|
|
Klasifikace malých nekódujících RNA
Žigárdi, Tomáš ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce opisuje návrh a implementaci nástroje pro klasifikaci rostlinných microRNA bez genomu. Použity jsou vlastnosti mature a star sekvencí v microRNA duplexech. Implementována metoda je založena na shlukování RNA sekvencí (nástrojem CD-HIT), hlavne pro redukci jejich počtu. Vybraní reprezentanti z jednotlivých shluků jsou klasifikováni použitím support vector machine. Výkonnost klasifikace je víc než 96% (na základě metody cross-validation, využitím trénovacích dat).
|
|
|
Role malých RNA v transgenerační stresové paměti rostlin
Jaklová, Veronika ; Marková, Hana (vedoucí práce) ; Lipavská, Helena (oponent)
Rostliny jsou neustále ovlivňovány různými abiotickými i biotickými stresy, které vyvolávají celou řadu reakcí. Výsledkem může být zvýšená tolerance rostlin vůči různým stresovým faktorům jako je napadení herbivory nebo nedostatek vody. Tato odolnost může být mimo jiné i epigenetickými mechanismy přenesenaina další generace.Natvorbě mezigeneračníivícegeneračnístresové pamětise mohouhojně podílet malé RNA sloužící jako signální molekuly rychlé odpovědi rostliny na stres. MiRNA jsou převážně regulátorygenové exprese,prostřednictvímsvých inhibičních a degradačních aktivit řídí transkripci genů a translaci velkého množství proteinů. SiRNA by se mohly účastnit přenosu transkripční paměti prostřednictvímmechanismuRNA řízenéDNA methylace (RdDM).Methylace DNA ahistonovémodifikace společně slouží jako chromatinové značky, jež je možné epigeneticky přenést do dalších generací. Na základě toho pak rostliny odvozené od stresu vystavených rodičovských rostlin vykazují velké změny v genové expresioprotirostlinám s nestresovanýmirodiči.Tyto změnypak přetrvávajípo různě dlouhou dobu v závislosti na tom, zda je opět genová exprese indukována stresovým faktorem či nikoli. Zájem o pochopení mechanismů transgenerační stresové paměti v poslední době značně vzrostl a tyto znalosti mohou již brzy umožnit jejich...
|
|
|
Biofyzikální studium malých RNA
Šmerková, Kristýna
Prokázání souvislosti aberantního výskytu malých RNA u některých typů onemocnění a následné potvrzení jejich potenciálu při diagnostice a léčbě vedlo k hledání nových metod a materiálů, které usnadní jejich detekci a cílený transport při genové terapii. V této práci jsou sumarizovány současné poznatky o vybraných skupinách malých RNA, o jejich významu v lékařství a možnostech jejich detekce. Práce se primárně zaměřuje na kombinaci magnetické separace s elektrochemickou detekcí. Při izolaci byly využity magnetické částice (MPs) s různými povrchovými modifikacemi. Pro nespecifickou separaci nukleových kyselin sloužily silanolové MPs, pro specifickou separaci byly použity MPs se streptavidinem na povrchu, které byly modifikovány specifickou biotinylovanou sondou. Pro citlivou elektrochemickou detekci byla využita square wave voltametrie (SWV). Optimalizovaná metoda založená na specifické magnetické separaci spojená se SWV dosáhla u microRNA nanomolárního limitu detekce (4 nM) a byla aplikována na vzorky lidských embryonálních buněk pro separaci a detekci miR-124. CdTe kvantové tečky (QDs) byly studovány jako nanotechnologický nástroj pro detekci krátkých nukleových kyselin. Povrch QDs byl modifikován streptavidinem, který zajišťoval biokonjugaci s biotinylovanými molekulami. Interakce QDs s nukleovými kyselinami byla studována pomocí kapilární elektroforézy
|
|
|
Klinicko-patologická charakteristika kolorektálního karcinomu produkujícího mucin
Sojka, Ladislav ; Levý, Miroslav (vedoucí práce) ; Boublíková, Ludmila (oponent) ; Klos, Dušan (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) patří celosvětově k nejčastějším malignitám s přetrvávající vysokou mortalitou. Z toho důvodu jsou kladeny vysoké nároky na výzkum tohoto onemocnění. Cílem naší práce bylo zhodnocení epidemiologie CRC v České republice v porovnání se světem. Zaměřili jsme se na zhodnocení nejnovějších poznatků ve screeningu, diagnostice, zkoumali jsme prognostické faktory a v neposlední řadě terapeutické možnosti u CRC. Dále jsme podrobněji popsali karcinomy produkující mucin a samotný mucin, jako rizikový faktor pro prognózu pacientů s CRC. V experimentální části práce jsme se zabývali genem mucinu MUC13 a osou MUC13 - miR-4647, které jsou právě spojeny s horší prognózou u pacientů s CRC. V naší práci jsme použili vzorky CRC a okolní tkáně bez karcinomu odebraných od pacientů, kteří podstoupili chirurgický zákrok ve Všeobecné fakultní nemocnici v Praze, ve Fakultní Thomayerově nemocnici v Praze a ve Fakultní nemocnici v Plzni. Odběr proběhl v letech 2011 až 2015. Bylo odebráno 187 vzorků od pacientů se sporadickým kolorektálním karcinomem. Subjekty studie poskytly informace o svých životních návycích, body mass index (BMI), cukrovce a rodinném či osobním výskytu rakoviny v anamnéze. Pacienti s kolorektálním karcinomem s vyšší hladinou exprese genu MUC13 v nádorové tkáni měli horší...
