|
|
Mutation Screening in Familial Cardiovascular Diseases
Čapek, Pavel ; Brdička, Radim (vedoucí práce) ; Gregor, Pavel (oponent) ; Baxová, Alice (oponent)
Úvod: Hypertrofická kardiomyopatie je vrozené srdeční onemocnění s autozomálně dominantním typem dědičnosti a neúplnou penetrancí. Se znalostí odpovědných genů, schopností detekovat genetické změny, které jsou podkladem vzniku tohoto onemocnění, a studiem funkční analýzy defektních proteinů, můžeme stanovit, zda konkrétní genotypy vedou ke vzniku odlišných fenotypových projevů hypertrofické kardiomyopatie. Cíle práce: Analyzovat mechanismy vzniku hypertrofické kardiomyopatie u českých pacientů postižených tímto onemocněním z molekulárně genetického hlediska (geny MYH7, TNNT2), až po funkční analýzu 3D molekulárního modelu defektního proteinu těžkého řetězce β-myosinu in silico. Dalším cílem práce bylo studium možnosti snížení tvorby zánětlivých agregátů v kardiovaskulárním systému u pacientů s diabetem mellitem 2. typu. Studie prověřovala možnosti terapeutického ovlivnění vybraných kardiovaskulárních rizik u pacientů s hypertrofickou kardiomyopatií, současně trpících diabetem mellitem 2. typu. Obě tyto skupiny pacientů jsou ohroženy podstatně vyšším rizikem vzniku kardiovaskulárních onemocnění vzhledem k vývoji předčasné aterosklerózy. Materiál a metody: Do studie genu MYH7 bylo zařazeno 170 probandů. Vzorky DNA těchto jedinců byly podrobeny mutačnímu screeningu (PCR, sekvenční analýza)...
|
|
|
Význam neolitické expanze ve střední Evropě - posouzení fylogenetického stáří mtDNA haploskupin u české populace.
Priehodová, Edita ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent)
Zemědělství, resp. první kultury neolitu, vznikly na Předním východě před více než 10 000 lety. Neolit, jakožto nový životní styl s naprosto odlišným archeologickým projevem, pak rychle pronikal do jihovýchodní Evropy. Ve střední Evropě jsou první doklady neolitických kultur staré již 7 000 let. Uvažuje se o tom, že tato kulturní inovace ovlivnila do značné míry i demografický růst na zemědělství se podílejících populací. Za takové situace by ale muselo docházet k fixaci nových mutací, které by mohly vytvořit nové, pro Evropu specifické haploskupiny, jejichž ancestrální vazby by se nacházely na Předním východě. Fylogeografické studie evropských a předovýchodních mtDNA sekvencí zjistily, že se na evropské neolitické komponentě podílejí převážně haploskupiny J a T1, a že příspěvek nově příchozích zemědělců do celoevropského genofondu činí zhruba 10 - 20 %. V jednotlivých částech Evropy ale takové výzkumy povětšinou aplikovány nebyly. Cílem této diplomové práce je určit které klady haploskupin J a T1 by se na neolitické expanzi ve střední Evropě mohly podílet. Tyto haploskupiny jsme určili z D-loop oblasti mtDNA u souboru 281 vzorků současné populace České republiky. 36 sekvencí J a T1 mtDNA haploskupin jsme spolu s dříve publikovanými 124 sekvencemi haploskupiny J a 40 sekvencemi haploskupiny T1 z...
|
|
|
P-selektin-nový protein hemostáze
Hrachovinová, Ingrid ; Brdička, Radim (vedoucí práce) ; Kvasnička, Jan (oponent) ; Penka, Miroslav (oponent)
P-selektin - nový protein v hemostáze RNDr. Ingrid Hrachovinová ABSTRAKT P-selektin je znám.jako adhezivní glykoprotein se vztahem k zánětlivé reakci organismu. První práce o možném vztahu P-selektinu ke krevnímu srážení byly publikovány v polovině devadesátých let. Popisovaly pokusy, kde inhibující protilátky P-selektinu způsobily blokování vzniku fibrinu a potlačily růst krevních sraženin. Bylo prokázáno, že P-selektin zvyšoval expresi tkáňového faktoru (TF) na monocytech. K potvrzení úlohy P-selektinu v hemostáze také přispělo naše zjištění, že nadprodukce solubilního P-selektinu (sP-sel) vede k hyperkoagulačnímu stavu krevní plazmy. Ve své disertační práci jsem se zabývala patofyziologií sP-sel a funkcí mikropartikulí s navázaným TF. Podrobnou studií účinku sP-sel jsme zjistili, že za hyperkoagulační stav plazmy jsou zodpovědné prokoagulační mikropartikule (MPs), z nichž část nese na svém povrchu TF. Potvrdili jsme, že nedávno popsaný "blood-borne TF", tj. cirkulující aktivní TF, může být indukován sP-sel. Produkce MPs byla potlačena "inhibující" protilátkou proti PSGL-1, což je transmembránový receptor P-selektinu přítomný na monocytech a granulocytech. Tím jsem prokázala, že MPs se rekrutují z monocytárních buněk při vazbě P-selektinu na receptor PSGL-1. Zjištěných skutečností, že sP-sel produkuje...
