|
|
Bilancování dusíku v zemědělství
Klír, Jan ; Beranová, Jana ; Dědina, Martin ; Wollnerová, Jana
Metodika řešící problematiku bilance dusíku je vhodným nástrojem pro ověření správnosti zemědělského hospodaření a ukazuje spojitost mezi dusíkem používaným v zemědělství a jeho ztrátami v plynné formě do ovzduší nebo ve formě dusičnanů do povrchových a podzemních vod. Hodnocení bilance dusíku a emisí skleníkových plynů i znečišťujících látek spolu úzce souvisí, a proto vyžaduje kvantifikaci zdrojů dusíku používaných při zemědělském hospodaření. Synchronizace vstupních dat využívaných k hodnocení toků dusíku v zemědělství je klíčová pro zvýšení metodické úrovně vykazování dusíkové bilance, emisí skleníkových plynů a znečišťujících látek za ČR z hlediska požadavků mezinárodních organizací.
Plný text:  PDF
|
|
|
Růst Mycobacterium smegmatis na agarovém médiu a agarovém médiu pokrytém celofánovou folií - morfologická a proteomová studie
Ramaniuk, Volha ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Tvorba biofilmů je jednou z nejčastěji používaných strategií umožňujících bakteriím přežít nepříznivé podmínky. Většina bakterií, včetně patogenů jako je například Mycobacterium tuberculosis, je schopna tvořit tyto trojrozměrné struktury. Zástupci rodu Mycobacterium se hojně vyskytují v přírodě, ale mohou způsobit i vážné problémy v případě výskytu ve zdravotnických zařízeních a na umělých náhradách v lidském těle. V našich experimentech jsme použili jako modelový organismus nepatogenní kmen Mycobacterium smegmatis mc2 155. Pomocí binokulární lupy a rastrovací elektronové mikroskopie jsme zkoumali morfologii tří- a šestidenních kolonií (v podstatě biofilmů) na agarových plotnách a agarových plotnách pokrytých celofánem. Zjistili jsme, že typ povrchu, stejně jako zdroj uhlíku, mají velký vliv na morfologii kolonií M. smegmatis. Následně jsme izolovali proteomy z kultur rostoucích na povrchu agaru a celofánu, a z planktonicky rostoucí kultury. Dvojrozměrná elektroforéza byla použita jako hlavní proteomická metoda. Proteinové profily, získané pomocí elektroforetických gelů, byly analyzovány pomocí softwaru PDQuest. Výsledky kvalitativních a kvantitativních analýz jsme porovnali pomocí Vennových diagramů. Identifikovali jsme 7 unikátních bílkovin, které by mohly být specifické pro adhezi M. smegmatis...
|
|
|
Delta podjednotka RNA polymerázy u Grampozitivních bakterií
Matějčková, Jitka ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
1 Abstrakt Aby bakteriální buňka přežila neustále se měnící podmínky, musí se na ně adaptovat. Tato adaptace je podmíněna změnou genové exprese. Klíčovým krokem genové exprese je transkripce. Hlavním enzymem bakteriální transkripce je RNA polymerasa (RNAP), což je esenciální vícepodjednotkový enzym. RNAP je nejvíce prostudována u Escherichia coli, modelového organismu gram negativních bakterií. Porovnala jsem E. coli a Bacillus subtilis (zástupce gram pozitivních bakterií) a shrnula jsem rozdíly v RNAP a transkripci. Jejich RNA polymerasy se liší přítomností podjednotky δ u gram pozitivních bakterií. Tato podjednotka zvyšuje promotorovou selektivitu, recykluje jádro RNAP a celkově stimuluje syntézu RNA. Podjednotka δ ovlivňuje sporulaci a virulenci některých bakterií. V této práci jsem shromáždila současné poznatky o jednotlivých částech genové exprese, zejména o regulaci iniciace transkripce a o podjednotce δ RNAP.
|
|
| |
|
|
Nekonveční bakteriální signální dráhy
Krupička, Jiří ; Branny, Pavel (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Dvoukomponentové systémy byly tradičně považovány za hlavní fosforylační systémy bakterií zapojené v buněčné signalizaci. V poslední době se však pozornost stále více soustředí na bakteriální Ser/Thr proteinkinázy eukaryotického typu (eSTKs). Tyto proteinkinázy jsou strukturně podobné svým eukaryotickým protějškům. Některé eSTKs obsahují přídavné domény jako jsou extracelulární PASTA domény, které byly objeveny u různých grampozitivních bakterií. Bylo prokázáno, že tyto domény mohou sloužit jako senzory pro volné peptidoglykanové fragmenty. Naprostá většina vnějších signálních molekul však stále zůstává neznámá. eSTKs fosforylují široké spektrum substrátů, mezi které patří proteiny účastnící se různých buněčných procesů jako je virulence, biosyntéza buněčné stěny, buněčné dělení nebo centrální a sekundární metabolismus. Bylo také popsáno propojení mezi eSTKs a dvoukomponentovými systémy. Tato práce pojednává o současných poznatcích, které se týkají zejména eSTKs a jejich důležitých substrátů, jež byly identifikovány a charakterizovány u různých druhů bakterií.
