|
|
Malé signální molekuly u kvasinek
Putalová, Tereza ; Váchová, Libuše (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Kvasinky vylučují do prostředí metabolity, z nichž některé mohou mít signální funkci. Mezi malé signální molekuly patří kromě jiných molekul amoniak, alkoholy, estery, kyseliny a CO2. Tyto látky mohou vznikat jako odpadní produkty metabolismu, např. některé alkoholy při katabolismu aminokyselin. Po vyloučení ovlivňují další/okolní buňky vazbou na receptory nebo působí na svůj cíl přímo v buňce a nebo mohou vytvářet koncentrační gradient případně gradient pH. Nové poznatky ukazují, že pomocí amoniaku se mohou kvasinky dorozumívat a diferenciovat v rámci kolonií. Farnesol, tyrosol a další molekuly používají kvasinky ke quorum sensing. Kvasinky rovněž sekretují vonné estery a mastné kyseliny. Vysoké koncentrace CO2 spouštějí přepnutí z kvasinkových buněk na hyfální formu. Tato práce shrnuje dosavadní informace o vzniku a působení vybraných molekul (amoniak, alkoholy, estery, kyseliny a CO2) v signalizaci kvasinek Saccharomyces cerevisiae a Candida albicans.
|
|
|
Exozóm a jeho role v metabolismu RNA v kvasinkách S. cerevisiae
Holická, Eliška ; Půta, František (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Exozóm je proteinový komplex přítomný v jádře a cytoplazmě kvasinek podílející se na degradaci, úpravách a nastavení hladiny vzniku a zániku RNA. Jeho jádro se skládá z devíti katalyticky inaktivních podjednotek, se kterými fyzicky asociuje RNA nukleáza Rrp44. Funkce exozómu je závislá na mnoha kofaktorech, respektive fakultativně asociovaných enzymech, což zajišťuje jeho vysokou versatilitu. V různých kompartmentech buňky funguje odlišným způsobem a hraje roli v odlišných procesech. V jádře se podílí především na úpravách prekurzorů různých specializovaných RNA, kdežto v cytoplazmě hlavně na degradaci nativních mRNA. Jeho základní funkcí je ale ve všech těchto procesech exonukleolytické štěpení jednořetězcové RNA od 3' konce. Exozóm má své homology napříč organismy - různé druhy nukleáz v bakteriích, archeální exozóm, PM-Scl komplex (nebo také exozóm) u člověka, což implikuje vysokou konzervovanost této degradační mašinérie. Je tedy zřejmé, že exozóm u kvasinek není jejich evoluční novinkou, spíše naopak některé komponenty tohoto komplexu v průběhu evoluce ztratily svou původní funkci.
|
|
|
Sestřih atypických intronů v S. cerevisiae
Cit, Zdeněk ; Půta, František (vedoucí práce) ; Pichová, Alena (oponent)
Sestřih pre-mRNA je životně důležitý proces významný pro genovou expresi všech eukaryotických organismů. Pro správný průběh tohoto velmi složitého a dynamického děje je zapotřebí několik specializovaných RNA a velké množství proteinů, které zastávají nejrůznější úlohy nejen přímo uvnitř samotného sestřihového komplexu, ale i mimo něj. Jedním z proteinů účastnících se sestřihu pre-mRNA v kvasince Saccharomyces cerevisiae je i Prp45. Jeho lidským homologem je protein SNW1/SKIP, který se mimo sestřihu podílí i na celé řadě dalších funkcí. U proteinu Prp45 byla zatím spolehlivě popsána pouze účast na druhé transesterifikační reakci sestřihu. Objevily se však i informace naznačující jeho možné zapojení do první transesterifikační reakce. Tato práce přináší další poznatky spojující protein Prp45 s prvním sestřihovou reakcí, které byly získány výzkumem buněk nesoucích mutantní alelu prp45(1-169). Buňky nesoucí tuto alelu vykazují mimo zhoršeného sestřihu i akumulaci některých pre-mRNA. Tato práce se proto zabývala i možným vlivem proteinu Prp45 na export RNA z jádra do cytoplasmy. Nebylo však objeveno žádné spojení mezi transportem RNA a tímto proteinem. Klíčová slova sestřih pre-mRNA; Saccharomyces cerevisiae; Prp45; Mer1; Mud2; Prp22; Rrp6; AMA1; SNW1/SKIP
|
|
|
Aktin a jeho regulace v klatrinové endocytóze
Pešanová, Denisa ; Libusová, Lenka (vedoucí práce) ; Janštová, Vanda (oponent)
