|
|
Mutation Screening in Familial Cardiovascular Diseases
Čapek, Pavel ; Brdička, Radim (vedoucí práce) ; Gregor, Pavel (oponent) ; Baxová, Alice (oponent)
Úvod: Hypertrofická kardiomyopatie je vrozené srdeční onemocnění s autozomálně dominantním typem dědičnosti a neúplnou penetrancí. Se znalostí odpovědných genů, schopností detekovat genetické změny, které jsou podkladem vzniku tohoto onemocnění, a studiem funkční analýzy defektních proteinů, můžeme stanovit, zda konkrétní genotypy vedou ke vzniku odlišných fenotypových projevů hypertrofické kardiomyopatie. Cíle práce: Analyzovat mechanismy vzniku hypertrofické kardiomyopatie u českých pacientů postižených tímto onemocněním z molekulárně genetického hlediska (geny MYH7, TNNT2), až po funkční analýzu 3D molekulárního modelu defektního proteinu těžkého řetězce β-myosinu in silico. Dalším cílem práce bylo studium možnosti snížení tvorby zánětlivých agregátů v kardiovaskulárním systému u pacientů s diabetem mellitem 2. typu. Studie prověřovala možnosti terapeutického ovlivnění vybraných kardiovaskulárních rizik u pacientů s hypertrofickou kardiomyopatií, současně trpících diabetem mellitem 2. typu. Obě tyto skupiny pacientů jsou ohroženy podstatně vyšším rizikem vzniku kardiovaskulárních onemocnění vzhledem k vývoji předčasné aterosklerózy. Materiál a metody: Do studie genu MYH7 bylo zařazeno 170 probandů. Vzorky DNA těchto jedinců byly podrobeny mutačnímu screeningu (PCR, sekvenční analýza)...
|
|
|
Korelace genotyp-fenotyp u vybraných vzácných onemocnění s využitím molekulární analýzy genomových a genových variant
Vlčková, Markéta ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Gaillyová, Renata (oponent) ; Baxová, Alice (oponent)
Práce byla zaměřena na podrobnou analýzu pacientů se vzácnými genomovými a genovými variantami. Studován byl vliv těchto variant na fenotyp pacientů. Vzhledem k tomu, že většina našich pacientů, ať už syndromických nebo nesyndromických, byla k podrobnějšímu vyšetření indikována z důvodu mentální retardace a/nebo poruchy autistického spektra, byla práce zaměřena na tyto dvě klinické jednotky. Nejprve byli k analýze vybráni pacienti s mikroskopicky detekovanými chromozomálními aberacemi, jejichž rozsah, genový obsah a mechanismus vzniku byly upřesněny pomocí molekulárně genetických metod, nejčastěji array CGH s vysokým rozlišením. Později byli analyzováni pacienti se vzácnými nebo jedinečnými submikroskopickými aberacemi, zjištěnými právě pomocí aCGH nebo SNP array. S využitím těchto metod jsme v průběhu práce analyzovali pacienty s delecemi Xp22.1-p22.3, 6q11-q13, 6q14-q16, Xq25, 1q21.1, Xp21.2-p21.3, 2p14-p15, 17q21.31, 9q21.3 a 2p15-p16.1, a pacientku s duplikací Xp21.2-p21.3. V posledních letech jsme přistoupili k analýze syndromických pacientů metodami sekvenování nové generace. Tak byly odhaleny varianty v genech HCFC1, KAT6B, SOS2 a KMT2D, které byly dále studovány. Práce přispěla k poznatkům o vlivu nalezených genomových a genových variant na fenotyp pacientů, o mechanismech vzniku genomových...
|
|
|
Genetika kraniosynostóz.
Valterová, Simona ; Křepelová, Anna (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent)
Kraniosynostózy jsou předčasné uzávěry jednoho nebo více lebečních švů. Tato onemocnění postihují všechny lebeční švy a jsou podstatnou součástí mnoha genetických syndromů. Syndromy spojené s kraniosynostózami jsou závažné poruchy, někdy sdružené s anomáliemi kostry, malformacemi končetin, nebo i sníženou inteligencí. Tyto syndromy jsou způsobeny různými mutacemi převážně v genech FGFR1, FGFR2, FGFR3, TWIST1, EFNB1, RECQL4 a RAB23. Cílem této práce bylo shrnout dosavadní známé poznatky o fenotypových projevech a genetické podstatě těchto onemocnění.
