|
|
Izolace DNA z rostlinných tkání pro použití v polymerázové řetězové reakci
Trojánek, Zdeněk ; RNDr.Roman Matyášek, CSc. (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Extrakce nukleových kyselin je důležitým krokem pro všechny molekulárně-biologické studie. Proces izolace rostlinné DNA je komplikovaný vzhledem k přítomnosti polyfenolů, polysacharidů a jiných metabolitů, které mohou být izolovány současně s DNA a působit jako inhibitory PCR. Cílem této práce bylo porovnat mezi sebou klasickou metodu izolace rostlinné DNA – metoda CTAB, komerční kit DNeasy Plant Mini Kit, přímou homogenizaci, polymerní neporezní magnetické nosiče funkcionalizované karboxylovými skupinami a kombinaci výše uvedených metod pro izolaci DNA z různých rostlin a potravin rostlinného původu. DNA izolovaná jednotlivými metodami byla hodnocena z hlediska množství, čistoty a použití v PCR. Všechny metody poskytly DNA v kvalitě vhodné pro PCR. Nicméně jednotlivé metody vykazovaly rozdíly v množství a čistotě izolované DNA, pracnosti izolace DNA a ceně. Kombinací přímé homogenizace a magnetických nosičů pokrytých karboxylovými skupinami byla izolována DNA z různých rostlin a potravin rostlinného původu v kvalitě vhodné pro konvenční PCR, PCR v reálném čase a restrikční analýzu. Tato metoda je časově nenáročná, jednoduchá a nevyžaduje práci se škodlivými látkami.
|
|
|
Selektivní izolace bakterií rodu Bifidobacterium z potravin
Mizerovská, Lucie ; Šárka, Havlíková (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Probiotické bakterie mléčného kvašení (BMK) jsou ve velké míře využívány v potravinářském průmyslu například při výrobě mléčných výrobků, sýrů a fermentovaných salámů, dále se využívají ke konzervaci zeleniny. V diplomové práci byly testovány synbiotické doplňky stravy od různých výrobců. Byla provedena izolace celkové DNA z hrubých lyzátů buněk pomocí magnetických nosičů P(HEMA-co-GMA) ze šesti doplňků stravy. Ze všech výrobků byla izolována DNA v kvalitě pro polymerázovozu řetězovou reakci (PCR). V souladu s údaji deklarovanými výrobcem byla pomocí PCR prokázána přítomnost bakterií rodu Bifidobacterium. Dále byla provedena imunomagnetická separace buněk rodu Bifidobacterium ze dvou výrobků a jejich identifikace pomocí PCR. U obou výrobků byla prokázána přítomnost bakterií rodu Bifidobacterium.
|
|
|
Využití magnetických nano- a mikro částic při izolaci DNA z vybraných druhů potravin
Ráčková, Lucie ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
V práci byla ověřována mikrometoda izolace rostlinné DNA z vybraných druhů zeleniny (cibule, brokolice) a potravinových výrobků v kvalitě vhodné pro konvenční polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Mikrometoda umožňuje izolaci DNA pomocí magnetických nosičů z hrubých lyzátů buněk, získaných přímou homogenizací rostlinných tkání. Byly porovnávány různé způsoby zpracování homogenátů. Homogenizace probíhala v lyzačním pufru s obsahem cetyltrimetylamoniumbromidu (CTAB). Byl testován vliv organických extrakčních činidel chloroform-oktanolu a isopropanolu. Z homogenátů byla DNA purifikována reverzibilní adsorpcí na magnetické částice. Byly testovány celkem čtyři různé typy magnetických částic. U izolovaných DNA bylo provedeno spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty. Amplifikovatelnost DNA byla ověřena pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Byly použity dvě sady specifických primerů pro rostlinnou ribosomální DNA (rDNA). Produkty PCR dlouhé 700 a 220 bp byly detegovány agarózovou gelovou elektroforézou. Byly prokázány rozdíly ve výtěžku a kvalitě DNA v závislosti na způsobu zpracování homogenátů a použitých magnetických nosičích. Navržený postup s dvěma nosiči byl testován pro izolaci DNA z potravinových výrobků obsahujících rostlinný materiál (rostlinné pomazánky). DNA se amplifikovala v PCR. Mikrometoda je vhodná pro DNA analýzu potravin.
