|
|
Sequence variants in metastatic colorectal cancer and their evolution during the disease course and treatment
Jandová, Eliška ; Boublíková, Ludmila (vedoucí práce) ; Vymetálková, Veronika (oponent)
Lepší pochopení molekulárně-genetických charakteristik kolorektálního karcinomu (CRC) může pomoci vysvětlit rozvoj onemocnění i rezistence k léčbě, předpovědět progresi nádoru a predikovat odpověď na léčbu. V současné době jsou součástí klinické praxe minimální molekulární testy, které pomáhají určit, zda pacient bude profitovat z konkrétní terapie, nicméně studie ukazují stále více a více nových mutací zodpovídajících za rezistenci k léčbě. Zlatým standardem pro molekulární testování jsou tkáňové biopsie, konstantně ale roste poptávka po méně invazivní metodě, jako je například tekutá biopsie (liquid biopsy). S využitím sekvenování nové generace jsme analyzovali sekvenční varianty přítomné v tkáni primárního nádoru, metastáz a volné cirkulující DNA nádoru - ctDNA u pacientů s metastatickým kolorektálním karcinomem. Cílem práce bylo analyzovat sekvenční varianty přítomné v primárním tumoru a identifikovat varianty patogenní, porovnat sekvenční varianty primárního tumor a metastáz a zjistit, zda se nějakým způsobem liší, zhodnotit, jestli ctDNA může být použita v diagnostice a zda se v ní mohou nacházet tumor specifické markery, které by se dali použít k monitorování progrese. Výsledky naší práce indikují možné využití ctDNA pro podrobnou molekulární analýzu nádorového onemocnění i pro monitorování...
|
|
|
Cirkulující biomarkery u kolorektálního karcinomu a jejich využití v diagnostice a stanovení prognózy
Červená, Klára ; Vymetálková, Veronika (vedoucí práce) ; Boublíková, Ludmila (oponent) ; Václavíková, Radka (oponent)
Souhrn I přes veškerý pokrok na poli klinické i molekulární onkologie, čísla související s incidencí a mortalitou kolorektálního karcinomu (KRK) zůstávají stále na nepříliš přijatelné úrovni. V posledních letech se do popředí dostává tekutá biopsie, cirkulující biomarkery, která oproti klasické biopsii, přináší spoustu výhod, poskytuje včasné informace o heterogenitě nádoru a možnost opakovaného odběru materiálu. Cílem této disertační práce bylo identifikovat nové kandidátní cirkulující biomarkery z řad mikroRNA, dlouhých nekódujících RNA a volné DNA, které by mohly sloužit k časnější diagnostice, lepší prognóze či k predikci léčebné odpovědi KRK pacientů a tím k dalšímu posunu personalizované medicíny. Hlavními výsledky této práce jsou: 1) Cirkulující mikroRNA v plazmě (miR-122-5p a miR-142-5p) mohou od sebe rozlišit pacienty s rektálním karcinomem a jedince bez nádorového onemocnění, zároveň by mohly být prediktivními ukazateli odpovědi pacientů (jak s primárním, tak i metastatickým KRK) na léčbu. 2) Genová amplifikace dlouhé nekódující RNA MALAT1 by mohla být důležitým krokem přechodu zdravé tkáně v adenomovou. MALAT1 v plazmě je nadměrně exprimovaný u pacientů s KRK a kolorektálními adenomy oproti jedincům bez nádorového onemocnění a pro KRK pacienty má potenciál prediktivního biomarkeru. 3) Volná DNA...
|
|
|
Klinicko-patologická charakteristika kolorektálního karcinomu produkujícího mucin
Sojka, Ladislav ; Levý, Miroslav (vedoucí práce) ; Boublíková, Ludmila (oponent) ; Klos, Dušan (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) patří celosvětově k nejčastějším malignitám s přetrvávající vysokou mortalitou. Z toho důvodu jsou kladeny vysoké nároky na výzkum tohoto onemocnění. Cílem naší práce bylo zhodnocení epidemiologie CRC v České republice v porovnání se světem. Zaměřili jsme se na zhodnocení nejnovějších poznatků ve screeningu, diagnostice, zkoumali jsme prognostické faktory a v neposlední řadě terapeutické možnosti u CRC. Dále jsme podrobněji popsali karcinomy produkující mucin a samotný mucin, jako rizikový faktor pro prognózu pacientů s CRC. V experimentální části práce jsme se zabývali genem mucinu MUC13 a osou MUC13 - miR-4647, které jsou právě spojeny s horší prognózou u pacientů s CRC. V naší práci jsme použili vzorky CRC a okolní tkáně bez karcinomu odebraných od pacientů, kteří podstoupili chirurgický zákrok ve Všeobecné fakultní nemocnici v Praze, ve Fakultní Thomayerově nemocnici v Praze a ve Fakultní nemocnici v Plzni. Odběr proběhl v letech 2011 až 2015. Bylo odebráno 187 vzorků od pacientů se sporadickým kolorektálním karcinomem. Subjekty studie poskytly informace o svých životních návycích, body mass index (BMI), cukrovce a rodinném či osobním výskytu rakoviny v anamnéze. Pacienti s kolorektálním karcinomem s vyšší hladinou exprese genu MUC13 v nádorové tkáni měli horší...
