|
|
Role glykosylace ionotropních glutamátových receptorů v savčích neuronech
Danačíková, Šárka ; Horák, Martin (vedoucí práce) ; Kriška, Ján (oponent)
Glutamát je nejvíce zastoupeným excitačním neuropřenašečem v centrální nervové soustavě savců. Existují dva typy glutamátových receptorů, ionotropní a metabotropní, které se nacházejí v excitačních synapsích savců. Práce je zaměřena na ionotropní glutamátové receptory, které mají klíčovou roli v procesech učení a paměti. Hlavní subtypy ionotropních glutamátových receptorů byly označeny podle svých specifických agonistů: α-amino-3- hydroxy-5-methyl-4-isoxazolpropionové kyseliny (AMPA), N-methyl-D-aspartátu (NMDA) a kainátu. Všechny typy ionotropních glutamátových receptorů, které se skládají do formy tetramerů, obsahují mnoho glykosylačních míst, které mohou být modifikovány glykany nebo monosacharidy. Glykany a monosacharidy navázané na receptory regulují klíčové procesy jako je skládání podjednotek, transport na buněčný povrch nebo funkce receptorů. Bylo zjištěno, že abnormální glykosylace ionotropních glutamátových receptorů může mít význam v rozvoji neurologických a psychiatrických poruch jako je například schizofrenie. Tudíž porozumění molekulárním mechanismům, které se podílejí na regulaci glykosylace ionotropních glutamátových receptorů, může mít význam pro vývoj nových způsobů léčby pacientů se změněnou funkcí glutamátergních synapsí v centrální nervové soustavě.
|
|
|
Wnt signaling in intestinal homeostasis and tumorigenesis
Janečková, Lucie ; Kořínek, Vladimír (vedoucí práce) ; Macůrek, Libor (oponent) ; Truksa, Jaroslav (oponent)
Kanonická signální dráha Wnt je jednou z nejdůležitějších drah řídících buněčnou proliferaci a diferenciaci. Je evolučně vysoce konzervovaná a hraje důležitou roli nejen během embryonálního vývoje, ale také v obnově tkání v dospělém organismu. Naopak nefyziologická aktivace této dráhy Wnt způsobuje vznik různých typů lidských onemocnění. Ve střevě je signalizace Wnt úzce spojena s regulací životního cyklu a dělením střevních kmenových buněk a s celkovou obnovou střevního epitelu. Konstitutivní aktivace signální dráhy Wnt vedoucí k rozvoji neoplázie a nádorů stojí za naprostou většinou případů rakoviny tlustého střeva, která je třetím nejčastějším nádorovým onemocněním v rozvinutých částech světa. Cílem této práce bylo odhalit nové aspekty regulačních mechanismů signální kaskády Wnt a také nalézt nové specifické inhibitory této dráhy včetně potvrzení jejich účinku v pokusných myších. Výsledky práce jsou shrnuty ve čtyřech publikacích. První studie se zabývá buněčným zpracováním a posttranslačními modifikacemi myších proteinů Wnt. Tyto procesy jsou nezbytné pro sekreci těchto bílkovin z buňky a jejich následnou signální aktivitu. Další publikace je zaměřená na gen Troy, který jsme popsali jako inhibitor signalizace Wnt. TROY je cílovým genem dráhy Wnt, který byl identifikován chromatinovou...
|
|
|
Molecular mechanisms of Wnt signalling in mammalian cells
Lukáš, Jan ; Kořínek, Vladimír (vedoucí práce) ; Kohoutová, Milada (oponent) ; Macůrková, Marie (oponent)
Signální dráha Wnt představuje důležitý mechanismus účastnící se kontroly řady buněčných a vývojových procesů včetně ustavení buněčné polarity, specifikace buněčného osudu, sebeobnovy kmenových buněk, vývoje tkání a organogeneze, udržování homeostázy a regenerace. Deregulace signalizace Wnt během embryogeneze vede k vývojovým defektům, zatímco aberantní aktivace v postembryonálním vývoji je asociována s řadou degenerativních a nádorových onemocnění. Předkládaná disertační práce shrnuje výsledky čtyř publikací, které se zabývají problematikou posttranslačních modifikací ligandů Wnt a molekulárních mechanismů regulace tzv. kanonické signalizace Wnt. Během vývoje mnohobuněčných organismů se signální dráha Wnt opakovaně účastní v různých morfogenetických procesech. V každé z těchto situací je komplexy -katenin/TCF, které představují efektory signalizace Wnt, spouštěn jiný transkripční program vedoucí k expresi rozdílných podskupin všech potenciálních cílových genů. Jak je realizována diferenciální kontrola transkripce cílových genů specifických pro danou tkáň a vývojový stupeň při tak omezeném počtu molekulárních efektorů není dosud zcela přesvědčivě vysvětleno. Vedle rozdílné exprese jednotlivých členů rodiny LEF/TCF nebo řady jejich alternativních forem obsahujících charakteristické funkční domény a...
