|
|
Molekulární typizace bakterií mléčného kvašení
Jelínek, Zdeněk ; Ing. Špano Miroslav,PhD. (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Bakterie mléčného kvašení nacházejí uplatnění nejen v potravinářském průmyslu, ale také ve zdravotnictví. Jsou součástí mnoha fermentovaných mléčných výrobků i běžné střevní mikroflóry. Pro identifikaci bakterií byla vyvinuta celá řada metod, v této práci se však zaměříme na Rep-PCR a RAPD. Cílem bude zhodnotit vliv různých korelačních koeficientů a algoritmů shlukové analýzy dat na taxonomické zařazení bakterií.
|
|
|
Molekulární charakterizace vybraných kmenů klostridií izolovaných ze sýrů
Chroboková, Maria ; Kvasničková, Eva (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na molekulární charakterizaci 42 bakteriálních kmenů rodu Clostridium. DNA byla izolována fenol-chloroformovou extrakcí a vysrážena ethanolem. Poté byla provedena rodová a druhová identifikace studovaných kmenů. Ze 42 testovaných kmenů bylo 19 z nich zařazeno do druhu Clostridium tyrobutyricum a 3 byly zařazeny do druhu Clostridium butyricum. DNA všech kmenů byla testována metodou PCR se specifickými primery HGf a HGr na přítomnost genu pro hydrogenázu hydA. U 21 vzorků byla prokázána přítomnost genů kódujících uvedenou hydrogenázu. Pro vytvoření fingerprintových profilů studovaných kmenů byly použity primery (GTG)5 (rep-PCR) a Pr1 a Pr6 (RAPD). Dále byla za různých podmínek studována kultivace kmene Clostridium tyrobutyricum S5. Kultivace byla prováděna za anaerobních podmínek v tekutém živném médiu RCM, ve kterém byla glukóza nahrazena laktózou nebo syrovátkou. Růst bakteriálních buněk byl sledován při laboratorní teplotě (20-23 °C) a při 37 °C; pH média se pohybovalo v rozmezí 4,0 až 8,0 s rozdílem 0,5 jednotky.
|
|
|
Identifikace a charakterizace vybraných druhů bakterií mléčného kvašení
Trojánek, Zdeněk ; Špano,, Miroslav (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Mezi významné zástupce bakterií mléčného kvašení patří gram-pozitivní bakterie rodu Bifidobacterium. Jsou běžnou součástí střevní mikroflóry, kde pomáhají udržovat rovnováhu a zabraňují kolonizaci trávícího traktu patogenními mikroorganismy. Bifidobakterie jsou pro své probiotické účinky často používány k výrobě různých mléčných výrobků. K rychlé a přesné identifikaci bakterií rodu Bifidobacterium se v současné době používají molekulárně-biologické metody. V práci jsme se zaměřili na izolaci DNA a identifikaci bakterií rodu Bifidobacterium pomocí amplifikačních metod založených na polymerasové řetězové reakci (PCR). Dále bylo provedeno statistické vyhodnocení fingerprintů, získaných pomocí rep-PCR s primery (GTG)5.
|
|
|
Automatická genotypizace bakterií metodou rep-PCR
Pelikánová, Veronika ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá automatickou genotypizací bakterií metodou rep-PCR. V teoretické části jsou představeny různé metody typizace DNA, základní informace o elektroforéze a uvedeny moderní elektroforetické přístupy i s jejich problémy, zavádějící zkreslení dat. Za účelem automatické typizace je navržen program pro fylogenetickou klasifikaci vzorků dat z rep-PCR vhodný i obecně pro data z čipové kapilární elektroforézy. Program se skládá ze tří základních částí: digitalizace, úpravy pozic bandů a samotné fylogenetické klasifikace. Výsledkem programu je dendrogram znázorňující podobnost vzorků. K sestavenému programu je vytvořeno uživatelské rozhraní pro možné zavedení do praxe v Dětské nemocnici, na jejichž popud byl program sestavován. Na závěr je vyhodnocena úspěšnost programu na standardizovaných a reálných datech poskytnutých z Dětské nemocnice.
|
|
|
Automatic Genotyping Of Bacteria By Rep-Pcr
Pelikánová, Veronika
This paper deals with automatic genotyping of bacteria by rep-PCR. The main goal is to create a program to analyze bacterial type in the samples. The result of the algorithm is phylogenetic tree, which indicates the cluster of samples according to bacterial type. This program consists of two main parts, a transformation function to reduce distortion of data and a clustering apparatus to bacterial type classification.
