|
|
Studium sorpčních vlastností mikroplastů
Hlaváčková, Hana ; Kučerík, Jiří (oponent) ; Řezáčová, Veronika (vedoucí práce)
V současné době je snaha nahradit konvenční plasty biodegradabilními produkty, které budou mít schopnost zastoupit tyto látky. Jedním z případných, v současnosti detailně studovaným biologicky odbouratelným plastem, je i poly(3-hydroxybutyrát), který je produkován bakteriemi. Tato bakalářská práce se zabývá sorpcí vybraných látek na mikročástice poly(3-hydroxybutyrátu). Pro tuto práci byly vybrané látky, jejichž kontaminace vodních zdrojů představuje v dnešní době markantní problém. Konkrétně byly studovány sorpce nesteroidní protizánětlivé látky ibuprofenu, triazolového fungicidu tebuconazolu a nejrozšířenější drogy kofeinu na PHB částice, které velikostně spadají do skupiny mikroplastů. K analýzám byla využita metoda kapalinové chromatografie s hmotnostní detekcí.
|
|
|
Studium autenticity kávy různého geografického původu
Flegr, Šimon ; Pořízka, Jaromír (oponent) ; Diviš, Pavel (vedoucí práce)
Diplomová práce rozebírá problematiku autenticity kávy, s důrazem na autenticitu geografického původu a její aspekty. V teoretické části je rozebrán botanický původ kávy, technologie zpracování, chemický obsah hlavních komponent a jejich změny v průběhu pražení, dále jsou rozebírány světové produkční oblasti a specifika produkce kávy v jednotlivých regionech. Je nastíněna problematika kontroly kávy a jejího falšování s možnostmi odhalení. Je provedena geologická klasifikace půdních typů produkčních oblastí v 17 studovaných pěstitelských regionech. Experimentální část je zaměřena na analýzu prvkového složení vybraných stopových prvků, jako dodatečný faktor je přidán profil těkavých látek. Prvková analýza byla provedena pomocí hmotnostní spektrometrie a optické emisní spektrometrie, těkavé látky byly stanovovány pomocí plynové chromatografie kombinované s hmotnostně-spektrometrickým detektorem. Výsledná dat byla statisticky zpracovávána za účelem oddělení produkčních makroregionů, k čemuž byla využita kombinace naměřených dat a vytvořeno několik modelů.
|
|
|
Monitorování plazmochemického procesu s využitím hmotnostní spektrometrie
Ondra, Zdeněk ; Čáslavský, Josef (oponent) ; Čech, Vladimír (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá plazmochemickou depozicí z plynné fáze (PECVD) a použitím hmotnostní spektrometrie ke sledování procesů v plazmatu během depozice tenké vrstvy. Při procesu tvorby tenké vrstvy nanášené na křemíkovou podložku byl použit elektrický výboj hořící v parách tetravinylsilanu. Bylo charakterizováno pozadí spektrometru, plazmového reaktoru se zbytkovými plyny při základním vakuu a monitorován proces plazmové polymerace. Tento děj byl monitorován za zvyšujícího se efektivního výkonu (2-150 W). Získaná hmotnostní spektra byla interpretována a podrobně popsána. Produkty plazmatu, které vykazovaly největší změnu, byly poté charakterizovány při měření časového průběhu během depozice vrstvy.
|
|
|
Posttranslační modifikace proteinů a jejich role v klíčení rostlin
Berka, Miroslav
Posttranslační modifikace proteinů představují komplexní rozšíření diverzity proteomu a poskytují na transkripci nezávislou kontrolu buněčných procesů. Tato práce s názvem "Posttranslační modifikace proteinů a jejich role v klíčení rostlin" stručně pojednává o hlavních posttranslačních modifikacích, blíže rozebírá roli fosforylace proteinů v regulačních cestách rostlin a shrnuje obohacovací techniky využívané ve fosfoproteomice. Experimentální část popisuje vývoj a optimalizaci metod, které mohou být využity v monitorování posttranslačních modifikací v průběhu klíčení obilek ječmene (Hordeum vulgare L.), včetně frakcionace pletiv, ekvalizace proteomu a frakcionačních technik peptidů. Na závěr byly tyto metody použity při analýze účinku peroxidu vodíku na klíčení semen. Celkově bylo v jednotlivých frakcích identifikováno přes 1 400 proteinů. Kvantitativní profily byly stanoveny pro více než 880 proteinů (~60 %) a validované proteiny s rozdílně změněným množstvím by mohly objasnit potencionální mechanismus stimulačního účinku peroxidu vodíku. Peptidy, které by odpovídaly identifikovaným fosfoproteinům obilky, byly v tomto experimentu z velké většiny nezměřitelné a jejich kvantifikace by vyžadovala optimalizovanou cílenou analýzu.
