|
|
Úloha fosfoinositidů v makropinocytóze
Hájek, Tomáš ; Doubravská, Lenka (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Makropinocytóza je neselektivní na aktinu závislý typ endocytózy. Je důležitá pro normální fyziologii některých buněčných typů. Využívají ji ale i intracelulárními paraziti, kteří se takto internalizují do hostitelských buněk a rovněž hraje roli v nutričním příjmu některých nádorových buněk. Během makropinocytózy vzniká samoorganizovaná membránová subdoména oddělená difúzní bariérou nazývaná makropinocytární pohárek. Polymerace aktinu řízená RAC1 proteinem je nezbytná pro tvorbu membránových výběžku na periferii pohárku, kde je přítomen úzký prstenec aktin nukleačních faktorů. Naproti tomu na bázi pohárku dochází k disociaci aktinu díky RAS-řízené tvorbě fosfatidylinositoltrisfosfátů (PIP3). Při uzavírání pohárku je nutné sekvenční odbourání PIP3 až na fosfatidylinositol a získání endozomální identity nově vzniklého váčku. Během časných fází maturace makropinocytozomu dochází k jeho tubulaci, díky čemuž váček zmenšuje svůj průměr a stabilizuje se. V pozdních fázích může makropinocytární váček splývat s lysozomem, čímž se do této degradační organely dostane internalizovaný materiál. Během celého procesu jsou součástí membrány konkrétní typy fosfatidylinositolů, které umožňují přenášení signálů a zajišťují identitu membrán. Tyto fosfolipidy řídí celou makropinocytózu a regulují metabolismus buňky.
|
|
|
Fyzické interakce sestřihového faktoru Prp45
Kratochvílová, Eliška ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Je známo, že posttranslační stav chromatinu, transkripce a sestřih se vzájemně ovlivňují, přesto ve studiu jejich vztahů zbývá ještě mnoho nezodpovězených otázek. V kvasince Saccharomyces cerevisiae lze relativně snadno navodit stavy, kdy je v životaschopných buňkách sestřih oddělen od transkripce. Takového stavu bylo docíleno mutací sestřihového faktoru Prp45, jehož savčí homolog se prokazatelně účastní jak regulace transkripce, tak sestřihových reakcí. Na základě předem indikovaných interakcí v dvouhybridním systému byla v této práci hledána fyzická spojení proteinu Prp45 s proteiny účastnícími se posttranslačních modifikací chromatinu. Jejich nalezení by poskytlo vhled do vzájemných vztahů procesů genové exprese. Koimunoprecipitací ani afinitní purifikací nebyly nalezeny fyzické interakce mezi proteinem Prp45 a námi zvolenými regulátory chromatinu. O alternativních přístupech uvažujeme. Koprecipitačními metodami byla dále blíže lokalizována interakce proteinu Prp46 se zkrácenými variantami proteinu Prp45. Toto pozorování rozšířilo naše znalosti o protein- proteinových interakcích v rámci sestřihového komplexu.
