|
|
Nový atomizátor pro AAS na principu plazmového výboje typu dielectric barrier discharge
Novák, Petr ; Kratzer, Jan (vedoucí práce) ; Kanický, Viktor (oponent)
Byla provedena podrobná optimalizace podmínek atomizace arsenovodíku v novém typu atomizátoru pro atomovou absorpční spektrometrii s generováním hydridů (HG-AAS). Jedná se o plasmový atomizátor pracující na principu plasmového výboje s dielektrickou bariérou (DBD). Použití Ar jako plasmového plynu o průtoku 60 ml min-1 při výkonu DBD atomizátoru 17 W jsou optimální podmínky pro atomizaci arsenovodíku. Citlivost (0,48 s ng-1 As) i detekční limit (0,16 ng ml-1 ) dosažené v DBD jsou srovnatelné s externě vyhřívaným křemenným multiatomizátorem (MMQTA), který byl zvolen jako model běžně používaných atomizátorů hydridotvorných prvků v HG-AAS. Byl zkoumán vliv hydridotvorných prvků (Se, Sb, Bi) na stanovení As v MMQTA a DBD. DBD atomizátor vykazuje lepší odolnost vůči interferencím než MMQTA. Dále byl optimalizován a validován způsob prekoncentrace arsenu přímo v DBD atomizátoru, kdy je dosaženo záchytu analytu přídavkem kyslíku do DBD plazmatu a následně je zachycený analyt uvolněn po uzavření přívodu kyslíku. Bylo dosaženo 100 % účinnosti prekoncentrace a dosaženo řádového zlepšení detekčního limitu (0,01 ng ml-1 As, doba prekoncentrace 300 s).
|
|
|
Mechanismus protinádorového účinku seskviterpenických laktonů.
Filandr, František ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Grobárová, Valéria (oponent)
Jedním ze způsobů, jak zamezit nádorovému bujení je způsobit diferenciaci, apoptosu, nebo nekrózu nádorových buněk. Bylo zjištěno, že skupina chemických látek, které indukují apoptosu a inhibují proliferaci u leukemických buněk, jsou laktony seskviterpenů, mezi které patří látka cnicin, nacházející se v rostlině Cnicus benedictus, užívaná (užívá se) mimo jiné jako hořký tonik v alkoholických nápojích. Mechanismus, jakým se tak děje není zatím znám, ale nedávno popsaná Hippo signalizační dráha se zdá být jedním z cílů těchto látek. Centrální kinasa této dráhy je protein MST1/2 a v této práci je popsána jeho aktivace cnicinem za odštěpení aktivní N-terminální domény. Dále je sledován vliv cnicinu na onkoprotein C-MYC, jeden z hlavních deregulovaných pro-proliferačních proteinů u leukemických buněk, jehož množství v buňce se vlivem cnicinu snižuje. Navíc pomocí kvantitativní PCR bylo zjištěno, že vlivem cnicinu dochází k významnému snížení exprese anti-apoptotických proteinů BCL2, MCL1 a onkogenu cMYC.
|
|
|
Vliv proliferace endoteliálních buněk na jejich citlivost k mitochondriálně řízené apoptóze a oxidačnímu stresu.