|
|
|
Mikroextrakce DNA z rostlinných tkání zeleniny
Cesnak, Filip ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Diplomová práca bola zameraná na porovnanie dvoch mikroizolačných metód DNA s využitím magnetických častíc z potravín rastlinného pôvodu. Vzorky mali rôznorodé, komplexné matrice a boli v surovom (brokolica, list z jahodníka obecného) alebo technologicky opracovanom stave (jahodový džem). Prvá metóda využíva na manipuláciu magnetických častíc magnetický separátor a slúžila ako štandart pri porovnaní. Druhá metóda využíva paramagnetickú ihlu, ktorej výhodou by mala byť možnosť izolácie DNA vo vyššej kvalite bez výraznej kontaminácie polyfenolickými látkami či proteínmi. Vhodnosť metódy bola vyhodnotená štatistickým porovnaním výsledkov získaných obidvomi metódami. Kvalita DNA bola posúdená testovaním amplifikovatelnosti izolovanej DNA pomocou PCR. Amplifikované produkty boli vizualizované na agarózovom gély pomocou elektroforézy.
|
|
|
Identifikace bakterií mléčného kvašení v kysaných mléčných výrobcích s využitím amplifikačních metod
Tycová, Martina ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Polymerázová řetěžová reakce (PCR) je molekulární diagnostická metoda, která umožňuje identifikaci bakterií mléčného kvašení používaných v potravinářském průmyslu. V této práci byla použita PCR pro identifikaci bakterií druhu Streptococcus thermophilus v 10-ti náhodně vybraných komerčně dostupných kysaných mléčných výrobcích a pro identifikaci druhu Streptococcus thermophilus v 25 lyofilizátech kmenů získaných ze Sbírky mlékařských kultur Laktoflóra (CCDM, Tábor, CZ). Druhově specifické PCR primery byly cíleně vybrány z oblastí 16S rDNA. PCR produkty (968bp) byly detekovány použitím elektroforézy na 1,2 % agarózovém gelu. Bakteriální DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk magnetickými nosiči P(HEMA-co-GMA) obsahujícími karboxylové skupiny. DNA byla vratně navázána na jejich povrch v přítomnosti vysoce koncentrovaného polyethylenglykolu (PEG 6000) a chloridu sodného. Metoda fenolové extrakce DNA byla použita jako kontrolní. Pomocí metody PCR byly identifikovány bakterie druhu Streptococcus thermophilus ve v všech analyzovaných vzorcích.
|
|
|
Separace a purifikace nukleových kyselin s využitím magnetických mikročástic
Vlachová, Jana ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Použití magnetických mikročástic při izolaci nukleových kyselin z reálných vzorků je moderní a rychlý separační postup, který je vhodný pro použití v běžné laboratorní praxi. Cílem bakalářské práce byla izolace DNA z mléčného výrobku (Activia sladká bílá) v kvalitě vhodné pro PCR. Izolace DNA byla provedena magnetickými mikročásticemi P(HEMA co GMA) v prostředí 2 M NaCl a 16% PEG 6000 nebo 8% PEG 6000. Pomocí PCR byla prokázána přítomnost DNA probiotických bakterií rodu Lactobacillus a Bifidobacterium deklarovaných výrobcem.
|
|
|
Využití různých technik enkapsulace k řízenému uvolňování aktivních látek v potravinářských a kosmetických přípravcích
Skoumalová, Petra ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kráčmar, Stanislav (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Předložená dizertační práce je zaměřena na studium enkapsulace přírodních aktivních látek do různých typů organických mikro- a nanočástic, zejména do liposomů a polysacharidových částic. Jako aktivní složky byly enkapsulovány kofein, klotrimazol, ibuprofen, antioxidanty a vitaminy. Dále byly enkapsulovány různé bylinné extrakty, lysozym, nisin a další antimikrobiální látky. Enkapsulovány byly i vybrané hydrolytické enzymy. Částice byly použity i pro enkapsulaci vybraných probiotických kmenů Bifidobacterium breve a Lactobacillus acidophilus a prebiotik. Prebiotika byla rovněž koenkapsulována společně s probiotickými buňkami. Z přírodních extraktů byly enkapsulovány např. extrakty z guarany, ženšenu, kustovnice čínské, zeleného ječmenu, propolisu černého, zeleného a bílého čaje, kávy, ovoce a zeleniny. Enkapsulační účinnost byla stanovena pomocí spektrofotometrických metod a pomocí HPLC/PDA. Dlouhodobá stabilita částic a množství uvolněných složek bylo sledováno v modelových i v reálných potravinách a v modelových fyziologických prostředích. Velikost liposomových částic a polysacharidových nanočástic byla měřena pomocí DLS. Velikost a morfologie připravených částic byla sledována rovněž pomocí světelné a elektronové mikroskopie. Koloidní stabilita