|
|
Zpracování obrazu v FPGA
Přibyl, Bronislav ; Seeman, Michal (oponent) ; Zemčík, Pavel (vedoucí práce)
Obrazy pro vědecké účely jsou snímány optickými zařízeními, jako např. mikroskopy, kamerami apod., které se obvykle skládají ze soustavy optických čoček a optického senzoru. Většina čoček trpí různými vadami. Geometrické zkreslení je jednou z vad, které mohou být překážkou pro přesné měření vzdáleností v obraze. Tato práce popisuje rychlý algoritmus pro separabilní převzorkování obrazu, jenž je schopen korigovat jemné geometrické vady způsobené čočkami. Je také popsána implementace tohoto algoritmu v FPGA.
|
|
|
Novel cancer biomarkers derived from quantitative phase imaging of biopsy cells
Plišková, Diana ; Týč, Matěj (oponent) ; Kolářová, Jana (vedoucí práce)
The main objective of this work is the development of novel cancer biomarkers usable in personalized treatments. To understand why this issue is important, a brief description of cancer, including statistical results over the past years, is provided. The work also describes individual methods of light microscopy that can be used in cell analysis and subsequent image processing consisting of segmentation, tracking, feature extraction and classification. In this work, the main cell features, such as cell motility and shape, are presented. These features can be potential biomarkers in the treatment of cancer.
|
|
|
Predikce terapeutické odpovědi na neoadjuvantní léčbu u nádorů rekta
Pazdírek, Filip ; Hoch, Jiří (vedoucí práce) ; Martínek, Lubomír (oponent) ; Šimša, Jaromír (oponent)
Léčba lokálně pokročilého karcinomu rekta je multimodální. Její součástí je neoadjuvantní radiochemoterapie (NCHRT), která snižuje riziko lokální recidivy. Tato léčba je však doprovázena také vedlejšími účinky. Proto se hledají prediktivní markery umožňující identifikovat skupinu pacientů neodpovídající na léčbu, a tím je uchránit od nepříznivých účinků této léčby. S tímto cílem jsme monitorovali cirkulující nádorovou DNA (ctDNA) jako potenciální biomarker založený na tekuté biopsii. Zkoumali jsme plazmatické změny ctDNA během prvních dnů NCHRT a jejich vztah k časné odpovědi nádoru na léčbu a k celkovému přežití nemocných. U všech pacientů byla ctDNA do konce prvního týdne NCHRT významně snížena nebo zcela eliminována z plazmy, bohužel bez korelace s některým z klinických parametrů. Dynamika změn ctDNA během prvního týdne NCHRT není vhodná k predikci časné léčebné odpovědi u nádoru rekta. Předléčebná pozitivita ctDNA představovala statisticky významný negativní prognostický biomarker pro celkové přežití pacientů. Obecný princip rychlé eliminace ctDNA během počátečních dnů NCHRT je pozoruhodný a měl by být dále studován. Klíčová slova: nádor rekta, neoadjuvantní chemoradioterapie, cirkulující nádorová ctDNA, predikce, prognóza, odpověď, léčba, biomarker
|
|
|
Associations of morphometric and metabolic biomarkers with cognitive impairment in Alzheimer's disease and Lewy body dementias
Nedelská, Zuzana ; Hort, Jakub (vedoucí práce) ; Nevrlý, Martin (oponent) ; Dušek, Petr (oponent)
Asociace morfometrických a metabolických biomarkerů s kognitivním postižením u Lewy body a Alzheimerovy demence Abstrakt Syndrom demence představuje významnou zdravotnickou a socioekonomickou výzvu. Alzheimerova choroba (AD) je nejčastější příčinou demence. Demence s Lewyho tělísky (DLB) představuje druhou nejčastější neurodegenerativní demenci. Obě demence jsou však heterogenní množiny vyvíjející se v klinicko-patologickém kontinuu, přičemž tato kontinua se mohou vzájemně překrývat. Metody, které by umožnily vytipování či přímou identifikaci osob s rizikem rozvoje AD demence či DLB v časných klinických nebo dokonce preklinických stadiích jsou v centru zájmu. Včasné nefarmakologické a symptomatické farmakologické intervence či nově vyvíjené biologické formy terapie AD jsou účinnější v časnějších stadiích než u klinicky plně rozvinutého syndromu demence. Předpokladem pro efektivní intervenci je její zacílení na nejvíce vnímavou populaci, včasný záchyt, diferenciální diagnostika, pochopení průběhu nemoci a léčba komorbidit. První, obecná, část disertace je formou přehledného referátu o AD a DLB. Druhá, výzkumná, část práce shrnuje výsledky výzkumu autorky disertace. Hlavní cíle výzkumné práce byly tyto tři: za prvé, aplikace testů experimentální neuropsychologie jako potenciálních markerů časných stadií AD a...
