|
|
Analysis of mutual interactions of the human multifactor complex components in translation initiation
Prilepskaja, Terezie ; Valášek, Leoš (vedoucí práce) ; Demo, Gabriel (oponent) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Hlavním úkolem eukaryotické iniciace translace je rozpoznání správného start kodonu. Start kodon určuje nejen pozici, z které je zahájená translace proteinu, ale rovněž čtecí rámec, ve kterém je dekodována sekvence proteinu. Přesnost rozeznání start kodonu je řízena pomocí iniciačních faktorů a jejich vzájemnými interakcemi. Jeden z nich, největší, je nazýván eukaryotická iniciační factor 3 (eIF3). Přesný mechanismus, jakým eIF3 ovlivňuje přesnost rozpoznání start kodonu není známý. Zde jsme pomocí CryoEM, formaldehydem zasítěných gradientů a řady biochemických metod objasnila vliv jednotlivých lidských eIF3 podjednotek na tento komplikovaný proces. Moje práce a práce našich spolupracovníků zejména ukázala, že eIF3d podporuje vazbu eIF3 na ribozom na začátku iniciace translace a že minimalistický eIF3 subkomplex (YLC- komplex podobný kavasinkovému eIF3) má zachované základní funkce eIF3 jako je sestavení 43S preiniciačního komplexu a navázání mRNA. Další studie ukázala, že lidské eIF3c je zapojeno do vylaďování přesnosti rozeznání start kodonu, jelikož snížení hladiny eIF3c způsobuje kodon specifické snížení přesnosti rozpoznání start kodonu a zvýšení množství eIF5; eIF5 je společně s eIF1, 1A a 2 jedním z hlavních faktorů v ovlivňující tento proces. Objevila jsem, že eIF3 váže eIF5 špičkou svého...
|
|
|
Mluviti stříbro, mlčeti zlato? Environmentálně estetická analýza vybraných dokumentárních snímků
Kubena, Martin ; Mašek, Tomáš (vedoucí práce) ; Řehořová, Irena (oponent)
V této diplomové práci jsou analyzovány a porovnány vybrané dokumentární filmy, "Samsara" a "Po nás přijde potopa?", které se liší zejména ve způsobu tematizace a konstruování přírody. Analýza je činěna pomocí dominantních environmentálně estetických konceptů - estetiky zapojení a kognitivní estetiky. Za pomoci hloubkové sémiotické analýzy je zkoumáno, jak jsou motivy přírody prezentovány v těchto odlišných žánrech dokumentárního filmu, jaké filmové postupy a techniky jsou k tomu využity a jak tento výběr ovlivňuje vnímání a hodnocení zobrazované přírody. Co činí tuto práci ojedinělou, je spojení mezi filmovým uměním a environmentální estetikou. Porozumění tomu, jakým způsobem určité žánrově konvenční filmy zobrazují přírodu, může v konečném důsledku přispět k lepšímu pochopení vztahu člověka k přírodě. Analýza ukázala, že vyobrazení estetické hodnoty přírody je v obou dokumentech odlišné, přičemž "Samsara" prezentuje přírodu v souladu s estetikou zapojení, zatímco film "Po nás přijde potopa?" je spíše indiferentní k vytyčeným environmentálně estetickým teoriím. Veškerá další zjištění se nacházejí v Analytické části dokumentu. Klíčová slova Film, dokument, estetika, oceňování, environment, příroda, kultura, umění, citlivost, znalost, zapojení, Samsara, Before the Flood
|
|
|
Svatojakubská pouť: Současní poutníci a jejich vztah k přírodě
Hroudová, Jolana ; Mašek, Tomáš (vedoucí práce) ; Skripnik, Ondřej (oponent)
Předložená diplomová práce se zabývá fenoménem poutnictví se zaměřením na svatojakubskou cestu do španělského Santiaga de Compostela. Práce se díky své kvalitativní povaze snaží o hlubší porozumění prožitků lidí, kteří se vydávají na dnes velmi populární poutní cestu. Za pomoci citlivého sběru dat s použitím metod zúčastněného pozorování, neformálních rozhovorů a dvou kol polostrukturovaných rozhovorů s poutnicemi a poutníky v průběhu a měsíc po dokončení svatojakubské cesty, je zkoumáno, jak moderní poutníci vnímají společnost a přírodu, k jakým změnám je tato pouť inspiruje, a jaký má dopad na jejich následné navrácení se do běžného života. Tato diplomová práce se nezabývá fenoménem poutě jakožto duchovní aktivity. Klade důraz především na vztah člověka a přírody, čímž se liší od ostatních závěrečných prací zabývajících se poutními cestami. Práce navíc nabízí multidisciplinární pohled a propojuje přístupy sociologie, antropologie a environmentální estetiky. Porozumění způsobu, jakým poutníci během poutě přemýšlí o krajině, kterou procházejí, jak vnímají čas, prostor, sama sebe, a jak cestu následně s odstupem času reflektují, může přispět k prohloubení našeho chápání fenoménu pouti a putování v současném světě.