3 Abstrakt Aktinová vlákna a jejich dynamika hrají důležitou roli při přestavbě povrchu eukaryotických buněk. Regulační proteiny aktinu mají významný vliv na řízení aktinové dynamiky. Během klatrinové endocytózy se na plazmatické membráně stýkají aktin a regulační proteiny s klatrinem a adaptorovými proteiny, aby se společně podílely na vchlípení membrány a odštěpení váčku. Aktinové struktury jsou zásadní pro vznik, internalizaci i pohyb endocytovaných váčků u kvasinek. U savčích buněk ještě není účast aktinu zvláště v časných fázích endocytózy dobře objasněna. I přes využití nejmodernějších zobrazovacích metod neexistují ustálené modely ukazující zřejmě odlišné role aktinu v klatrinové endocytóze u kvasinek a v savčích buňkách. Tato práce se snaží nalézt soulad kontroverzních výsledků nedávných studií a komplexnosti procesu regulace aktinu. Předkládá shrnutí současných hypotéz a mechanismy interakcí nejvýznamnějších proteinů, které ovlivňují dynamiku aktinu v procesu klatrinové endocytózy. Klíčová slova aktin, klatrinová endocytóza, Saccharomyces cerevisiae, regulační proteiny
|
|
|
Regulace vnitřního pH kvasinek - vliv vybraných transportních proteinů
Zalom, Peter ; Chaloupka, Roman (vedoucí práce) ; Holoubek, Aleš (oponent)
Intracelulární pH ovlivňuje téměř všechny biochemické procesy v kvasinkách. Regulace cytosolického pH zahrnuje funkci mnoha transportních proteinů. Vliv vybraných sodných transportérů na cytosolcké pH byl zkoumán u dvou druhů kvasinek: Saccharomyces cerevisiae a Zygosaccharomyces rouxii včetně divokých kmenů a mutantů s ovlyvněným transportem sodíku. Měření cytosolického pH a pufrační kapacity bylo provedeno za použití fluorescenční sondy pHluorin - pH citlivého derivátu zeleného fluorescenčního proteínu. Bylo porovnáno několik postupů pro kalibraci fluorescenční odezvy pHluorinu na cytozolické pH. Byla prokázána důležitost korekce pro získaní správnych kalibračních křivkek . Bylo zjisteno, že cytosolické pH je ovlivněno transportním proteinem Nha1 jak v S. cerevisiae tak i v Z. Rouxii, ale ne transportérem Sod2-22 přítomným v Z. rouxii. Bylo prokázáno, že pufrační kapacita cytosolu klesá v přítomnosti glukózy ve všech studovaných kmenech.
|
|
|
Fyzické interakce sestřihového faktoru Prp45
Kratochvílová, Eliška ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Je známo, že posttranslační stav chromatinu, transkripce a sestřih se vzájemně ovlivňují, přesto ve studiu jejich vztahů zbývá ještě mnoho nezodpovězených otázek. V kvasince Saccharomyces cerevisiae lze relativně snadno navodit stavy, kdy je v životaschopných buňkách sestřih oddělen od transkripce. Takového stavu bylo docíleno mutací sestřihového faktoru Prp45, jehož savčí homolog se prokazatelně účastní jak regulace transkripce, tak sestřihových reakcí. Na základě předem indikovaných interakcí v dvouhybridním systému byla v této práci hledána fyzická spojení proteinu Prp45 s proteiny účastnícími se posttranslačních modifikací chromatinu. Jejich nalezení by poskytlo vhled do vzájemných vztahů procesů genové exprese. Koimunoprecipitací ani afinitní purifikací nebyly nalezeny fyzické interakce mezi proteinem Prp45 a námi zvolenými regulátory chromatinu. O alternativních přístupech uvažujeme. Koprecipitačními metodami byla dále blíže lokalizována interakce proteinu Prp46 se zkrácenými variantami proteinu Prp45. Toto pozorování rozšířilo naše znalosti o protein- proteinových interakcích v rámci sestřihového komplexu.
|
|
|
Diferenciace kvasinkových populací Saccharomyces cerevisiae: studium vlivu kultivačních podmínek
Šimek, Jan ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Dostál, Jiří (oponent)
Dlouhodobý výzkum chronologicky stárnoucích populací laboratorních kmenů kvasinky Saccharomyces cerevisiae odhalil, že kvasinky jsou schopny diferenciovat a vytvářet specializované buněčné typy. V současné době je nejpodrobněji popsána diferenciace tekutých kultur rostoucích v médiu bohatém na glukózu a kolonií rostoucích na pevném glycerolovém médiu, v nichž kvasinky vytvářejí dvě morfologicky odlišné skupiny buněk, jež přizpůsobují svůj metabolismus a fyziologii ve prospěch dlouhodobého přežití populace. V rámci diplomové práce byly z kolonií rostoucích na pevném glukózovém médiu a z tekutých kultur kultivovaných v glycerolovém médiu izolovány buněčné subpopulace lišící se v některých parametrech od subpopulací dříve popsaných. Nově izolované subpopulace byly porovnány s již známými buněčnými typy kolonií a tekutých kultur. Analyzována byla jejich stresová odolnost a vybrané metabolické procesy. Na základě předchozích výzkumů diferenciace kvasinkových populací byly vytipovány proteiny, jejichž exprese byla u jednotlivých populací buněk sledována pomocí fúze s fluorescenčním proteinem GFP. Výsledky ukázaly, že složení média a forma kultivace ovlivňují vývoj a metabolismus jednotlivých diferenciovaných buněčných subpopulací. Klíčová slova: Saccharomyces cerevisiae, BY4742, buněčná diferenciace,...
