Název: Klasifikace malých nekódujících RNA
Překlad názvu: Classification of Small Noncoding RNAs
Autoři: Žigárdi, Tomáš ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2015
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Tato diplomová práce opisuje návrh a implementaci nástroje pro klasifikaci rostlinných microRNA bez genomu. Použity jsou vlastnosti mature a star sekvencí v microRNA duplexech. Implementována metoda je založena na shlukování RNA sekvencí (nástrojem CD-HIT), hlavne pro redukci jejich počtu. Vybraní reprezentanti z jednotlivých shluků jsou klasifikováni použitím support vector machine. Výkonnost klasifikace je víc než 96% (na základě metody cross-validation, využitím trénovacích dat). This masters's thesis contains description of designed and implemented tool for classification of plant microRNA without genome. Properties of mature and star sequences in microRNA duplexes are used. Implemented method is based on clustering of RNA sequences (with CD-HIT) to mainly reduce their count. Selected representants from each clusters are classified using support vector machine. Performance of classification is more than 96% (based on cross-validation method using the training data).
Klíčová slova: CD-HIT; centrální dogma molekulární biologie; cross-validation; duplex; klasifikace rostlinných miRNA; malé nekódující RNA; miRNA; next-generation sekvenování; support vector machine; zhlukování sekvencí; CD-HIT; central dogma of molecular biology; classification of plant miRNA; cross-validation; duplex; miRNA; next-generation sequencing; sequences clustering; small noncoding RNAs; support vector machine

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/52305

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-581005


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce