|
|
Příprava neprosinu I - unikátní kyselé proteasy s potenciálem pro použití ve strukturní biologii, proteomice a terapii glutenových intolerancí.
Pelechová, Kamila ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Šmídová, Aneta (oponent)
Proteasy se vyskytují napříč všemi říšemi, od virů a mikroorganismů po rostliny a živočichy, včetně lidí. Pro živé organismy jsou nezbytné. Degradují proteiny na peptidy a jednotlivé aminokyseliny, což umožňuje organismům lépe vstřebávat živiny. Zároveň plní funkci regulátoru - kontrolují buněčný cyklus, jsou zodpovědné za přeměnu prekurzorů na biologicky aktivní látky, jsou součástí signalizačních kaskád. Díky svým vlastnostem jsou proteasy využívány pro terapeutické účely a nalézají uplatnění i v průmyslu a výzkumu. Tato práce se zabývá produkcí rekombinantně připraveného neprosinu - nově objevené prolyl-endopeptidasy izolované z masožravých rostlin Nepenthes ventrata. Jedná se o kyselou proteasu s potenciálem pro využití ve strukturní biologii, proteomice a medicíně. Díky své schopnosti štěpit především C-koncové prolinové zbytky se neprosin stává slibnou možností pro enzymovou terapii celiakie.
|
|
|
Charakterizace a využití proteas štěpících za prolinem.
Portašiková, Jasmína Mária ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Kádek, Alan (oponent)
Peptidová vazba tvořená prolinem je vůči většině známých proteas odolná, proto objev a izolace proteas štěpících za touto aminokyselinou otvírá nové možnosti nejen pro studium proteinů, ale také pro průmyslové, potravinářské či farmaceutické použití. Prolylendopeptidasa z houby Aspergillus niger (AnPEP) je enzym specificky štěpící za prolinem, který je komerčně dostupný v podobě různých produktů. Tato bakalářská práce se zabývá charakterizací a srovnáním štěpných preferencí proteas AnPEP (Clarity Ferm) a ProAlanasa (Promega). V práci je popsán vliv různých podmínek na specifitu proteas při štěpení modelových proteinů. Štěpné preference AnPEPu byly charakterizovány i na komplexních proteinových směsích a byla také připravena a testována imobilizovaná forma enzymu. Klíčová slova: ProAlanasa, AnPEP, H/D výměna, strukturní proteomika, imobilizované proteasy
|
|
|
Characterization of protein structures using chemical cross-linking and mass spectrometry.
Kukačka, Zdeněk ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Některé bílkoviny k plnění své funkce vyžadují přítomnost specifického ligandu, kofaktoru nebo prostetické skupiny. Vazba této specifické molekuly může v molekulách bílkovin způsobit konformační změny. V některých případech může charakterizace takovýchto konformačních změn představovat velmi náročný úkol. V předkládané práci je popsán nový přístup sloužící ke sledování těchto změn pomocí kombinace chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením. Na modelovém systému, kterým byl zvolen protein kalmodulin, je ukázáno, že analýza pomocí izotopově značených síťovacích činidel umožnuje získat přehled o změnách struktury způsobených přítomností nebo nepřítomností ligandu. Byly rovněž popsány potenciální nedostatky metody, které tkví především v nedostatečné proteolýze proteinu. Tato nová metoda, která zároveň umožňuje kvantifikaci strukturních změn proteinů, byla použita spolu s dalšími technikami k charakterizaci neutrální trehalasy Nth1 v komplexu s proteinem Bmh1 (kvasinková forma proteinu 14-3-3). Výsledky odhalily, že vazba proteinu Bmh1 vyvolává přeskupení molekuly Nth1 se změnami především v tzv. "EF-hand" podobném motivu, který je nezbytný pro aktivační proces.
|
|
|
Studium konformačních změn proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie.