|
|
| |
|
|
Vrozené poruchy metabolismu bilirubinu
Šlachtová, Lenka ; Martásek, Pavel (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent)
Vrozenené poruchy metabolismu bilirubinu, dědičné hyperbilirubinémie, patří mezi metabolická onemocnění manifestovaná zejména v dětském věku. Nekonjugované hyperbilirubinémie vycházejí z poruch enzymu uridin difosfoglukuronosyltransferázy (UGT1A1) zprostředkovávajícího konjugaci bilirubinu s kyselinou glukuronovou v hepatocytu a jeho eliminaci na rozpustnou formu. V dalším kroku bilirubinové degradace probíhá transport konjugovaného bilirubinu z hepatocytu do žluče pomocí ATP dependentních transportérů ABCC2 (ATP vazebný kazetový protein), OATP1B1 a OATP1B3. Mutace v genech kódujících transportéry bilirubinu způsobují konjugované hyperbilirubinémie Dubin-Johnsonova nebo Rotorova typu. Tato práce se zaměřuje na studium nekonjugované hyperbilirubinémie u adolescentů včetně jejích atypických forem a na defekty v transportéru ABCC2 a jejich fenotypické projevy u člověka.
|
|
|
Molekulární syndromologie: molekulárně genetické příčiny vzácných onemocnění na příkladu Kabuki a Kabuki-like syndromů
Paděrová, Jana ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent) ; Fajkusová, Lenka (oponent)
Kabuki syndrom (KS) je dominantně dědičné onemocnění způsobené většinou de novo patogenními mutacemi v genech KMT2D (dříve MLL2) nebo KDM6A. Jedná se o vzácné multisystémové onemocnění charakterizované především intelektovou nedostatečností (ID - "intellectual disability") a typickou obličejovou dysmorfií. KS je klinicky velmi heterogenní, což znesnadňuje jeho klinickou diagnostiku. Prvním cílem této dizertační práce bylo zavedení testování patogenních mutací ve dvou známých KS kauzálních genech metodou Sangerova DNA sekvenování a následně metodou MLPA (Multiple Ligation Probe Amplification) na pracovišti Ústavu biologie a lékařské genetiky 2. LF UK a FN Motol a následně pak identifikace mutací v genech KMT2D či KDM6A u reprezentativního souboru 43 pacientů s fenotypem typickým pro KS, kteří byli indikováni k tomuto molekulárně genetickému vyšetření z několika spolupracujících genetických ambulancí v České republice. Výsledkem této studie bylo potvrzení či vyvrácení klinické diagnózy pacienta, studium spektra mutací v genech KMT2D/KDM6A v české populaci, korelace fenotypu s genotypem a zhodnocení využití fenotypového "MLL2-skóre" (publikovaného Markrythanasisem et al., 2013) jakožto predikčního nástroje k selekci pacientů pro sekvenování genu KMT2D. U 40% (17/43) analyzovaných pacientů s KS...
|
|
|
Anorexia nervosa - vybrané genetické determinanty a endofenotypy
Kaminská, Deborah ; Papežová, Hana (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent) ; Pacák, Karel (oponent)
Souhrn Anorexia nervosa (AN) a bulimia nervosa (BN) jsou choroby se značnými individuálními odchylkami. Genetické pozadí hraje důležitou roli v náchylnosti ke vzniku a závažnosti onemocnění. Pro vyhodnocení vztahu mezi genetickými faktory a subtypy onemocnění jsme použili genotypizaci a zároveň analýzu vývoje vybraných klinických parametrů. Sledovali jsme skupinu 75 pacientů s AN (1. studie), 127 pacientů s AN a BN (2. studie), diagnostikovaných podle DSM-4 a MKN-10 a přispěli do souboru GWAS, který čitá 2907 pacientek s AN. Výsledky 1.studie podporují asociaci polymorfizmu -1438G/A v serotoninovém receptoru 5-HT2A s onemocněním AN a přinášejí srovnání s jinými studiemi pomocí metaanalyzy. U dalších polymorfizmů odpovědných za neurotransmisi serotoninu (serotoninový transportér 5-HTT: polymorfizmus LPR a VNTR) tato studie nastínila odlišný trend asociace LPR s onemocněním AN u české populace než ostatní publikované studie. U 5-HTT VNTR polymorfizmu nebyla pozorována žádná asociace. 2. studie se zabývala vlivem hemoxygenázy-1 (zásadní protektivní faktor při metabolickém stresu) na poruchy příjmu potravy v interakci s enviromentálními vlivy. Zkoumali jsme rizika pro AN a BN založená na genetických lokusech, odpovědných za zvýšenou náchylnost k onemocnění i přidaný efekt environmentálních rizikových stresových...
