|
|
Mechanisms of immune dysregulation leading to inflammatory bowel disease
Horáčková, Klára ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Filipp, Dominik (oponent)
Bc. Klára Horáčková DIPLOMOVÁ PRÁCE Mechanismy imunitní dysregulace vedoucí k nespecifickému střevnímu zánětu Abstrakt Nespecifický střevní zánět (IBD) je chronické zánětlivé onemocnění gastrointestinálního traktu. Klasický IBD má multifaktoriální charakter s nástupem v dospělosti nebo pozdním dětství. Dětští pacienti s velmi brzkým nástupem (VEO-IBD, do 6 let věku) jsou ale specifickou podskupinou, jejíž onemocnění je často způsobené závažnými mutacemi v genech souvisejících s imunitní homeostázou ve střevech. Cílem této práce bylo identifikovat kauzální genetické varianty u 20 pacientů s pediatrickým IBD (s nástupem onemocnění od 3 do 154 měsíců) s využitím celoexomového sekvenování.. Vyhodnocovali jsme použití několika bioinformatických postupů pro zpracování celoexomových dat. To zahrnovalo porovnání rozdílů v identifikaci variant pomocí dvou bioinformatických postupů využívajících v prvním případě nástroje VarScan2 nebo ve druhém případě založeném na GATK4. Také jsme srovnávali úspešnost filtrování nalezených kauzálních variant pomocí čtyř virtuálních panelů genů, z nichž jeden panel byl vytvořen speciálně pro účely této diplomové práce. Identifikovali a validovali jsme 5 kauzálních variant ve 4 genech (DUOX2 složený heterozygot, FOXP3, NLRP3 and NOD2), které zastupují 20 % z analyzované kohorty...
|
|
|
Identification and characterization of novel regulators of hematopoietic stem cell function
Grušanović, Srđan ; Alberich Jorda, Meritxell (vedoucí práce) ; Balounová, Jana (oponent) ; Froňková, Eva (oponent)
Hematopoetické kmenové buňky (HKB) se nacházejí na vrcholu pečlivě uspořádaného systému, který se nazývá hematopoetický systém. HKB zajišťují produkci zralých krevních buněk po celý náš život a jejich dysregulovaná funkce může vést k závažným zdravotním problémům, včetně aplastické anémie a leukémie. Aktivita HKB proto musí být přísně kontrolována složitou sítí vnitřních a vnějších faktorů. V této práci se zaměřujeme na dva dosud nepopsané vnější mechanismy, které by se mohly podílet na regulaci funkce HKB. Společným aspektem těchto mechanismů je produkce prozánětlivých cytokinů. Nejprve jsme zkoumali vliv dárcovských NK buněk na funkci dárcovských HKB při transplantaci kostní dřeně, což je častý klinický zákrok. Zjistili jsme, že NK buňky negativně ovlivňují přihojení HKB a jejich rekonstituci během transplantace. Pro studium mechanismu jsme použili Cebpg knockout myši, které produkují nefunkční NK buňky. Zjistili jsme, že NK buňky ovlivňují aktivitu HKB prostřednictvím produkce IFNγ, použití protilátky blokující IFNγ vedlo ke zlepšení aktivity myších a lidských HKB při transplantaci kostní dřeně. Celkově jsme dospěli k závěru, že potlačení zánětlivých signálů generovaných vrozenými imunitními buňkami dárce může mít významný přínos při transplantaci lidských kmenových buněk. Na základě této a...
|
|
|
Single-cell RNA sequencing in leukemia
Brodská, Johana ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Obr, Adam (oponent)
Leukémie je nádorové onemocnění krvetvorby postihující celý organismus. V současné době je již dostupných mnoho variant léčby na všechny typy této nemoci, avšak stále není možné pacienta vždy plně uzdravit. Metoda single-cell RNA sekvenování poskytuje nový vhled do heterogenity nádorových i nenádorových buněk v prostředí leukémií. Tato práce si klade za cíl krátce představit tuto metodu a její historii a vyzdvihnout dosavadní poznatky o leukémiích získané její pomocí. Klíčová slova leukémie (AML, CML, ALL, CLL), sekvenování, scRNA-seq, buňky, transkriptom, léčba
|
|
|
Patogenetické mechanismy imunitní dysregulace a hematopoetických onemocnění
Svatoň, Michael ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Filipp, Dominik (oponent) ; Čermák, Jaroslav (oponent)
Patogenetické mechanismy imunitní dysregulace a hematopoetických onemocnění Abstrakt Cílem mé práce bylo zavedení vyšetření pomocí celoexomového sekvenování (WES) a rutinního algoritmu analýzy získaných dat u dětských pacientů s podezřením na vrozenou poruchu imunity (IEI) nebo selhání kostní dřeně. Kromě jasné molekulární diagnózy na základě genetického vyšetření, které bylo dosaženo u 25 % pacientů, tvoří část výsledků (9 %) také pacienti, u nichž toto vyšetření odhalilo nové mutace, které nebyly dosud popsány v patogenezi IEI nebo selhání krvetvorby. U těchto pacientů byly na základě literárních rešerší a známých mechanismů vývoje a regulace imunitního systému navrženy validační experimenty, za účelem potvrzení kauzality identifikovaných mutací v patogenezi onemocnění. Díky WES se podařilo objasnit příčinu dvou nových vrozených onemocnění - megaloblastické anémie na podkladě homozygotní mutace genu SLC19A1 a syndromu imunitní dysregulace s autoimunitními a autoinflammatorními projevy na podkladě X-vázané mutace genu TLR8 u monozygotických dvojčat s chronickou autoimunitní hemolytickou anémií (AIHA). U pěti dalších pacientů se podařilo identifikovat nové mutace v genech STAT3, SPTA1, SAMD9 a XIAP a prokázat jejich kauzalitu v patogenezi selhání krvetvorby nebo IEI. U jedné pacientky s netypickým fenotypem...