|
|
|
Úloha Zn-α2-glykoproteinu v nádorech
Kotvalová, Hanka ; Šmahel, Michal (vedoucí práce) ; Kubů, Martin (oponent)
Zn-α2-glykoprotein (ZAG) kódovaný genem AZGP1 se zejména podílí na regulaci metabolismu tuků a glukózy. V různých typech nádorů byla prokázána změna jeho produkce a byla zjištěna spojitost úrovně ZAG s prognózou pacientů. Role ZAG při progresi nádorů se však může lišit u jednotlivých typů malignit a mechanismy působení ZAG nejsou zatím dostatečně známy. Cílem bakalářské práce je popsat strukturu proteinu ZAG a regulaci exprese AZGP1, shrnout známé funkce ZAG u nenádorových onemocnění a zaměřit se na úlohu ZAG v nádorech, zejm. na mechanismy jeho působení a možnosti využití jako biomarkeru.
|
|
|
Vliv teambuildingových her v přírodě na slinný kortizol
Ludlová, Monika ; Šteffl, Michal (vedoucí práce) ; Psohlavec, Lukáš (oponent)
Název práce: Vliv teambuildingových her v přírodě na slinný kortizol Souvislosti: Současná doba se vyznačuje svým velkým tlakem na psychiku jedince vytvářejícím stresové prostředí spolu s jeho negativními efekty. Mírnění stresu se dostává do popředí vědeckého zájmu na celém světě. Jednou z efektivních cest může být pohyb v přírodě. Cíle: Cílem diplomové práce bylo zjistit vliv teambuildingových outdoorových her na hladinu slinného kortizolu. Metody: Diplomová práce byla realizována jako experimentální studie s crossover designem. 10 účastníků absolvovalo tři různé experimentální podmínky - teambuildingové outdoorové hry, indoorové hry a pasivní odpočinek. Vždy před a bezprostředně po aktivitě byl odebírán slinný vzorek. Hlavní závisle proměnnou byla hladina slinného kortizolu. V rámci analýzy dat byly použity komparativní metody a byly vypočítány generalizované lineární regresní modely. Výsledky: Hladina slinného kortizolu klesla nikoliv však signifikantně po obou typech her, po pasivním odpočinku statisticky významně stoupla (p = 0,017). Generalizované lineární regresní modely odhalily statisticky významný vliv jak teambuildingových outdoorových her, tak indoorových her v porovnání s pasivním odpočinkem. Závěry: Teambuildingové hry ať již outdoorové či indoorové se zdají na základě výsledků této...
|
|
|
Cirkulující nádorová DNA v moči a její využití jako potenciálního biomarkeru kolorektálního karcinomu
Surkovová, Veronika ; Ptáčková, Renata (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) je závažné onemocnění, jehož incidence v poslední době neustále narůstá. Pacienti, jejichž léčba je započata v raných stadiích nemoci mají vysokou šanci na vyléčení a kvalitní život. Se včasným odhalením nemoci, monitoringem stavu pacienta i vhodným určením diagnózy by mohla pomoci tzv. tekutá biopsie, při ní dochází k získání a analýze biomarkerů z různých tělních tekutin. Cílem této práce je izolace a analýza cirkulující nádorové DNA (ctDNA) z moči pacientů s pokročilým CRC, u kterých byla detekována ctDNA v plazmě. Pro analýzu je použita metoda založená na principu PCR s tvorbou heteroduplexů a následném rozdělení "wild type" a mutovaných fragmentů DNA pomocí denaturační kapilární elektroforézy. Na rozdíl od vzorků plazmy, přítomnost mutace KRAS ve vzorcích moči se nepotvrdila. Zavedený postup pro analýzu plazmy, snaha o nabohacení ctDNA tzv. přečištěním ani další testované izolační soupravy s využitím zvolené detekční metody neumožnily záchyt mutace KRAS v moči prostřednictvím ctDNA. Ačkoli se vyšetření ctDNA z moči obecně jeví jako nadějná metoda pro zlepšení úrovně léčby (kolorektálního) karcinomu, a ačkoli by její použití mohlo mít celou řadu výhod, je nutné této problematice věnovat ještě mnoho úsilí a času, než se stane rutinní záležitostí.