|
|
|
Genetic factors in aetiology and phatogenesisof low gamma-glutamyltransferase cholestasis and hereditary jaundice
Cebecauerová, Dita ; Jirsa, Milan (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Macek, Milan (oponent)
Souhrn (Česky) Identifikace genů kódujících hepatocelulární přenašeče a funkční charakterizace jednotlivých proteinů v posledním desetiletí umožnily vedle zrychlení a zpřesnění diagnostického procesu cholestázy i bližší studium regulace genové exprese a tím potenciální možnosti jejího ovlivnění. Tato práce ilustruje současný pokrok na poli geneticky podmíněných cholestáz a zaměřuje se na cholestázy s nízkou hladinou gammaglutamyltransferázy (γGT) a dědičně podmíněné žloutenky. Studie popisuje různé poruchy transportního systému hepatocytů, charakterizuje mutace a jejich fenotypické následky a rozšiřuje tyto analýzy o podrobnou charakterizaci regulačních oblastí genu ATP8B1. Oddíly týkající se cholestáz s nízkou hladinou gammaglutamyltransferázy - popisují vzácný nalezený typ inserčně-deleční mutace asociované s benigním průběhem progresivní familiární intrahepatální cholestázy 1. typu a diskutují možný mechanismus vzniku mutace a její pravděpodobný vliv na funkci proteinu FIC1. - shrnují rozsáhlou genetickou analýzu pacientů se závažnou formou progresivní intrahepatální cholestázy 2. typu, podmíněnou mutacemi v BSEP (Bile Salt Export Pump). Studie se zabývá korelací genotypu a fenotypu u 109 postižených rodin, diskutuje vliv jednotlivých mutací, zejména typ, lokalizaci a stupeň konzervace, na...
|
|
|
Fetální hemoglobin u pacientů s myelodysplastickým syndromem.
Staňková, Nora ; Beličková, Monika (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent)
4 Abstrakt Cíl Stanovení exprese gama globinového genu HBG1 u pacientů s myelodysplastickým syndro- mem (MDS) v pluripotentních hematopoetických buňkách CD34+ a souvislost výše exprese genu HBG1 s jednotlivými podtypy onemocnění MDS. Dále detekce bodových polymorfis- mů rs 4671393 a rs 11886868 u těchto pacientů a u zdravých dárců české populace a zjištění souvislosti mezi výskytem výše uvedených polymorfismů a zvýšenou expresí genu HBG1, jak bylo u některých hematologických onemocnění prokázáno. Soubor Zdrojem genetického materiálu pro zjištění exprese genu HBG1 bylo 80 vzorků RNA vyizo- lovaných z hematopoetických pluripotentních CD 34+ buněk pacientů s MDS. Jako vzorky zdravé kontroly bylo použito 6 vzorků komerčně zakoupených buněk CD 34+ od firmy Lonza. Zdrojem genetického materiálu pro detekci polymorfismů bylo 140 vzorků DNA vyizolované z granulocytů pacientů s MDS a dále 49 vzorků DNA vyizolované z granulocytů periferní krve od zdravých dárců české populace. Metody Pro stanovení exprese genu HBG1 i detekci bodových polymorfismů byla využita metoda Real-Time PCR. Ke zjištění výše exprese byl využit Taqman Gene Expression Assay a výsledky byly hodnoceny pomocí komparativní metody ΔΔCT. Pro detekci bodových polymorfismů byl využit TaqMan Genotyping Assay. Výsledky Zvýšená exprese genu HBG1 se...