Rosůlek, Michal ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Proteiny a enzymy, které ke své aktivitě vyžadují přítomnost specifického ligandu, kofaktoru, popřípadě prostetické skupiny, podléhají po navázání příslušných molekul konformačním změnám, umožňujících efektivně vykonat jejich funkci. V některých případech jsou tyto změny běžnými strukturními metodami těžko postižitelné. Využitím metody chemického zesítění s analýzou produktů pomocí hmotnostní spektrometrie lze konformační změny takovýchto proteinů zaznamenat a s nízkým rozlišením i vizualizovat. Tato práce se zabývá studiem konformačních změn indukovaných vazbou ligandu, kationtu vápníku, na molekulu modelového proteinu kalmodulinu. Kalmodulin plní funkci druhého posla v několika odlišných buněčných signalizačních drahách. Tato funkce je úzce spjata s dostatečným dynamickým rozsahem molekuly kalmodulinu. Díky této vlastnosti je kalmodulin vhodným proteinem pro identifikaci konformačních změn. Využitím činidel chemického zesítění DSG a DSS, reagujících selektivně s primárními aminy lysinů, s různou délkou spojovacího raménka, bylo po štěpení trypsinem a separaci produktů vysokoúčinnou kapalinovou chromatografíí s následnou hmotnostně spektrometrickou analýzou nalezeno sedm unikátních intraproteinových spojení. Použitím izotopově neznačených činidel v reakční směsi v přítomnosti vápenatých kationtů a...
|
|
|
Příprava neprosinu I - unikátní kyselé proteasy s potenciálem pro použití ve strukturní biologii, proteomice a terapii glutenových intolerancí.
Pelechová, Kamila ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Šmídová, Aneta (oponent)
Proteasy se vyskytují napříč všemi říšemi, od virů a mikroorganismů po rostliny a živočichy, včetně lidí. Pro živé organismy jsou nezbytné. Degradují proteiny na peptidy a jednotlivé aminokyseliny, což umožňuje organismům lépe vstřebávat živiny. Zároveň plní funkci regulátoru - kontrolují buněčný cyklus, jsou zodpovědné za přeměnu prekurzorů na biologicky aktivní látky, jsou součástí signalizačních kaskád. Díky svým vlastnostem jsou proteasy využívány pro terapeutické účely a nalézají uplatnění i v průmyslu a výzkumu. Tato práce se zabývá produkcí rekombinantně připraveného neprosinu - nově objevené prolyl-endopeptidasy izolované z masožravých rostlin Nepenthes ventrata. Jedná se o kyselou proteasu s potenciálem pro využití ve strukturní biologii, proteomice a medicíně. Díky své schopnosti štěpit především C-koncové prolinové zbytky se neprosin stává slibnou možností pro enzymovou terapii celiakie.
|
|
|
Příprava Oryzasinu 1 pro štěpení proteinů v experimentech vodík/deuteriové výměny.
Šintáková, Kristýna ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Jurnečka, David (oponent)
Vodík/deuteriová výměna v kombinaci s hmotnostní spektrometrií (HXMS) je stále populárnější technikou strukturní biologie. Její prostorové rozlišení závisí na účinnosti fragmentace nebo proteolytickém štěpení studovaného proteinu. Z toho důvodu je snaha hledat nové proteasy, které by nejen byly schopné štěpit zkoumaný protein při podmínkách HXMS, ale také poskytovaly co největší pokrytí sekvence proteinu. Tato práce se zabývá nalezením optimálních podmínek produkce aspartátové proteasy Oryzasinu 1 pro potenciální použití v experimentech HXMS. Z dostupných plazmidů byly vybrány vhodné produkční klony, pomocí peptidového mapování byla ověřena identita produkovaného proteinu a následně byly nalezeny vhodné produkční podmínky. Na základě těchto výsledků bylo přistoupeno k produkci proteinu ve velkém objemu a k izolaci inkluzních tělísek. Klíčová slova: Oryzasin 1, proteasy, vodík/deuteriová výměna v kombinaci s hmotnostní spektrometrií (HXMS)
|
|
|
Analysis of Histone Deacetylase 6/Kinesin Interactions
Nedvědová, Jana ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Intracelulární transport je zajišťován dvěma typy molekulárních motorů, kinesiny a dyneiny. Kinesin-1 zprostředkovává transport molekul and organel podél mikrotubulů směrem k jejich plus konci. Specifické protein-proteinové interakce jsou nezbytné k aktivaci kinesinu, protože volný kinesin je autoinhibován. Aktivace kinesinu je spojena se změnou jeho konformace. Aktivovaný kinesin se váže na mikrotubuly a za hydrolýzy ATP přenáší navázané molekuly a organely. HDAC6 je multifunkční protein složený z několika domén. Je důležitým regulačním faktorem v mnoha procesech týkajících se mikrotubulů. HDAC6 je totiž hlavním enzymem deacetylujícím mikrotubuly. Bylo popsáno, že inaktivace HDAC6 ovlivňuje transport na mikrotubulech, nicméně mechanismus těchto změn není znám. Inaktivace HDAC6 může tyto změny působit kvůli posttranslační modifikaci mikrotubulů nebo přímou interakcí s molekulárními motory. Tato diplomová práce je zaměřena na charakterizaci dosud nepopsané interakce mezi kinesinem-1 a HDAC6. Za tímto účelem byla provedena exprese a purifikace navržených konstruktů obou proteinů. Tyto konstrukty byly analyzovány pomocí mikroskopické termoforézy (MST) pro stanovení jejich vzájemné afinity a vodík-deuteriové výměny (HDX), kterou byly interakce popsány ze strukturního hlediska. Podle MST je afinita mezi...
