|
|
Vztah fyziologických a optických vlastností listu k projevům napadení olše lepkavé (Alnus glutinosa) patogenem Phytophtora × alni
Oramová, Viktorie ; Lhotáková, Zuzana (vedoucí práce) ; Tomášková, Ivana (oponent)
Napadení olše lepkavé (Alnus glutinosa) patogenem P. × alni je současný problém, který zapříčiňuje úbytek olšových porostů a narušuje břehové ekosystémy. K šíření "fytoftorového onemocnění" dochází vodou, hostitel je infikován skrze kořenový systém a patogen napadá vodivá pletiva. V důsledku onemocnění strom postupně přichází o kořenový systém, objevují se mokvající léze na kmeni, dochází k defoliaci a nevyhnutelně i smrti jedince. Jediným řešením vzniklé situace jsou preventivní opatření zabraňující dalšímu šíření a opatrná likvidace napadených olšových porostů. Cílem této práce je nahlédnout do vztahu olše a P. × alni v kontextu fyziologických změn reflektovaných v listoví napadeného jedince. Za použití neinvazivních metod byly měřeny funkční znaky listoví, fluorescence chlorofylu a optické vlastnosti olše lepkavé vystavené působení P. × alni (inokulace do půdy či potvrzený výskyt patogenu v přírodních podmínkách). Výsledky komorových experimentů naznačují, že průměrné hodnoty měřených parametrů se v počátečních fázích infekce signifikantně nemění, ovšem dochází k rozšíření rozptylů hodnot u napadených jedinců. Testovali jsme, zda do projevu infekce ve funkčních znacích a fluorescenčních parametrech listoví zasáhne faktor genetického původu olše (česká a norská provenience), zvýšené koncentrace...
|
|
|
Novel therapeutic targeting of the quorum sensing transcriptional regulation in multi-antibiotic resistant bacterium Staphylococcus aureus
Maďarová, Anna ; Maloy Řezáčová, Pavlína (vedoucí práce) ; Cherepashuk, Ivan (oponent)
Hrozba antimikrobiální rezistence vůči antibiotikům je považována za tikající bombu, avšak navzdory tomu počet nově vynalezených antibiotik strmě klesá. Každoročně si infekce způsobené multi- rezistentními bakteriemi vyžádají více než 4.95 milionů lidských životů, což dokazuje, že tato krize naléhavě vyžaduje nový přístup v léčbě. Řešení by mohlo spočívat v cílení na bakteriální transkripční regulátory, které jsou často zodpovědné za produkci virulentních faktorů a zároveň mohou být i velice druhově specifické. Tak je tomu i v případě nejrozšířenější multi-rezistentní bakterie Staphylococcus aureus, jejíž virulence je úzce spjata s transkripční regulací systému ,,quorum sensing". Cílem této bakalářské práce je shrnout současné poznatky o klinicky relevantních transkripčních regulátorech spojených s tímto systémem (AgrA, SarA, SarR, MgrA, Rot), se zaměřením na jejich 3D struktury, mechanismus působení a inhibici. Klíčová slova: bakteriální rezistence k antibiotikům, transkripční regulátory, quorum sensing, Staphylococcus aureus
|
|
|
Algorithms for integration of single-cell transcriptomic data
Ševčovičová, Zuzana ; Kolář, Michal (vedoucí práce) ; Abaffy, Pavel (oponent)
Transkriptomika jednotlivých buněk je inovativní technika, která umožňuje zkoumat genovou expresi jednotlivých buněk v tkáních či jiných komplexních biologických vzorcích. Data získaná tímto přístupem přinášejí zásadní poznatky v různých biologických oblastech, jako jsou například embryologie, onkologie či imunologie. Skutečné pochopení fungování a vzájemných interakcí jednotlivých buněk v rámci tkání vyžaduje znalost jejich individuálních expresních profilů. Vzhledem k novosti této metodiky a technickým výzvám při generování dat může být porovnání různých vzorků obtížné a ovlivněno různými dávkovými efekty. Efektivní srovnání informací získaných ohledně genové exprese v odlišných biologických replikátech nebo v technických rep- likátech generovaných různými metodami může být náročné. Vývoj bioinformatických přístupů k vyřešení tohoto problému stále probíhá. Cílem této práce je: 1. Provést průzkum stávajících řešení pro integraci dat z transkriptomiky jednotlivých buněk, 2. porovnat tato řešení s použitím veřejně dostupných souborů dat, konkrétně mononukleárních buněk periferní krve, a 3. vybrat nejvhodnější metodu integrace, která bude použita pro soubor dat...
