|
|
Molekulárně-genetická analýza karcinomů štítné žlázy u dětských a dospívajících pacientů
Bulanová, Barbora
U dětských a dospívajících pacientů se uzly ve štítné žláze objevují vzácně, ale je u nich větší riziko malignity než u dospělých pacientů. Karcinomy štítné žlázy představují nejčastější endokrinní malignitu, jejíž incidence stále narůstá. I když existuje několik typů karcinomů štítné žlázy, z 90 % případů se u dětských a dospívajících pacientů jedná o papilární karcinom štítné žlázy (PTC). Cílem práce bylo zanalyzovat rozsáhlý soubor PTC od dětských a dospívajících pacientů, zjistit jejich genetickou příčinu a nálezy korelovat s klinicko-patologickými daty. Dalším cílem bylo charakterizovat nejčastější nálezy a porovnat je se souborem dospělých pacientů pozitivních na tutéž mutaci. Posledním cílem bylo zoptimalizovat vhodnou metodiku pro detekci nejčastějších nálezů u dětských a dospívajících pacientů pro rutinní využití. Vzorky nádorové tkáně štítné žlázy byly vyšetřeny pomocí molekulárně genetických metod, převážně za využití masivně paralelního sekvenování a analýzy real-time PCR. Zjistili jsme, že nejčastější příčinou PTC dětských a dospívajících pacientů jsou fúzní geny, které jsme detekovali v 56 % pacientů. Celkem bylo identifikováno 20 různých typů fúzních genů, z nichž některé nebyly dosud v literatuře popsány. Fúzní geny zahrnovaly onkogeny RET, NTRK, BRAF, ALK, MET. Dalšími genetickými...
|
|
|
Interpretace dat z biočipů
Ludwig, Petr ; Šilhavá, Jana (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá interpretací dat získaných pomocí technologie biočipů. Práce obsahuje také krátký úvod do problematiky genetické informace a jejího významu. Jádrem práce je pak sada skriptů provádějící analýzy nad testovacími daty. Jako vstupní data jsou použity výstupy biočipové analýzy tkání s rakovinou tlustého střeva. Dílčí výsledek je určení genových markerů rakoviny tlustého střeva. Finální výsledek určuje postavení markerů v kontextu objevených signálních drah, ty jsou nakonec seřazeny dle relevance.
|
|
|
Molekulárně-genetická analýza karcinomů štítné žlázy u dětských a dospívajících pacientů
Bulanová, Barbora ; Kuklíková, Vlasta (vedoucí práce) ; Ludvíková, Marie (oponent) ; Vícha, Aleš (oponent)
U dětských a dospívajících pacientů se uzly ve štítné žláze objevují vzácně, ale je u nich větší riziko malignity než u dospělých pacientů. Karcinomy štítné žlázy představují nejčastější endokrinní malignitu, jejíž incidence stále narůstá. I když existuje několik typů karcinomů štítné žlázy, z 90 % případů se u dětských a dospívajících pacientů jedná o papilární karcinom štítné žlázy (PTC). Cílem práce bylo zanalyzovat rozsáhlý soubor PTC od dětských a dospívajících pacientů, zjistit jejich genetickou příčinu a nálezy korelovat s klinicko-patologickými daty. Dalším cílem bylo charakterizovat nejčastější nálezy a porovnat je se souborem dospělých pacientů pozitivních na tutéž mutaci. Posledním cílem bylo zoptimalizovat vhodnou metodiku pro detekci nejčastějších nálezů u dětských a dospívajících pacientů pro rutinní využití. Vzorky nádorové tkáně štítné žlázy byly vyšetřeny pomocí molekulárně genetických metod, převážně za využití masivně paralelního sekvenování a analýzy real-time PCR. Zjistili jsme, že nejčastější příčinou PTC dětských a dospívajících pacientů jsou fúzní geny, které jsme detekovali v 56 % pacientů. Celkem bylo identifikováno 20 různých typů fúzních genů, z nichž některé nebyly dosud v literatuře popsány. Fúzní geny zahrnovaly onkogeny RET, NTRK, BRAF, ALK, MET. Dalšími genetickými...