|
|
|
The role of microRNAs in regulation of mammalian oocyte and embryo development
Marcollová, Kateřina ; Procházka, Radek (vedoucí práce) ; Svoboda, Petr (oponent)
Komplex kumulárních buněk a oocytu je nezbytný pro savčí reprodukci. Kumulární buňky pouze nevyživují oocyt, ale take představují důležitý komunikační bod pro předávání informací k a od oocytu. Nekódující miRNAs jsou schopny regulavat posttranskripční události a díky tomu mohou posloužit jako vhodný biomarker pro hodnocení stavu buněk. Na základě barvení COCs pomocí vitalní barvičky Lissamine Green B jsme kumulární buňky rozdělelili na více a méně kvalitní skupinu. Navíc jsme začlenili rozdělení podle GV a MII vývojového stadia. Analýza sekvenačních dat neukázala signifikantní rozdíly v DE miRNA z kvalitativně rozdílných stádií. Nicméně, rozdíly v DE miRNA byly detekovány mezi dvěma vývojově rozdílnými stádii. Identifikovali jsme např. ssc-miR-183, ssc-miR-182, a ssc-miR-21-5p jako značně downregulované v porovnání GV a MII stadia. Členové let-7 rodiny (let-7c, let-7a, let- 7f-5p), ssc-miR-16, ssc-miR-21-5p a ssc-miR-125a patřily k nejvíce exprimovaným miRNA ve všech vzorcích. Geny, ke kterým se vztahovaly DE miRNA se týkaly především ErbB, TGF-β, MAPK, FoxO, gap junction a cGMP signálních drah. Usuzujeme, že jednotlivé miRNA v kumulárních buňkách pravděpodobně nemohou sloužit jako spolehlivý indikátor kvality oocytu. Na druhé straně, změny v expresi miRNA v kumulárních buňkách během zrání COCs by...
|
|
|
miRNA analýza malých extracelulárních vezikul izolovaných z plasmy po dietní intervenci
Kratochvílová, Michala ; Koc, Michal (vedoucí práce) ; Šrámek, Jan (oponent)
Cílem této diplomové práce bylo zavedení protokolu izolace malých extracelulárních vezikul (sEV) z lidské plasmy. Vzorky plasmy byly odebírány od 44 zdravých žen, které v rámci klinické studie podstoupily dietní intervenci 60 h hladovění. Tyto ženy byly na základě BMI rozděleny do skupin hubené a obézní. Z plasmy odebrané před a po dietní intervenci byly metodou precipitace pomocí polyethylenglykolu vyizolovány sEV, které byly následně charakterizovány z hlediska jejich velikosti a koncentrace ve vzorku. U hubených i obézních žen byl počet sEV v plasmě stejný a nezměnil se ani v závislosti na dietní intervenci. V důsledku 60 h hladovění došlo ke změně velikosti sEV u skupiny hubených. Dalším cílem byla analýza miRNA exprese v sEV. Obsah sEV se v expresi některých analyzovaných miRNA lišil mezi skupinou hubených a obézních žen. Rozdíly byly pozorovány konkrétně v expresi hsa-miR-17-5p, hsa-miR-20a-5p a hsa-let-7b-5p. 60 h hladovění vedlo ke zvýšené expresi hsa- miR-5100 u skupiny hubených a hsa-miR-27a-3p a hsa-miR-27b-3p u skupiny obézních. Tyto změny navozené dietní intervencí ale nebyly vyhodnoceny jako statisticky významné. Hladovění tedy ani u jedné skupiny nevedlo k výrazným změnám miRNA obsahu v sEV. Odlišné miRNA exprese byly patrné pouze mezi skupinami na základě rozdílného BMI. Klíčová...