|
|
|
Automatická genotypizace bakterií metodou rep-PCR
Pelikánová, Veronika ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá automatickou genotypizací bakterií metodou rep-PCR. V teoretické části jsou představeny různé metody typizace DNA, základní informace o elektroforéze a uvedeny moderní elektroforetické přístupy i s jejich problémy, zavádějící zkreslení dat. Za účelem automatické typizace je navržen program pro fylogenetickou klasifikaci vzorků dat z rep-PCR vhodný i obecně pro data z čipové kapilární elektroforézy. Program se skládá ze tří základních částí: digitalizace, úpravy pozic bandů a samotné fylogenetické klasifikace. Výsledkem programu je dendrogram znázorňující podobnost vzorků. K sestavenému programu je vytvořeno uživatelské rozhraní pro možné zavedení do praxe v Dětské nemocnici, na jejichž popud byl program sestavován. Na závěr je vyhodnocena úspěšnost programu na standardizovaných a reálných datech poskytnutých z Dětské nemocnice.
|
|
|
Molekulární charakterizace vybraných kmenů klostridií izolovaných ze sýrů
Chroboková, Maria ; Kvasničková, Eva (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na molekulární charakterizaci 42 bakteriálních kmenů rodu Clostridium. DNA byla izolována fenol-chloroformovou extrakcí a vysrážena ethanolem. Poté byla provedena rodová a druhová identifikace studovaných kmenů. Ze 42 testovaných kmenů bylo 19 z nich zařazeno do druhu Clostridium tyrobutyricum a 3 byly zařazeny do druhu Clostridium butyricum. DNA všech kmenů byla testována metodou PCR se specifickými primery HGf a HGr na přítomnost genu pro hydrogenázu hydA. U 21 vzorků byla prokázána přítomnost genů kódujících uvedenou hydrogenázu. Pro vytvoření fingerprintových profilů studovaných kmenů byly použity primery (GTG)5 (rep-PCR) a Pr1 a Pr6 (RAPD). Dále byla za různých podmínek studována kultivace kmene Clostridium tyrobutyricum S5. Kultivace byla prováděna za anaerobních podmínek v tekutém živném médiu RCM, ve kterém byla glukóza nahrazena laktózou nebo syrovátkou. Růst bakteriálních buněk byl sledován při laboratorní teplotě (20-23 °C) a při 37 °C; pH média se pohybovalo v rozmezí 4,0 až 8,0 s rozdílem 0,5 jednotky.
|
|
|
Identifikace a charakterizace vybraných druhů bakterií mléčného kvašení
Trojánek, Zdeněk ; Špano,, Miroslav (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Mezi významné zástupce bakterií mléčného kvašení patří gram-pozitivní bakterie rodu Bifidobacterium. Jsou běžnou součástí střevní mikroflóry, kde pomáhají udržovat rovnováhu a zabraňují kolonizaci trávícího traktu patogenními mikroorganismy. Bifidobakterie jsou pro své probiotické účinky často používány k výrobě různých mléčných výrobků. K rychlé a přesné identifikaci bakterií rodu Bifidobacterium se v současné době používají molekulárně-biologické metody. V práci jsme se zaměřili na izolaci DNA a identifikaci bakterií rodu Bifidobacterium pomocí amplifikačních metod založených na polymerasové řetězové reakci (PCR). Dále bylo provedeno statistické vyhodnocení fingerprintů, získaných pomocí rep-PCR s primery (GTG)5.
|
|
|
Molekulární typizace bakterií mléčného kvašení
Jelínek, Zdeněk ; Ing. Špano Miroslav,PhD. (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Bakterie mléčného kvašení nacházejí uplatnění nejen v potravinářském průmyslu, ale také ve zdravotnictví. Jsou součástí mnoha fermentovaných mléčných výrobků i běžné střevní mikroflóry. Pro identifikaci bakterií byla vyvinuta celá řada metod, v této práci se však zaměříme na Rep-PCR a RAPD. Cílem bude zhodnotit vliv různých korelačních koeficientů a algoritmů shlukové analýzy dat na taxonomické zařazení bakterií.
|
host ::
RSS.