|
|
|
Mechanisms of the tolerance and homeostasis of immune cells
Tsyklauri, Oksana ; Štěpánek, Ondřej (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Froňková, Eva (oponent)
(Czech Version) Schopnost imunitního systému tolerovat vlastní antigeny a současně vytvářet vhodné reakce na patogeny je nezbytná pro přežití organismu. Navzdory dlouhodobému výzkumu mnoho detailů mechanismů autotolerance není stále dobře pochopeno. Cílem této práce je rozšířit naše znalosti o mechanismech imunitní. Jádro disertační práce tvoří pět publikací, které se týkají dvou hlavních výzkumných směrů. První se zabývá mechanismy periferní imunitní tolerance, které zprostředkovávají regulační T-lymfocyty. Ukázali jsme, že Tregy zvyšují kvorum autoreaktivních CD8+ T-lymfocytů nutné pro indukci autoimunity. Kromě toho jsme identifikovali novou podskupinu antigen-stimulovaných CD8+ T-lymfocytů, které expandují v nepřítomnosti Tregů. Nazvali jsme je super-efektorové T-lymfocyty. Zjistili jsme, že podávání IL- 2 mimikuje nepřítomnost Tregů, tedy indukuje super-efektorové T-lymfocyty a zvyšuje imunitní odpověď CD8+ T-lymfocytů v modelu autoimmunity a rakoviny. Naše výsledky ukazují, že hlavní supresní mechanismus Tregů omezuje dostupnost IL-2 pro CD8+ T-lymfocyty. Kromě toho jsme v rámci spolupráce ukázali, že signalizace přes MyD88 v thymických buňkách je přispívá k vývoji Tregů a následnému pro nastolení imunitní tolerance. Druhý směr se zabývá ciliopatií Bardet-Biedlova syndromu (BBS). I přes četné...
|
|
|
Detekce přestaveb genů pro imunoreceptory u akutní lymfoblastické leukémie a u zdravých krevních buněk
Froňková, Eva ; Trka, Jan (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Penka, Miroslav (oponent) ; Schwarz, Jiří (oponent)
Lidský imunitní systém se setkává s miliony nejrůznějšíc h antigenll a antigenních epitopu. Sch pnost ly mfocy tů specificky reagovat na tylO podnět y je zaj ištěn a obrovskou rozmanitostí anti genn ě-specifických receptorů - imuno g lo bulinů (lg) Ll B lymfocy tll a I-b uně č n ých re c eptorů (TeR) u T lymfocytů. Kdyby byl celý tento repertoár kódován o ddělenými geny, zabral by většinu genomu. Namísto toho vznikl v průbě h u evoluce systém, který pomocí přeskupování omezeného množství genových segmentu dokáže vy tvořit kombinace, které jsou jedinečné pro každý lymfocyt nebo lymfocytárn í klon. Povrchové i sekretované imunoglobuliny B I ymfocytů se skládaj í ze dvou těžkých (lgH) a dvou lehk ' ch (TgL) řetězců , spoj ených disulfidovou vazbou. Geny kódující 19B řet ězce se nacházej í v genovém komplexu na chromosomu 14q32.3 v oblasti pokrývaj ící asi 1250 kb. ento komplex obsahuje v závislosti na haplotypuna 5 ' konci skupinu 46-52 fu nkčních sekvenčně podobných úsekl'l V ("variabil ita"), rozděle ných na základě homologie do 6-7 rodin. Dále následuje skupina 27 úseků D ("diversita"), pak skupina 6 laátkých úseků J ("joining") a na 3' konci jsou uspořádány genové segmenty konstantní část i těžkého řetězcc ce), jejichž použitím jsou definovány jednotlivé třídy imunoglobulinů. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Liniová plasticita fyziologických a maligních lymfocytárních prekursorů
Rezková Řezníčková, Leona ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Otáhal, Pavel (oponent)