|
|
|
Malé extracelulární váčky jako nosiče mikroRNA a jejich role v regeneraci nervových buněk
Šprincl, Vojtěch ; Romanyuk, Natalyia (vedoucí práce) ; Kriška, Ján (oponent)
Akutní poranění míchy je závažný typ úrazu, jehož léčba stále představuje výzvu pro současnou medicínu. Transplantace neurálních kmenových buněk (NSC) je jednou z mnoha nadějných cest, jak přispět k regeneraci poškozené tkáně. NSC komunikují se zbytkem tkáně pomocí malých extracelulárních váčků (sEVs), u kterých se tak předpokládá jejich regenerační potenciál. Cílem této diplomové práce je ověřit antiapoptotický účinek sEVs izolovaných z kultivačního média od dvou typů NSC na potkaním in vitro modelu poranění míchy. Pro splnění tohoto cíle byly nejprve otestovány různé způsoby izolací sEVs z kultivačního média. Následně byly sEVs charakterizovány podle jejich velikostí a přítomností povrchových markerů. Součástí práce byla PCR analýza obsahu neuroprotektivních a antiapoptotických miRNA uvnitř sEVs a fluorescenční barvení sEVs, kterým bylo dokázáno, že sEVs pronikají do cytoplazmy kmenových buněk. Nakonec byly sEVs aplikovány na potkaní in vitro model poranění míchy a pomocí metody imunoblotace byl prokázán jejich neuroprotektivní účinek. Klíčová slova Malé extracelulární váčky, exosomy, akutní poranění míchy, regenerace nervové tkáně, miRNA, mikroRNA, neurální kmenové buňky
|
|
|
Úloha exosomů u chronické myeloidní leukemie
Březinová, Lenka ; Krijt, Matyáš (vedoucí práce) ; Holada, Karel (oponent)
Exosomy jsou extracelulární váčky o velikosti 30-150 nm, jejichž funkce je u chronické myeloidní leukemie (CML) zkoumaná kvůli jejich vlivu na proliferaci CML buněk, remodelaci kostní dřeně, angiogenezi a rezistenci na léčbu tyrosin-kinázovými inhibitory (TKIs). Ačkoliv byly vyvinuty účinné TKIs inhibující BCR-ABL kinázu, přesto zůstává 20-30 % pacientů na léčbu rezistentní. Rezistence CML buněk na léčbu je podporována exosomy. Exosomy přenášejí proteiny, nukleové kyseliny, chemokiny i malé molekuly, které podporují antiapoptotické, respektive tlumí proapoptotické procesy. Antiapoptotické procesy jsou podporovány zejména zvýšenými hladinami proteinů: TGF-β1, USP6 a FGF2 a různorodých zástupců RNA: miR-365, miR-21, Hsa_circ_0058493 a mRNA pro BCR-ABL. Snaha leukemických buněk je naopak snížit množství proapoptotických molekul, mezi které patří miR-320, miR-328 a miR-146a-5p. Leukemické buňky prostřednictvím exosomů modifikují mikroprostředí kostní dřeně tak, aby je podporovalo, a dále ovlivňují expresi adhezních a proangiogenních molekul. Důležitou roli v těchto procesech hrají miR-126, miR-210 a miR-92a. Vzhledem k variabilitě přenášených molekul není překvapující množství procesů ovlivněných CML exosomy ani jejich potenciální využití v léčbě CML, jak již bylo dokázáno v případě využití...
|
|
|
Úloha mikroRNA při poranění a regeneraci míšní tkáně
Šprincl, Vojtěch ; Romanyuk, Natalyia (vedoucí práce) ; Mrózková, Petra (oponent)
MikroRNA jsou malé nekódující molekuly RNA o délce zhruba 20-24 nukleotidů, které post-transkripčně regulují genovou expresi. Interferují s mRNA přes párování bází v komplementárních sekvencích. V posledních letech se ukazuje jejich významná role při poranění a regeneraci nervové tkáně. Cílem této bakalářské práce je popsat možnou úlohu miRNA při poranění centrální nervové soustavy se zaměřením na poranění míchy.
|
|
|
RNA interference u rostlin
Čermák, Vojtěch ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Kulich, Ivan (oponent)
RNA interference je jedním z dějů, které umožňují v buňkách regulovat aktivitu genů. Tento proces je většinou spouštěn přítomností dvoušroubovicové RNA v buňce. Z takovéto RNA mohou být vyštěpovány duplexy malých RNA, většinou o délce 20-25 nukleotidů, za pomoci proteinu zvaného Dicer. Jednovláknové malé RNA uvolněné z těchto duplexů jsou základním kamenem RNA interference a lze je třídit do několika skupin na základě jejich biogeneze. U rostlin se setkáváme s miRNA a siRNA. Malé RNA asociují s proteinem zvaným Argonaut a navádějí jej na základě sekvenční komplementarity k cílové molekule. Argonaut může fungovat buďto sám nebo v komplexu s jinými proteiny. V závislosti na charakteru proteinů účastnících se tohoto děje spouští malé RNA různorodé procesy, které mohou vést ke štěpení mRNA (proces, na který stačí samotný komplex Argonaut a malá RNA), blokování translace nebo modifikacím chromatinu. S RNA interferencí se lze setkat u většiny Eukaryot, kde hraje roli ve vývoji organismů, jejich reakci na stres, úpravách chromatinu a také v obraně proti virům. U rostlin se setkáváme s rozmanitou škálou mechanismů, kterými může RNAi fungovat a kterým začínáme teprve postupně rozumět a doceňovat jejich význam.
|
host ::
RSS.