|
|
|
Vliv Vps34p na růst a vývoj kvasinkových kolonií
Červenka, Jakub ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Fosfatidylinositol-3-kinázová (PI3K) signální dráha je evolučně konzervována u všech eukaryotických organizmů a její hlavní funkcí je regulace autofágie a cílení proteinů do vakuoly/lyzozomu. Pro patogenní kvasinky druhů Candida albicans a Cryptococcus neoformans je PI3K signální dráha nezbytná pro jejich virulenci. U kvasinky Saccharomyces cerevisiae je PI3K signální dráha tvořena dvěma proteiny - Vps34p, který je fosfatidylinositol-3-kinázou, a jeho regulátorem Vps15p. V rámci této diplomové práce jsem se zabýval vlivem PI3K signální dráhy na růst a vývoj kolonií přírodních i laboratorních kmenů S. cerevisiae. Ověřil jsem, že delece VPS34 či VPS15 má u laboratorních haploidních kmenů významný vliv na velikost kolonií a na invazivní růst (u kmene ΣSh vps15Δ). Delece VPS34 nebo VPS15 také zvyšuje citlivost buněk k oxidativnímu stresu a detergentům. Kmeny bez VPS34 odvozené od přírodních kmenů se nepodařilo připravit, pravděpodobně pro jeho esencialitu u těchto kmenů. Konstitutivní exprese VPS34 neovlivňuje rezistenci buněk při inhibitorových testech, velikost a diferenciaci kolonií ani amoniakovou signalizaci, rozdíly však lze pozorovat v morfologii makrokolonií a způsobu jejich zarůstání do média. Značení Vps34p na C-konci pomocí GFP negativně ovlivňuje funkci Vps34p a u haploidních kmenů vede k...
|
|
|
Diferenciace kolonií kvasinek a vývoj nových přístupů pro monitorování dostupnosti kyslíku a přítomnosti živin.
Vopálenská, Irena ; Janderová, Blanka (vedoucí práce) ; Demnerová, Kateřina (oponent) ; Pichová, Iva (oponent)
Kvasinka Saccharomyces cerevisiae jako jednobuněčný organizmus patří mezi nejstudovanější experimentální organizmy. Je důležitým modelovým organizmem pro studium intracelulárních procesů v eukaryotických buňkách. Ovšem kvasinky jsou rovněž sociální organizmy schopné mezibuněčné komunikace a tvorby organizovaných mnohobuněčných struktur (kolonií a biofilmů). Kvasinky stejně jako další mikroorganizmy při růstu v přírodě upřednostňují tvorbu organizovaných mnohobuněčných struktur na pevných površích před růstem v planktonní formě, tedy jako individuální buňky (Palková, 2004; Wimpenny, 2009). Pro kvasinku S. cerevisiae je typická tvorba kolonií, biofilmy byly popsány jen výjimečně. Kvasinkové kolonie se vyznačují rozmanitými morfologiemi, které jsou pro různé kmeny charakteristické (Kocková-Kratochvílová, 1982). Tato práce se zabývá morfologií a diferenciací kolonií S. cerevisiae běžných laboratorních kmenů, tvořících málo strukturované kolonie, a kmenů s genetickým pozadím Σ1278b, tvořících vysoce strukturované "vrásčité" kolonie. Ukazuje, že polarizovaný typ pučení a zejména schopnost buněk tvořit agregáty umožňují vznik strukturované morfologie. Při vývoji "vrásčitých" kolonií dochází ke dvěma rozdílně regulovaným dimorfním přeměnám kvasinkových buněk na pseudohyfální růst; při jedné z nich se uplatňuje...
|
|
|
Vliv délky vinifikace a různých kmenů kvasinek na následný průběh malolaktické fermentace
Hornáková, Ľubomíra ; Orsák, Matyáš (vedoucí práce) ; Hnilička, František (oponent)
Předmětem bakalářské práce bylo stanovení jednotlivých organických kyselin, konkrétně vinné, jablečné a mléčné kyseliny v hroznovém moštu po dokvašení prostřednictvím vysoce účinné kapalinové chromatografie. Důvodem zkoumání množství organických kyselin jsou odlišné mikrobiologické podmínky kvašení moštů s následným dopadem na senzorickou jakost vzniklých vín. V teoretické části je uvedeno technologické zpracování hroznů při výrobě vína, charakterizované je anatomické a chemické složení vinné révy, mikrobiota hroznů a její význam v procesu změn obsahů organických kyselin. Zvlášť kapitoly jsou věnované konkrétním druhům kvasinek Saccharomyces cerevisiae, Torulaspora delbrueckii a bakterií Oenococcus oeni jako zásadním účastníkům fermentace. Vliv této mikrobioty je vyhodnocován v části praktické, kdy se jednotlivé inokulace evidují a dokvašené mošty analyzují separační metodou vysoce účinné kapalinové chromatografie. Obsah organických kyselin a délka kvašení vypovídá o vlivech zúčastněné mikrobioty na délku vinifikace a fyzikálně-chemické parametry kvašení. Pro celkové posouzení účinnosti použité mikrobioty na jednotlivé kvasící mošty je v závěru provedeno senzorické hodnocení vzorků.
|
host ::
RSS.