|
|
|
Analýza mutací v genu p53 pomocí sekvenování
BUŘIČOVÁ, Tereza
Úlohou této práce je podrobná literární rešerše k seznámení se s metodikou výzkumné části ve fakultní laboratoři Jihočeské Univerzity na Zdravotně sociální fakultě v Českých Budějovicích. Tumor supresorový gen TP53 má klíčovou roli při ochraně před nádorovým bujením. Právě tento gen je mutován u více než 50 % maligních nádorů. V první části tato bakalářská práce pojednává o nádorových onemocněních a tumor supresorových genech jako o celku a poté v další časti se zaměřuje na výše zmiňovaný tumor supresorový gen TP53 a mutace v něm. Praktická část práce se zaměřuje na analýzu mutací na exonu 11. Analýza byla prováděna na třiceti vzorcích, které byly poskytnuty od anonymních probandů. Jednalo se o dvě skupiny probandů. Polovinu vzorků, které jsou označeny čísly od 1-15, poskytli probandi, kteří ve své rodinné anamnéze zaznamenali karcinom. Druhou polovinu tvořily vzorky, popsané písmeny od A-O, od probandů, kteří si nebyli vědomi, že se karcinom v jejich rodině nachází. Tyto vzorky byly izolovány, naamplifikovány pomocí metody PCR a osekvenovány firmou GenSeq s.r.o. v Českých Budějovicích. Při ,,okometrickém" zhodnocení bylo zjištěno, že u vzorků není přítomna ani jedna heterozygotní mutace. Po vložení sekvence do programu NCBI Blast jsem se domnívala, že některé vzorky by mohly obsahovat homozygotní mutaci, nicméně, po řádném přezkoumání bylo zjištěno, že se pouze jedná o špatně čitelnou část sekvence, tedy ani u jednoho zkoumaného vzorku mutace nebyla přítomna.
|
|
|
Vývoj počtu vyšetření celotělové scintigrafie skeletu v posledních letech (v kontextu s počty PET a počty pacientů s Ca prostaty, prsu a plic)
KINSKÁ, Jana
Tato bakalářská práce se zabývá vývojem počtu vyšetření celotělové scintigrafie skeletu v posledních letech v souvislosti s počty PET a počty pacientů s karcinomem prostaty, prsu a plic. Cílem této práce bylo poskytnout přehled o vývoji počtu vyšetření celotělové scintigrafie skeletu v souvislosti s počty PET a počty pacientů s karcinomem prostaty, plic a prsu od roku 2010 na vybraných odděleních nukleární medicíny. V této práci je položena jedna výzkumná otázka: "Počty vyšetření pomocí celotělové scintigrafie skeletu během let narůstají?". Stanovený cíl byl naplněn a výzkumná otázka byla zodpovězena. Přehled o vývoji počtu vyšetření celotělové scintigrafie skeletu a počtech PET, PET/CT vyšetření byl získán prostřednictvím kvantitativního šetření na 13 odděleních nukleární medicíny České republiky. Přehled o počtu pacientů s karcinomem prostaty prsu a plic byl dosažený pomocí dostupných dat z Ústavu zdravotnických informací a statistiky ČR. Výsledky výzkumu ukazují, že vývoj počtu vyšetření celotělové scintigrafie skeletu během zkoumaných let má klesající tendenci. Ve vývoji počtu PET, PET/CT vyšetření je v průběhu zkoumaných let pozorovatelný vzestupný trend ve srovnání s vyšetřením scintigrafie skeletu. Vzrůstající vývoj během zkoumaných let je také patrný v počtu pacientů s karcinomem prostaty, prsu a plic. Na základě zjištěných údajů je možné usoudit, že je PET, PET/CT vyšetření stále více využívané z toho důvodu, protože přibývá více pacientů s karcinomem prostaty, prsu a plic. Toto vyšetření je velmi vhodné a velice často využívané pro jejich diagnostiku, pro posouzení rozsahu nádorového onemocnění, ale také pro posuzování efektivity terapie a zjištění možného navrácení nemoci.
|
|
|
Sociální determinanty znalosti infekce HPV a rizika vzniku nádorových onemocnění
Stuchlíková, Tereza ; Kulhánová, Ivana (vedoucí práce) ; Hejtmánková, Alžběta (oponent)
Předložená diplomová práce se zabývá sexuálně přenosnou infekcí lidského papilomaviru (HPV) a jejích potenciálních rizik pro vznik nádorových onemocnění. HPV je rizikový faktor, který je příčinou karcinomu děložního hrdla, jednoho z nejčastějších příčin úmrtí nádorových onemocnění u žen. I přes to, že se HPV infikuje většina ženské a mužské populace během svého sexuálně aktivního života, a to především do 30 let, ženy jsou převážně citlivější vůči této infekci. V mladém organismu ji může imunitní systém odstranit bez povšimnutí do 2 let, ale v případě kmenu HPV z vysoce rizikové skupiny může nevinná infekce vyústit až ve smrtelnou. Především u mužů se v posledních letech čím dál více vyskytuje zhoubný novotvar oblasti hlavy a krku, např. část orofaryngu, jehož jednou z přičin je právě HPV. Infekce HPV proto v posledních letech přestává být spojována pouze s nádorovými onemocněními ženských pohlavních orgánů. HPV způsobuje u mužů i nádory penisu či análního otvoru, proto je zapotřebí lepšího poučení populace o rizicích HPV, a to především u mladé generace, u které se mění vzorec sexuálního chování, a proto virus již napadá nejen tkáně pohlavních orgánů. Práce se zabývá popisem a epidemiologií těchto typů nádorů a také sociálními determinanty, které infekci ovlivňují. Znalost rizik HPV je klíčovým...