|
|
|
Characterization of protein structures using chemical cross-linking and mass spectrometry.
Kukačka, Zdeněk ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Některé bílkoviny k plnění své funkce vyžadují přítomnost specifického ligandu, kofaktoru nebo prostetické skupiny. Vazba této specifické molekuly může v molekulách bílkovin způsobit konformační změny. V některých případech může charakterizace takovýchto konformačních změn představovat velmi náročný úkol. V předkládané práci je popsán nový přístup sloužící ke sledování těchto změn pomocí kombinace chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením. Na modelovém systému, kterým byl zvolen protein kalmodulin, je ukázáno, že analýza pomocí izotopově značených síťovacích činidel umožnuje získat přehled o změnách struktury způsobených přítomností nebo nepřítomností ligandu. Byly rovněž popsány potenciální nedostatky metody, které tkví především v nedostatečné proteolýze proteinu. Tato nová metoda, která zároveň umožňuje kvantifikaci strukturních změn proteinů, byla použita spolu s dalšími technikami k charakterizaci neutrální trehalasy Nth1 v komplexu s proteinem Bmh1 (kvasinková forma proteinu 14-3-3). Výsledky odhalily, že vazba proteinu Bmh1 vyvolává přeskupení molekuly Nth1 se změnami především v tzv. "EF-hand" podobném motivu, který je nezbytný pro aktivační proces.
|
|
|
Studium konformačních změn proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie.
Rosůlek, Michal ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Proteiny a enzymy, které ke své aktivitě vyžadují přítomnost specifického ligandu, kofaktoru, popřípadě prostetické skupiny, podléhají po navázání příslušných molekul konformačním změnám, umožňujících efektivně vykonat jejich funkci. V některých případech jsou tyto změny běžnými strukturními metodami těžko postižitelné. Využitím metody chemického zesítění s analýzou produktů pomocí hmotnostní spektrometrie lze konformační změny takovýchto proteinů zaznamenat a s nízkým rozlišením i vizualizovat. Tato práce se zabývá studiem konformačních změn indukovaných vazbou ligandu, kationtu vápníku, na molekulu modelového proteinu kalmodulinu. Kalmodulin plní funkci druhého posla v několika odlišných buněčných signalizačních drahách. Tato funkce je úzce spjata s dostatečným dynamickým rozsahem molekuly kalmodulinu. Díky této vlastnosti je kalmodulin vhodným proteinem pro identifikaci konformačních změn. Využitím činidel chemického zesítění DSG a DSS, reagujících selektivně s primárními aminy lysinů, s různou délkou spojovacího raménka, bylo po štěpení trypsinem a separaci produktů vysokoúčinnou kapalinovou chromatografíí s následnou hmotnostně spektrometrickou analýzou nalezeno sedm unikátních intraproteinových spojení. Použitím izotopově neznačených činidel v reakční směsi v přítomnosti vápenatých kationtů a...
|
host ::
RSS.