|
|
|
Adheze bakterií k povrchům
Budil, Jakub ; Beranová, Jana (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Bakteriální adheze je děj, při kterém planktonní buňka přisedá k substrátu, a je nezbytným krokem předcházejícím tvorbě bakteriálního biofilmu. Většina bakteriálních druhů je schopna tvořit biofilmy. Bakterie v biofilmu mimo jiné získávají vyšší odolnost vůči antibakteriálním látkám a dalším vnějším vlivům, což značně ztěžuje jejich odstranění. Bakteriální adheze je velmi komplexní proces, který je ovlivněn řadou fyzikálně-chemických faktorů i přítomností adhezivních struktur na povrchu bakterie a substrátu. Správný popis těchto faktorů umožňuje navržení vhodných úprav substrátu a prostředí při přípravě antiadhezivních a antibakteriálních povrchů či zefektivnění biotechnologických procesů využívajících mikroorganismy. Snížení bakteriální adheze je žádoucí hlavně v medicíně, posílení adheze zase umožňuje zvýšení efektivity procesů využívajících bakterie, například při zpracování odpadních vod. Tato práce shrnuje teorie využívané k předpovědím bakteriální adheze, popisuje modelový průběh adheze a ovlivnění procesu adheze fyzikálními, chemickými a biologickými faktory. Součástí práce je také přehled antiadhezivních a antibakteriálních povrchů. Klíčová slova: Bakterie, adheze, pili, bičík, antiadhezivní a antibakteriální povrchy.
|
|
| |
|
|
Nanoparticles for gene editing
Kružíková, Zuzana ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Časné genové terapie založené na DNA byly testovány pro terapeutické účely, dříve či později se ovšem objevila řada překážek a rizik spojených s jejich využíváním, což zastavilo další klinické testování. Poměrně nedávno byly tyto metody nahrazeny rychle se rozvíjejícím genovým editováním za pomoci programovaných nukleas, které jsou schopny štěpit specifické sekvence DNA a tak vytvořit přesné genomové modifikace. Jako potenciální terapeutika jsou testovány nukleasy s motivem zinkového prstu (ZFN), dále tzv. "transcription activator-like effector" nukleasy (TALEN) či CRISPR/Cas9 systémy. Největším rizikem, kterému je nutné zabránit, jsou chybná štěpení mimo cílové sekvence. Jako nejvhodnější metoda pro aplikaci do buněk se jeví cílené dopravování nukleas ve formě mRNA. Nanočástice různých typů umožňují přenos mRNA a usnadňují tak dopravování nukleas do buněk. Tato bakalářská práce popisuje některé z těchto nanočástic společně s charakterizací programovaných nukleas.
|
|
| |
|
|
Interakce Borrelia sp. s buňkami HL-60 a monocyty a kultivace Anaplasma phagocytophilum na buňkách HL-60
Marková, Lucie ; Hulínská, Dagmar (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Borrelia burgdorferi sensu lato a Anaplasma phagocytophilum jsou mikroorganismy způsobující onemocnění lymeskou borreliózu a lidskou granulomatózní anaplasmózu. Jejich společným vektorem v Evropě jsou klíšťata rodu Ixodes. V naší práci jsme se zaměřili na interakce buněk nespecifické imunitní odpovědi s původci lymeské borreliózy, které jsou svou funkcí v časné fázi onemocnění nezastupitelné. Anaplasma phagocytophilum je obtížně kultivovatelný mikroorganizmus, který je možno kultivovat pouze na buněčných kulturách. Úspěšná kultivace Anaplasma phagocytophilum z pacientů z naší geografické oblasti je klíčová pro další experimenty a také důležitá z diagnostického hlediska. V našich experimentech jsme používali ověřené tkáňové kultury buněk HL-60, psích monocytů DH82 a myších monocytů P388D1. Při studiu interakcí původců lymeské borreliózy s buňkami jsme používali dva kmeny odlišných druhů Borrelia. Borrelia garinii M192 a Borrelia burgdorferi sensu stricto B31. Tyto dva kmeny se liší virulencí. Kmen M192 je virulentní, kdežto kmen B31 již pasážováním svou virulenci ztratil. Zaměřili jsme se na studium morfologických změn pomocí světelné mikroskopie (pozorování barevných fixovaných preparátů a pozorování v temném poli), případně transmisní elektronové mikroskopie. Během našich experimentů jsme došli k závěru,...
|
host ::
RSS.