|
|
|
Struktura, funkce a onkogenní potenciál suprabazinu
Krátký, Marek ; Novák, Josef (vedoucí práce) ; Pimková, Kristýna (oponent)
Suprabazin je poměrně nedávno objevený protein, původně zkoumaný pro svou roli ve tvorbě kornifikované obálky a diferenciaci keratinocytů. V posledních letech byl výzkum soustředěn na onkogenní potenciál suprabazinu a jeho roli v různých typech onemocnění (např. myelodysplastickém syndromu, atopické dermatitidě nebo psoriáze). Jedna z izoforem suprabazinu má ve své struktuře predikovanou výjimečnou β-solenoidovou strukturu, která je v této práci charakterizována vůbec poprvé. Kromě obecných informací o genu a izoformách proteinu suprabazin práce shrnuje také důležité poznatky o interakci suprabazinu s proteiny signálních drah EGFR/STAT3/Src, Wnt/β-katenin, NF-κB a dráhy AKT. Práce tyto poznatky dává do souvislosti s vlastnostmi nádorů, ke kterým suprabazin přispívá, jako je schopnost nádoru metastázovat, imunosuprese a angiogeneze. Shrnutí poznatků v této práci vznáší otázky k budoucímu výzkumu, který nepochybně skrývá důležité informace o struktuře, funkci a onkogenním potenciálu suprabazinu. Klíčová slova: Suprabazin, nekonvenční sekrece, onkogenní potenciál, biomarker, kornifikovaná obálka
|
|
|
Molekulární mechanismy účinků cfDNA
Hříbková, Natálie ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Škubica, Patrik (oponent)
Biologická role volné cirkulující DNA je v současné době zkoumána především z hlediska etiologie autoimunitních stavů a rakovinového onemocnění. Ukazuje se, že úloha cfDNA jaderného či mitochondriální původu v interakci s receptory vrozeného imunitního systému je poměrně komplexní a cfDNA je tak zapojena do celé řady molekulárních mechanismů jako je například šíření rakovinových metastáz, indukce autofágie a spouštění zánětlivých procesů. Znalost konkrétních drah, do kterých je cfDNA v rozvoji těchto patologických stavů zapojena, se zdá být klíčová především z hlediska zvolení a cílení vhodné léčebné terapie. Tato práce poskytuje rámcovým přehled poznatků o interakci cfDNA s receptory vrozeného imunitního systému, indukci imunologických signálních drah a možných důsledků, které tyto molekulární dráhy mohou v organismu způsobovat. Klíčová slova: cfDNA, TLR9, cGAS/STING, AIM2, autoimunitní onemocnění, biomarker, rakovina
|
|
|
Volná cirkulující DNA jako biomarker civilizačních onemocnění
Dyachenko, Yulia ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Vaňková, Markéta (oponent)
Výskyt civilizačních chorob v populaci se každoročně zvyšuje, a to kvůli měnícím se podmínkám prostředí a modernímu životnímu stylu. Tato onemocnění snižují kvalitu života, vedou ke vzniku zdravotních komplikací nebo dokonce k úmrtí pacientů. Tomu lze předcházet monitorováním zdravotního stavu. Potenciál k zavedení do praxe jako neinvazivního biomarkeru vykazuje volná cirkulující DNA (cfDNA). Možné mechanismy uvolnění cfDNA jsou zprostředkovány procesy apoptózou, nekrózou, NETózou, pyroptózou a dále aktivní sekrecí. Výskyt těchto procesů u některých civilizačních onemocnění umožňuje použití cfDNA jako biomarkeru. Cílem této práce bylo shrnout současné poznatky o možnostech využití cfDNA v rámci diagnózy, monitorování rozvoje a průběhu některých civilizační onemocnění, konktrétně obezity, diabetes mellitus, aterosklerózy, hypertenze, infarktu myokardu a cévní mozkové příhody. Z dostupné literatury lze dojít k závěru, že by cfDNA mohla být používána v klinické praxi pro výše popsané účely. Klíčová slova: volná cirkulující DNA (cfDNA), civilizační onemocnění, biomarker, obezita, diabetes mellitus, ateroskleróza, hypertenze, infarkt myokardu, cévní mozková příhoda.
|
host ::
RSS.