|
|
Variabilita tvaru krunýře u vybraných zástupců čeledi Geoemydidae
Protiva, Tomáš ; Rehák, Ivan (vedoucí práce) ; Šmíd, Jiří (oponent) ; Široký, Pavel. (oponent)
Želvy vždy fascinovaly člověka svou morfologií, unikátní embryogenezí a později i neujasněnou pozicí ve fylogenezi. Tato skupina existuje již 200 milionů let, od prvních zástupců rodů Odontochelys a Proganochelys, ale v současnosti je většina druhů ohrožena především neřízeným lovem. Kritická situace je zejména v Asii, kde obrovskou poptávku po želvích produktech vytvářejí čínské trhy. Řada druhů je na pokraji vyhubení a záchranné chovy v zajetí jsou nutností. K plánování záchranného programu je ale zásadní znalost správného taxonomického zařazení a geografického původu. Variabilita tvaru karapaxu a plastronu, studované pomocí metody geometrické morfometrie a podpořené genetickou analýzou, představují vhodné nástroje k získávání těchto poznatků. V této práci jsme se soustředili především na ověření aplikovatelnosti metody geometrické morfometrie na vybrané zástupce čeledi Geoemydidae, jejichž centrum rozšíření se nachází v Asii a jsou tak touto tzv. "želví krizí" nejvíce ohroženi. U želvy Morenia petersi jsme se zaměřili na neobvykle častý výskyt vmezeřeného vertebrálního štítku na karapaxu. Ten nijak neovlivňuje tvar karapaxu ani plastronu a nenalezli jsme rozdíl ani v celkovém tvaru mezi jedinci s vmezeřeným štítkem a normálními jedinci s pěti vertebrálními štítky. Pravděpodobné zafixování...
|
|
|
Systematics, Phylogeny and Biogeography of the gecko genus Hemidactylus (Reptilia, Gekkonidae) in Arabia and the Near East.
Šmíd, Jiří ; Moravec, Jiří (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent) ; Rehák, Ivan (oponent)
(in Czech) Donedávna byli gekoni rodu Hemidactylus vyskytující se v oblasti východního Mediteránu a na Arabském poloostrově považováni za relativně nediverzifikovanou skupinu. Jednak to bylo způsobeno jejich výraznou morfologickou uniformitou a zároveň jejich často synantropním způsobem života, díky kterému byly některé druhy rozšířeny na velké vzdálenosti. Nicméně s nástupem molekulárně-fylogenetických metod jakožto běžné techniky rutinně používané k odhalování fylogenetických vztahů mezi organismy se naše poznání diverzity tohoto rodu radikálně změnilo. Cílem této práce bylo odhalit fylogenetické a biogeografické vztahy a systematiku arabských zástupců rodu Hemidactylus. Analýzou přes 500 jedinců více než 40 druhů pocházejících z východního Mediteránu, Arabského poloostrova, Sokotry, severní a východní Afriky a Íránu a sekvencí šesti genů (dva mitochondriální - 12S rRNA, cyt b; čtyři jaderné - cmos, mc1r, rag1, rag2) se podařilo rekonstruovat kalibrovanou fylogenezi tzv. aridního kladu rodu Hemidactylus, odvodit jeho komplexní biogeografickou historii a odhalit sedm potenciálně nových druhů. Výsledky biogeografické analýzy naznačují, že současné rozšíření rodu bylo formováno jak vikariančními tak disperzními událostmi. Vikarianční události je možné dát do souvislosti s kontinentálním rozpadem v...
|
|
| |
|
|
Identifikace DNA rostlinných a živočišných druhů v potravinách použitím polymerázové řetězové reakce
Šmíd, Jiří ; Hanák,, Petr (oponent) ; Timko,, Jozef (oponent) ; Kuchta, Tomáš (vedoucí práce)
Na tři potravinové alergeny rostlinného původu – soju, pistácie a mandle – jsme vyvíjeli metody na jejich detekování v potravinách. Na detekci sóje (Glycine max) v potravinách jsme použili real-time PCR orientovanou na gen lec kódující lektin specifický pro sóju. Na tuto cílovou sekvenci byl orientovaný PCR systém s primery Le2F a Le2R a se sondou Le2P typu Taqman. Byla stanovena inkluzivita i exkluzivita systému, dále byl zjištěn detekční limit (2,75 pg) a praktický detekční limit (0,02 %). Celý navržený systém pak byl kvantifikován. Na detekci pisácií (Pistacia) byla použita real-time PCR založená na primerech a sondě orientované na gen COR kódující dehidrin. Byla stanovena inkluzivita i exkluzivita systému, dále byl zjištěn detekční limit (3,5 pg) a praktický detekční limit (0,002 %). Na detekci mandlí (Amygdalus) se nepodařilo vyvinout žadný systém, který by 100 % splňoval všechny kvalitativní parametry.