Blecha, Jan ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Plecitá, Lydie (oponent)
Mitochondrie jsou multifunkční organely hrající rozhodující roli v energetickém metabolizmu buněk a v indukci buněčné smrti. Mitochondrie, a zvláště pak jejich respirační řetězec, jsou též hlavními producenty reaktivních forem kyslíku (ROS) v buňkách. Metabolizmus buňky může být ovlivněn jejím proliferačním stavem. Zároveň určité látky zvyšující oxidační stres vykazují antiangiogenní účinky spojené se selektivní eliminací proliferujících endoteliálních buněk (EB). Z těchto důvodů jsme v této práci zjišťovali, zda by mitochondrie mohly být zodpovědné za rozdílnou citlivost proliferujících a konfluentních (buněk v klidové fázi) EB k buněčné smrti. Zvláštní důraz byl kladen na systémy regulující hladinu ROS nebo apoptózy: respirační řetězec (produkce ROS), antioxidačních ochrana (detoxifikace ROS) a proteiny rodiny Bcl-2 (regulace apoptózy). Nejdříve jsme vystavili EB s normálně fungujícím a defektním respiračním řetězcem působení rozličných látek vyvolávajících oxidační stres a apoptózu a stanovili produkci ROS a citlivost k apoptóze v proliferujícím a klidovém stavu. Tyto experimenty ukázaly, že funkční respirační řetězec do značné míry zvyšuje citlivost proliferujících EB k indukci tvorby ROS a apoptóze, zatímco v buňkách v klidovém stavu funkční řetězec naopak proti buněčné smrti chrání. Vzhledem...
|
|
|
Sovětsko-indické vztahy v letech 1964-1982
Bartoňová, Martina ; Litera, Bohuslav (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent)
Bakalářská práce "Sovětsko-indické vztahy v letech 1964-1982" pojednává o vývoji vztahů mezi Indií a Sovětským svazem v období jejich nejtěsnější spolupráce. V této době došlo k významnému sladění zájmů zemí na mezinárodním poli, jež bylo v roce 1971 zpečetěno uzavřením smlouvy o přátelství a spolupráci, a k pěstování úzké ekonomické spolupráce mezi těmito dvěma zeměmi. Spojenectví s Indií bylo pro Sovětský svaz klíčové z hlediska strategie zadržování čínského vlivu v Asii, ale i z pohledu snah o nastolení globální převahy nad Spojenými státy. Pro Indii představoval Sovětský svaz jednak zdroj prostředků na modernizaci, zároveň si Indie spojenectvím s ním snažila zajistit ochranu bezpečnosti tváří v tvář svým nepřátelům, kterými byl Pákistán a též Čína. Indie usilovala o zachování nezávislého postavení, a proto současně udržovala vazby i na Spojené státy a angažovala se v hnutí nezúčastněných. Sovětské snahy o ustavení systému kolektivní bezpečnosti v Asii byly v rozporu s úsilím Indie o dosažení vůdčího postavení v regionu, a proto v tomto ohledu neposkytla svému spojenci žádnou podporu. Vztah Sovětského svazu a Indie ve sledovaném období byl založen jednak na vzájemné porozumění a oboustranně prospěšné spolupráci, zároveň zde ale docházelo k vážnému střetávání zájmů.
|
|
|
Tumor infiltrující lymfocyty jako prognostický faktor prognózy kolorektálního karcinomu po radikální chirurgické léčbě
Novák, Petr ; Vodička, Josef (vedoucí práce) ; Šiller, Jiří (oponent) ; Gürlich, Robert (oponent)
Souhrn Novák P.: Tumor infiltrující lymfocyty jako prognostický faktor kolorektálního karcinomu po radikální chirurgické léčbě. Úvod: Kolorektální karcinom (KRK) patří mezi nejčastější maligní onemocnění a představuje celosvětový problém. Česká republika patří mezi země s nejvyšším výskytem KRK vůbec. Boj s tímto onemocnění se odehrává na několika liniích jako je prevence, vlastní chirurgická a onkologická léčba a v neposlední řadě i odhad prognózy a správné stanovení individuální léčby. Cíl: Analyzovat vztah současných klinických a histopatologických faktorů a tumor infiltrujících lymfocytů, dendritických a "natural killer" buněk. Dalším cílem byla detekce pacientů s vysokým rizikem zhoršeného celkového přežívání a tendencí k časné recidivě malignity a tím i zkrácení bezpříznakového intervalu po radikálních chirurgických výkonech pro KRK. Metodika: Analýza souboru 150 pacientů (93 mužů a 57 žen), kteří byli léčeni na Chirurgické klinice FN Plzeň v období 2004-2007. Podmínkou zařazení do souboru byla radikální chirurgická operace. Ze souboru byli vyřazeni pacienti, u kterých bylo riziko ovlivnění imunitního systému jiným procesem. Hodnotili jsme endovaskulární (VI), endolymfatickou (LI) a perineurální infiltraci (PI) rakovinovými buňkami (0 - žádná, 1 - ano). Infiltrace tumoru byla detekována jako...
|
|
|
Characterization of protein structures using chemical cross-linking and mass spectrometry.
