|
|
Molekulární charakterizace vybraných kmenů klostridií izolovaných ze sýrů
Chroboková, Maria ; Kvasničková, Eva (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na molekulární charakterizaci 42 bakteriálních kmenů rodu Clostridium. DNA byla izolována fenol-chloroformovou extrakcí a vysrážena ethanolem. Poté byla provedena rodová a druhová identifikace studovaných kmenů. Ze 42 testovaných kmenů bylo 19 z nich zařazeno do druhu Clostridium tyrobutyricum a 3 byly zařazeny do druhu Clostridium butyricum. DNA všech kmenů byla testována metodou PCR se specifickými primery HGf a HGr na přítomnost genu pro hydrogenázu hydA. U 21 vzorků byla prokázána přítomnost genů kódujících uvedenou hydrogenázu. Pro vytvoření fingerprintových profilů studovaných kmenů byly použity primery (GTG)5 (rep-PCR) a Pr1 a Pr6 (RAPD). Dále byla za různých podmínek studována kultivace kmene Clostridium tyrobutyricum S5. Kultivace byla prováděna za anaerobních podmínek v tekutém živném médiu RCM, ve kterém byla glukóza nahrazena laktózou nebo syrovátkou. Růst bakteriálních buněk byl sledován při laboratorní teplotě (20-23 °C) a při 37 °C; pH média se pohybovalo v rozmezí 4,0 až 8,0 s rozdílem 0,5 jednotky.
|
|
|
DNA analýza nepatogenních klostridií izolovaných ze sýrů
Chroboková, Maria ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Polymerázová řetězová reakce (PCR) je molekulárně genetická metoda, která umožňuje replikaci nukleových kyselin in vitro. Umožňuje identifikaci mikroorganismů nebo prokazování přítomnosti specifických genů v různých matricích biologického původu. Některé nepatogenní druhy rodu Clostridium způsobují vážná poškození sýrů, proto jejich identifikace a kvantifikace je tak důležitá v sýrařství. V této práci byly testovány specifické primery pro rod Clostridium. Byla zde použita bakteriální DNA sbírkových kmenů a kmenů vyizolovaných z poškozených sýrů. Pomocí specifických primerů byly metodou PCR amplifikovány charakteristické úseky DNA pro klostridie. PCR produkty (619 bp) byly detekovány použitím elektroforézy na 1,8% agarózovém gelu. Byla potvrzena rodová specifita testovaných primerů specifických pro rod Clostridium. Pro negativní kontrolu byla použita bakteriální DNA rodu Lactobacillus.
|
|
|
Molekulární charakterizace vybraných kmenů klostridií izolovaných ze sýrů
Chroboková, Maria ; Kvasničková, Eva (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na molekulární charakterizaci 42 bakteriálních kmenů rodu Clostridium. DNA byla izolována fenol-chloroformovou extrakcí a vysrážena ethanolem. Poté byla provedena rodová a druhová identifikace studovaných kmenů. Ze 42 testovaných kmenů bylo 19 z nich zařazeno do druhu Clostridium tyrobutyricum a 3 byly zařazeny do druhu Clostridium butyricum. DNA všech kmenů byla testována metodou PCR se specifickými primery HGf a HGr na přítomnost genu pro hydrogenázu hydA. U 21 vzorků byla prokázána přítomnost genů kódujících uvedenou hydrogenázu. Pro vytvoření fingerprintových profilů studovaných kmenů byly použity primery (GTG)5 (rep-PCR) a Pr1 a Pr6 (RAPD). Dále byla za různých podmínek studována kultivace kmene Clostridium tyrobutyricum S5. Kultivace byla prováděna za anaerobních podmínek v tekutém živném médiu RCM, ve kterém byla glukóza nahrazena laktózou nebo syrovátkou. Růst bakteriálních buněk byl sledován při laboratorní teplotě (20-23 °C) a při 37 °C; pH média se pohybovalo v rozmezí 4,0 až 8,0 s rozdílem 0,5 jednotky.
|
|
|
Plasmidové DNA vakcíny
Machan, Radoslav ; Chroboková, Maria (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Plazmidové DNA vakcíny predstavujú novú generáciu vakcín s veľkým potenciálom pri prevencii mnohých ochorení. Súčasné štúdie a klinické testy sa zameriavajú na prevenciu pred rakovinou, hepatitídou, maláriou, HIV, chrípky a inými chorobami. Hlavné výzvy týkajúce sa plazmidových DNA vakcín sú v súčasnosti spojené s optimalizáciou jednotlivých krokov výroby a najmä v purifikačných krokoch umožňujúcich výrobu pDNA v množstvách až niekoľkých kilogramov. Hlavnými purifikačnými technikami sú v súčastnosti chromatografické metódy, ale výzkum a vývoj poukazuje aj na potenciálne využitie iných metód, napríklad dvojfázových vodných systémov a magnetických nosičov. V experimentálnej časti bola prevedená izolácia plazmidu pUC 19 z kultúry buniek Escherichia coli JM 109 (pUC 19) metódou alkalickej lýzy. Izolácia bola overená agarózovou gélovou elektroforézou. Izolované vzorky boli purifikované chloridom lítnym a magnetickými nosičmi a miera purifikácie overená spektrofotometricky. Jednotlivé vzorky boli znovu vizualizované agarózovou gélovou elektroforézou a výsledky porovnané.
|
|
|
DNA analýza nepatogenních klostridií izolovaných ze sýrů
Chroboková, Maria ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Polymerázová řetězová reakce (PCR) je molekulárně genetická metoda, která umožňuje replikaci nukleových kyselin in vitro. Umožňuje identifikaci mikroorganismů nebo prokazování přítomnosti specifických genů v různých matricích biologického původu. Některé nepatogenní druhy rodu Clostridium způsobují vážná poškození sýrů, proto jejich identifikace a kvantifikace je tak důležitá v sýrařství. V této práci byly testovány specifické primery pro rod Clostridium. Byla zde použita bakteriální DNA sbírkových kmenů a kmenů vyizolovaných z poškozených sýrů. Pomocí specifických primerů byly metodou PCR amplifikovány charakteristické úseky DNA pro klostridie. PCR produkty (619 bp) byly detekovány použitím elektroforézy na 1,8% agarózovém gelu. Byla potvrzena rodová specifita testovaných primerů specifických pro rod Clostridium. Pro negativní kontrolu byla použita bakteriální DNA rodu Lactobacillus.
|
host ::
RSS.