|
|
|
Charakterizace rostlinného proteomu
Petrová, Silvie
Analýza listového proteomu přináší mnoho výzev a komplikací, včetně přítomnosti abundantních proteinů jako je RuBisCO. Teoretická část této práce představuje metody a frakcionační techniky využívané v proteomice. Experimentální část pak porovnává složení listového proteomu pěti rostlin, zahrnující tři představitele bylin (Arabidopsis thaliana, Solanum lycopersicum, Hordeum vulgare) a dva zástupce dřevin (Malus domestica a hybrid Populus). Dále je demonstrováno využití frakcionace (SCX a C18 za vysokého pH) a ukázán význam různých kombinací algoritmů pro identifikaci proteinů pomocí proteomické analýzy.
|
|
|
Light and its effect on plant proteome
Luklová, Markéta
Světlo je jedním z hlavních enviromentálních faktorů, které ovlivňují řadu procesů významných pro rostlinný vývoj. Nejenže je zdrojem energie pro proces fotosyntézy, zároveň také poskytuje rostlinám informace o jejich okolí. Tato diplomová práce s názvem: „Světlo a jeho vliv na proteom rostlin“ shrnuje aktuální poznatky o percepci světelného záření rostlinami pomocí fotoreceptorů. Příjem těchto signálů vyvolá celou řadu změn, a to jak na úrovni molekulární signalizace, tak i celou řadu změn vývojových. Navzdory významu světla a pokrokům v studiu jeho signalizace nejsou komplexní molekulární mechanismy v rostlinách stále zcela objasněny. V této práci jsem se zaměřila na studium vlivů jednotlivých parametrů světla na rostlinný proteom, a to: vlivu diurnálních variací, vlivu nízké a vysoké intenzity světla, vlivu spektrálního složení světla a vlivu délky světelné periody. Pro studium změn byly použity dva modelové organismy: zástupce rostlinného modelového organismu s nejlépe anotovaných genomem a proteomem (i) Arabidopsis thalaina a zástupce modelového organismu významného pro zemědělství a biotechnologie (ii) Solanum lycopersicum. Pomocí LC-MS profilování bylo ve všech analýzách proteomu identifikováno přes 100 proteinů reagujích na světlo v Arabidopsis a přes 300 proteinů v rajčeti. Proteomická analýza poskytla detailní náhled na změny v množství proteinů v reakci na různé světelné podmínky. Vybrané experimenty byly doplněny o GC-MS profilování metabolomu, měření konduktivity a fluorescenční mikroskopii.
|
|
|
Rychlé metody analýzy migrantů z materiálů ve styku s potravinami
Vavrouš, Adam ; Čabala, Radomír (vedoucí práce) ; Jelínek, Ivan (oponent) ; Bajerová, Petra (oponent)
Materiály ve styku s potravinami představují zdravotní riziko díky široké paletě škodlivin, které se z nich mohou uvolňovat do potravin. Mezi tyto látky, migranty, patří aromatické uhlovodíky, dialkyl-ftaláty, bisfenoly, fotoiniciátory tiskařských barev a perfluoralkylové sloučeniny. Stanovení všech těchto látek může být nákladné a časově náročné, protože v současné době chybí univerzálně použitelné analytické přístupy. Tato práce se pokusila vyvinout metody pro současné stanovení migrantů ze všech zmíněných skupin v materiálech ve styku s potravinami na bázi papíru a v tučných potravinách. V papírových výrobcích bylo studováno celkem 68 potenciálních škodlivin pomocí kapalinové chromatografie a plynové chromatografie s tandemovou hmotnostní detekcí. Všechny analyty se podařilo izolovat současně použitím modifikované metody "QuEChERS". Ve validační studii tato metoda prokázala přijatelnou výtěžnost a opakovatelnost pro většinu analytů; LOQ se pohybovaly v rozmezí 1,3-220 µg/kg. Analýza 132 reálných papírových výrobků potvrdila výskyt téměř všech studovaných analytů, které byly mnohdy přítomny v komplexních směsích a v koncentracích až 628 mg/kg. Celkem 41 potenciálních škodlivin bylo sledováno v tučných potravinách pomocí kapalinové chromatografie s tandemovou hmotnostní detekcí. Hlavní úskalí...
