|
|
Evoluce způsobů určení pohlaví a pohlavních chromosomů hadů
Charvát, Tomáš ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Šmíd, Jiří (oponent)
Hadi tvoří se svými téměř 3700 popsanými druhy více než třetinu všech šupinatých plazů. Naprostá většina hadích druhů patří do skupiny Caenophidia, která je nejlépe prozkoumanou skupinou hadů co se týče pohlavních chromozomů. Naproti tomu pohlavním chromozomům dvou ostatních skupin hadů - Scolecophidia a Henophidia byla zatím věnována jen malá pozornost. Všichni dosud studovaní hadi mají genotypové určení pohlaví. U zástupců všech čeledí Caenophidia byl pozorován systém určení pohlaví se samičí heterogamií (ZZ/ZW) a dlouho bylo obecně přijímáno, že je tento systém všem hadům společný. Toto tvrzení bylo nedávno vyvráceno, když byl u krajty Python bivittatus a hroznýše Boa imperator, dvou zástupců Henophidia, potvrzen systém určení pohlaví se samčí heterogamií (XX/XY). Ve skupině Henophidia kromě XX/XY systému povrzen i ZZ/ZW systém a to u jediného známého zástupce této skupiny s heteromorfními pohlavními chromozomy - A. sp. cf. dumerili. Pohlavní chromozomy ani systém určení pohlaví není znám u žádého zástupce skupiny Scolecophidia. Heteromorfní pohlavní chromozomy skupiny Caenophidia umožnily studium jevů spojených s postupnou diferenciací pohlavních chromozomů. Mezi tyto jevy patří degenerace W chromozomu, akumulace repetitivní elementů, fenomén rychlého Z chromozomu, kompenzace genové dávky a...
|
|
| |
|
|
Variabilita tvaru krunýře u vybraných zástupců čeledi Geoemydidae
Protiva, Tomáš ; Rehák, Ivan (vedoucí práce) ; Šmíd, Jiří (oponent) ; Široký, Pavel. (oponent)
Želvy vždy fascinovaly člověka svou morfologií, unikátní embryogenezí a později i neujasněnou pozicí ve fylogenezi. Tato skupina existuje již 200 milionů let, od prvních zástupců rodů Odontochelys a Proganochelys, ale v současnosti je většina druhů ohrožena především neřízeným lovem. Kritická situace je zejména v Asii, kde obrovskou poptávku po želvích produktech vytvářejí čínské trhy. Řada druhů je na pokraji vyhubení a záchranné chovy v zajetí jsou nutností. K plánování záchranného programu je ale zásadní znalost správného taxonomického zařazení a geografického původu. Variabilita tvaru karapaxu a plastronu, studované pomocí metody geometrické morfometrie a podpořené genetickou analýzou, představují vhodné nástroje k získávání těchto poznatků. V této práci jsme se soustředili především na ověření aplikovatelnosti metody geometrické morfometrie na vybrané zástupce čeledi Geoemydidae, jejichž centrum rozšíření se nachází v Asii a jsou tak touto tzv. "želví krizí" nejvíce ohroženi. U želvy Morenia petersi jsme se zaměřili na neobvykle častý výskyt vmezeřeného vertebrálního štítku na karapaxu. Ten nijak neovlivňuje tvar karapaxu ani plastronu a nenalezli jsme rozdíl ani v celkovém tvaru mezi jedinci s vmezeřeným štítkem a normálními jedinci s pěti vertebrálními štítky. Pravděpodobné zafixování...
|
|
|
Systematics, Phylogeny and Biogeography of the gecko genus Hemidactylus (Reptilia, Gekkonidae) in Arabia and the Near East.
Šmíd, Jiří ; Moravec, Jiří (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent) ; Rehák, Ivan (oponent)
(in Czech) Donedávna byli gekoni rodu Hemidactylus vyskytující se v oblasti východního Mediteránu a na Arabském poloostrově považováni za relativně nediverzifikovanou skupinu. Jednak to bylo způsobeno jejich výraznou morfologickou uniformitou a zároveň jejich často synantropním způsobem života, díky kterému byly některé druhy rozšířeny na velké vzdálenosti. Nicméně s nástupem molekulárně-fylogenetických metod jakožto běžné techniky rutinně používané k odhalování fylogenetických vztahů mezi organismy se naše poznání diverzity tohoto rodu radikálně změnilo. Cílem této práce bylo odhalit fylogenetické a biogeografické vztahy a systematiku arabských zástupců rodu Hemidactylus. Analýzou přes 500 jedinců více než 40 druhů pocházejících z východního Mediteránu, Arabského poloostrova, Sokotry, severní a východní Afriky a Íránu a sekvencí šesti genů (dva mitochondriální - 12S rRNA, cyt b; čtyři jaderné - cmos, mc1r, rag1, rag2) se podařilo rekonstruovat kalibrovanou fylogenezi tzv. aridního kladu rodu Hemidactylus, odvodit jeho komplexní biogeografickou historii a odhalit sedm potenciálně nových druhů. Výsledky biogeografické analýzy naznačují, že současné rozšíření rodu bylo formováno jak vikariančními tak disperzními událostmi. Vikarianční události je možné dát do souvislosti s kontinentálním rozpadem v...
