|
|
Klinicky významné druhy kvasinek a jejich interakce s hostitelem
Novosadová, Zuzana ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Patogenní kvasinky představují v současnosti vážnou hrozbu pro člověka. Mohou způsobovat závažná onemocnění v některých případech končící smrtí hostitele. Patogeny mohou pomocí mnoha mechanismů virulence zvýšit riziko vzniku systémového onemocnění. Pro eliminaci infekce v lidském těle jsou velmi důležité experimenty zabývající se interakcemi patogenů a hostitele. Interakce mezi hostitelem a patogeny jsou velmi komplexní a zahrnují všechny součásti mnohobuněčného organismu hostitele. Vědci se detailněji zabývají interakcemi buněk imunitního systému a patogenních kvasinek. Tato práce shrnuje interakce patogenů s vybranými buňkami hostitele, především s makrofágy. Kvasinky, zejména Candida albicans, jsou schopné ovlivňovat genovou expresi interagujících buněk. Tyto patogeny jsou schopni modulovat expresi genů makrofágů, uvnitř nichž jsou pohlceni, a dalších buněk imunitního systému. Patogenní kvasinky mohou také měnit vnější podmínky ve svém bezprostředním okolí. C. albicans dokáže například vnímat a ovlivňovat okolní hodnotu pH. Změnou pH pak může zvyšovat svou virulenci indukcí buněčné morfogeneze. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky o vlivu patogenních kvasinek na své okolí a jejich interakcích s hostitelským organismem. Hlubší pochopení těchto otázek by mohlo pomoci nalézt nové efektivnější metody pro...
|
|
|
Srovnání fluorescenčních sond disC3(3) a diSC3(5) z hlediska jejich použitelnosti při měření změn membránového potenciálu kvasinek.
Matunová, Petra ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent)
Membránový potenciál představující napětí na membráně je důležitý parametr pro studium buněčných procesů. Pomocí karbocyaninových sond diS-C3(3) a diS-C3(5), označovaných společným názvem 3,3'-dipropylthiadicarbocyanine iodide, lze monitorovat změny membránového potenciálu buněk, které jsou příliš malé pro zavedení mikroelektrod. Tyto změny lze sledovat v jednotkách mV. Spektrální analýza buněčných suspenzí kvasinek S. cerevisiae s fluorescenčními sondami umožňuje stanovit koncentrace extracelulárního a intracelulárního fluorescenčního barviva, z jejichž znalosti lze určit hodnoty změn membránového potenciálu, které je možné vyvolat vnějšími podněty. Součástí práce je porovnání akumulace obou fluorescenčních sond a také experimenty zacílené na sledování vlivu vybraných látek a jejich měnících se koncentrací na volnou a vázanou složku barviva.
|
|
|
Charakterisace transportních systémů pro kation draslíku v kvasince Zygosaccharomyces rouxii
Stříbný, Jiří ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Charakterizace transportních systémů pro kation draslíku v kvasince Zygosaccharomyces rouxii Draselné ionty jsou nezbytně důležité pro všechny buňky včetně kvasinek, protože se tyto ionty účastní mnoha fyziologických procesů. Vnitrobuněčná koncentrace K+ v kvasinkách je obvykle mezi 200 - 300 mM, zatímco v okolním prostředí se pohybuje od milimolárních až k mikromolárním koncentracím. Aby mohli buňky kvasinek přežít v prostředí s nízkou koncentrací draselných iontů, využívají různé účinné systémy pro transport K+ , t.j. Trk, Hak a K+ -ATPasy. Nedávné zveřejnění celkové sekvence genomu osmotolerantní kvasinky Zygosaccharomyces rouxii umožnilo vyhledat homologní sekvence k již známým transportérům pro příjem K+ jiných kvasinek. V genomu Z. rouxii byl nalezen gen, který by mohl dle podobnosti s genem TRK1 kvasinky Saccharomyces cerevisiae kódovat transportér K+ . K charakterizaci transportních vlastností a fyziologických rolí produktu identifikovaného genu, nazvaného ZrTRK1, byly použity tři přístupy. Prvním z nich bylo využití nástrojů bioinformtiky k analýze sekvence, fylogenetického srovnání, atd. Druhý přístup zahrnoval klonování genu ZrTRK1 do vektorů, následnou expresi v mutantním kmenu S. cerevisiae postradajícím vlastní systémy Trk1 a Trk2, charakterisaci fenotypu transformovaných buněk a...