|
|
| |
|
|
Možnosti uplatnění moderních metod při výrobě prototypových odlitků
Šmíd, Jiří ; Horenský, Jiří (oponent) ; Horáček, Milan (vedoucí práce)
Úvod diplomové práce je zaměřen na přehled používaných technologií v oblasti slévárenství. Jsou zde také popsány principy jednotlivých metod, přičemž metoda FDM je rozebrána podrobněji. Tato metoda byla následně použita v praktické části k výrobě voskových modelů pomocí silikonové formy. Voskové modely byly poté použity k výrobě odlitků metodou vytavitelného lití. Výsledkem této práce je stanovení rozměrových změn v průběhu celé výroby od výkresové dokumentace po skutečný odlitek.
|
|
|
Vývoj protokolu pro transientní transfekci buněčné linie HEK293 EBNA1
Šmíd, Jiří ; Španová, Alena (oponent) ; Ševčík, Mojmír (vedoucí práce)
Rekombinantní proteiny patří mezi důležité biofarmaceutické produkty používané v biomedicínském výzkumu a při léčbě lidských nemocí. Rekombinantní proteiny lze produkovat ve velkém množství stabilní transfekcí nebo rychlejší cestou přechodné transfekce s menšímy výtěžky. Pro zajištění správné biologické aktivity musí protein být náležitě poskládán a posttranslačně modifikován. Jelikož může být těchto modifikací dosaženo pouze expresí v savčích buňkách, staly se hlavním hostitelem expresí komplexních rekombinantních proteinů. V této diplomové práci je popsána přechodná transfekce buněk HEK 293 EBNA1 za použití lineárních polyethyleniminů (PEI). Tyto buňky byly předem adaptované na suspenzní kultivaci v médiu bez séra. Buňky byly transfekovány plasmidy pcDNA3.1, pCI, pEBSV1, pCEP4, pEAK8 a pcDNA5/FRT/TO, všechny nesly reporterový gen SEAP. K porovnání účinností jednotlivých transfekcí byly měřeny koncentrace exprimované alkalické fosfatázy (SEAP) v buněčném supernatantu. Dalším faktorem, který byl optimalizován, byl použitý poměr DNA:PEI; rovněž byly vzájemně srovnány účinnosti transfekcí při použití dvou různých polyethyleniminů. Nejvyšší dosažená exprese byla 50 mg/l SEAPu při transfekci ve 24 jamkových deskách za poměru DNA:PEI 1:5. Při porovnání všech šesti plasmidů měl nejvyšší expresi plasmid pCEP4/SEAP a to i při převedení transfekčního systému do většího objemu.
|
|
| |
|
|
Metodika pro práci s přírodovědeckým typovým materiálem
Jan Holec ; Petr Kment ; Jan Wagner ; Jiří Šmíd ; Otakar Šída ; Jiří Kvaček ; Jiří Sejkora ; Vítězslav Kuželka
Metodika obrací pozornost k základním, reálně existujícím kamenům přírodovědeckého názvosloví (nomenklatury) - typům, které jsou pilíři vědeckých jmen organizmů a minerálů. Popisuje problematiku typových exemplářů těch skupin organizmů, které spadají pod zoologický a botanický kód (ICZN, ICN), a to jak v současnosti žijících, tak vyhynulých. Pokrývá oblast sbírkové správy a vědeckého studia typů, tj. jejich rozlišování, označování, preparaci, preventivní konzervaci, balení, etiketování, dokumentaci, publikování, studování a zapůjčování.
Plný text:  PDF
|
|
|
Finanční analýza společnosti Mlýn Havlíčkův Brod, s. r. o.
Týcová, Hana ; Cimický, Jan (vedoucí práce) ; Šmíd, Jiří (oponent)
Cílem této bakalářské práce bylo provést finanční analýzu podniku Mlýn Havlíčkův Brod, s. r. o. v letech 2003 až 2007. Práce obsahuje dvě části: metodickou a praktickou. Metodická část nás seznamuje s problematikou finanční analýzy, co je to finanční analýza, s čím nás seznamuje a jaké zdroje jsou potřeba pro její sestavení. Mimo jiné jsou zde také uvedeny výpočty ukazatelů, které s finanční analýzou souvisí. V praktické části se zabýváme samotnými konkrétními výpočty a výsledky této analýzy. Nejprve se stručně seznámíme se společností Mlýn Havlíčkův Brod, s. r. o. a poté následuje samotná aplikace poznatků z metodické části na dosažené výsledky společnosti. Hodnoty ukazatelů jsou dále vyhodnoceny a interpretovány. Závěr práce obsahuje výsledné shrnutí celé analýzy, její vyhodnocení a navržená doporučení.
|
host ::
RSS.