|
|
Modelování dopravních systémů
Šmíd, Jiří ; Martinek, David (oponent) ; Peringer, Petr (vedoucí práce)
Tato práce pojednává o modelování transportních a dopravních systémů. V první části popisuje rozšíření existující knihovny Simlib/C++ o podporu pro vytváření transportních systémů. Druhá část je věnována analýze celulárních automatů. Důraz je kladen zejména na to, aby modely dopravních systémů vytvořené pomocí této knihovny se co nejvíce přibližovaly svým reálným protějškům. Snadno modifikovatelný systém pro sběr a zpracování statistických dat umožňuje uživateli analyzovat nejen fundamentální statistická data, nýbrž i samotný pohyb vozidel v jednotlivých krocích. Vozidla různých rozměrů jsou schopna sama vyhledat cestu k cíli. Obě knihovny poskytují uživateli pro tvorbu modelů dopravních systémů maximální možnou volnost.
|
|
|
Identifikace DNA rostlinných a živočišných druhů v potravinách použitím polymerázové řetězové reakce
Šmíd, Jiří ; Hanák,, Petr (oponent) ; Timko,, Jozef (oponent) ; Kuchta, Tomáš (vedoucí práce)
Na tři potravinové alergeny rostlinného původu – soju, pistácie a mandle – jsme vyvíjeli metody na jejich detekování v potravinách. Na detekci sóje (Glycine max) v potravinách jsme použili real-time PCR orientovanou na gen lec kódující lektin specifický pro sóju. Na tuto cílovou sekvenci byl orientovaný PCR systém s primery Le2F a Le2R a se sondou Le2P typu Taqman. Byla stanovena inkluzivita i exkluzivita systému, dále byl zjištěn detekční limit (2,75 pg) a praktický detekční limit (0,02 %). Celý navržený systém pak byl kvantifikován. Na detekci pisácií (Pistacia) byla použita real-time PCR založená na primerech a sondě orientované na gen COR kódující dehidrin. Byla stanovena inkluzivita i exkluzivita systému, dále byl zjištěn detekční limit (3,5 pg) a praktický detekční limit (0,002 %). Na detekci mandlí (Amygdalus) se nepodařilo vyvinout žadný systém, který by 100 % splňoval všechny kvalitativní parametry.
|
|
| |
|
| |
|
|
Možnosti uplatnění moderních metod při výrobě prototypových odlitků
Šmíd, Jiří ; Horenský, Jiří (oponent) ; Horáček, Milan (vedoucí práce)
Úvod diplomové práce je zaměřen na přehled používaných technologií v oblasti slévárenství. Jsou zde také popsány principy jednotlivých metod, přičemž metoda FDM je rozebrána podrobněji. Tato metoda byla následně použita v praktické části k výrobě voskových modelů pomocí silikonové formy. Voskové modely byly poté použity k výrobě odlitků metodou vytavitelného lití. Výsledkem této práce je stanovení rozměrových změn v průběhu celé výroby od výkresové dokumentace po skutečný odlitek.
