumány zejména v souvislosti s ekologií studovaných forem. Práce umožnila první podrobnější náhled na fylogenezi zkoumaných taxonů. Ze zjištěných výsledků vyplývá, že rod Cyrtopodion, dříve považovaný za monofyletický, monofylem není, neboť rody Bunopus a Agamura tvoří jeho vnitřní skupiny. Jeho podrod Mediodactylus tvoří monofylum, nikoli však blízce příbuzné ostatním zástupcům rodu a byl povýšen na samostatný rod Mediodactylus. Enigmatický a doposud poměrně málo prozkoumaný rod Carinatogecko tvoří se všemi svými zástupci vnitřní skupinu rodu Mediodactylus. Na základě vnější morfologie a ekologických charakteristik bylo též doporučeno...
|
|
|
Genetické vazby v okolí Rudého moře hodnocené pomocí mtDNA
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Rídl, Jakub (oponent)
Okolí Rudého moře je jedním z důležitých regionů, které nám umožňují poodkrýt stopy evoluce anatomicky moderního člověka. Kromě otázek souvisejících s jeho šířením z Afriky je tato oblast významná i z hlediska vzájemného vlivu afrických a arabských populací, které se po delším období vzájemné izolace a genetické diferenciace související s klimatickými změnami v pleistocénu a následným rozvojem námořních i pozemních tras v holocénu začaly dostávat do stále častějšího kontaktu. Ačkoliv byla v rámci této oblasti provedena již řada archeogenetických analýz, některé otázky týkající se pozdějšího vývoje zůstávají dosud nedostatečně zodpovězené, především z důvodu nedostatečného materiálového zastoupení. Tato práce je zaměřena na analýzu 200 sekvencí mtDNA čtyř súdánských populací - dvou populací kočovných pastevců Rašajda a Bedža žijící v těsném sousedství v okolí města Kassala a hovořící odlišnými jazyky a dvou populací z údolí Nilu žijící usedlým způsobem života. Prostřednictvím intrapopulační analýzy byla zjištěna mnohem vyšší diverzita u usedlých populací (v této práci jsou reprezentovány Núbijci a Araby). Při hodnocení interpopulační variability a genetických vzdáleností v rámci dalších 46 populací z oblasti Rudého moře bylo dále zjištěno, že ačkoliv žijí Rašajdové a Bedžové v současné době v těsném...
|
|
|
Dědičná mitochondriální onemocnění způsobená poruchou oxidativní fosforylace
Hanušová, Eva ; Ehler, Edvard (vedoucí práce) ; Pavlasová, Lenka (oponent)
Dědičná mitochondriální onemocnění způsobená poruchou oxidativní fosforylace Tato bakalářská práce se zabývá problematikou dědičných mitochondriálních onemocnění, která jsou způsobena poruchami funkce enzymů účastnících se procesu oxidativní fosforylace, jinak známé i jako OXPHOS komplex. Následující rešerše čtenáře seznámí s informacemi týkajícími se genomu a struktury mitochondrií, v nichž se OXPHOS komplex uskutečňuje, a také se složením a průběhem tohoto komplexu. Uvádím zde i základní fakta o možných mutacích jaderné a mitochondriální DNA, které negativně ovlivňují funkčnost OXPHOS komplexu nebo i samotnou biogenezi mitochondrií. Práce má za cíl shrnout aktuální data o jednotlivých onemocněních - o jejich klinických projevech, etiopatogenezi, možné léčbě a prevenci a výskytu v populaci. Klíčová slova: dědičnost, mtDNA, mitochondriální onemocnění, OXPHOS komplex
|
|
|
Mitochondriální RNA v savčích buňkách
Balvín, Sebastian ; Ježek, Petr (vedoucí práce) ; Magner, Martin (oponent)
Mitochondrie je důležitá organela, zajišťující energetický metabolizmus buňky a účastní se signalizace, buněčného cyklu a programované smrti. Její patologie způsobují mnoho chorob. V mitochondrii stejně jako v jádře probíhá replikace, transkripce a translace, i když mtDNA kóduje jen třináct genů. Tyto děje jsou ovšem odlišné od těch jaderných, stejně jako mitochondriální DNA a RNA. Mitochondriální DNA je cirkulární a obě vlákna se replikují odděleně. Mitochondrie tvoří polycistronní transkripty, které musí být následně sestřihovány pomocí tRNA. Mitochondriální ribozom se vyvinul z prokaryotického, obsahuje ale jen asi polovinu rRNA a tu nahrazuje ribozomálními proteiny. Těch má dokonce více než mnohem větší eukaryotický cytoplazmatický ribozom. Tato práce je zaměřena na aktuální téma molekulární genetiky mitochondrií: mitochondriální rRNA a tedy i ribozom, především pak na jeho skládání. Při něm interagují mitochondrální rRNA s jaderně kódovanými proteiny ve složitém procesu, který se nejspíše odehrává na membráně v blízkosti nukleoidu. Porozumění tomuto procesu může pomoci v léčbě mnoha mitochondriálních patologií.
|
|
|
Fylogeografie a vnitrodruhová variabilita zlatohlávka Potosia cuprea
Fuchsová, Aneta ; Šípek, Petr (vedoucí práce) ; Růžička, Jan (oponent)
Diplomová práce se zabývá vnitrodruhovou variabilitou zlatohlávků druhového komplexu Potosia cuprea (Fabricius, 1795), který představuje komplex taxonů na druhové a poddruhové úrovni. Zlatohlávci tohoto druhového komplexu patří mezi nejvariabilnější palearktické zlatohlávky vůbec. Taxony spadající do tohoto komplexu vytváří řadu poddruhů, ras a chromatických variet, které byly, ale i stále jsou vnímány různými autory odlišným způsobem. Taxony zahrnuté do analýz pocházejí především ze západopalearktické oblasti, přičemž hlavní důraz byl kladen na evropské druhy a poddruhy. Cílem práce je s použitím molekulárně genetických metod ověřit opodstatnění jejich druhového či poddruhového statutu. Celkem byly získány sekvence dvou mitochondriálních genů (cytochrom B a cytochromoxidáza I) u 14 taxonů druhového komplexu Potosia cuprea a tří příbuzných druhů P. angustata (Germar, 1817), P. fieberi (Kraatz, 1931) a P. marginicollis (Ballion, 1870). Molekulární analýzy založené na datasetu COI a konkatenátu CytB a COI odhalily existenci "evropského" kládu P. cuprea, který zahrnuje poddruhy Potosia cuprea bourgini (Ruter, 1967), P. c. brancoi (Baraud, 1992), P. c. cuprea (Fabricius, 1775), P. c. metallica (Herbst, 1790) a P. c. obscura (Mikšić, 1954), do kterého dále zapadají dva sibiřští zástupci ssp. metallica a...
|
host ::
RSS.