Kukačka, Zdeněk ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Některé bílkoviny k plnění své funkce vyžadují přítomnost specifického ligandu, kofaktoru nebo prostetické skupiny. Vazba této specifické molekuly může v molekulách bílkovin způsobit konformační změny. V některých případech může charakterizace takovýchto konformačních změn představovat velmi náročný úkol. V předkládané práci je popsán nový přístup sloužící ke sledování těchto změn pomocí kombinace chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením. Na modelovém systému, kterým byl zvolen protein kalmodulin, je ukázáno, že analýza pomocí izotopově značených síťovacích činidel umožnuje získat přehled o změnách struktury způsobených přítomností nebo nepřítomností ligandu. Byly rovněž popsány potenciální nedostatky metody, které tkví především v nedostatečné proteolýze proteinu. Tato nová metoda, která zároveň umožňuje kvantifikaci strukturních změn proteinů, byla použita spolu s dalšími technikami k charakterizaci neutrální trehalasy Nth1 v komplexu s proteinem Bmh1 (kvasinková forma proteinu 14-3-3). Výsledky odhalily, že vazba proteinu Bmh1 vyvolává přeskupení molekuly Nth1 se změnami především v tzv. "EF-hand" podobném motivu, který je nezbytný pro aktivační proces.
|
|
|
Příprava a studium lidského NK buněčného receptoru AICL
Nový, Jiří ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent)
Přirozené zabíječské buňky neboli NK buňky jsou nedílnou součástí přirozené imunity a plní funkci rozpoznání a usmrcení nádorových a virem infikovaných buněk. Jejich funkce je regulována signály produkovanými díky interakci inhibičních a stimulačních receptorů na svém povrchu se svými specifickými ligandy na povrchu cílové buňky. Aktivačním receptorem je také NK receptor NKp80, který tvoří velmi specifický komplex s buněčným receptorem AICL, přičemž oba tyto receptory spadají do rodiny receptorů podobným lektinům C-typu. Zvýšená exprese receptoru AICL je přednostně specifická pro nádorové buňky myeloidního charakteru. Tato diplomová práce popisuje produkci mutované formy AICL expresí v bakteriích Escherichia coli BL21 Gold (DE3) a následnou izolaci a in vitro renaturaci cílového proteinu. V předchozí studii bylo zjištěno, že lichý počet cysteinů v extracelulární lektinové doméně AICL způsobuje špatné sbalení proteinu. Záměnou lichého cysteinu za serin v poloze 87 bylo dosaženo zisku stabilní rozpustné formy AICL se sudým počtem cysteinů v konzervovaných pozicích, charakteristickým pro receptory C-lektinového typu. Správnost tvorby disulfidových můstků mezi cysteiny byla ověřena hmotnostní spektrometrií. Zisk značného množství proteinu umožnil nasazení krystalizačních pokusů v širokém spektru...
|
|
|
Studium interakce lektinových receptorů přirozených zabíječů s jejich proteinovými ligandy.