|
|
|
Molecular mechanisms and components controlling the Wnt signaling pathway output
Krausová, Michaela ; Kořínek, Vladimír (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent) ; Bryja, Vítězslav (oponent)
Souhrn Signální dráha spouštěná proteiny Wnt se významně podílí na kontrole procesů zárodečného vývoje. V dospělém organismu pak tato kaskáda řídí zejména homeostázu tkání. Ve výstelce trávicího traktu udržují fyziologickou hladinu signalizace Wnt různé regulační děje, které zároveň vyvažují protichůdné procesy proliferace, sebeobnovy kmenových buněk či jejich diferenciace do jednotlivých buněčných střevních linií. Bylo jednoznačně prokázáno, že nekontrolovaná aktivace kaskády Wnt vede k vývinu rakoviny trávicího traktu. Předkládaná práce se zaměřuje na popis nových způsobů regulace dráhy Wnt, týkajících se nejen všeobecně platných aspektů přenosu signálu Wnt, ale i kontextově specifických mechanismů. Výsledky jsou předloženy ve třech výzkumných publikacích a dále v jednom přehledovém článku. První článek se věnuje účasti posttranslačních modifikací proteinů Wnt na jejich správném průchodu buněčnou sekreční drahou a také jejich vlivu na následnou signální aktivitu ligandů Wnt. Nejprve byla podrobně studována časová posloupnost a vzájemná provázanost procesů, které jsou spojeny s přídavkem mastných kyselin na postranní řetězce cysteinových a serinových zbytků v myších proteinech Wnt1 a Wnt3a. Tento výzkum se také současně zabýval vazbou cukerných komplexů, které jsou kovalentně připojovány k molekulám...
|
|
|
Proteomická analýza vybraných onkohematologických onemocnění
Pimková, Kristýna ; Dyr, Jan (vedoucí práce) ; Kodíček, Milan (oponent) ; Petrák, Jiří (oponent)
Oxidační stres je významným faktorem v karcinogenezi onkohematologických onemocnění, ovšem jeho role v patogenezi myelodysplastického syndromu (MDS) nebyla doposud objasněna. V této práci jsme stanovili oxidační status v plazmě MDS pacientů a sledovali změny proteomu (oxidační modifikace proteinů, interakce a vznik komplexů), ke kterým v plazmě MDS pacientů v důsledku oxidačního stresu dochází. Pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie jsme stanovili hladiny celkového cysteinu, homocysteinu, cysteinylglycinu, glutathionu, dusitanů a dusičnanů v plazmě 61 MDS pacientů a 23 zdravých dárců. Oxidační stres u MDS pacientů prezentovaný signifikantně sníženými hladinami glutathionu a dusitanů a signifikantně zvýšenými hladinami ostatních aminothiolů nekoreloval s přetížením železem. Dále jsme naměřili zvýšené hladiny asymetrického dimethylargininu v séru pacientů středního věku s MDS, které souvisí s posttranslační modifikací arginylových zbytků proteinů. Nalezli jsme signifikantně zvýšenou hladinu karbonylovaných proteinů v plazmě MDS v porovnání se zdravými dárci. Pomocí hmotnostní spektrometrie jsme identifikovali pět S-nitrosylovaných proteinů krevních destiček u MDS pacientů a navrhli jsme soubor šestnácti plazmatických proteinů, z nichž některé mohou být s velkou pravděpodobností karbonylované v...