|
|
|
Kde se transkripce setkává s translací
Hegrová, Karolína ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Transkripce a translace patří ke stěžejním krokům genové exprese. V procesu transkripce má hlavní roli enzym RNA polymeráza (RNAP), zatímco translace probíhá na ribozomu. U bakterií tyto dva děje nejsou odděleny, RNAP a ribozom na sebe vzájemně působí, a dochází k tzv. transkripčně- translačnímu spojení. V této práci se věnuji mechanismu transkripce a translace, s hlavním zaměřením na transkripčně-translační vazby. Tyto vazby rozděluji na nepřímé, které jsou způsobeny regulačními molekulami, a přímé, kdy se ribozom přímo váže s RNAP. Při fyzickém spojení dochází buď k těsnému propojení mezi těmito molekulami, nebo vzniku mostu, který je tvořen transkripčními faktory. Dále popisuji regulační funkci tohoto spojení a vysvětluji výjimky, kdy se transkripce a translace nespojují. V poslední části práce se soustředím na elongační faktor Tu (EF-Tu), jeho významnou roli v metabolismu, interakce s proteinem MreB a také na to, jak tento faktor využívají některé bakteriofágy. Konečně, zmiňuji jeho možnou roli v transkripčně-translačních vazbách. Klíčová slova: transkripce, translace, transkripčně-translační spojení, RNA polymeráza, ribozom, transkripční faktory, elongační faktor Tu
|
|
|
Conjugate Addition Coupled with Enolate Oxidation in the Total Synthesis of Natural Polyphenols
Mašek, Tomáš ; Jahn, Ullrich (vedoucí práce) ; Pospíšil, Jiří (oponent) ; Švenda, Jakub (oponent)
1 SOUHRN Tato práce popisuje vývoj reakcí složených z konjugované adice, vedoucí k tvorbě C-C vazby, spojené s oxidativní cyklizací a aplikaci této strategie v totální syntéze přírodních polyfenolů. První část se zabývá metodologií konjugované adice organokovových činidel první a druhé skupiny na nenasycené karbonylové sloučeniny spřažené in situ s jednoelektronovou oxidací. Stereoselektivní cyklizace takto vzniklého radikálu může být následována druhou jednoelektronovou oxidací vedoucí k následné další kationické cyklizaci. Tato metodologie je velmi vhodná pro syntézu furoindanových stilbenolignanů (FIS), strukturně unikátní a neprozkoumané skupiny přírodních polyfenolů. Za pomoci této metody bylo dosaženo racemické syntézy derivátu kompasinolu A, čímž byla potvrzena relativní konfigurace FIS. V rámci snahy o vývoj asymetrické syntézy FIS byla objevena dosud neznámá konjugovaná adice aryllithií na ylidenmalonáty, umožněná využitím bidentátních ligandů na bázi etherů či aminů, což vedlo k asymetrické totální syntéze gnetifolinu F a 11-deoxykompasinolu A. Na základě krystalografických strukturních dat bylo prokázáno, že příbuzná anulační metoda, sestávající se z přímé konjugované adice a otevírání epoxidu, poskytuje přemostěné laktony namísto izomerických FIS. To vedlo k nové strategii rychlé výstavby...