|
|
|
Molekulárně genetická vyšetření u klinicky definované skupiny pacientů se syndromovou poruchou zraku a sluchu u vzácných genetických syndromů asociovaných s hluchoslepotou v ČR a SR
Čopíková, Jana ; Kremlíková Pourová, Radka (vedoucí práce) ; Astl, Jaromír (oponent) ; Baxová, Alice (oponent)
Hluchoslepota, neboli kombinované postižení, je současné poškození zraku a sluchu různého stupně s incidencí cca 1 : 8000 dětí a 1 : 5500 dospělých. Její nejčastější genetickou příčinou jsou syndromy Sticklerův (STL) a Usherův (USH). Hlavním cílem této práce je poskytnout aktuální přehled o výskytu STL a USH v ČR a SR, upřesnění korelací genotypu s fenotypem pro naši populaci a tím diagnostických kritérií. Pro podezření na STL jsme pomocí sekvenování a MLPA vyšetřili celkem 45 pacientů z 28 rodin. U 39 pacientů z 22 rodin jsme nalezli potenciálně kauzální varianty STL genů. Detekovali jsme celkem 15 různých variant (z toho 8 nových) v genu COL2A1 u 28 pacientů z 18 rodin a 4 různé dosud nepopsané varianty v genu COL11A1 u 11 pacientů ze 4 rodin. Příčinu onemocnění jsme objasnili u 22 rodin (79 % vyšetřovaných). Do výzkumu USH bylo zařazeno 30 pacientů z 27 rodin. Nejčastěji jsme zachytili patogenní varianty v genu USH2A, a to 19 variant u 14 rodin, z toho 10 popsaných a 9 nových. Dále jsme nalezli 6 variant (5 nových) v genu MYO7A (3 rodiny), 3 (2 nové) v genu USH1C (2 rodiny) a 3 (2 nové) v genu CDH23 (2 rodiny). U dvou rodin byla zjištěna složená heterozygozita pro varianty ve dvou různých USH genech. Příčinu hluchoslepoty v této skupině nemocných jsme objasnili u 21 rodin (78 % vyšetřovaných)....
|
|
|
New Aneuploidy Ultrasound Markers in First Trimester of Pregnancy
Břešťák, Miroslav ; Calda, Pavel (vedoucí práce) ; Kacerovský, Marian (oponent) ; Baxová, Alice (oponent)
Prenatální diagnostika se ubírá několika směry - vizualizací plodů a laboratorní biochemickou, cytogenetickou a molekulárně genetickou diagnostikou. Zatímco vizualizace neznamená a priori pro těhotenství přímé riziko, nezpůsobí zvyšení počtu komplikací, u laboratorních vyšetření tomu tak vždy není. Známá jsou rizika, která jsou spojena s invazivními metodami prenatální diagnostiky. Množství potenciálních nechtěnych těhotenskych komplikací a ztrát, technická a také ekonomická náročnost invazivní prenatální diagnostiky vedou ke snaze vyhledávat potenciálně afektované jedince metodami skríningu a tím minimalizovat nežádoucí dopad invazivní diagnostiky na těhotnenskou populaci. Čím přesnější vyhledávací kriteria jsou nalezena, tím menší bude počet těhotnych exponovanych invazivními vykony. Další možností, jak snížit počet nechtěnnych komplikací v souvislosti s invazivními vykony, je zjednodušení a zlepšení techniky odběrů fetálních vzorků v průběhu gravidity. V práci jsme se prioritně zabyvali dvěma oblastmi: zjištění vztahu mezi frakčním zkrácením levé a pravé komory a chromozomální vybavou plodu a zjištěním spolehlivosti nové metody odběru vody plodové a biopsie choria pomocí vakuovych zkumavek. Prokázali jsme, že vyšetření funkčních parametrů fetálního srdce již na konci I. trimestru je nejen...
|
|
|
Význam IGF-I a vybraných polymorfismů v IGF1 genu pro postnatální růst dětí SGA/IUGR a extrémně nezralých novorozenců.
Kytnarová, Jitka ; Zeman, Jiří (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent) ; Houšťková, Hana (oponent)
Souhrn Prognóza dětí s extrémně nízkou porodní hmotností závisí na řadě endogenních a exogenních faktorů. Jejich studium včetně analýz polymorfismů genu IGF1 může prohloubit znalosti o poruchách postnatálního růstu a přispět k prevenci rozvoje kardiovaskulárních onemocnění a diabetu mellitus 2 u dětí s extrémně nízkou porodní hmotností v dospělosti. Cílem bylo prospektivní sledování antropometrických parametrů dětí narozených ve 22−25. a 26−27. týdnu gestace a studium vztahu mezi postnatálním růstem extrémně nezralých dětí, dětí malých vzhledem ke gestačnímu věku (SGA) a donošených dětí s přiměřenou porodní hmotností a délkou (AGA) a výskytem polymorfismů v IGF1: (CA)10-24 repetitivních polymorfismů v promotoru, (CT)n polymorfismů ve 2. intronu, mikrosatelitního markeru D12S318 v 3'UTR, (CA)n polymorfismu 216 bp v 2. intronu a 185 bp v 3'ÚTR. Materiál a metody. Soubor tvořilo 242 dětí narozených ve 22-27+6 týdnu gestace. Antropometrická data byla měřena ve 2 a 5 letech u 72 dětí narozených ve 22-25+6 týdnu (skupina I) and 85 dětí narozených ve 26-27+6 týdnu (skupina II). Polymorfismy IGF1 byly analyzovány u 51 extrémně nezralých dětí, 208 dětí s AGA a 59 dětí s SGA pomocí fragmentační analýzy. Antropometrické parametry byly měřeny u extrémně nezralých dětí a dětí s SGA ve věku 12 a 24 měsíců a u dětí s AGA...
|
host ::
RSS.