|
|
|
Povrchový fenotyp nádorových kmenových buněk (CSC) lidských karcinomů
Bočková, Marie ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Čermák, Vladimír (oponent)
Nádor se sestává z heterogenní masy buněk, které lze - podobně jako zdravé orgány a tkáně lidského těla - rozdělit dle morfologických, funkčních či expresních hledisek na jednotlivé buněčné populace. Populaci buněk, která dává vznik všem těmto buněčným liniím, označujeme jako nádorové kmenové buňky (CSC). Tyto CSC nejen že mají vlastnosti běžných kmenových buněk, tj. schopnost sebeobnovy a dát vzniku heterogenní populaci diferencujících se buněk, ale jsou zpravidla také nejodolnější subpopulací v nádoru, která je vysoce odolná vůči léčbě a způsobuje reziduální nemoc. Znalost CSC biomarkerů jednotlivých typů nádorů významně zvýší účinnost léčby, která může být skrze tyto biomarkery lépe zacílena. Hledání unikátního genového otisku pro CSC jednotlivých nádorových onemocnění je umožněno díky tak zvaným -omickým přístupům, zvláště charakteristice povrchového proteomu buněk, jehož prostřednictvím buňka komunikuje s okolím. Dnes je známo, že CSC karcinomu močového měchýře exprimují ve vysokých množstvích CD44, CD90 a CD49f, které jsou používané k identifikaci těchto buněk, mezi ostatními znaky ještě jmenujme molekulu CD47 s imunosupresivní funkcí.
|
|
| |
|
|
Imunoskóre ve 3D tkáních
Novák, Jaromír ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Procházka, Jan (oponent)
Pevné nádory představují komplexní struktury, které zahrnují kromě transformovaných buněk cévy, složky extracelulární matrix (ECM), rozpustné molekuly a širokou paletu různých typů buněk. Tyto složky dohromady tvoří nádorové mikroprostředí. Z buněčných typů, které jsou součástí nádorového mikroprostředí, mají největší vliv na prognózu pacienta tumor infiltrující lymfocyty (TIL). Jejich přítomnost navíc nabývá na významu i s rozvojem biologických terapií immune checkpoint inhibitory (ICIs). Stěžejní roli TIL reflektují i nové přístupy v diagnostice nádorů, ilustrované zejména metodou Imunoskóre (dnes používanou v klinické praxi), založenou na kvantifikaci a lokalizaci CD3+ a CD8+ TIL v tenkém řezu nádorovou tkání. Otevřenou otázkou zůstává, nakolik informace získaná z 2D řezu reflektuje skutečnou situaci v inherentně trojrozměrném nádorovém mikroprostředí. Je to zejména rozvoj nových metodických přístupů, které usnadňují získání 3D histologické informace je klíčový k zodpovězení této otázky. V teoretické části této práce je nejdříve nastíněna heterogenita nádorového mikroprostředí a role buněk imunitního systému v něm. Na množství příkladů je poté ilustrována role prostorové heterogenity a její případný vliv na histopatologické hodnocení nádoru s důrazem na TIL. Detailně je popsán vývoj, provedení,...
|
|
|
Exprese CD47 a jeho topologie na povrchu primárních buněk karcinomu močového měchýře při interakci s makrofágy
Rajtmajerová, Marie ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Brdička, Tomáš (oponent)
CD47 je tak zvaný "don't-eat-me" signál, který chrání buňky před fagocytózou. Jeho zvýšená exprese na nádorových buňkách otevírá novou možnost pro protinádorovou terapii. Monoklonální protilátky, které jsou dnes v klinických testech, blokují vazbu CD47 k inhibičnímu receptoru SIRPA na povrchu makrofágů, a tím zvyšují jejich fagocytickou funkční kapacitu. Proto umožňují pohlcení fagocytózou a následnou likvidaci nádorových buněk. To, zda bude buňka zlikvidována, závisí na úrovni celkové exprese, strukturní konformaci a stechiometrii CD47. Cílem mé diplomové práce je testování a příprava metod pro zmapování expresních parametrů CD47 metodou průtokové cytometrie (FCM), kvantitativní PCR (qPCR) a mikroskopie. K dosažení tohoto cíle jsem porovnala detailní vazebné vlastnosti komerčně dostupných protilátek v kompetičních testech na buněčných liniích. Po provedení tSNE analýzy jsem porovnala expresi CD47 s expresí dalších povrchových receptorů na primárních buňkách pacientů s karcinomem močového měchýře. Zde jsem se zaměřila na expresi CD47 v rámci diferenciačního kontinua nádoru. Abych lépe porozuměla vztahu mezi expresí CD47 a diferenciačním stádiem nádorové buňky, provedla jsem qPCR a porovnala expresi CD47 s vybranými transkripčními faktory. Následně jsem u dvou vybraných buněčných linií ověřila...
|
host ::
RSS.