|
| |
|
|
Biosystematická studie okruhu Carlina vulgaris ve střední Evropě s využitím molekulárních a morfometrických metod
Mašková, Hana ; Kaplan, Zdeněk (vedoucí práce) ; Krak, Karol (oponent)
Okruh pupavy obecné Carlina vulgaris agg. představuje v rámci střední Evropy několik ekologicky, morfologicky a chorologicky odlišených linií. V rámci této práce byly studovány vztahy mezi taxony rozeznávanými na území České republiky: pupava obecná pravá (Carlina vulgaris subsp. vulgaris), pupava Biebersteinova pravá (C. biebersteinii subsp. Biebersteinii), pupava Biebersteinova prostřední (C. biebersteinii subsp. brevibracteata) a pupava Biebersteinova jesenická (C. biebersteinii subsp. sudetica). Molekulární analýzy ukázaly na přítomnost dvou geneticky odlišených skupin, první zahrnuje zástupce reliktních stanovišť a horské rostliny klasifikované jako C. biebersteinii subsp. biebersteinii a C. biebersteinii subsp. sudetica, druhá pak rostliny řazené k C. vulgaris a C. biebersteinii subsp. brevibracteata. Diferenciace obou skupin je podpořena i morfometrickými analýzami. Vzájemné vztahy populací uvnitř těchto dvou skupin však zůstávají nejasné. Jisté je, že české populace C. biebersteinii subsp. biebersteinii a C. biebersteinii subsp. sudetica jsou příbuzné horským populacím z Alp a Karpat; jedná se o glaciální relikty zasluhující zvláštní pozornost z hlediska ochrany přírody. Nicméně statut samostatného endemického taxonu pro jesenickou populaci C. biebersteinii subsp. sudetica není pravděpodobně oprávněný.
|
|
|
Biosystematická studie okruhu Carlina vulgaris ve střední Evropě s využitím molekulárních a morfometrických metod
Mašková, Hana ; Kaplan, Zdeněk (vedoucí práce) ; Krak, Karol (oponent)
Okruh pupavy obecné Carlina vulgaris agg. představuje v rámci střední Evropy několik ekologicky, morfologicky a chorologicky odlišených linií. V rámci této práce byly studovány vztahy mezi taxony rozeznávanými na území České republiky: pupava obecná pravá (Carlina vulgaris subsp. vulgaris), pupava Biebersteinova pravá (C. biebersteinii subsp. Biebersteinii), pupava Biebersteinova prostřední (C. biebersteinii subsp. brevibracteata) a pupava Biebersteinova jesenická (C. biebersteinii subsp. sudetica). Molekulární analýzy ukázaly na přítomnost dvou geneticky odlišených skupin, první zahrnuje zástupce reliktních stanovišť a horské rostliny klasifikované jako C. biebersteinii subsp. biebersteinii a C. biebersteinii subsp. sudetica, druhá pak rostliny řazené k C. vulgaris a C. biebersteinii subsp. brevibracteata. Diferenciace obou skupin je podpořena i morfometrickými analýzami. Vzájemné vztahy populací uvnitř těchto dvou skupin však zůstávají nejasné. Jisté je, že české populace C. biebersteinii subsp. biebersteinii a C. biebersteinii subsp. sudetica jsou příbuzné horským populacím z Alp a Karpat; jedná se o glaciální relikty zasluhující zvláštní pozornost z hlediska ochrany přírody. Nicméně statut samostatného endemického taxonu pro jesenickou populaci C. biebersteinii subsp. sudetica není pravděpodobně oprávněný.