|
|
|
Regulatory mechanisms of WNT signalling
Pospíchalová, Vendula
AB S úspěšno v této si rakovin β signaliz na velm transkrip komplex vstupuje dráhu sp úrovníc P nepublik publikac o poziti studie c buňkách dvou m Hic1 in HIC1, o transkrip střevním zvýšeno V řídící vý BSTRAKT Signální drá ou embryog ignální dráz ny. β-katenin je zace Wnt/β- mi nízké ú pce cílovýc x je degrad e do jádra, pecifickými h regulován Podkladem kovaná dat ce se zaměř ivním vlivu charakterizu h střevního myších kmen vivo. Závěr o interakci p pčního repr m epitelu, c ou citlivost k Věřím, že n ývoj živočic T áha Wnt je genezi, regen ze tudíž ved e hlavním v -katenin). V úrovni neu ch genů pro dační kompl kde vytvář i, a spouští t na celkově a pro předk ta, jež maj řuje na pořa u jaderné b uje protein epitelu exp nů s cílenou rečná kapit polypeptidu resoru HIC1 což má za n k rakovinné naše výsled chů. jednou z h neraci tkání dou ke vznik vnitrobuněč V nestimulov stálou degr oto neprobí lex inaktivo í komplexy tak expresi až stovkou r kládanou di í za cíl lé adí posttrans bílkoviny D TROY jak primujicích u změnou v ola obsahuj u HIC1 se č 1 a v neposl následek ne ému bujení. dky přispěly hlavních ce í a homeost ku vrozený čným prostř vaných buňk radací za íhá. Naopak ován a hladi y s transkrip cílových ge různých fak isertační pr épe porozum slačních úp Dazap2 na h ko nový inh LGR5. Pos v genu Hic1 je...
|
|
|
Regulatory mechanisms of WNT signalling
Pospíchalová, Vendula ; Kořínek, Vladimír (vedoucí práce) ; Trka, Jan (oponent) ; Bryja, Josef (oponent)
AB S úspěšno v této si rakovin β signaliz na velm transkrip komplex vstupuje dráhu sp úrovníc P nepublik publikac o poziti studie c buňkách dvou m Hic1 in HIC1, o transkrip střevním zvýšeno V řídící vý BSTRAKT Signální drá ou embryog ignální dráz ny. β-katenin je zace Wnt/β- mi nízké ú pce cílovýc x je degrad e do jádra, pecifickými h regulován Podkladem kovaná dat ce se zaměř ivním vlivu charakterizu h střevního myších kmen vivo. Závěr o interakci p pčního repr m epitelu, c ou citlivost k Věřím, že n ývoj živočic T áha Wnt je genezi, regen ze tudíž ved e hlavním v -katenin). V úrovni neu ch genů pro dační kompl kde vytvář i, a spouští t na celkově a pro předk ta, jež maj řuje na pořa u jaderné b uje protein epitelu exp nů s cílenou rečná kapit polypeptidu resoru HIC1 což má za n k rakovinné naše výsled chů. jednou z h neraci tkání dou ke vznik vnitrobuněč V nestimulov stálou degr oto neprobí lex inaktivo í komplexy tak expresi až stovkou r kládanou di í za cíl lé adí posttrans bílkoviny D TROY jak primujicích u změnou v ola obsahuj u HIC1 se č 1 a v neposl následek ne ému bujení. dky přispěly hlavních ce í a homeost ku vrozený čným prostř vaných buňk radací za íhá. Naopak ován a hladi y s transkrip cílových ge různých fak isertační pr épe porozum slačních úp Dazap2 na h ko nový inh LGR5. Pos v genu Hic1 je...
