|
|
Autofagie jako mechanismus adaptace kvasinek
Zieglerová, Leona ; Váchová, Libuše (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Autofagie je degradační cesta, zachovalá od kvasinek až po savce. Výjimečnost této cesty tkví v její funkci, uplatňuje se v buňce především za nepříznivých podmínek. Pomáhá buňce obstarávat esenciální živiny pro život, odstraňuje poškozené nebo nadbytečné organely, agregáty proteinů a pomáhá s jejich recyklací a udržuje stálé vnitřní prostředí. Těmito funkcemi může buňce prodloužit život a ta přečká nepříznivé podmínky. Autofagie může vyvolávat i buněčnou programovanou smrt typu II. Tato práce se zabývá popisem základního autofagního procesu, regulací a vlivem autofagie na adaptaci kvasinek k stresovým podmínkám. Také představuje jednotlivé druhy specifické autofagie. Pochopení mechanismu a regulace autofagie u kvasinek může pomoci se studiem autofagie u savců. U nichž poruchy této degradační cesty způsobují řadu onemocnění (především neurodegenerativních), autofagie také ovlivňuje vznik nádorů. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Competition of cells within the population of yeast colony
Očková, Veronika ; Váchová, Libuše (vedoucí práce) ; Gášková, Dana (oponent)
Kompetícia je veľmi významný prírodný jav, pri ktorom dochádza k súpereniu organizmov v prípadoch, ako je obmedzenie priestoru či nedostatok živín. Nastáva hlavne v prípadoch keď organizmy, vrátane mikroorganizmov žijú v početných populáciách. K takýmto populáciám sa radia aj mnohobunkové kvasinkové kolónie, ktoré vytvára Saccharomyces cerevisiae. V okamihu, keď populácia kvasinkových buniek vyčerpá živiny z okolia, sú bunky v kolóniách schopné reagovať na tieto zmeny produkciou signálnych molekúl amoniaku. Vďaka jeho produkcii sú bunky schopné zmeniť svoju morfológiu a metabolizmus a v závislosti na umiestnení v kolónii vytvoriť subpopuláciu buniek so špecifickými vlastnosťami a rozdielnou funkciou. Je pravdepodobné, že v prípade zmiešaných kolónií tvorených dvoma kmeňmi, môže medzi bunkami týchto kmeňov dochádzať ku kompetičnej rivalite, a tým môže dôjsť k zmene pomeru buniek oboch kmeňov v populácii kolónie, takže nakoniec počet buniek jedného kmeňa preváži nad druhým. V tejto práci som porovnávala rast a vývoj gigantických kolónií a kompetíciu medzi bunkami vybraných dvojíc kmeňov tvoriacich takúto zmiešanú kolóniu. Vychádzala som z rodičovského kmeňa kvasinky S. cerevisiae BY a jeho variant značených fluorescenčnými proteínmi. Pre štúdium kompetície medzi rodičovským kmeňom a kmeňom neschopným...
|
|
|
Molecular dynamics of proteins interacting with substrate or ligand: mitochondrial processing peptidase and FixL oxygen sensor
Dvořáková Holá, Klára ; Janata, Jiří (vedoucí práce) ; Váchová, Libuše (oponent) ; Branny, Pavel (oponent)
I I Ovenvrew I I I II I I I I I I I I I The presenteddoctoralthesis includesfive publishedscientificarticlesand one manuscriptpreparedfor submission.All describestudieson threeproteinmodels.The four papersnumbered(1)- (4)inthelistofpublications,sharea commonobjectivee.i.observingand describingfunctionalproteindynamicsandconformationchangeinducedby ligandor substrate binding,andrepresentthemainresultofmyPhDwork. Thepapers(1)and(4)offerresultsof a projectfrommyhomelaboratoryattheInstitute ofMicrobiologyAS CR, LaboratoryforBiologyofSecondaryMetabolism,underthesupervisionof JiřÍ Janata, PhD. The projectis focusedon the protein-proteindynamicsinteractionof mitochondrialprocessingpeptidase(MPP) fromSaccharomycescerevisiaewithits preproteins substrates. The papers(2)and(3)describeresultsof a project,inwhichI haveparticipatedduring myMarieCuriefellowshipattheEcolePolytechnique(PalaiseauCedex,France),Laboratoryfor OpticsandBiosciences,in2004.Theprojectconcernsresearchon proteinstructuraldynamicsof theheme-basedoxygensensorFixLfromBradyrhizobiumjaponicum,inwhichoxygenbindingto the heme sensor domain inducesconformationchange,which regulatesthe activityof neighboringkinasedomain. ln bothprojects,analogyin methodicalapproach,i.e.seriesof molecularbiologyand...