|
|
|
Molekulární aberace u testikulárních germinálních nádorů a jejich význam v nádorové patogenezi a klinické praxi
Matoušková, Laura ; Boublíková, Ludmila (vedoucí práce) ; Vymetálková, Veronika (oponent)
Testikulární germinální nádory (TGCT) jsou celkově vzácné, ale současně také nejčastěji se vyskytující zhoubné nádory u dospívajících a mladých mužů. Predispozice pro vznik TGCT zahrnují faktory genetické - několik desítek objevených rizikových lokusů v DNA, epigenetické změny DNA, alterace různých signálních drah, i zevní rizikové faktory environmentálního charakteru. Tyto nádory často velmi dobře reagují na léčbu cisplatinou, nicméně u části pacientů dochází k rezistenci na toto cytostatikum. Vznik cisplatinové rezistence, stejně tak jako molekulárně-biologické vlastnosti TGCT a jejich role v patogenezi, jsou doposud relativně málo probádané jevy. S tím souvisí i malý pokrok v léčbě TGCT a nedostupnost cílené biologické léčby, která by byla efektivní u pacientů s cisplatinovou rezistencí a/nebo celkově špatnou prognózou onemocnění. Vzhledem k tomu, že incidence TGCT v posledních desetiletích stoupá, jedná se o aktuální problém vyžadující urgentní řešení, jehož cílem je zlepšení přežití i kvality života pacientů s pokročilým TGCT. V teoretické části se práce věnuje hlavním v současnosti známým molekulárním charakteristikám TGCT a cisplatinové rezistence, mechanismům jejich vzniku, vlivu vnějších faktorů a mezipopulačním rozdílům ve výskytu TGCT. Cílem praktické části práce je identifikace a...
|
|
|
Role genu WT1 a dalších molekulárně-biologických abnormalit u germinálních nádorů varlat
Bakardjieva - Mihaylova, Violeta ; Boublíková, Ludmila (vedoucí práce) ; Chovanec, Michal (oponent) ; Kiss, Igor (oponent)
Testikulární germinální nádory (TGN) jsou poměrně vzácné solidní nádory dospělých. I tak postihují více než 700 mužů ročně v ČR, přičemž se většinou jedná o mladé pacienty ve věku 18-45 let. Velká část pacientů je vyléčitelná kombinací operace a chemoterapie, přesto zhruba 50 mužů ročně v ČR tomuto nádoru podlehne, a to v naprosté většině případů následkem rozvoje rezistence na chemoterapii obsahující cisplatinu. Méně častý výskyt a vysoká kurabilita jsou patrně příčinou toho, že molekulárně biologické i klinické studie se u těchto nádorů provádějí relativně zřídka, a naše porozumění biologickým procesům vedoucím ke vzniku primárního nádoru a vývoji rezistence na cisplatinu (CDDP) je stále omezené. V současné době se v klinické praxi nepoužívají žádné specifické molekulárně-biologické vlastnosti TGN, které by mohly sloužit jako prognostické nebo prediktivní faktory a přispět k lepší stratifikaci pacientů a perzonalizaci léčby. V této práci jsme studovali molekulárně- genetické pozadí vývoje TGN a rezistence na CDDP na několika úrovních. Za účelem komplexního studia vzniku cisplatinové rezistence jsme se rozhodli připravit a sekvenovat CDDP-exponované TGN buněčné linie. Dlouhodobá expozice CDDP zvýšila rezistenci 10krát v buněčné linii NCCIT, zatímco u Tera-2 nebyla dosažena významná rezistence....
|
|
|
Role genu WT1 a dalších molekulárně-biologických abnormalit u germinálních nádorů varlat
Bakardjieva - Mihaylova, Violeta ; Boublíková, Ludmila (vedoucí práce) ; Chovanec, Michal (oponent) ; Kiss, Igor (oponent)
Testikulární germinální nádory (TGN) jsou poměrně vzácné solidní nádory dospělých. I tak postihují více než 700 mužů ročně v ČR, přičemž se většinou jedná o mladé pacienty ve věku 18-45 let. Velká část pacientů je vyléčitelná kombinací operace a chemoterapie, přesto zhruba 50 mužů ročně v ČR tomuto nádoru podlehne, a to v naprosté většině případů následkem rozvoje rezistence na chemoterapii obsahující cisplatinu. Méně častý výskyt a vysoká kurabilita jsou patrně příčinou toho, že molekulárně biologické i klinické studie se u těchto nádorů provádějí relativně zřídka, a naše porozumění biologickým procesům vedoucím ke vzniku primárního nádoru a vývoji rezistence na cisplatinu (CDDP) je stále omezené. V současné době se v klinické praxi nepoužívají žádné specifické molekulárně-biologické vlastnosti TGN, které by mohly sloužit jako prognostické nebo prediktivní faktory a přispět k lepší stratifikaci pacientů a perzonalizaci léčby. V této práci jsme studovali molekulárně- genetické pozadí vývoje TGN a rezistence na CDDP na několika úrovních. Za účelem komplexního studia vzniku cisplatinové rezistence jsme se rozhodli připravit a sekvenovat CDDP-exponované TGN buněčné linie. Dlouhodobá expozice CDDP zvýšila rezistenci 10krát v buněčné linii NCCIT, zatímco u Tera-2 nebyla dosažena významná rezistence....
|
|
| |
host ::
RSS.