|
|
|
Assessing biochemical properties of PDE8A1: Design of experimental system in living cells"
Galica, Tomáš ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
5 Abstrakt Fosfodiesterázy sú dôležitou súčasťou signálnych dráh eukaryotických buniek. Druhý posol 3'-5'-cyklický adenozín monofosfát (cAMP) je hydrolyzovaný špecifickými fosfodiesterázami. Kontrolou hladiny cAMP v bunke fosfodiesterázy zabezpečujú vhodné prostredie pre prenos cAMP signálu. Navyše, ako odpoveď na zvýšenú hladinu cAMP, sú fosfodiesterázy aktivované proteín kinázou A (PKA), čo je vlastnosť dôležitá obzvlášť pre patričné ukončenie signálu. Fosfodiesteráza 8A (PDE8A1) je vysoko-afinitná cAMP-špecifcká fosfodiesteráza necitlivá k inhibícii pomocou IBMX. Je významný enzýmom pre cAMP signalizáciu, avšak najmä kvôli nedostupnosti PDE8A špecifického inhibítoru, jej úloha ešte nebola detailne preskúmaná ani docenená. Prezentovaná práca zahŕňa klonovanie PDE8A1, identifikáciu jej posttranslačných modifikácii, lokalizáciu na bunkovej úrovni ako aj alternatívny prístup ku skúmania fosfodiesteráz pomocou cyklázového toxínu z Bordetelly pertussis. Kľúčové slová: fosfodiesteráza, cAMP, posttranslačné modifikácie, myristoylácia, palmitoylácia, adenylátcyklázový toxín
|
|
|
Posttranslační modifikace proteinů účastnících se odpovědi na poškození DNA
Kroupa, Michal ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
- 4 - Abstrakt V každé buňce vznikají denně tisíce poškození DNA, z nichž nejtoxičtější jsou dvouvláknové zlomy (double-strand breaks, DSBs). Signalizace jejich výskytu a následná oprava takto narušeného chromatinu je zprostředkována mechanismem odpovědi na poškození DNA (DNA damage response, DDR), který zahrnuje akumulaci mnoha efektorových proteinů do oblasti DSBs. Akumulace těchto molekul jsou označovány jako ložiska indukovaná poškozením DNA. DSBs jsou v závislosti na přítomnosti sesterské chromatidy opravovány dvěma hlavními mechanismy: homologní a nehomologní rekombinací. Obě tyto dráhy vedou k aktivaci Checkpoint kináz (Chk1 nebo Chk2), které zahajují přestávky v buněčném cyklu a umožňují tak opravu poškozené DNA. Signalizace poškození DNA a aktivace těchto drah jsou regulovány posttranslačními modifikacemi proteinů, což jsou enzymatické reakce zahrnující především fosforylaci, ubiquitinaci a nově objevenou sumoylaci. Nedávno bylo prokázáno, že ubiquitinace poškozeného chromatinu je nutnou podmínkou pro sumoylaci nádorových supresorů 53BP1 a BRCA1. Poruchy těchto modifikací nebo mutace genů pro 53BP1 a BRCA1 vedou k toleranci poškození DNA a následnému narušení genomové integrity, s čímž souvisí vysoké riziko pro selekci buněčných klonů s nádorovým potenciálem. Současné výzkumy se zaměřují na...
|
|
|
Studium minoritních kapsidových proteinů myšího polyomaviru
Vít, Ondřej ; Němečková, Šárka (oponent) ; Forstová, Jitka (vedoucí práce)
Myší polyomavirus (MPyV) je malý neobalený virus. Jeho kapsida se skládá ze 72 pentamerů hlavního kapsidového proteinu VP1. Vnitřní prohlubeň každého pentameru VP1 obsahuje jeden minoritní kapsidový protein, buď VP2 nebo VP3. Minoritní proteiny nejsou potřeba ke vzniku kapsidy, avšak pro infekci hostitelské buňky jsou nezbytné, pravděpodobně kvůli jejich předpokládaným funkcím během vstupu viru do buňky. Po vstupu do buňky jsou viriony MPyV dopraveny do endoplazmatického retikula (ER). Předpokládá se, že VP2 a VP3 jsou zodpovědné za narušení membrány ER, které je potřeba pro následné doručení virové DNA do jádra. V sekvenci VP2 a VP3 byly předpovězeny tři hydrofobní domény. První, v unikátní Nkoncové oblasti VP2, druhá a třetí ve společné části sekvence VP2 a VP3. Třetí doména je zároveň C-koncovým alfa-helixem, zodpovědným za vazbu VP1. V naší laboratoři bylo již dříve zjištěno, že VP2 a VP3 fúzované k N-konci EGFP mají při produkci v savčích buňkách obdobné VP2 a VP3 divokého typu, konkrétně afinitu k vnitrobuněčným membránám a vysokou cytotoxicitu. Aby bylo zjištěno, která z předpokládaných hydrofobních domén VP2 a VP3 je zodpovědná za afinitu k membránám a cytotoxicitu, byly připraveny expresní plazmidy, nesoucí mutované VP2 a VP3 fúzované k N-konci EGFP. Výsledky ukazují, že delece druhé hydrofobní...
|
host ::
RSS.