|
|
|
Analýza protilátek proti HLA antigenům metodou luminex u pacientů před a po transplantaci ledviny
Holoubková, Renata ; Jankovičová, Karolína (vedoucí práce) ; Andrýs, Ctirad (oponent)
Tato práce se zaměřuje na zvládnutí techniky vyšetření anti-HLA protilátek pomocí multiplexové metody Luminex. Cílem bylo osvojit si práci s analyzačním softwarem, který umožňuje vyhodnocování specifit a hladin jednotlivých anti-HLA protilátek v sérech pacientů před a po transplantaci ledviny. Zároveň byly posouzeny cut-off hodnoty pro screeningové vyšetření anti-HLA protilátek u souboru hodnocených pacientů. Dále byla provedena analýza senzibilizace vůči jednotlivým HLA antigenům u skupiny pacientů, kteří měli nízkou hladinou protilátek. V teoretické části této práce jsem se zabývala hlavním histokompatibilitním systémem (HLA systém) a jeho významem v transplantologii. Dále jsem se zaměřila na problematiku transplantační imunity a na principy aloreaktivity a rejekcí. V textu jsem rozebrala vznik a význam HLA protilátek a dále jsem se zabývala různými metodikami analýzy anti-HLA protilátek, zvláště multiplexovou metodou Luminex. V experimentální části, kterou jsem vykonala na oddělení Klinické imunologie a alergologie v Hradci Králové, jsem prováděla analýzu protilátek namířených proti HLA antigenům I. a II. třídy pomocí multiplexové metody Luminex. U obou HLA tříd byly sledovány hodnoty indexů screeningových vyšetření. U pozitivních hodnot indexů byly v následném typizačním vyšetření sledovány...
|
|
|
Plant defence against arsenic toxicity: a key role of arsenate reductase?
Jurčíková, Martina ; Mašková, Petra (vedoucí práce) ; Hála, Michal (oponent)
Arzén v jeho rozličných formách je jedným z najtoxickejších environmentálnych kontaminantov, ktorý je taktiež prijímaný rastlinami a dokáže ovplyvniť ich vitalitu. Rizikovou kategóriou sú kultúrne plodiny, u ktorých As kontaminácia znižuje celkový výnos a v dôsledku toho sa As dostáva do potravového reťazca. Jeho anorganické (arzenit a arzenát) a organické (methylované) formy sú prijímané koreňmi a rhizómami, kde sa buď môžu akumulovať, alebo sú translokované a následne hromadené v nadzemných častiach. Arzenátreduktáza je enzým, ktorý katalyzuje redukciu arzenátu na arzenit, čím ovplyvňuje nielen celkovú toxicitu As v rastline, ale aj jeho transport medzi podzemnými a nadzemnými orgánmi a detoxifikáciu. Súčinnosť jednotlivých mechanizmov príjmu, translokácie a detoxifikácie As však nie je dopodrobna preskúmaná. Cieľom tejto bakalárskej práce bolo analyzovať a porovnať význam arzenátreduktázy v týchto procesoch na modelovom organizme Arabidopsis thaliana, na kultúrnej plodiny ryži a u hyperakumulátora arzénu Pteris vittata. Rozličná tolerancia horeuvedených organizmov voči As a ich rozdiely v prednostnom mieste ukladania As v listoch alebo v semenách by mohli byť využité pre rozličné účely, ako napríklad pri fytoremediácii As-kontaminovaných pôd, alebo pri selekcii rastlín s cieľom obmedzenia príjmu...
