|
|
Conceptual Modeling for XML
Nečaský, Martin ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce) ; Krátký, Michal (oponent) ; Thalheim, Bernhardt (oponent)
XML is a popular format for data representation. As the amount of data represented in XML grows, it is necessary to concentrate on the process of modeling XML schemes of the XML representations. However, modeling the XML schemes on the level f XML schema languages, such as XML Schema, has some drawbacks. A natural idea to improve this situation is to model the XML schemes rst on the conceptual level. It is motivated by the world of relational databases where we also start modeling the data fi rst on the conceptual level. In this thesis we focus on conceptual modeling for XML. We start with a motivating example to point out to several problems that can arise when using only XML schema languages for modeling XML schemes. We discuss how modeling the data rst on the conceptual level can help. We also show that conceptual modeling for XML has some speci cs that should be taken into account by a conceptual model for XML. Mainly, we show that it is necessary to separate the conceptual modeling process to two parts. First, we need to model the data independently of its representation in XML. Second, we need to model how the data is represented in di erent types of XML documents. In the next step, we analyze in detail existing approaches to conceptual modeling for XML and show their limitations. In the main part of...
|
|
|
Retinoid regulation of target gene transcription and antitumor activity of retinoid related molecules
Raška, Ivan ; Broulík, Petr (vedoucí práce) ; Kostrouch, Zdeněk (oponent) ; Pokorný, Jaroslav (oponent)
Nuclear Retinoic Acid (RA) Receptors (RARs) activate gene expression through dynamic interactions with coregulators in coordination with the ligand and phosphorylation processes. In the first part of this work, we showed that during RA-dependent activation of the RARq isotype, the pi 60 coactivator pCIP/ACTR/AIВ-1 /RAC-3/TRAM-1 /SRC-3 was phosphorylated by p38MAPK. SRC-3 phosphorylation was correlated to an initial facilitation of RARa-target genes activation, via the control of the dynamics of the interactions of the coactivator with RARa. Then phosphorylation inhibited transcription via promoting the degradation of SRC-3. In line with this, inhibition of p38MAPK markedly enhanced RARa-mediated transcription and RA-dependent induction of cell differentiation. SRC-3 phosphorylation and degradation occurred only within the context of RARa complexes, suggesting that the RAR isotype defined a phosphorylation code through dictating the accessibility of the coactivator to p38MAPK. We proposed a model in which RARa transcriptional activity was regulated by SRC-3 through coordinated events that are fine- tuned by RA and p38MAPK. The retinoid related molecules (RRMs), ST1926 and CD437, are promising anti-cancer agents. In the second part of this work, we compared the RAR trans-activating properties of the two RRMs...
|
|
|
Vliv transplantace tkáně mozečku a fyzické aktivity na schopnost prostorové orientace u mutantních myší typu Lurcher
Cendelín, Jan ; Vožeh, František (vedoucí práce) ; Mareš, Jan (oponent) ; Pokorný, Jaroslav (oponent)
Mutantní myši typu Lurcher jsou modelem olivocerebelární degenerace. Jedná se o heterozygoty nesoucí mutaci genu pro 52 podjednotku glutamátového receptoru. Porucha receptoru vyvolává excitotoxickou apoptózu Purkyňových buněk, jejichž zánik vede k sekundárnímu úbytku granulárních buněk mozečku a neuronů dolní olivy. Mutanti Lurcher trpí ataxií a poruchou prostorového učení a orientace. Cílem práce bylo posoudit vliv transplantace embryonální mozečkové tkáně a nucené fyzické aktivity i jejich kombinace na schopnost prostorové orientace u mutantních myší typu Lurcher a sledovat přežívání mozečkového transplantátu u dospělých a mladých mutantních myší Lurcher a dospělých myší typu wild. Pro sledování přežívání transplantátu jsme použili dospělé myši typu wild a mladé a dospělé myši typu Lurcher kmene B6CBA. Ke zkoumání vlivu transplantace a nucené aktivity na schopnost prostorové orientace jsme použili dospělé a mladé myši Lurcher téhož kmene. Transplantát získaný z myších embryí bez mutace typu Lurcher byl aplikován do oblasti mozečku příjemce ve formě solidních kousků tkáně. Kontrolním zvířatům bylo aplikováno samotné vehikulum. Nucená fyzická aktivita spočívala v opakovaném tréninku na rotarodu. Prostorová orientace byla testována v Morrisově bludišti 9 týdnů po operaci. Histologické vyšetření přítomnosti...
