|
|
Molecular phylogeny and evolutionary trends in Hieracium (Asteraceae, Lactuceae)
Krak, Karol ; Fehrer, Judith (vedoucí práce) ; Zozomová, Judita (oponent) ; Nieto Feliner, Gonzalo (oponent)
Pravé jestřábníky (Hieracium podrod Hieracium s. str.) se vyznačuje extrémní morfologickou variabilitou a různorodostí ploidních úrovní, která je spojená s různýma způsoby reprodukce. Předpokládá se, že v minulosti probíhala v rámci podrodu rozsáhlá hybridizace. V současné době je však hybridizace velice vzácná. Taxonomie podrodu je dost dobře propracována a diverzita na úrovni druhů je podrobně popsaná. Na druhé straně evoluční vztahy mezi jednotlivými druhy zatím nebyli studovány. Tato studie představuje první a zatím jedinou práci zaměřenou na objasnění těchto vztahů pomocí molekulárně biologických metod. Do analýz byly zahrnuty výlučně základní druhy (diploidní i polyploidní), které jsou morfologicky dobře odlišitelné a jsou chápány jako základní evoluční linie v rámci podrodu. Byli analyzovány sekvence dvou úseků chloroplastové DNA (trnT-trnL and trnV-ndhC) a mezerníkového úseku ETS, jádrové ribosomální DNA (nrDNA). V rámci studie byli vyvinuty tři nové low-copy jaderné markery, vhodné pro fylogenetické analýzy u Hieracium s. str., a každý z nich vykazoval vyšší variabilitu než nrDNA ETS. Jeden z nich, konkrétně část genu kódujícího enzym Squalen syntetázu (sqs), byl využit v rámci studie jako další jaderný úsek. Na základě analýzy sekvencí nrDNA ETS byly v podrodu Hieracium s. str....
|
|
|
Dental and Oropharyngeal Morphogenesis: Germ-layer Stability, Homology and Evolution.
Soukup, Vladimír ; Černý, Robert (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent) ; Matalová, Eva (oponent)
Orofaryngeální oblast obratlovců představuje komplexní orgánovou soustavu nesoucí aparát pro příjem potravy, který se skládá z jednotlivých mineralizovaných elementů, t.j. zubů. Tato soustava vzniká na základě interakcí mezi epitelem a přilehlým mezenchymem poté, co dojde k ustavení hranic mezi ektodermem a entodermem v rámci orofaryngeálního epitelu. Tyto hranice zřejmě vykazují stabilní umístění v rámci mandibulárního oblouku. Studium komparativní morfogeneze orálního prostoru však vedlo k identifikaci tří odlišných typů formování ektodermu a entodermu v různých liniích obratlovců, které souvisí s liniově specifickými událostmi probíhajícími během jejich časného embryonálního vývoje. Po ustálení ekto- entodermálních hranic dochází k iniciaci odontogeneze, a to takovým způsobem, že např. u axolotla mexického vykazují zuby ektodermální, entodermální i ekto- entodermální původ. Postupné zakládání jednotlivých zubních zárodků u tohoto druhu dále naznačuje, že ekto- entodermální hranice by mohla hrát roli v indukci zubů. Výsledkem analýzy ...
|
|
|
Evoluce karyotypů a určování pohlaví u leguánů (Squamata: Pleurodonta)
Altmanová, Marie ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Zrzavá, Magda (oponent)
Šupinatí plazi obecně vykazují nebývalou variabilitu v karyotypu a způsobech určování pohlaví. Z těchto dvou hledisek lze nicméně leguány (Pleurodonta) považovat za poměrně konzervativní skupinu ještěrů. Dosavadní poznatky o této skupině dokládají pouze genotypově určené pohlaví s XY systémem pohlavních chromosomů, avšak u řady cytogeneticky zkoumaných druhů nebyly pohlavní chromosomy odhaleny klasickými metodami, zřejmě z důvodu jejich homomorfie. Významnějsí variabilita v karyotypu byla pozorována pouze u druhově bohatých rodů Anolis, Liolaemus a Sceloporus. Cílem této diplomové práce bylo prozkoumat genom dostupných druhů hlavních leguáních linií za použití klasických i molekárně cytogenetických metod, pokusit se odkrýt synapomorfie v karyotypu hlavních monofil leguánů a odhalit pohlavní chromosomy. Během řešení tématu diplomové práce byl potvrzen již dříve publikovaný popis karyotypu u 13 studovaných druhů a pro dalších osm druhů byl nově stanoven základní popis karyotypu. Chromosomy všech zkoumaných jedinců byly prověřeny použitím metod klasické i molekulární cytogenetiky. Do analýzy bylo zahrnuto 21 druhů pokrývajících celkem osm leguáních čeledí. Většina zkoumaných druhů sdílela pravděpodobný ancestrální karyotyp (2n=36) této skupiny. Vyšetřením rozložení heterochromatinu na chromosomech a...