|
|
|
Vazebné proteiny myotubularinu 9
Holšteinová, Aneta ; Doubravská, Lenka (vedoucí práce) ; Cebecauer, Marek (oponent)
Myotubulariny (MTMR) jsou lipidické fosfatázy, které defosforylují fosfatidylinositol (3)-fosfát (PI(3)P)) a fosfatidylinositol (3,5)-bisfosfát (PI(3,5)P2) na pozici 3 inositolového kruhu, čímž regulují složení lipidické vrstvy membránových kompartmentů. První člen rodiny byl popsán v souvislosti se závažnou dědičnou myopatií. Od té doby do rodiny přibylo dalších třináct členů. Katalyticky neaktivní MTMR9 nesoucí konzervovanou mutaci ve fosfatázové doméně reguluje lokalizaci markeru časné sekretorické dráhy, RAB1A, strukturu cis-Golgi a sekreci. MTMR9 interaguje s katalyticky aktivními fosfatázami MTMR6 a MTMR8, které specificky lokalizuje a zvyšuje jejich fosfatázovou aktivitu. Cílem diplomové práce bylo zjistit, zdali je fenotyp pozorovaný u buněk se změněnou hladinou MTMR9 závislý na aktivitě katalyticky aktivních fosfatáz MTMR6 a MTMR8. Prokázali jsme vliv MTMR6 a MTMR8 na distribuci transfekované RAB1A mezi intermediálním kompartmentem (IC) a Golgiho aparátem. MTMR6 a MTMR8 se podílejí také na regulaci struktury cis-Golgi. Pomocí dvou odlišných přístupů se nám nepodařilo objasnit vliv MTMR6 a MTMR8 na sekreci. Změna hladiny katalyticky aktivních fosfatáz MTMR6 a MTMR8 vede k podobnému fenotypu, který byl popsán u buněk se sníženou nebo zvýšenou hladinou MTMR9, což nasvědčuje regulaci...
|
|
|
Protein MTH, role v nádorových buňkách a využití v protinádorové terapii
Poukarová, Magdalena ; Ormsby, Tereza (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
MTH1 je protein patřící do rodiny NUDIX hydroláz. Pomáhá rakovinným buňkám vyrovnat se s oxidativním stresem způsobeným nádorovou transformací. Hydrolyzuje oxidované formy deoxyribonukleotidtrifosfátů (dNTP) čímž buňku chrání před vznikem mutací, pomáhá zachovat genomovou integritu a předejít senescenci a buněčné smrti. Na rozdíl od rakovinných buněk, pro které je jeho aktivita esenciální, je ve zdravých buňkách jeho exprese velmi nízká. Proto se o něm začalo uvažovat jako o potenciálním terapeutickém cíli pro léčbu rakoviny. Bylo vyvinuto několik generací inhibitorů. Výsledky testování jejich protinádorové aktivity byly ale často protichůdné. Cílem této práce bude přiblížit funkci MTH1 proteinu, jeho roli v rakovinných buňkách a popsat cestu, která vedla ke vzniku úspěšných inhibitorů. Klíčová slova: MTH1, rakovina, oxidativní stres, 8-oxo-dGTP, inhibitory MTH1
|
|
|
The role of the Msx1 transcription factor in the intestinal epithelia and colorectal cancer
Šťastná, Monika ; Kořínek, Vladimír (vedoucí práce) ; Pergner, Jiří (oponent) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Signální dráha Wnt představuje důležitou evolučně konzervovanou signální kaskádu, která se nachází u všech mnohobuněčných organismů. Signální dráha Wnt hraje klíčovou roli nejen v mnoha procesech během embryogeneze, ale také v udržování tkáňové homeostázy a při regeneraci. Oproti tomu mutace v genech kódujících komponenty signální dráhy Wnt často vedou k její zvýšené aktivaci a jsou příčinou vzniku mnoha lidských onemocnění, zejména rakoviny. Kanonická signální dráha Wnt je nezbytná pro buněčnou proliferaci a udržování pluripotentního stavu střevních kmenových buněk, a tím pro homeostatickou obnovu střevního epitelu. Aberantní (hyper)aktivace signální dráhy Wnt představuje počáteční krok ve vývoji střevních neoplázií. Pochopení příčin a identifikace následků hyperaktivace signální dráhy Wnt je zásadní pro rozluštění mechanismů vedoucích k maligní transformaci. Ačkoli je kanonická signální dráha Wnt předmětem vědeckých studií již několik desetiletí, všechny regulační mechanismy a důsledky její hyperaktivace nebyly dosud zcela objasněny. Během mého doktorského studia jsem se zaměřila na pochopení funkcí některých komponent a cílových genů této signalizační kaskády. V této práci jsou prezentovány výsledky mé prvoautorské a jedné spoluautorské publikace, které se zabývají dvěma geny přímo spojenými se...