|
|
|
Molecular dynamics of proteins interacting with substrate or ligand: mitochondrial processing peptidase and FixL oxygen sensor
Dvořáková Holá, Klára ; Janata, Jiří (vedoucí práce) ; Váchová, Libuše (oponent) ; Branny, Pavel (oponent)
I I Ovenvrew I I I II I I I I I I I I I The presenteddoctoralthesis includesfive publishedscientificarticlesand one manuscriptpreparedfor submission.All describestudieson threeproteinmodels.The four papersnumbered(1)- (4)inthelistofpublications,sharea commonobjectivee.i.observingand describingfunctionalproteindynamicsandconformationchangeinducedby ligandor substrate binding,andrepresentthemainresultofmyPhDwork. Thepapers(1)and(4)offerresultsof a projectfrommyhomelaboratoryattheInstitute ofMicrobiologyAS CR, LaboratoryforBiologyofSecondaryMetabolism,underthesupervisionof JiřÍ Janata, PhD. The projectis focusedon the protein-proteindynamicsinteractionof mitochondrialprocessingpeptidase(MPP) fromSaccharomycescerevisiaewithits preproteins substrates. The papers(2)and(3)describeresultsof a project,inwhichI haveparticipatedduring myMarieCuriefellowshipattheEcolePolytechnique(PalaiseauCedex,France),Laboratoryfor OpticsandBiosciences,in2004.Theprojectconcernsresearchon proteinstructuraldynamicsof theheme-basedoxygensensorFixLfromBradyrhizobiumjaponicum,inwhichoxygenbindingto the heme sensor domain inducesconformationchange,which regulatesthe activityof neighboringkinasedomain. ln bothprojects,analogyin methodicalapproach,i.e.seriesof molecularbiologyand...
|
|
|
Competition of cells within the population of yeast colony
Očková, Veronika ; Váchová, Libuše (vedoucí práce) ; Gášková, Dana (oponent)
Kompetícia je veľmi významný prírodný jav, pri ktorom dochádza k súpereniu organizmov v prípadoch, ako je obmedzenie priestoru či nedostatok živín. Nastáva hlavne v prípadoch keď organizmy, vrátane mikroorganizmov žijú v početných populáciách. K takýmto populáciám sa radia aj mnohobunkové kvasinkové kolónie, ktoré vytvára Saccharomyces cerevisiae. V okamihu, keď populácia kvasinkových buniek vyčerpá živiny z okolia, sú bunky v kolóniách schopné reagovať na tieto zmeny produkciou signálnych molekúl amoniaku. Vďaka jeho produkcii sú bunky schopné zmeniť svoju morfológiu a metabolizmus a v závislosti na umiestnení v kolónii vytvoriť subpopuláciu buniek so špecifickými vlastnosťami a rozdielnou funkciou. Je pravdepodobné, že v prípade zmiešaných kolónií tvorených dvoma kmeňmi, môže medzi bunkami týchto kmeňov dochádzať ku kompetičnej rivalite, a tým môže dôjsť k zmene pomeru buniek oboch kmeňov v populácii kolónie, takže nakoniec počet buniek jedného kmeňa preváži nad druhým. V tejto práci som porovnávala rast a vývoj gigantických kolónií a kompetíciu medzi bunkami vybraných dvojíc kmeňov tvoriacich takúto zmiešanú kolóniu. Vychádzala som z rodičovského kmeňa kvasinky S. cerevisiae BY a jeho variant značených fluorescenčnými proteínmi. Pre štúdium kompetície medzi rodičovským kmeňom a kmeňom neschopným...