|
|
|
Kroje severovýchodních Čech: Jejich odlišnosti a společné znaky
Mašek, Tomáš ; Janeček, Petr (vedoucí práce) ; Štěpánová, Irena (oponent)
Bakalářská práce se zabývá analýzou regionální a lokální diferenciace krojů ze severovýchodních Čech. Výzkumnou otázkou bakalářské práce je, jaké společné znaky kroje třech hlavních regionů oblasti sdílí a ve kterých se na úrovni mikroregionů odlišují mezi sebou. Související otázkou jsou příčiny této diferenciace z historického a kulturního hlediska, tvorba imaginárních hranic regionů konstruovaná z pohledu kulturní topografie a etnografie v kontrastu s hranicemi utvářenými folklorním hnutím (folklorní soubory, baráčníci, apod.). Metodologie práce je založena na práci s archivními a muzejními zdroji, etnologickou fotografií, výzkumem v terénu a rozhovory se členy folklorních kroužků z regionů. První část práce se zabývá uvedením do zkoumané oblasti a jejím vymezením, obecným popisem lidového oděvu, jeho částí a jeho funkce a sdílenými znaky lidových oděvů v oblasti zájmu této práce. Druhá část práce, začínající kapitolou Kroje severovýchodních Čech, se zabývá vymezením konkrétních regionů severovýchodních Čech a podrobným popsáním lidových oděvů typických pro regiony s akcentem na jejich odlišnosti. Klíčová slova: Kroj, severovýchodní Čechy, folklor, lidová tvorba, lidová výšivka
|
|
| |
|
|
tsRNA - biogeneze, regulace a funkce v genové expresi
Ramanava, Marharyta ; Mašek, Tomáš (vedoucí práce) ; Fryaufová, Petra (oponent)
Transferová RNA (tRNA) tvoří přibližně 10 % celkové buněčné RNA a hraje klíčovou roli při translaci. V této práci se zaměřuji na alternativní funkci tRNA, která může sloužit jako prekurzor pro tvorbu tzv. "malých RNA odvozených z tRNA" (tsRNA). Tyto malé nekódující RNA jsou primárně vytvářeny štěpením tRNA ribonukleázami Angiogeninem a Dicerem. tRF ("tRNA-derived fragments") a tiRNA ("stress-induced RNA-derived RNAs") jsou dvě hlavní třídy, které se liší polohou místa štěpení v rodičovské tRNA a délkou. Některé tsRNA působí jako regulátory posttranskripční genové exprese, mohou ovlivňovat stabilitu mRNA a iniciaci translace. tsRNA se podílejí na regulaci stresové odpovědi, buněčné diferenciace, vývoje a apoptózy. Dále existují důkazy, že hrají roli v epigenetických procesech, komunikaci mezi orgány nebo dokonce mezi organizmy. Navíc, u lidí je jejich zastoupení závislé na buněčném typu a jeho změna v patofyziologických podmínkách činí z tsRNA vhodný diagnostický marker. Tato práce shrnuje současné poznatky o biologické funkci a významu tsRNA. Klíčová slova: malé RNA odvozené z tRNA; tRNA; tiRNA; tRF; regulace genové exprese
|
|
| |
|
|
Příprava experimentálního systému pro studium životního cyklu myšího polyomaviru
Pergner, Jiří ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Příprava experimentálního systému pro studium životního cyklu myšího polyomaviru Abstrakt: Myší polyomavirus je modelovým zástupcem virové čeledi Polyomaviridae. Do této čeledi patří i některé významné lidské patogeny (BKV, JCV, Merkel cell polyomavirus). Díky některým svým vlastnostem viry z této čeledi mohou sloužit i jako vektory pro genovou terapii, nebo pro přípravu rekombinatních vakcín. Nové metodické přístupy mohou pomoci k porozumění dosud neznámých faktů ze životního cyklu myšího polyomaviru. Objasnění některých dějů životního cyklu může být důležité z hlediska možného využití polyomavirů pro terapeutické účely. Tato diplomová práce se zabývá přípravou dvou inovativních experimentálních systémů, které rozšiřují možnosti studia životního cyklu myšího polyomaviru. První část diplomové práce je zaměřena na přípravu rekombinantního myšího polyomaviru exprimujícího žlutý fluorescenční protein (EYFP) v časných fázích infekce. Takový virus může být vhodným nástrojem pro studium šíření infekce v živých buňkách metodami fluorescenční mikroskopie i průtokové cytometrie. Lze jej využít i pro studium kolokalizace nestrukturního proteinu velkého T antigenu s některými buněčnými proteiny. V druhé části diplomové práce je popsána příprava hybridní buněčné linie připravené fúzí myších a opičích buněk. Tato...
|
host ::
RSS.