|
|
|
Mitochondriální genom v ontogenezi
Töröková, Petra ; Brdička, Radim (vedoucí práce) ; Černý, Viktor (oponent)
Hlavním cílem této práce bylo porovnání sekvence HVRII oblasti mitochondriálního genomu ve vzorcích pupečníkové krve a buněk dutiny ústní stejných jedinců odebrané v průměru 10 let od narození. Je známo, že během ontogeneze probíhají v lidském genomu změny. O to více v mitochondriálním genomu, který vykazuje vyšší mutační rychlost a navíc o něj nepečují opravné mechanismy. Ve starších jedincích byla nalezena celá řada mitochondriálních odchylek nahromaděných v různých tkáních v průběhu ontogeneze. Tato práce se však zaměřuje na detekci těchto změn již u mladších jedinců. Tkáňově specifická variabilita vznikající během ontogeneze může mít nepříznivý dopad na nejrůznější studie, které se opírají o mtDNA. Vzhledem k tomu, že vzorky souboru byly odebrány ve dvou z hlediska životního prostředí odlišných regionech (Teplice / Prachatice), byly vzorky s nalezenými změnami porovnány z hlediska regionu, ze kterého pocházely, ve snaze prokázat vliv životního prostředí na mutagenezi mitochondriální DNA. Vzorky byly také srovnány z hlediska pohlaví. Dále byla zhodnocena variabilita souboru české populace a vypočten odhad genetické diverzity. Klíčová slova: mitochondriální DNA, HVRII oblast, ontogeneze, polymorfismus
|
|
|
Gene flow and its consequences for microevolution in Taraxacum (Asteraceae)
Marván, Richard ; Vančata, Václav (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Lhota, Stanislav (oponent)
Souhrn Mikrosatelity(SIR,)se vyskytujív hojnémpočtuv genomechvšechŽijícíchorganismů,kde jsou téměřrovnoměrněrozmÍstěny,tudížjako analytickýchmarkerŮjich lze využÍtprakticky pro jakýkolivgenetickýúčeLNěkteréSIR /okusyvykazujíextrémněvysokou alelickou variabilitu.Jsou obecně snadno izolovatelnéi z velmiomezenéhozdroje DNA a rychlereplikovatelnépolymerázovou řetězovou reakcÍ(PCR) Díky svým mimořádným vlastnostemse sťa/yatraktivníma populárnÍm nástrojemv mnoha biologickýchaplikacích,Jádro diseftačnípráce tvořípět kapitolpředstavujÍcÍch projekty,v nichžjsme studovaliautozomálnínebo na chromozomY vázané STR lokusy' NašecÍle bylynásledujÍcÍ:(i)Prozkoumatalelickéfrekvencev souboruautozomálníchSTR markerŮ,odhadnout standardnÍpopulačněa forenzněgeneticképarametrya provéstmezipopulačnÍsrovnánÍalelických frekvencÍ;(ii) navrhnout pŮvodnÍ Y_chromozomálnÍSTR multiplex sysÍémk analýze vysoce polymoffníchlokusůa vyhodnotitjej s ohledemna možnévyužitÍpro forenzněa populačněgenetické účely;a (iii)uskutečnitprunÍstudiiu skupinydruhuPan paniscus,v nÍžby kombinacebehaviorálních údajŮo samčÍsociálnÍhierarchiia samčÍmúspéchuv pářenÍa paternitnÍchdat umožnilaprověřit Vzorec vztahŮ mezi těmito proměnnými a následně zhodnotit možnédŮsledky stanovených přÍbuzenskýchvztahŮpro chovná opatřeníve skupině.S těmitozáměry...
|
|
|
Molekulárně biologické aplikace v archeologickém a antropologickém kontextu
Urbanová, Markéta ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Brůžek, Jaroslav (oponent)
135 Závěr Jedním z cílů této studie bylo zavedení a optimalizace laboratorních protokolů izolace a typizace aDNA molekuly. U tří vybraných kosterních souborů se sledovaly atributy - pohlaví, přítomnost specifické DNA patologické bakterie a příbuznost. V průběhu studia aDNA jsme vymýšleli a optimalizovali jednotlivé postupy, které ve výsledku vedly k ohodnocení pohlaví nedospělých jedinců z Mikulčic a potvrzení přítomnosti Mycobacterium leprae na kostrách dvou jedinců ze Žatce. Obě výše uvedené lokality spadají do období raného středověku. Pohlaví bylo možno genetickými přístupy určit pro 78,7% jedinců souboru. Byl zaznamenán signifikantně vyšší výskyt mužských jedinců oproti ženským a to v poměru 24:13. Tyto výsledky byly porovnány s výsledky studie, která se zaměřila na morfoskopické hodnocení kosti pánevní a dolní čelisti. Vysoká shoda obou přístupů velmi pravděpodobně vypovídá o vysoké autenticitě izolované aDNA tohoto souboru. Na dvou jedincích se znaky deformit na kosterním materiálu byla úspěšně detekována část DNA specifická pro druh Mycobacterium leprae a tím i potvrzena předem vyslovená domněnka o příčinném vztahu této bakterie k zaznamenaným kostním deformitám. U posledního souboru se i přes řadu různých optimalizací laboratorních postupů nepodařilo na základě studia genetické příbuznosti pomocí...