|
|
|
Vývoj protokolu pro transientní transfekci buněčné linie HEK293 EBNA1
Šmíd, Jiří ; Španová, Alena (oponent) ; Ševčík, Mojmír (vedoucí práce)
Rekombinantní proteiny patří mezi důležité biofarmaceutické produkty používané v biomedicínském výzkumu a při léčbě lidských nemocí. Rekombinantní proteiny lze produkovat ve velkém množství stabilní transfekcí nebo rychlejší cestou přechodné transfekce s menšímy výtěžky. Pro zajištění správné biologické aktivity musí protein být náležitě poskládán a posttranslačně modifikován. Jelikož může být těchto modifikací dosaženo pouze expresí v savčích buňkách, staly se hlavním hostitelem expresí komplexních rekombinantních proteinů. V této diplomové práci je popsána přechodná transfekce buněk HEK 293 EBNA1 za použití lineárních polyethyleniminů (PEI). Tyto buňky byly předem adaptované na suspenzní kultivaci v médiu bez séra. Buňky byly transfekovány plasmidy pcDNA3.1, pCI, pEBSV1, pCEP4, pEAK8 a pcDNA5/FRT/TO, všechny nesly reporterový gen SEAP. K porovnání účinností jednotlivých transfekcí byly měřeny koncentrace exprimované alkalické fosfatázy (SEAP) v buněčném supernatantu. Dalším faktorem, který byl optimalizován, byl použitý poměr DNA:PEI; rovněž byly vzájemně srovnány účinnosti transfekcí při použití dvou různých polyethyleniminů. Nejvyšší dosažená exprese byla 50 mg/l SEAPu při transfekci ve 24 jamkových deskách za poměru DNA:PEI 1:5. Při porovnání všech šesti plasmidů měl nejvyšší expresi plasmid pCEP4/SEAP a to i při převedení transfekčního systému do většího objemu.
|
|
|
Diversity of iris coloration during evolution of geckos (Gekkota)
Ozerskyi, Serhii ; Brejcha, Jindřich (vedoucí práce) ; Šmíd, Jiří (oponent)
Iris je anatomická struktura, která plní funkci bránice ve vizuálním systému oka. Kromě hlavní funkce - nenechat světlo projít žákem, může duhovka hrát mnoho různých rolí kvůli velké variabilitě jejího zbarvení. Iris může být součástí kamufláže nebo aposematické barvy, hrát jinou roli ve vnitrodruhové nebo mezidruhové komunikaci. U některých druhů se jeho barva mění v závislosti na věku, ročním období, biologických cykolech nebo se dokonce rychle mění barvu v reakci na podněty. Gekoni (Gekkota) se vyznačují obzvláště velkou rozmanitostí barvy duhovky. A v mnoha z nich se vzor duhovky podobá větvícím se žilám. Jaký význam a historii evoluce má tento vzorec, je zajímavé. Použil jsem různé modely evoluční rekonstrukce v programu R ke studiu vývoje žilkovaného vzoru zbarvení duhovky, stejně jako fylogenetické srovnávací metody a binární model evoluce znaků k identifikaci jeho spojení s fúzí života a kontrastem jasu mezi okem a očním prstencem. Bylo zjištěno, že žilnatý vzor je podmínkou předků gekonů a je přítomen u většiny moderních druhů. Nejpřesněji je vývoj vzoru žíly popsán modelem all rates different (ARD). žilnatý vzor je spojen s nočním životním stylem a pravděpodobně se objevil po přechodu předků gekonů na noční životní styl v období křídy. Žilnatý vzor má tendenci mizet ve skupinách s denním životním...
|
|
|
Diversity and phylogeny of the lacertid lizards (Lacertidae) with emphasis on the tribe Eremiadini
Hlaváč, Denis ; Šmíd, Jiří (vedoucí práce) ; Chmelař, Jan (oponent)
Čeľaď Lacertidae (jaštericovité) patrí do triedy Reptilia (plazy) a rádu Squamata (šupinaté plazy). Táto čeľaď je tvorená dvomi podčeľaďami, Lacertinae a Gallotinae, ktoré sú diverzifikované do 45 rodov a približne 368 druhov. Podčeľaď Lacertinae sa delí na dva triby, a to tribus Eremiadini a Lacertini. Tribus Lacertini môžeme ďalej rozdeliť na dva klady: Etiópsky a Saharsko-eurázijský klad. Podčeľaď Lacertinae s približne 354 druhmi je o mnoho väčšia ako podčeľaď Gallotinae, ktorá je tvorená len 14 druhmi. Z podčeľade Lacertinae je väčší tribus Eremiadini tvorený 215 druhmi zaradenými v 22 rodoch. Zástupcov tejto čeľade nájdeme v Európe, Afrike a Ázii , ale centrum pôvodu tvorí Európa. Patria k dominantným druhom herpetofauny v Európe. Tribus Eremiadini sa v minulosti oddelil od zvyšku čeľade Lacertidae a migroval do Afriky, kde došlo k jeho diverzifikácií v dnešnú podobu. Momentálne je diverzita tribu Eremiadini sústredená v Afrike, ale veľké množstvo druhov sa vyskytuje aj v Ázii. Telo je malej až strednej veľkosti, ktorá zväčša nepresahuje 90 mm bez chvosta. Tvar tela je štíhly a chvost je relatívne dlhý v porovnaní s dĺžkou tela. Farebne sú veľmi variabilní a z morfologického hľadiska sú si druhy v čeľadi veľmi podobné a je ťažké nájsť striktne odlišné znaky medzi niektorými druhmi, ba dokonca...