|
|
|
Autofagie jako mechanismus adaptace kvasinek
Zieglerová, Leona ; Váchová, Libuše (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Autofagie je degradační cesta, zachovalá od kvasinek až po savce. Výjimečnost této cesty tkví v její funkci, uplatňuje se v buňce především za nepříznivých podmínek. Pomáhá buňce obstarávat esenciální živiny pro život, odstraňuje poškozené nebo nadbytečné organely, agregáty proteinů a pomáhá s jejich recyklací a udržuje stálé vnitřní prostředí. Těmito funkcemi může buňce prodloužit život a ta přečká nepříznivé podmínky. Autofagie může vyvolávat i buněčnou programovanou smrt typu II. Tato práce se zabývá popisem základního autofagního procesu, regulací a vlivem autofagie na adaptaci kvasinek k stresovým podmínkám. Také představuje jednotlivé druhy specifické autofagie. Pochopení mechanismu a regulace autofagie u kvasinek může pomoci se studiem autofagie u savců. U nichž poruchy této degradační cesty způsobují řadu onemocnění (především neurodegenerativních), autofagie také ovlivňuje vznik nádorů. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Studium mechanismů produkce amoniaku u kvasinkových kolonií a tekutých kultur
Strachotová, Dita ; Váchová, Libuše (vedoucí práce) ; Sychrová, Hana (oponent) ; Gášková, Dana (oponent)
Kvasinky jsou jednobuněčné mikroorganismy, na pevném podkladu jsou však schopny vytvářet organizované struktury, kolonie, které mohou v jistých ohledech připomínat mnohobuněčné organismy. Při sledování vývoje kvasinkových kolonií v čase bylo zjištěno, že kolonie periodicky mění pH svého okolí z acidického na alkalické a naopak. Přepnutí z acidické do alkalické fáze je spojeno s produkcí amoniaku, který funguje jako signál mezi sousedními koloniemi. Data z analýz využívajících DNA čipy a další experimentální data nasvědčují, že za produkci amoniaku do okolí by mohly být zodpovědné tři homologní proteiny kódované geny ATO1 (YNR010c, ADY2), ATO2 (YNR002c, FUN34) a ATO3 (YDR384c). Cílem této práce je prohloubení znalostí jak o amoniakové signalizaci mezi kvasinkovými buňkami, tak o možných exportérech amonného kationtu - Ato proteinech. Práce přináší poznatky o dalších těkavých látkách - methylaminu a propylaminu - které jsou (vedle amoniaku) schopny indukovat vstup kvasinkové kolonie do alkalické fáze vývoje. Z hlediska amoniakové signalizace dále popisuje významný vliv transportu karboxylových kyselin na průběh vývoje kvasinkové kolonie, kdy omezený transport těchto slabých organických kyselin do buněk vybraných delečních kmenů patrně znemožňuje správný průběh amoniakové signalizace a diferenciace...
|
|
|
Malé signální molekuly u kvasinek
Putalová, Tereza ; Váchová, Libuše (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Kvasinky vylučují do prostředí metabolity, z nichž některé mohou mít signální funkci. Mezi malé signální molekuly patří kromě jiných molekul amoniak, alkoholy, estery, kyseliny a CO2. Tyto látky mohou vznikat jako odpadní produkty metabolismu, např. některé alkoholy při katabolismu aminokyselin. Po vyloučení ovlivňují další/okolní buňky vazbou na receptory nebo působí na svůj cíl přímo v buňce a nebo mohou vytvářet koncentrační gradient případně gradient pH. Nové poznatky ukazují, že pomocí amoniaku se mohou kvasinky dorozumívat a diferenciovat v rámci kolonií. Farnesol, tyrosol a další molekuly používají kvasinky ke quorum sensing. Kvasinky rovněž sekretují vonné estery a mastné kyseliny. Vysoké koncentrace CO2 spouštějí přepnutí z kvasinkových buněk na hyfální formu. Tato práce shrnuje dosavadní informace o vzniku a působení vybraných molekul (amoniak, alkoholy, estery, kyseliny a CO2) v signalizaci kvasinek Saccharomyces cerevisiae a Candida albicans.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.