|
|
|
Phylogeography and ecology of the Cimex species (Heteroptera: Cimicidae) in Europe; the evolution of taxa and specialization of hosts
Balvín, Ondřej ; Vilímová, Jitka (vedoucí práce) ; Hypša, Václav (oponent) ; Votýpka, Jan (oponent)
U parazitických organismů lze pro jejich komplexní vztah s hostitelem nalézt neobvyklé a zajímavé mechanismy diverzifikace a speciace. Štěnice rodu Cimex (Heteroptera: Cimicidae) jsou jedna z obligátně ektoparazitických krevsajících skupin hmyzu. Na rozdíl od většiny ektoparazitů štěnice zaujaly strategii skrytého života v úkrytu hostitele, jehož tělo využívají pouze k potravě a transportu. Výhodu vyhnutí se konkurenci s jinými ektoparazity vyvažuje potřeba zvláště stabilního zdroje potravy, pro nějž si štěnice vybírají sociální hostitele žijící v koloniích. Nejčastějšími a také původními hostiteli štěnic jsou netopýři. Spektrum hostitelů jednotlivých druhů je často spíše široké. Morfologická analýza skupiny druhů Cimex pipistrelli ovšem prokázala rozdíly mezi štěnicemi z různých druhů netopýrů a poukázala tak na potřebu určité míry adaptace na jednotlivé hostitele. Mitochondriální DNA ale rozdíly v morfologii nereflektovala. Takto podmíněná morfologická variabilita zřejmě stála za popisem celkem tří evropských druhů skupiny C. pipistrelli, z nichž dva byly prokázány za neplatné. Štěnice jsou schopné sát na hostitelích značně vzdálených od zástupců jejich obvyklého hostitelské spektra. Dlouhodobé přežití ale vyžaduje velkou míru přizpůsobení, jehož vývoj může být v konfliktu s tokem genů z populací...
|
|
|
Linking Proteomes to Phenotypic Traits
Jelínek, Tomáš ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Vrbacký, Marek (oponent)
Proteiny, jakožto hlavní aktéři v buněčných procesech, mají zásadní roli ve formování fenotypových znaků. Tato práce zkoumá aplikaci proteomic- kých dat, získaných pomocí LC-MS/MS, pro pochopení vztahů mezi expresí proteinů a výslednými fenotypy. Diskutuje různé bioinformatické postupy, od předzpracování dat po techniky normalizace a metod imputace chybě- jících hodnot, pro zajištění co nejvyšší kvality dat pro následující analýzy. Dále tato práce popisuje, jak lze získat vhled do oněch fenotypových znaků u různých druhů zvířat či patologických stavů za užití analýzy diferenciální exprese, evolučního modelování pomocí Ornstein-Uhlenbeckova procesu nebo algoritmů strojového učení.
|
|
|
Faktory ovlivňující úspěšnost vytrvalostního lovu
Červenková, Lucie ; Struška, Michal (vedoucí práce) ; Oplt, Pavla Alexia (oponent)
Vytrvalostní lov spočívá v dlouhodobém honu za zvěří v typicky horkém a aridním prostředí do té doby, kdy u zvířete nastane vyčerpání a je dostiženo. Tento způsob zisku živočišné potravy v evoluci rodu Homo sehrál důležitou roli a stojí za mnoha adaptacemi k vytrvalostnímu pohybu, potažmo běhu. Tato práce zkoumá, které adaptace byly pro využívání tohoto typu lovu jako subsistence podmiňující. Zaměřuje se nejprve na termoregulační adaptace, ke kterým v evoluci homininů docházelo, a jak se mohou uplatňovat při strategii lovu. Dále se týká adaptací spojených s transportem kyslíku, k čemuž byly využity především informace o dnešních vytrvalostních sportovcích. Cílem je zjistit, které morfologické a fyziologické faktory hrají při úspěšnosti nejdůležitější roli, dále pak popsat vliv genetiky a tréninku na vytrvalost. V neposlední řadě se práce zaměřuje na téma lovkyň a pravděpodobnost jejich podílu na vytrvalostním lovu. Zjišťuje také významné adaptace u žen, které mohly pro tento typ lovu představovat výhodu. Klíčová slova: vytrvalostní lov, evoluce, H. erectus, termoregulační adaptace, pocení, VO2max, žena lovkyně
|
|
|
Evoluce množství jaderné DNA rodu Mallomonas a její souvislost s ekofyziologií
Čížková, Natálie ; Čertnerová, Dora (vedoucí práce) ; Trávníček, Pavel (oponent)
Variabilita velikosti genomu mezi eukaryoty a souvislosti vyplývající z této variability jsou z velké části stále neznámé. To platí zejména pro jednobuněčné eukaryotické organismy neboli protista, o jejichž obsahu jaderné DNA je k dispozici jen minimum údajů. Napříč studiemi zabývajícími se rostlinami či živočichy však bylo mnohokrát prokázáno, že je velikost genomu úzce spjata s velikostí buňky a může také souviset s dalšími ekofyziologickými parametry, jako je například rychlost růstu, rychlost metabolismu anebo životní strategie. U protist představuje buňka jejich celé tělo a umožnuje tak sledovat přímý vliv velikosti genomu na fenotypové projevy organismu. V této diplomové práci se podařilo pomocí průtokové cytometrie stanovit absolutní množství jaderné DNA pro 165 kmenů rodu Mallomonas (Chrysophyceae, Stramenopila) náležících k 64 druhům, čímž byla odhalena diverzita v množství jaderné DNA pro téměř 1/4 celosvětově uznávané diverzity tohoto rodu. Na základě získaných dat byla zjištěna až 100násobná variabilita v množství jaderné DNA napříč druhy Mallomonas (0.12 pg - 11.4 pg). Detekovaná vnitrodruhová variabilita v množství jaderné DNA ukazuje na působení nejrůznějších evolučních mechanismů. Násobné změny (i v rámci blízce příbuzných druhů) naznačují, že u rodu Mallomonas zřejmě dochází k...
