|
|
Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí
Pelikánová, Veronika ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá testováním kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí. Obsahuje literární rešerši veřejně dostupných nástrojů vícenásobného zarovnání. Stěžejní bod práce tkví v programu pro testování kvality vícenásobného zarovnání (vytvořené pomocí různých nástrojů, při odlišném nastavení, aj.). Program má uživatelské rozhraní vytvořené v Matlabu a je k práci přiložen společně se souborem nukleotidových a proteinových sekvencí, sestavených za účelem testování a aplikování programu. V neposlední řadě je v práci obsaženo hodnocení veřejně dostupných nástrojů vytvořené na základě výpočtů programu.
|
|
|
Automatická genotypizace bakterií metodou rep-PCR
Pelikánová, Veronika ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá automatickou genotypizací bakterií metodou rep-PCR. V teoretické části jsou představeny různé metody typizace DNA, základní informace o elektroforéze a uvedeny moderní elektroforetické přístupy i s jejich problémy, zavádějící zkreslení dat. Za účelem automatické typizace je navržen program pro fylogenetickou klasifikaci vzorků dat z rep-PCR vhodný i obecně pro data z čipové kapilární elektroforézy. Program se skládá ze tří základních částí: digitalizace, úpravy pozic bandů a samotné fylogenetické klasifikace. Výsledkem programu je dendrogram znázorňující podobnost vzorků. K sestavenému programu je vytvořeno uživatelské rozhraní pro možné zavedení do praxe v Dětské nemocnici, na jejichž popud byl program sestavován. Na závěr je vyhodnocena úspěšnost programu na standardizovaných a reálných datech poskytnutých z Dětské nemocnice.
|
|
|
Plánování věcných zdrojů vybraných obcí s rozšířenou působností pro řešení krizových situací v rámci hospodářských opatření pro krizové stavy
PELIKÁNOVÁ, Veronika
Naše diplomová práce se zabývá tématem plánování věcných zdrojů vybraných obcí s rozšířenou působností pro řešení krizových stavů v rámci hospodářských opatření pro krizové stavy. Cílem teoretické části práce je ucelený přehled současné legislativy v oblasti krizového řízení a hospodářských opatření pro krizové stavy. Primárně jsme se v této práci zaměřili na pravomoci obcí s rozšířenou působností. Za účelem vypracování této práce jsme vyhledali relevantní informace převážně z elektronických zdrojů, které jsou pro naše potřeby nejaktuálnější. V práci byla provedena rešerše dostupných odborných pramenů, dále byly použity metody deskriptivně analytického charakteru. V části praktické jsme se prostřednictvím dotazníkového šetření zajímali o praxi a názory krizových manažerů vybraných obcí s rozšířenou působností. Zajímalo nás, jak se změnilo plánování věcných zdrojů v průběhu let. Z toho důvodu jsme porovnávali data s disertačními pracemi Ing. Romana Urbana (2012) a Ing. Aleše Kudláka, Ph.D. (2014). Dále se zajímáme i o plánování věcných zdrojů během pandemie koronaviru na území ČR. Získaná data jsou graficky zpracována. Výsledkem práce jsou souhrnné informace o krizovém řízení a HOPKS na území ČR. V praktické části jsme zjistili, že plánování věcných a finančních zdrojů převážně koresponduje s krizovými situacemi, které obce s rozšířenou působností byly nuceny řešit v minulosti. Současná epidemie koronaviru již přinesla určité změny v plánování zdrojů obcí s rozšířenou působností a jisté změny nastanou i v krizovém managementu jako takovém.
|
|
|
Automatic Genotyping Of Bacteria By Rep-Pcr
Pelikánová, Veronika
This paper deals with automatic genotyping of bacteria by rep-PCR. The main goal is to create a program to analyze bacterial type in the samples. The result of the algorithm is phylogenetic tree, which indicates the cluster of samples according to bacterial type. This program consists of two main parts, a transformation function to reduce distortion of data and a clustering apparatus to bacterial type classification.
|
|
|
Automatická genotypizace bakterií metodou rep-PCR
Pelikánová, Veronika ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá automatickou genotypizací bakterií metodou rep-PCR. V teoretické části jsou představeny různé metody typizace DNA, základní informace o elektroforéze a uvedeny moderní elektroforetické přístupy i s jejich problémy, zavádějící zkreslení dat. Za účelem automatické typizace je navržen program pro fylogenetickou klasifikaci vzorků dat z rep-PCR vhodný i obecně pro data z čipové kapilární elektroforézy. Program se skládá ze tří základních částí: digitalizace, úpravy pozic bandů a samotné fylogenetické klasifikace. Výsledkem programu je dendrogram znázorňující podobnost vzorků. K sestavenému programu je vytvořeno uživatelské rozhraní pro možné zavedení do praxe v Dětské nemocnici, na jejichž popud byl program sestavován. Na závěr je vyhodnocena úspěšnost programu na standardizovaných a reálných datech poskytnutých z Dětské nemocnice.
|
|
|
Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí
Pelikánová, Veronika ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá testováním kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí. Obsahuje literární rešerši veřejně dostupných nástrojů vícenásobného zarovnání. Stěžejní bod práce tkví v programu pro testování kvality vícenásobného zarovnání (vytvořené pomocí různých nástrojů, při odlišném nastavení, aj.). Program má uživatelské rozhraní vytvořené v Matlabu a je k práci přiložen společně se souborem nukleotidových a proteinových sekvencí, sestavených za účelem testování a aplikování programu. V neposlední řadě je v práci obsaženo hodnocení veřejně dostupných nástrojů vytvořené na základě výpočtů programu.
|
|
| |
host ::
RSS.