Hernychová, Lucie ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
NK buňky jsou přirozené lymfocyty, které tvoří díky svému receptorovému systému první linii obrany organismu před infekcemi. Jsou důležitou součástí protivirové, ale také protinádorové imunity, hrají roli v transplantační imunitě, autoimunitě nebo reprodukci. Tato diplomová práce se zabývá studiem struktury membránového receptoru NKR-P1B myších NK buněk a jeho interakcí s ligandem Clr-b. Cílem bylo připravit expresní vektor kódující ligand-vazebnou a celou extracelulární část receptoru NKR-P1B a optimalizovat jeho produkci a renaturaci in vitro. Připravené proteiny byly analyzovány gelovou filtrací, elektroforeticky a hmotnostní spektrometrií. Poté byla sledována jejich interakce s proteinem Clr-b biofyzikálními (gelová filtrace a povrchová plazmonová rezonance) a biologickými metodami (značení buněčných preparátů proteiny NKR-P1B s navázanou fluorescenční sondou). In vitro vazebné pokusy nepotvrdily vzájemnou intarakci NKR-P1B a Clr-b, přestože se připravené proteiny vázaly na buňky z kostní dřeně.
|
|
|
Studium vlivu kofaktoru na strukturu proteinu pomocí hmotnostní spektrometrie
Rosůlek, Michal ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Bakteriální protein WrbA z E. coli je zakládajícím členem nové rodiny FMN dependentních NAD(P)H oxidoreduktas, tvořící funkční i strukturní vývojový stupeň mezi bakteriálními flavodoxiny a některými savčími NAD(P)H:chinon oxidoreduktasami. Z těchto důvodů je protein WrbA v poslední době intenzivně studován pomocí různých analytických metod i počítačových simulací. Protein WrbA participuje na ochraně buněk před oxidativním stresem, přesná funkce proteinu WrbA in vivo je však stále neznámá. Protein WrbA tvoří v roztocích multimery, v μM koncentracích se při nízkých teplotách (4 řC) nachází ve formě dimeru, s rostoucí teplotou tetramerizuje. Dostupné trojrozměrné krystalové struktury obsahují informace pouze o tetramerní formě proteinu, dimerní forma dosud nebyla strukturně charakterizována. Tato práce byla zaměřena na studium dynamického chování proteinu v roztoku metodami vodík-deuteriové výměny a chemického síťování s následnou analýzou hmotnostním spektrometrem s vysokým rozlišením (FT-ICR). Sledováno bylo chování proteinu v závislosti na vazbě kofaktoru FMN nebo změnách teploty a koncentrace. Analýzou dat z vodík-deuteriové výměny byly získány informace o přístupnosti rozpouštědla a dynamice pro kompletní sekvenci proteinu. Popsán byl stabilizační vliv kofaktoru na tetramerní strukturu proteinu,...
|
|
|
Detekce krup pomocí dat z meteorologických radarů
Skripniková, Kateřina ; Řezáčová, Daniela (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent) ; Müller, Miloslav (oponent)
Disertační práce se zabývá testováním metod pro detekci krup pomocí dat z meteorologických radarů a využitím výsledných algoritmů pro účely klimatologie krupobití na území Česka. Byla použita data z Dopplerovských radarů pracujících v pásmu C. V první části práce je popsáno testování několika algoritmů zvolených na základě dostupnosti vstupních dat. Pomocí 25 dobře dokumentovaných událostí s krupobitím jsou nalezeny prahové hodnoty, které vytvořily kritéria vhodná pro detekci krup na území Česka. Vzhledem k hodnoceným událostem se práce zabývá detekcí silných krupobití s kroupami o průměru 2 cm a více. Testování bylo provedeno také pro oblast Bádenska-Württemberska, kde byly dostupné podrobnější informace o výskytu silných krupobití. Na základě jednotlivých testovaných kritérií bylo vytvořeno kombinované kritérium (COMBI) pro detekci krup. Druhá část práce se věnuje použití kroupových kritérií, zejména COMBI kritéria. Ve čtyřech případových studiích silného krupobití je ukázáno fungování COMBI kritéria. Dále je COMBI kritérium aplikováno na radarová data z šestiletého období 2007 až 2012. Byly vyhodnoceny všechny dny vždy pro květen až srpen. Průměrná roční bodová četnost silného krupobití dosahuje na území Česka hodnot do jednoho dne. Na většině území však hodnoty nepřesahují čtvrtinu dne za rok. V...
|
host ::
RSS.