|
|
|
Změny tělesného složení obézních dětí během redukčního procesu. Studium vybraných kandidátních genů pro obezitu a jejich asociací s antropometrickými a biochemickými parametry.
Zamrazilová, Hana ; Bláha, Pavel (vedoucí práce) ; Štich, Vladimír (oponent) ; Brdička, Radim (oponent)
1. Abstrakt fvod: Prevalenceobezitydosahlab€hemposlednichdvacetilet takov;ichrozmEr&,Zeje bdZnd nazyvtnapandemii.Z hlediskazdravotnichrizik a komplikacis obezitouspojenfchsejako velmi ziyahnyjevifakt,Zetentostoupajicitrendje markantnfiv ddtskdpopulaci.Studieprokazujijasn6 souvislostimezi dasnouobezitoua obezitoupfetrv6vajicido dospdlosti,mnoZstvimviscer6lniho tuku,kardiovaskul6rnimrrrzilq,diabetem2. typu,hypertenziahyperlipidemii. Cile: Zjistit hmotnostnizmdnyazmEnyv tdlesnemsloZeniu ddtiabsolvujicich5-6tydenniledebnd redukdnipobyt. PorovnatmnoZstvitdlesnehotuku stanovendhoantropometrickfmimetodamia metodouDEXA. Zhodnotitvybrandbiochemickda hormonillniparametrycharakterizujicilipidovi a gluk6zovf metabolismusu obdznichddti. PorovnathodnotyIGF-I a IGFBP3 u obdznicha Stihlfchddti.Zjistit vliv polymorfismfiProl0l9Pro, Ser343Sera Gln223Argv genuproLEPRa polymorfismuLeu162Valv genu pro PPARalfana parametrysledovandv prubdhuredukdniho programu. Metodikaa soubor:Do studiebyly zahrnutydEtive vEku7-18 let(345divek,180chlapc&),ktere seridastnily5-6tfdenniholddebndhoredukdnihopobytuv L6debn6Dr. L. Filipav PodEbradech. Sledovanybyly antropologickd,biochemickd,hormon6,lnia genetickdparametry.Statistickii analyzadatbylaprovedenav programechStatistica6.0,NCSS?7aAntropo. Vfsledky: Do5lok...
|
|
|
Detekce minimální reziduální choroby u pacientek s časnými stádii karcinomu prsu
Janků, Filip ; Matouš, Bohuslav (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Melichar, Bohuslav (oponent)
Karcinom prsu patří mezi závažné celospolečenské problémy. Jedná se o onemocnění, kterým v naší republice ročně onemocní téměř 6000 žen. I přes narůstající incidenci nedochází k nárůstu mortality. V některých zemích je dokonce pozorován pokles počtu úmrtí (200,201). Na tomto příznivém vývoji má svůj podíl nejen zavedení screeningové mamografie v rozvinutých evropských státech (202), ale i nové poznatky v oblasti molekulární biologie nádorů, které by mohly umožnit aplikaci těchto metod přímo do praxe. Molekulárně biologické markery jsou v klinické praxi používány jako prognostické faktory (estrogenní a progesteronové receptory, HER-2/neu, p53, Ki-67, vaskulární epiteliální růstový faktor), prediktivní faktory (estrogenní a progesteronové receptory, HER-2/neu) nebo terapeutické cíle protinádorové léčby (estrogenní a progesteronové receptory, EGFR, HER-2/neu, HER3, HER4, VEGF, mTOR) v různých stádiích klinického uplatnění (4,15,203,204,205) Využití detekce výskytu minimální reziduální choroby u časného karcinomu prsu je dalším pokusem implementovat moderní diagnostické technologie se snahou ovlivnit úmrtnost na nádory. Cílem této práce bylo studovat možnosti diagnostiky a prognostický význam výskytu minimální reziduální choroby v spádových lymfatických uzlinách a kostní dřeni u nemocných s časným karcinomem...
|
host ::
RSS.