|
|
|
Polyploidization and hybridization as evolutionary drivers in the Medicago sativa group
Peřina, Ondřej ; Kolář, Filip (vedoucí práce) ; Bartolić, Paolo (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje tématu polyploidie způsobené celogenomovou duplikací a jejími důsledky v evoluci komplexu Medicago sativa agg., tzn. divokých příbuzných významné pěstované pícniny vojtěšky. Tento komplex zahrnuje několik volně křižitelných taxonů přirozeně se vyskytujících v diploidním (2n = 16) nebo tetraploidním (2n = 32) cytotypu. Několik nedávno provedených studií se pokusilo vysvětlit původ a evoluci tohoto komplexu a vztahy mezi jeho členy, ale výsledky jsou stále zlomkovité a neprůkazné. Dva nejrozšířenější členové komplexu: fialově kvetoucí Medicago sativa a žlutě kvetoucí Medicago falcata jsou jak na diploidním tak na tetraploidním levelu geneticky diferencované, což podporuje jejich uznání jako odlišné taxony. Dále bylo prokázáno, že tetraploidní M. sativa subsp. sativa je autopolyploid, který vznikl z diploidní M. sativa subsp. caerulea jednodruhovou celogenomovou duplikací. Na druhou stranu původ tetraploidní M. falcata se zdá být komplexnější, pravděpodobně zahrnující autopolyploidizaci následovanou dávnou introgresí z Medicago prostrata. Většina studií věnující se tomuto tématu byla provedena na vzorcích občas nejasné ploidie a původu ze semenné databáze. Tento fakt zanechává naše vědomosti o původu a mechanismech diverzifikace komplexu Medicago sativa agg. pouze...
|
|
|
Automatizovaná tvorba modelů hlubokých neuronových sítí pro klasifikaci obrazu
DOHNAL, Patrik
Tato práce se zabývá návrhem a implementací systému pro automatickou tvorbu modelů hlubokých neuronových sítí (HNS) pro klasifikaci obrazu včetně evaluace výsledků na datových sadách Cifar-10 a Mnist-Fashion. Pro nalezení aproximačně nejlepšího modelu HNS je využito genetického algoritmu. V rámci práce je prozkoumáno několik přístupů k zakódování genetické informace modelů HNS. Dále je popsána řada experimentů s architekturou VGG-16, na jejichž základě je systém implementován. Součástí práce je i popis a řešení mnoha problémů s cyklickým trénováním na grafické kartě pomocí knihovny Tensorflow pro programovací jazyk Python.
|
|
|
Palaeoecological aspects and evolution of the Late Cretaceous oyster assemblages
Rantuch, Jakub
Předkládaná práce se věnuje studiu paleoekologických aspektů evoluce ústřičného rodu Rhynchostreon Bayle, 1874, významného zástupce křídové fauny. Prostřednictvím integrovaného studia řady sedimentologických (velikost křemenných zrn), geochemických (koncentrace hlavních oxidů) a paleobiologických (tafonomie) proxy, bylo pět studovaných lokalit původem z oblasti Českého masivu a Pieninského bradlového pásma (Západní Karpaty) rozděleno do tří typů prostředí, které se liší charakterem substrátu, úrovní vnitřní energie (dynamiky) a převládajícím salinitním režimem. Posléze bylo celkem pět paleopopulací ústřičného druhu Rhynchostreon suborbiculatum (Lamarck, 1801), osídlujících tyto habitaty (dynamické cenomanské příbřeží, klidné prostředí turonského hemipelagického moře a cenomansko-turonské okrajově-mořské prostředí s proměnlivým vlivem fluviální aktivity) podrobeno sérii morfologických a populačních analýz (zejména analýze početností velikostních tříd, struktury morfotypů a tloušťky schránky). Výsledky dosažené kombinací uvedených přístupů neindikují jenom širší ekologickou a salinitní valenci druhu R. suborbiculatum, ale také skutečnost, že ekologická odpověď jednoho z nejznámějších druhů fosilních ústřic na faktory spojené s klimatickou změnou (např. fluktuace salinity, úroveň eutrofie apod.) byla...
|
host ::
RSS.