|
|
|
Kvasinky jako model pro studium savčích onkogenních transkripčních faktorů
Novák, Josef ; Šťovíček, Vratislav (oponent) ; Zámostná, Blanka (vedoucí práce)
Kvasinky jsou výborným modelovým organismem pro studium buněčných pochodů a za tímto účelem pro ně bylo vytvořeno značné množství technik a protokolů. Pro studium transkripčních faktorů v kvasinkách jsou vytvořeny specifické postupy, jako jsou modifikované kvasinkové dvouhybridní systémy, jednohybridní systémy a systémy zkoumající schopnost transkripčního faktoru transaktivovat reportérový gen. V hlavní části této práce jsou podrobně popsány studie zkoumající savčí onkogenní proteiny komplexu AP-1 a proteinových rodin Myc a Myb. Pomocí kvasinkových modelů lze určovat strukturně- funkční vlastnosti zkoumaných proteinů a v některých případech i odhadnout jejich onkogenní vlastnosti (FASAY, schopnost proteinu c-Myc transaktivovat reportérový gen). Výsledky z kvasinkových modelů ovšem musí být ověřeny v savčích buňkách. 1
|
|
|
The molecular mechanism of CSL protein participation in oxidative stress response in Schizosaccharomyces pombe
Daněk, Petr ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Sipiczki, Matthias (oponent)
Pro správné fungování organismu je nezbytné udržovat v jeho buňkách vyvážený redoxní stav, neboť zatímco relativně nízká koncentrace volných kyslíkových radikálů je třeba pro adekvátní transdukci signálů, vyšší koncentrace těchto molekul (oxidativní stres) má prokazatelně škodlivé účinky a je spojena s řadou patologických stavů a onemocnění. Z tohoto důvodu se v buňkách během evoluce vyvinula široká škála vysoce konzervovaných antioxidačních mechanismů. Byly zevrubně popsány rozsáhlé a složité interakční vztahy mezi signálními proteiny a drahami regulujícími odpověď na oxidativní stres, nicméně naše znalost odpovědi na oxidativní stres ještě není kompletní a stále jsou objevovány nové regulační proteiny a mechanismy. Výsledky několika současných vědeckých prací ukazují, že se transkripční faktory patřící do proteinové rodiny CSL, které jsou nezbytné zejména pro embryonální vývoj metazoí jako efektory signální dráhy Notch, mohou na regulaci odpovědi na oxidativní stres také podílet. Poltivá kvasinka Schizosaccharomyces pombe, hojně používaný a pro studium buněčných odpovědí na stresové podněty dobře etablovaný modelový organismus, obsahuje dva paralogy transkripčních faktorů CSL, nazvané Cbf11 a Cbf12. Naše laboratoř ukázala, že buňky s delecí genu cbf11 jsou vysoce rezistentní vůči peroxidu vodíku....
|
|
|
Proteome and Metabolome Changes in Selected Organisms under Stress
Halienová, Andrea ; Kráčmar, Stanislav (oponent) ; Čertík, Milan (oponent) ; Šucman, Emanuel (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Living conditions of every organism are influenced by various factors at this time. Some of them have positive effect on organism, some negative. Basic condition for surviving is the ability to resist and adapt to changing metabolic and living conditions. Every single stress effect can lead to changes in metabolism but organisms have ability to develope sufficient mechanisms for stress response. Some of them are similar for all living organisms (enzyme production, endogenous primary stress metabolites) some of them are specific for certain organism or stress type. Cell stress response can be observed on different levels (proteomic, genomic, metabolomic). In proper conditions it can be used indrustrially. In this work, influences of various stress factors were studied. These factors were applied on selected organisms – carotenogenic yeast and plant materials. Yeast stress response was induced by osmotic and oxidation stress factors. Changes on proteomic level and in production of selected secondary metabolites were observed. Proteome was analyzed by 1D and 2D electrophoresis with subsequent analysis of proteins by mass spectrometry. Yeast strain Rhodotorula glutinis CCY 20-2-26 showed the best adaptation to stress factors, which was moreover accompanied by overproduction of carotenoids. This finding can be premise for next industrial production of carotenoids. In plant samples predominantly enzymes and metabolites involved in antioxidant response were studied.