|
|
|
Úloha signální dráhy ERK v regulaci genů časné odpovědi
Chvalová, Věra ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Signální dráha ERK představuje evolučně konzervovaný mechanismus, který buňkám umožňuje vnímat extracelulární signály a převádět je v široké spektrum specifických intracelulár- ních odpovědí, jako je proliferace, diferenciace, apoptóza či buněčná migrace. Mezi klíčové prvky této dráhy patří proteinkinázy Raf, MEK a efektorová proteinkináza ERK. Konstitutivní aktivace dráhy ERK, způsobená somatickými mutacemi některých jejích členů, se často objevuje u mnoha typů lidských nádorových onemocnění. Tato dráha proto hraje významnou roli i z biomedicín- ského hlediska. Zmíněné fyziologické i patologické děje jsou podmíněny především schopností signální dráhy ERK regulovat změny v expresi velkého množství genů. Po aktivaci proteinkinázy ERK dochází k její translokaci do jádra, kde fosforyluje rozličné transkripční faktory. To vede k jejich aktivaci a následně k několikastupňovým změnám v genové expresi. Nejdříve dochází k tran- skripci genů tzv. časné odpovědi (immediate early genes; IEGs), z nichž mnoho kóduje další tran- skripční faktory, jako jsou c-Fos, c-Jun či c-Myc. Ty následně regulují expresi genů tzv. sekun- dární odpovědi (secondary response genes, SRGs), které kódují další strukturní či signalizační proteiny. Hromadné změny v genové expresi poté vedou k funkčnímu přeprogramování buněk. V této...
|
|
|
Kaspáza-8 - multifunkční proteáza na pomezí apoptózy a nekrózy
Davídková, Daniela ; Anděra, Ladislav (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Kaspáza-8 je klasifikována jako iniciátorová kaspáza zejména pro receptory smrti indukovanou apoptózu. Exprimuje se ve všech tkáních a v závislosti na způsobu její regulace hraje důležitou roli nejen v signalizaci apoptózy, ale také nekroptózy, přežití buněk a v dalších buněčných procesech. Její správná funkce je nezastupitelná při celkové proliferaci, diferenciaci a vývoji, při fungování imunitních odpovědí a tak udržování homeostázy. Její nesprávné fungování či její absence se projevuje defekty na úrovni buňky i organismu a je spojena se závažnými onemocněními, např. rakovinou. Tato práce shrnuje poznatky o způsobech regulace a funkci kaspázy-8 v těchto procesech. Klíčová slova: kaspázy, apoptóza, nekróza, nekroptóza, DISC, aktivační komplex
|
|
|
Lokalizace a transport proteáz mezibuněčné hmoty
Lyková, Dominika ; Tolde, Ondřej (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Hlavní příčinou úmrtí pacientů se solidním nádorem jsou metastáze. Migrace buněk z prostředí primárního nádoru a zakládání sekundárních ložisek je několikastupňový proces, během kterého nádorové buňky překonávají tkáňové bariéry. Nádorové buňky jsou schopny adaptovat se na vlastnosti extracelulárního prostředí změnou způsobu migrace a dynamiky pohybu za účelem zachování pohyblivosti. Invazivní buňky vytváří výběžky cytoplazmatické membrány, které mají schopnost degradovat komponenty mezibuněčné hmoty, tzv. invadopodia. Tvorba těchto protruzí bohatých na aktinová mikrofilamenta je spojená s produkcí tzv. matrixových metaloproteáz (MMP), které mezibuněčnou hmotu proteolyticky degradují. Tvorba invadopodií, stejně tak produkce MMP, jsou klíčové pro degradaci extracelulární matrix. Nejvýznamnějšími členy skupiny MMP jsou membránově vázaná MMP-14 (MT1-MMP) a sekretované MMP-2 a MMP-9. Struktura a funkce invazivních struktur nádorových buněk ve 2D prostředí je již detailně popsána. Nicméně chybí ucelený model lokalizace a transportu MMP v souvislosti s invazivními strukturami nádorových buněk ve 3D prostředí. Tato diplomová práce je zaměřená na rozšíření poznatků týkajících se klíčových MMP a na optimalizaci podmínek pro studium proteáz ve 3D prostředí, které se více podobá situaci in vivo.