|
|
|
Využití metody Hyb-Seq pro rekonstrukci retikulátní vnitrorodové fylogeneze: příklad z polyploidního rodu Curcuma L. (Zingiberaceae)
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Krak, Karol (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá výzkumem fylogeneze hybridn polyploidního rodu Curcuma z eledi Zingiberaceae s využitím next-generation sekvenování, které umož uje získat stovky až tisíce jaderných lokus pro tvorbu fylogenetických strom , což se jeví jako vhodn jší p ístup oproti dosud hojn využívané cpDNA a ITS lokusu, zvlášt u hybridních a polyploidních skupin. K získání dat pro fylogenetické analýzy byla využita metoda Hybridization-based sequencing (Hyb-Seq), která kombinuje cílené obohacení (target enrichment) a m lké sekvenování (genome skimming). K analýze dat byla využita p edevším pipeline HybPhyloMaker specificky vyvinutá pro práci s Hyb-Seq daty. Bylo osekvenováno celkem 27 druh rodu Curcuma a t i druhy tvo ící outgroup. Fylogenetické stromy získané ze všech 1 154 a 811 vybraných jaderných low-copy gen vykazují vysoké podpory jednotlivých uzl , oproti tomu fylogeneze získané z celého chloroplastového genomu a rDNA cistronu jsou v n kterých v tvích podpo ené mén a vykazují inkongruence v topologii oproti strom m z jaderných low-copy gen . Fylogenetické sít vytvo ené z jaderných gen , lineage movement analýza a testy monofylie jsou ve shod s d íve publikovanou teorií o hybridním meziliniovém p vodu 3 druh - C. vamana, C. myanmarensis a C. roscoeana. Tyto metody také ukázaly pravd podobn...
|
|
|
Systematika a fylogeografie diploidních zástupců druhového komplexu Arabidopsis arenosa
Hyklová, Lucie ; Záveská, Eliška (vedoucí práce) ; Krak, Karol (oponent)
Druhový komplex Arabidopsis arenosa je blízce příbuzný modelovému druhu Arabidopsis thaliana. Areál rozšíření diploidní linie pokrývá větší část střední a jihovýchodní Evropy s pozoruhodnou diverzitou ekologických nik od mořské hladiny po vysokohorské vrcholky. Genetické vztahy mezi diploidními populacemi A. arenosa stále nejsou příliš známé. Pomocí 14 jaderných mikrosatelitových markerů byla prozkoumána evoluční historie diploidního cytotypu napříč celým areálem rozšíření. V rámci komplexu Arabidopsis arenosa bylo objeveno 5 linií, které se vyskytují v biogeograficky odlišných oblastech. Tyto linie byly označeny jako Západní Karpaty, Východní Karpaty, Panonská nížina, Dinárské hory a Pobaltí (podle toho, ve kterém geografickém regionu se tyto linie nachází). Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Molecular phylogeny and evolutionary trends in Hieracium (Asteraceae, Lactuceae)
Krak, Karol ; Fehrer, Judith (vedoucí práce) ; Zozomová, Judita (oponent) ; Nieto Feliner, Gonzalo (oponent)
Pravé jestřábníky (Hieracium podrod Hieracium s. str.) se vyznačuje extrémní morfologickou variabilitou a různorodostí ploidních úrovní, která je spojená s různýma způsoby reprodukce. Předpokládá se, že v minulosti probíhala v rámci podrodu rozsáhlá hybridizace. V současné době je však hybridizace velice vzácná. Taxonomie podrodu je dost dobře propracována a diverzita na úrovni druhů je podrobně popsaná. Na druhé straně evoluční vztahy mezi jednotlivými druhy zatím nebyli studovány. Tato studie představuje první a zatím jedinou práci zaměřenou na objasnění těchto vztahů pomocí molekulárně biologických metod. Do analýz byly zahrnuty výlučně základní druhy (diploidní i polyploidní), které jsou morfologicky dobře odlišitelné a jsou chápány jako základní evoluční linie v rámci podrodu. Byli analyzovány sekvence dvou úseků chloroplastové DNA (trnT-trnL and trnV-ndhC) a mezerníkového úseku ETS, jádrové ribosomální DNA (nrDNA). V rámci studie byli vyvinuty tři nové low-copy jaderné markery, vhodné pro fylogenetické analýzy u Hieracium s. str., a každý z nich vykazoval vyšší variabilitu než nrDNA ETS. Jeden z nich, konkrétně část genu kódujícího enzym Squalen syntetázu (sqs), byl využit v rámci studie jako další jaderný úsek. Na základě analýzy sekvencí nrDNA ETS byly v podrodu Hieracium s. str....
|
|
| |
host ::
RSS.