|
|
| |
|
|
Dotazování relačních databází pomocí XSLT
Mareš, Jiří ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce) ; Richta, Karel (oponent)
Jazyk XML se stává standardem pro reprezentaci a výměnu informací. Vyvstala otázka, zda by nebylo možné spojit jednoduchost a uživatelskou přívetivost XML a dotazovacích jazyků nad ním pracujících s výkonností relačních databází. Existuje několik návrhů jakým způsobem toto propojení realizovat. Cílem diplomové práce je prozkoumání, případná úprava a následná implementace jednoho z navržených rešení, které ukládá XML data do relační databáze na základě znalosti DTD zdrojového XML a následně data dotazuje prostřednictvím XSLT. XSLT dotazy budou za použití DTD transformovány na SQL dotazy a bude navržen způsob, jakým získaná data transformovat zpět do XML.
|
|
| |
|
|
Rozšíření Faginova algoritmu pro více uživatelů
Ondreička, Matúš ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce) ; Eckhardt, Alan (oponent)
Táto práca sa zaoberá problematikou vyhľadávania K najlepších objektov pre viacerých užívateľov. Každý užívateľ pritom preferuje objekty inak. Užívateľské preferencie sú modelované lokálne pomocou fuzzy funkcií a globálne pomocou agregačnej funkcie. Práca sa zaoberá Faginovými algoritmami, ktoré však vyhľadávajú K najlepších objektov iba vzhľadom na agregačnú funkciu. Kvôli použitiu lokálnych preferencií pri výpočte Faginovho algoritmu vznikla potreba vytvoriť nový model zoznamov, nad ktorými prebieha výpočet Faginovho algoritmu. Nový model zoznamov je založený na B+-stromoch, v ktorých sú indexované objekty nezávisle na preferenciách užívateľov. Práca sa ďalej zaoberá použitím viacrozmerého B-stromu na vyhľadávanie K najlepších objektov podľa užívateľských preferencií vzhľadom ku Faginovým algoritmom. Práca prináša nové riešenie založené na viacrozmernom B-strome, VB-algoritmus.V závere práce sú uvedené výsledky testov všetkých popisovaných algoritmov.
|
|
|
Quantitative analysis of networked environments to improve performance of information systems
Petříček, Václav ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce) ; Cox, Ingemar J. (oponent) ; Snášel, Václav (oponent)
In this thesis we encounter networks in three contexts i) as the citation networks between documents in citation databases CiteSeer and DBLP, ii) as the structure of e-government websites that is navigated by users and iii) as the social network of users of a photo-sharing site Flickr and a social networking site Yahoo!360. We study the properties of networks present in real datasets, what are the effects of their structure and how this structure can be exploited. We analyze the citation networks between computer science publications and compare them to those described in Physics community. We also demonstrate the bias of citation databases collected autonomously and present mathematical models of this bias. We then analyze the link structure of three websites extracted by exhaustive crawls. We perform a user study with 134 participants on these websites in an lab. We discuss the structure of the link networks and the performance of subjects in locating information on these websites. We finally exploit the knowledge of users' social network to provide higher quality recommendations than current collaborative filtering techniques and demonstrate the performance benefit on two real datasets.
|
|
|
XML Data in (Object-) Relational Databases
Mlýnková, Irena ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce) ; Krátký, Michal (oponent) ; Osswald, R. (oponent)
As XML has become a standard for data representation, it is inevitable to propose and implement techniques for e±cient managing of XML documents. A natural alternative is to exploit features and functions of (object-)relational database management systems, i.e. to rely on their long theoretical and practical history. The main concern of such techniques is the choice of an appropriate XML-to-relational mapping strategy. In this thesis we focus on further enhancing of current most e±cient XML-to-relational storage strategies { so-called adaptive methods. Firstly, we perform a detailed analysis of existing works and especially remaining open issues. Secondly, we propose their enhancing which can be characterized as a hybrid user-driven adaptive mapping strategy, i.e. a combination of so-called user-driven and adaptive methods. In the enhancing we focus especially on deeper exploitation of user-given information, i.e. schema annotations, and we propose an approach which enables to identify new annotation candidates and thus to help users to nd a more appropriate mapping strategy. For this purpose we propose a similarity measure which focuses mainly on structural similarity of the given data and an algorithm which enables reasonable tuning of its parameters on the basis of results of statistical analysis of...
|
|
|
Implementace XSLT v prostředí relační databáze
Kmoch, Ondřej ; Holubová, Irena (oponent) ; Pokorný, Jaroslav (vedoucí práce)
XML je rozšířitelný formát, kterrý je využíván k ukládání všech druhů dat, a XSLT představuje standardizovaný jazyk pro transformaci XML dat a jejich struktury. Dnes existuje mnoho implementací XSLT, ale většina z nich udržuje zdrojové XML dokumenty ve strukturách přímo v paměti. Implementace představená v této práci používá pro udržování těchto dokumentů relační databázi a využívá jazyk SQL k vyhodnocování všech XPath dotazů, které se používají v XSLT. Nejdříve je představeno nahrávání zdrojových XML dokumentů do generického relačního mapování. Dále je představena transformace XPath dotazů přímo na SQL dotazy a nakonec je popsáno vyhodnocování XSLT transformací pomocí prostředků relační databáze.
|
host ::
RSS.