|
|
|
Charakterizace nádorového supresoru Hypermethylated in cancer 1 (Hic1) a jeho nových cílových genů v rámci střevního epitelu a rakoviny střeva
Baloghová, Nikol ; Janečková, Lucie (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Kolorektální karcinom je celosvětově jedním z nejčastějších nádorových onemocnění. Nejen genetické, ale i epigenetické změny hrají významnou roli v jeho vzniku a progresi. Jedním z genů, které často podléhají epigenetickému umlčování nebo ztrátě v mnoha typech lidských nádorů, je tumor supresor Hypermethylated in Cancer 1 (HIC1). Tento gen kóduje transkripční represor, který je schopen regulovat transkripci svých cílových genů přímo, anebo nepřímo. Dodnes bylo identifikováno jen dvanáct genů, jejichž exprese je regulována HIC1. Tyto geny kódují transkripční faktory, regulátory buněčného cyklu a apoptózy, nebo proteiny účastnící se angiogeneze, buněčné migrace a invazivity. Za využití podmíněné delece Hic1 v myších embryonálních fibroblastech jsme odhalili šest nových genů, jejichž exprese by mohla být potlačována Hic1. Jedním z nich je Toll-like receptor 2 (Tlr2). V této práci se nám podařilo dokázat, že Tlr2 je jedním z cílových genů Hic1 a že inaktivace Hic1 ve střevě vede ke zvýšení produkce Tlr2. Zároveň jsme po deleci Hic1 pozorovali intenzivnější prozánětlivou odpověď ve střevě s chemicky indukovanou kolitidou a zvýšenou tvorbu nádorů u myší ApcMin . Expresním profilováním lidských embryonálních fibroblastů po snížení exprese Hic1 jsme odhalili zvýšenou expresi jiného potenciálně cílového genu,...
|
|
|
Wnt signaling inside out
Doubravská, Lenka ; Kořínek, Vladimír (vedoucí práce) ; Stopka, Tomáš (oponent) ; Krylov, Vladimír (oponent)
Signální dráhy jsou molekulární nástroje buňky zprostředkující odpovědi na vnitřní i vnější podněty, které mohou následně vést k buněčnému dělení nebo diferenciaci na jedné straně, stejně jako k buněčné smrti na straně druhé. Molekulární síť různých signálních drah umožňuje mezibuněčnou komunikaci, a tudíž může celý organismus existovat a koordinovaně fungovat. Signální dráha Wnt patří mezi evolučně staré a konzervované molekulární dráhy a účastní se celé řady dějů během vývoje. Navíc je nezbytná pro udržování dospělých tkání, protože se podílí na jejich regeneraci. Mnohá zhoubná onemocnění, související s nefunkčními komponentami dráhy Wnt, představují temnější úhel pohledu. Tato práce je postavena na čtyřech níže uvedených publikacích, které se týkají různých buněčných úrovní dráhy Wnt. Nejdříve je zmíněna práce o ligandu Wnt, jež stojí na samém začátku signalizace, na plazmatické membráně buňky. Dále jsme se zabývali fenoménem přežívajících leukemických buněk, vyvolaném fibroblasty produkujícími protein Wnt po indukci apoptózy ligandem TRAIL. Poslední dvě publikace ukazují nové komponenty Wnt signalizace a uvedou nás do buněčného jádra - až "na dno" celé dráhy. 1. Fatty acid modification of Wnt1 and Wnt3a at serine is prerequisite for lipidation at cysteine and is essential for Wnt signalling....
|
host ::
RSS.