částic byla měřena pomocí zeta potenciálu. Ke stanovení sedimentační stability částic byla použita analytická centrifugace. Antimikrobiální aktivita byla testována při použití dvou gram-pozitivních bakterií (Bacillus subtilis, Micrococcus luteus), dvou gram-negativních bakterií (Escherichia coli, Serratia marcescens) a jednoho kvasinkového kmene (Candida glabrata). Pro stanovení antimikrobiální vlastnosti aktivity byly použity dvě metody agarová difuzní metoda a bujónová diluční metoda. Životaschopnost probiotických kmenů byla stanovena pomocí průtokové cytometrie a také pomocí fluorescenční mikroskopie. Enkapsulace aktivních složek byla úspěšná ve všech typech částic. Liposomy vykazovaly velmi dobrou dlouhodobou stabilitu, zejména ve vodných podmínkách s neutrálním pH. Naopak, polysacharidové částic byly stabilní v kyselém prostředí. Připravené částice byly také stabilní v modelovém prostředí žaludeční šťávy, k uvolnění aktivních složek docházelo pak v modelovém prostředí střevní šťávy. Částice s kofeinem, stejně jako i s dalšími testovanými antioxidanty a vitaminy by mohly být použity pro aplikace do moderních typů energetických nápojů, potravinových doplňků a také pro některé kosmetické aplikace. Enkapsulované antimikrobiální složky lze také využít v potravinářství, ale i v kosmetice a farmaceutickém průmyslu jako antimikrobiální a hojivé přípravky. Enkapsulované enzymy s řízeným uvolňováním mohou být použity v přípravcích pro hojení ran, dále naleznou uplatnění jako součást farmaceutických přípravků a potravinových doplňků určených pro enzymovou terapii. Enkapsulované probiotické bakterie a také koenkapsulovaná probiotika s prebiotiky díky zachování vyšší dlouhodobé životaschopnosti buněk a stability částic jsou rovněž vhodné k aplikaci do potravinářských výrobků a doplňků stravy s pozitivními účinky na lidský organismus.
|
|
|
The application of magnetic particles for DNA isolation from selected vegetable products
Akwari, Michala ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
Micromethod of DNA isolation using magnetic particles is one of the modern technological methods used in DNA isolation, and makes the process simpler, more effective and faster. The main aim of this study was to isolate the DNA from various plant (tomato) food products, using different types of magnetic particles. The results were compared and the quantity, purity and the possibility of amplication of the isolated DNA among samples were found to be different. The DNA isolation method using magnetic particles P(HEMA-co-GMA) or HPS B-M-NH2 was shown to be the most effective in achieving the above mentiond parametres. DNAs from the analysed samples of plant food products were isolated in sufficient quantity and quality to be used in the conventional PCR. Differences in the possibility of the amplification of the isolated DNA stored at -20 °C during more than a half year were not found.
|
|
|
Selektivní izolace bakterií rodu Lactobacillus z potravin
Novotná, Eva ; Šárka, Havlíková (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Probiotické druhy bakterií mléčného kvašení rodu Lactobacillus hrají důležitou roli v trávicím traktu člověka. Používají se v potravinářském průmyslu a jsou rovněž součástí stravy. K identifikaci baktérií mléčného kvašení rodu Lactobacillus lze použít polymerázovou řetězovou reakci (PCR). V experimentální části práce byla izolována DNA z hrubých lyzátů buněk 4 synbiotických doplňků stravy pomocí magnetických částic P(HEMA-co-GMA). Izolovaná DNA byla amplifikována v PCR pomocí rodově a druhově specifických primerů. V další části práce byly testovány magnetické nosiče s imobilizovanou protilátkou proti bakteriím rodu Lactobacillus. Uvedené částice byly použity k izolaci cílových buněk z výrobků následně identifikovaných pomocí rodově specifické PCR.
|
|
|
Příprava a purifikace plasmidových DNA
Němeček, Milan ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
S rozvojem terapeutických metod v lékařství, jako jsou DNA vakcíny a genová terapie, se zvyšuje poptávka po nových postupech izolace a purifikace vysoce čisté plazmidové DNA. Nejčastěji využívanými metodami purifikace plazmidové DNA jsou metody chromatografické. V experimentální části byla provedena izolace plazmidové DNA pUC 19 metodou alkalické lýze. A následně byla provedena purifikace plazmidové DNA agarózovou gelovou elektroforézou a kapalinovou chromatografií.
|
host ::
RSS.