|
|
|
Vývoj komponent pro zpracování a vizualizaci proteomických dat v prostředí KNIME
Schneiderová, Anna ; Tauš, Petr (oponent) ; Mgr. David Potěšil, Ph.D (vedoucí práce)
Proteomika je věda, která se zabývá studiem struktur a funkcí proteinů. Proces zpracování proteomickýh dat obsahuje několik sekvenčních kroků, od transformace dat a jejich normalizace až po statistické vyhodnocení dat. Nedílnou součástí zpracování proteomických dat je i jejich vizualizace, která je klíčová např. v kontrole kvality vstupních dat i zhodnocení výstupů statistického vyhodnocení. Ve Výzkumné skupině Zbyňka Zdráhala používají pro reprodukovatelné zpracování proteomických dat softwarový kontejner s aplikací KNIME. V rámci bakalářské práce byl proveden průzkum požadavků na vývoj nových komponent pro aplikaci KNIME. Z navržených komponent byl vybrán pro implementaci interaktivní Volcano plot. Pro implementaci byl použit programovací jazyk Python s knihovnou Dash. Vytvořenou aplikaci je možné spustit samostatně nebo jako komponentu v prostředí KNIME pro práci s daty v tomto prostředí. Interaktivní aplikace Volcano plot usnadňuje identifikaci a filtrování dat v grafu.
|
|
|
Využití technik hmotností spektrometrie v analýze přírodních látek
Vopelková, Alžběta ; Cahlíková, Lucie (vedoucí práce) ; Šafratová, Marcela (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmaceutické botaniky a ekologie Kandidát: Bc. Alžběta Vopelková Školitel: doc. Ing. Lucie Cahlíková, Ph.D. Název diplomové práce: Využití technik hmotnostní spektrometrie v analýze přírodních látek Tato diplomová práce se zabývá tématem "Využití technik hmotnostní spektrometrie v analýze přírodních látek". Cílem práce bylo vytvořit rešeršní práci a přiblížit profil alkaloidů u různých rodů čeledi Amaryllidaceae. V úvodu teoretické části je rozebrána plynová chromatografie (GC). Jsou zde klasifikovány alkaloidy podle svých heterocyklických částí a v neposlední řadě je popsána čeleď Amaryllidaceae. Práce vycházela z odborných textů českých i zahraničních autorů, které se zaměřovaly na analýzu alkaloidů v cibulích, nebo v nadzemních částech rostlin u této čeledi, pomocí plynové chromatografie s hmotnostní detekcí (GC-MS). Klíčová slova: hmotnostní spektrometrie, analýza, přírodní látky
|
|
|
Klinicky relevantní protein-proteinové interakce v procesu bakteriální patogeneze B. pertusis
Málek, Albert ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce) ; Černá, Věra (oponent)
Výskyt černého kašle v lidské populaci byl v průběhu 20. století díky vakcinaci silně potlačen. V posledních letech však začala inicidence černého kašle opět narůstat. Původcem této nemoci je patogenní gramnegativní bakterie Bordetella pertussis, která začíná být rezistentní vůči dosud používaným antibiotikům či vakcínám. B. pertussis napadá dýchací cesty člověka. Jedním z jejích virulentních faktorů je adenylátcyklázový toxin (ACT). Ten je sekretován z bakteriálních buněk do extracelulárního prostoru, váže se na plasmatickou membránu hostitelské buňky a translokuje do jejího cytosolu adenylátcyklázovou doménu (dAC). Tato enzymatická doména se aktivuje nekovalentní interakcí s eukaryotním kalmodulinem (CaM) a syntetizuje cAMP, jehož nadbytek má za následek apoptózu hostitelské buňky. Proteinovou interakci dAC s CaM jsme studovali pomocí metody PIXL (fotochemické zesítění, z angl. "Photo Induced Cross Linking") a hmotnostní spektrometrie (MS). Mutantní protein dAC, s inkoroporovaným foto-Methioninem (pM) na pozici Leucinu 240 (dACL240pM), jsme exprimovali v transformovaných buňkách E. coli B834 v minerálním médiu s pM. Exprimovaný protein jsme izolovali afinitní chromatografií a pomocí MS stanovili inkorporaci pM do primární struktury dAC na přibližně 50 % ve finálním preparátu. S izolovaným...
|
host ::
RSS.