Klasické schéma vývoje hematopoetických buněk předpokládá časné oddělení lymfoidního a myeloidního prekurzoru. V poslední době jsou navrhovány složitější modely, které předpokládají větší flexibilitu hematopoezy a navrhují existenci progenitorů s lymfoidním i myeloidním potenciálem. Akutní hybridní leukémie jsou malignity, které podle různých kritérií nelze jednoznačně zařadit k lymfoidní nebo k myeloidní linii a jejichž chování spíše dává za pravdu novým modelům hematopoezy. Předkládaná práce se zabývala především výzkumem dětských leukémií s přesmykem z lymfoidní do myeloidní linie během indukční léčby. Jedná se o rozsáhlý projekt, v jehož rámci si diplomová práce si kladla za úkol určit liniové zařazení leukemických blastů pomocí detekce přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory (TCR). Potvrdili jsme, že myeloidní buňky derivované v průběhu léčby pochází u všech pacientů z původního lymfoidního klonu. Dále jsme u těchto případů zkoumali expresi vytipovaných genů ve srovnání s běžnými druhy leukémií. Třetí částí práce byl výzkum prognostického významu přítomnosti přestaveb TCR (a tedy příslušnosti k lymfoidní linii) u leukémií z T-lymfoidní řady.
|
|
|
Vyšetření HLA systému a KIR genů u dárců a příjemců kostní dřeně
Kroulíková, Zuzana ; Vraná, Milena (vedoucí práce) ; Froňková, Eva (oponent)
HLA a KIR geny dosahují vysoké míry polymorfismu v rámci lidského genomu. Proteinové produkty těchto genů hrají významnou roli při transplantacích hematopoetických kmenových buněk. Genetická shoda na úrovni HLA genů mezi recipientem a donorem představuje hlavní rizikový faktor přihojení transplantátu a následné úspěšné léčby. Z tohoto důvodu je nezbytná genotypizace donorů a recipientů indikovaných k transplantaci hematopoetických kmenových buněk. Za účelem vyšetření se využívají různé modifikace polymerázové řetězové reakce a přímé sekvenování, typizovány jsou geny HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1 a HLA-DQB1 na úrovni high- a low- rozlišení. Na základě typizace těchto genů je aplikována tzv. 10/10 shoda při výběru vhodného donora v registru dárců. Při léčbě pacientů s diagnostikovanou akutní myeloidní leukémií zvyšuje pravděpodobnost potlačení relapsu onemocnění a obecné přežití pacientů KIR genotyp donorů, nejvyššího léčebného efektu dosahuje Cen-B/B dárcovský haplotyp. Z tohoto důvodu dochází k typizaci KIR pomocí polymerázové řetězové reakce, výsledný genotyp je porovnáván online kalkulátorem v IMGT/KIR databázi. Vybraní donoři jsou selektováni do skupin dle svého genotypu a jeho vlivu na výsledný efekt léčby. Studium polymorfních systémů a vývoj metod genetické typizace donorů a recipientů...
|
|
|
Analýza přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory pomocí sekvenování nové generace.
Hašek, Daniel ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Javorková, Eliška (oponent)
Sekvenování DNA je molekulárně genetická metoda, jejímž výstupem je údaj o pořadí a druhu nukleotidů ve vzorku deoxyribonukleové kyseliny (DNA), molekuly nesoucí genetickou informaci. Tento údaj má často klíčovou hodnotu pro mnoho odvětví; výzkum, zdravotnictví, průmysl, kriminalistiku a další. Dlouhou dobu byla k sekvenování používána téměř výhradně metoda vynalezená Frederickem Sangerem v 70. letech minulého století, která využívá upravené nukleotidy, jejichž zařazení do řetězce DNA brání jeho dalšímu prodloužení. Syntéza DNA v jejich přítomnosti dá vznik směsi různě dlouhých fragmentů, které jsou elektroforeticky rozděleny podle délky a z výsledného gelu je odečtena sekvence. Protože s sebou princip této metody nese jistá omezení (m.j. nízký výkon a malé pokrytí cílové oblasti), je v poslední době vynakládáno značné úsilí na vývoj alternativních metod sekvenování. Tyto metody, souhrnně nazývané sekvenování nové generace ("next-generation sequencing" - NGS), využívají rozličné technologie k překonání limitů Sangerova sekvenování. Tato práce pojednává o nejvýznamějších NGS metodách a zaměřuje se na možnosti jejich využití při sekvenování přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory, což je oblast se značnou klinickou relevancí v oborech jako je imunologie či hematologie. Powered by TCPDF...
|
|
| |
host ::
RSS.