|
|
|
Badatelsky orientovaná výuka zaměřená na hlukové znečištění způsobené dopravou
Gonzálezová, Natálie ; Jelen, Jakub (vedoucí práce) ; Matějček, Tomáš (oponent)
Bakalářská práce je zaměřena na výuku problematiky vlivu dopravy na gymnáziích. Konkrétně se zaobírá jedním z předních negativních vlivů, a to hlukovým znečištěním, které je s rostoucím objemem dopravy stále větším problémem. Cílem práce je vytvořit a realizovat lekci na toto téma formou badatelsky orientované výuky. Žáci se naučí přibližné hodnoty hluku měřit, zjistí, jaké má dopady a vymyslí, jaké kroky podniknout ke zlepšení situace. Lekce bude pilotně ověřena žáky Střední průmyslové školy zeměměřické a Geografického gymnázia Praha. Teoretická část podrobněji vysvětluje problematiku hlukového znečištění, popis badatelsky orientované výuky a její zasazení do vyučování. V praktické části jsou připraveny podklady k výuce a důkladná metodologie, která slouží jako návod učitelům, kteří by lekci chtěli aplikovat ve svých hodinách. Následně je popsán průběh lekce na Geografickém gymnáziu a reflexe výuky z pohledu učitele i žáků. Na základě ověření znalostí žáků před a po výuce se ukázalo, že mají o problematice větší přehled, ve zpětných vazbách žáci ocenili hlavně práci v terénu, vytváření a ověřování hypotéz a závěrečnou diskuzi, ze které bylo patrné, že si žáci důsledky hluku uvědomují a mají motivaci přispívat ke zlepšení situace. Klíčová slova badatelsky orientovaná výuka, Geografické gymnázium,...
|
|
|
Molecular mechanisms of Bardet-Biedl Syndrome
Mašková, Kristýna ; Huranová, Martina (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Bardet-Biedlův syndrom (BBS) je vzácné genetické onemocnění řazené mezi ciliopatie, což je skupina onemocnění souvisejících s primární dysfunkcí cilií. Primární cilie, také známé jako buněčné antény, hrají zásadní roli při vnímání extracelulárních podnětů a jejich přenosu prostřednictvím různých signálních kaskád. Správná funkce cilií signalizace závisí na mnoha ciliárních proteinech, přičemž osm z nich formuje komplex BBSome. BBSome se podílí na transportu proteinů do a z cilií. Mutace v genech kódujících BBSome vedou k BBS. Mezi těmito geny je i BBS1, který kóduje podjednotku BBS1, která je ve srovnání s ostatními podjednotkami výrazně mutována. Tato práce se zaměřuje na podjednotku BBS1 a jejím cílem je pak prozkoumat molekulární mechanismy, které jsou základem tří specifických pacientských mutací lokalizovaných v BBS1: M390R, E224K, R160Q. V první části práce jsme ověřili expresi těchto vybraných variant BBS1 a zkoumali jejich účinky na expresi dalších podjednotek BBSomu. Pozorovali jsme snížené hladiny exprese podjednotek BBS4 a BBS5 v přítomnosti mutací M390R a E224K. Za druhé jsme hodnotili formování BBSomu v kontextu těchto mutací. Popsali jsme, že mutace R160Q nenarušila sestavení BBSomu, zatímco formování BBSomu bylo vážně narušeno v přítomnosti varianty M390R a pak částečně narušeno u...