|
|
|
Výskyt fibrilace síní jako rizikového faktoru u nemocných po oběhové zástavě pro fibrilaci komor
Šmíd, Jiří ; Vančura, Vlastimil (vedoucí práce) ; Mayer, Otto (oponent) ; Skalická, Hana (oponent)
Fibrilace síní je nejčastější arytmií vyskytující se v dospělé populaci a náhlé srdeční úmrtí patří mezi nejčastěji se vyskytující příčinu kardiovaskulárního úmrtí, na kterém se podílí až z 50%. V řadě studií byla sledována spojitost mezi fibrilací síní a dalšími onemocněními srdce včetně náhlého srdečního úmrtí. V populaci narůstá prevalence i incidence fibrilace síní a je spojována s vyšší morbiditou i mortalitou nemocných. Patofyziologické mechanismy u fibrilace síní jsou velmi komplexní a jsou propojeny s řadou dalších onemocnění, s nimiž mohou mít částečně společný základ a mohou se navzájem ovlivňovat. Vyšší výskyt fibrilace síní je popisován zejména u pacientů s ICHS, srdečním selháním, arteriální hypertenzí. Zvýšená mortalita či vyšší výskyt komorových arytmií včetně fibrilace komor jsou popsány i v pracích u nositelů ICD, ale i v běžné populaci, kde byla fibrilace síní prokázána jako nezávislý rizikový faktor spojený až s 3násobným rizikem fibrilační zástavy oběhu. Tato práce se snaží přinést ucelený obraz vztahu fibrilace síní a náhlého srdečního úmrtí. Přináší informace o základní anatomii, fyziologii elektrické aktivity srdce, epidemiologii výskytu a patofyziologii fibrilace síní a komorových arytmií. Cílem této práce bylo zanalyzovat výskyt fibrilace síní jako rizikového faktoru u...
|
|
|
Evoluční dynamika rodu Hemidactylus (Squamata, Gekkonidae) v prostoru a čase
Janák, Vojtěch ; Šmíd, Jiří (vedoucí práce) ; Rehák, Ivan (oponent)
Rod Hemidactylus je jednou z nejúspěšnějších skupin infrařádu Gekkota šupinatých plazů. Se svými více než 180 popsanými druhy představuje druhý nejpočetnější rod gekonů vůbec. V posledních dekádách byl objektem poměrně intenzivního výzkumu, který přinesl mnohé poznatky o jeho fylogenezi, vnitřní struktuře,rozšíření, biogeografii a taxonomii. Počet popsaných druhů se za tuto dobu více než zdvojnásobil. Přes tento posun v poznání a přes jeho velikost a evoluční úspěch, které z rodu Hemidactylus dělají dobrý model pro studium diversifikace a evoluce, žádná komplexnější studie těchto otázek provedena nebyla. Tato práce tak představuje pokus o prozkoumání fylogeneze a evoluce rodu, jeho historii, šíření a diversifikační dynamiku, založený na kompletnějším druhovém zastoupení, než jaké bylo doposud ve výzkumech zahrnuto.
|
host ::
RSS.