|
|
| |
|
|
Identifikace DNA rostlinných a živočišných druhů v potravinách použitím polymerázové řetězové reakce
Šmíd, Jiří ; Hanák,, Petr (oponent) ; Timko,, Jozef (oponent) ; Kuchta, Tomáš (vedoucí práce)
Na tři potravinové alergeny rostlinného původu – soju, pistácie a mandle – jsme vyvíjeli metody na jejich detekování v potravinách. Na detekci sóje (Glycine max) v potravinách jsme použili real-time PCR orientovanou na gen lec kódující lektin specifický pro sóju. Na tuto cílovou sekvenci byl orientovaný PCR systém s primery Le2F a Le2R a se sondou Le2P typu Taqman. Byla stanovena inkluzivita i exkluzivita systému, dále byl zjištěn detekční limit (2,75 pg) a praktický detekční limit (0,02 %). Celý navržený systém pak byl kvantifikován. Na detekci pisácií (Pistacia) byla použita real-time PCR založená na primerech a sondě orientované na gen COR kódující dehidrin. Byla stanovena inkluzivita i exkluzivita systému, dále byl zjištěn detekční limit (3,5 pg) a praktický detekční limit (0,002 %). Na detekci mandlí (Amygdalus) se nepodařilo vyvinout žadný systém, který by 100 % splňoval všechny kvalitativní parametry.
|
|
| |
|
|
Možnosti uplatnění moderních metod při výrobě prototypových odlitků
Šmíd, Jiří ; Horenský, Jiří (oponent) ; Horáček, Milan (vedoucí práce)
Úvod diplomové práce je zaměřen na přehled používaných technologií v oblasti slévárenství. Jsou zde také popsány principy jednotlivých metod, přičemž metoda FDM je rozebrána podrobněji. Tato metoda byla následně použita v praktické části k výrobě voskových modelů pomocí silikonové formy. Voskové modely byly poté použity k výrobě odlitků metodou vytavitelného lití. Výsledkem této práce je stanovení rozměrových změn v průběhu celé výroby od výkresové dokumentace po skutečný odlitek.
|
|
|
Vývoj protokolu pro transientní transfekci buněčné linie HEK293 EBNA1
Šmíd, Jiří ; Španová, Alena (oponent) ; Ševčík, Mojmír (vedoucí práce)
Rekombinantní proteiny patří mezi důležité biofarmaceutické produkty používané v biomedicínském výzkumu a při léčbě lidských nemocí. Rekombinantní proteiny lze produkovat ve velkém množství stabilní transfekcí nebo rychlejší cestou přechodné transfekce s menšímy výtěžky. Pro zajištění správné biologické aktivity musí protein být náležitě poskládán a posttranslačně modifikován. Jelikož může být těchto modifikací dosaženo pouze expresí v savčích buňkách, staly se hlavním hostitelem expresí komplexních rekombinantních proteinů. V této diplomové práci je popsána přechodná transfekce buněk HEK 293 EBNA1 za použití lineárních polyethyleniminů (PEI). Tyto buňky byly předem adaptované na suspenzní kultivaci v médiu bez séra. Buňky byly transfekovány plasmidy pcDNA3.1, pCI, pEBSV1, pCEP4, pEAK8 a pcDNA5/FRT/TO, všechny nesly reporterový gen SEAP. K porovnání účinností jednotlivých transfekcí byly měřeny koncentrace exprimované alkalické fosfatázy (SEAP) v buněčném supernatantu. Dalším faktorem, který byl optimalizován, byl použitý poměr DNA:PEI; rovněž byly vzájemně srovnány účinnosti transfekcí při použití dvou různých polyethyleniminů. Nejvyšší dosažená exprese byla 50 mg/l SEAPu při transfekci ve 24 jamkových deskách za poměru DNA:PEI 1:5. Při porovnání všech šesti plasmidů měl nejvyšší expresi plasmid pCEP4/SEAP a to i při převedení transfekčního systému do většího objemu.
|
|
| |
host ::
RSS.