|
|
|
Mechanisms of membrane protein quality control in the endoplasmic reticulum
Jirout, Matěj ; Stříšovský, Kvido (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent)
Integrální membránové proteiny (IMP) procházejí rozsáhlou kontrolou kvality (QC) v endoplazmatickém retikulu (ER), aby se udržela proteostáza a integrita proteomu ER. Ribosomální kontrola kvality proteinů asociovaná s ER (ER-ribosome-associated protein quality control; ER-RQC) reaguje na zastavení ribozomů během translokace a pomáhá uvolnit ucpaný translokon. Degradace proteinů asociovaná s ER (ER-associated degradation; ERAD) cílí špatně sbalené IMP k proteasomální degradaci. IMP odolné vůči ERAD jsou degradovány pomocí různých ER-fagických drah, souhrně označovaných jako ELRAD (ER-to-lysosome associated degradation). Koordinaci těchto mechanismů zajišťuje odpověď na špatně sbalené proteiny (unfolded protein response, UPR), ačkoli receptory UPR nejsou s největší pravděpodobností aktivovány aberantními IMP, protože všechny tyto mechanismy fungují i jako mechanismy kontroly kvality ER-luminárních proteinů.
|
|
|
Silencing of Transposable Elements in Plants and Implications for Rationalised Transgene Design
Tobiáš, Andrej ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Moravec, Tomáš (oponent)
(česky) Transponovatelné elementy (TE) jsou nedílnou součástí všech rostlinných genomů. Jejich schopnost změnit svoji pozici, tedy transponovat, jim umožňuje množit se a navozovat mutace, což po miliardy let pohání evoluci vpřed. Ačkoliv jsou TE důležité, jejich ničím nekontrolovaná transpozice může vést k nevratnému poškození genomu. Rostliny proto vyvinuly speciální umlčovací mechanismy, které aktivitu TE regulují a umožňují rostlině využívat jejich mutagenní potenciál, tím že je po jejich transpozici mohou přetvořit v genomické novinky. Mechanismy umlčování převážně působí na epigenetické/transkripční úrovni, kde cíleně zavádějí methylaci DNA nebo histonů, jako je například RNA-dependentní DNA metylační dráha (RdDM). Na posttranskripční úrovni pak cíleně degradují mRNA, což je známé jako posttranskripční genový silencing (PTGS). Tyto silencing mechanismy se postupem času také staly vysoce účinnými v rozpoznávání přirozených i umělých transgenů. Rozpoznání a následné umlčení transgenů snižuje účinnost transgenoze a tím i úspěšnost vývoje geneticky modifikovaných organismů (GMO). Důkladný výzkum těchto umlčovacích drah a TE může vést k lepšímu porozumění toho, co tyto dráhy považují za své cíle. Tato znalost může být využita pro racionalizované navrhování transgenů a lepší vývoj GMO. V tomto textu...
|
|
|
Období třetí Československé republiky v kontextu mezinárodních smluv a mezinárodní politiky
Czapek, Alexandr ; Kuklík, Jan (vedoucí práce) ; Blažek, Lukáš (oponent)
Shrnutí Období třetí Československé republiky v kontextu mezinárodních smluv a mezinárodní politiky Diplomová práce Období třetí Československé republiky v kontextu mezinárodních smluv a mezinárodní politiky se dělí celkem na pět kapitol. V první kapitole, resp. její teoretické části autor nejprve vymezuje sledované období let 1938-1948 a následně definuje právní instituty, se kterými v práci pracuje. V druhé kapitole diplomové práce autor popisuje období tzv. druhé republiky a jejího politického vývoje. Ve třetí kapitole diplomové práce autor popisuje činnost československých orgánů v zahraničním exilu. V rámci této kapitoly rozebírá kroky zahraničního odboje, směřující československé exilové vlády a proces vedoucí k oduznání Mnichovské dohody. V poslední části této kapitoly se autor věnuje vlivu komunistických poslanců na zahraniční odboj, zlepšení vztahů se Sovětským svazem, cestě prezidenta Beneše do Moskvy a sjednání spojenecké smlouvy mezi Československem a SSSR. Ve čtvrté kapitole diplomové práce se autor dopodrobna věnuje tzv. Postupimské konferenci. Autor zde nejprve popisuje vytvoření Národní fronty dle Košického vládního programu, následně se věnuje česko-německým vztahům v historickém kontextu a poté rozebírá československou cestu k Postupimské konferenci a vývojem československých požadavků na...
|
host ::
RSS.