|
|
|
Characterisation of the Physical Chemical Processes Using the Fractal and Harmonic Analysis
Haderka, Jan ; Nešpůrek, Stanislav (oponent) ; Mikula,, Milan (oponent) ; Zmeškal, Oldřich (vedoucí práce)
There are many different ways to characterize the dispersed systems and processes occuring in such systems. This work focuses on use of Fractal properties of such systems to describe the physical and chemical processes occuring in such systems. The Fractal properties are calculated from the image data of the systems under the observation using the Wavelet analysis. Since the Harmonic Fractal Analysis can be relatively easily automated, the work also focuses on algorithmisation of the analysis and the removal all manual steps from the process. The automation have been performed by incorporating all the findings into the software for Harmonic Fractal Analysis HarFA developed at the Faculty of Chemistry, BUT.
|
|
|
Zpracování obrazu mikroskopických vzorků
Janda, Ondřej ; Ošmera, Pavel (oponent) ; Matoušek, Radomil (vedoucí práce)
Práce se zabývá zpracováním obrazových dat mikrobiologických snímků. Jsou probrány základní a použité metody zpracování obrazu. Dále je uveden teoretický biologický úvod do zkoumaných dat. Nedílnou součástí je aplikace v prostředí Matlab aplikující tyto metody na skutečná data. Součástí zadání je i tvorba uživatelského prostředí a poskytnutí dokumentace.
|
|
|
Sledování vlivu použité autochtonní kultury kvasinek na kvasný proces výroby vína
Michálek, Petr ; Molnárová,, Jana (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací vinných kvasinek izolovaných ze zakvašeného vinného moštu. Kvasinky byly izolovány z moštu odrůdy Rulandského modrého, které bylo pěstováno a vyráběno podle poţadavků kladených na ekologické a integrované zemědělství. Odebrané vzorky byly zpracovány v laboratoři, kde byly získány čisté kultury jednotlivých kvasinek. Z těchto byla pomocí komerčního kitu vyizolována DNA, která byla pouţita k další analýze. Pomocí polymerázové řetězové reakce a za pouţití primerů ITS1 a ITS4 došlo k amplifikaci specifického úseku oblasti 5.8S-ITS rDNA. Získané PCR produkty byly poté elektroforeticky detekovány v agarózovém gelu a po následné purifikaci byly podrobeny restrikční analýze za pouţití tří restrikčních endonukleáz: HaeIII, HinfI a HhaI. DNA byla tímto rozštěpena na fragmenty specifické pro daný druh kvasinky a ty byly opět detekovány pomocí agarózové elektroforézy. Byla srovnána podobnost těchto izolátů za pouţití programu BioNumerics a výsledkem je dendrogram genetické podobnosti izolovaných kvasinek. Byla také provedena základní chemická analýza vzorků moštu.
|
|
|
Sledování vlivu použité komerční kultury kvasinek na kvasný proces výroby vína
Šerý, Filip ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na izolaci a taxonomické zařazení kvasinek účastnících se průběhu kvasného procesu výroby červeného vína Rulandské modré. Hrozny byly pěstovány integrovaně a ekologicky ve vinařské oblasti Jižní Moravy, ČR. Proces byl kontrolován – byla použita komerční kultura Saccharomyces cerevisiae BS6. K identifikaci byla využita metoda polymerázové řetězové reakce s následnou analýzou polymorfismu délky restrikčních fragmentů – metoda PCR-RFLP. K analýze DNA byla použita kódující oblast 5,8S ITS rDNA, která byla amplifikována primery ITS1-ITS4 a amplikon byl následně štěpen třemi restrikčními endonukleázami - HaeIII, HinfI a HhaI. Izoláty byly následně za použití UPGMA klastrové analýzy (v programu BioNumerics) rozděleny do jedenácti skupin. Identifikovány byly následující druhy: Candida valida, Candida vini, Issatchenkia occidentalis, Pichia fermentans, Saccharomyces cerevisiae a Zygosaccharomyces bailii. Zbylé kvasinky nebyly taxonomicky zařazeny. Rozdíly mezi ekologickou a integrovanou formou zemědělství se projevily rozlišným složením druhů kvasinek.
|
host ::
RSS.