|
|
Regeneration initiation of Xenopus laevis tail-functional study
Netušil, Jiří ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Petr, Jaroslav (oponent)
Přelomové objevy na poli sekvenačních technologií mění naše momentální vnímání regenerace obratlovců. Embryonální stádia Drápatky vodní (Xenopus laevis) jsou v tomto kontextu jedním z intenzivně studovaných modelů. Tato práce má za cíl shrnout a funkčně ověřit nejnovější poznatky získané pomocí RNA sekvenační analýzy regenerujícího se ocasu Xenopus laevis se specifickým zaměřením na časné fáze tohoto procesu. Naše analýza potvrdila, že Regeneration initiating cells (RICs), které byly v nedávné době identifikovány pomocí jednobuněčného sekvenování a prostorově rozlišené transkriptomiky, jsou nezbytné pro správný průběh regenerace ocasu. Markerové geny RIC mmp9 a pmepa1 ovlivňují procesy spojené s přestavbou extracelulární matrix a migrací již dříve popsaných Regeneration organizing cells (ROCs) aniž by ovlivňovaly odpověď myeloidních buněk na poranění. V rámci této práce jsme také ukázali nové použití Vivo Morpholino oligonukleotidů pro dočasnou inhibici genové exprese a posoudili jeho přednosti a limitace. Tato práce poukazuje na důležitost prostorovo-časové regulace na buněčné a molekulární úrovni, která se odehrává v rámci prvních 24 hodin po poranění. Dále zdůrazňuje podobnosti a odlišnosti těchto změn v rámci různých modelů regenerace obratlovců a celkově poskytuje ucelený vhled do problematiky...
|
|
|
Nástroj pro predikci small RNA v RNA-Seq datech
Pomykalová, Barbora ; Čejková, Darina (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zaměřuje na problematiku detekce small RNA (sRNA) v bakteriálním genomu. Small RNA jsou krátké nekódující transkripty, které hrají klíčovou roli v genové expresi. K dnešnímu dni existuje několik algoritmů zaměřujících se na detekci sRNA z RNA-Sequencing (RNA-Seq) dat, jež mohou být získána z některých sekvenačních platforem. Nejčastěji jsou používány platformy Illumina či Ion Torrent, spadající do nové generace sekvenování, a PacBio s Oxford Nanopore patřící do třetí generace sekvenování. V této práci byly popsány principy detekce sRNA u volně dostupných nástrojů a následně byl navržen vlastní nástroj pro detekci sRNA – nástroj SEARCHsRNA. Dva z volně dostupných nástrojů – Rockhopper a DETR’PROK, společně s nástrojem SEARCHsRNA, byly otestovány na datech RNA-Seq pro bakterii Vibrio atlanticus LGP32.
|
|
|
Studium exprese a toxicity derivátů katecholu v prsních nádorových buněčných liniích
Vyoralová, Tereza ; Carazo Fernández, Alejandro (vedoucí práce) ; Jirkovský, Eduard (oponent)
Studium exprese a toxicity derivátů katecholu v prsních nádorových buněčných liniích, Tereza Vyoralová ABSTRAKT Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Tereza Vyoralová Školitel: PharmDr. Alejandro Carazo Ph.D. Název diplomové práce: Studium exprese a toxicity derivátů katecholu v prsních nádorových buněčných liniích Estrogeny v lidském organismu mají několik důležitých funkcí, mimo jiné hrají významnou roli při vzniku a rozvoji karcinomu prsu. Své účinky uplatňují vazbou na estrogenní receptory (ER) a vykazují komplexní spektrum účinků, například regulace reprodukce, menstruačního cyklu, funkce mozku, kostní denzity či mobilizace cholesterolu. Navíc přítomnost a množství ER v prsním karcinomu je v současnosti využíváno jako jeden z nejdůležitějších prediktivních biomarkerů u pacientů trpících tímto onemocněním. Výskyt a aktivita ER koreluje s léčebnou odpovědí karcinomu prsu na hormonální léčbu a s pacientovou prognózou. Navzdory intenzivnímu výzkumu je karcinom prsu stále řazen mezi nádory s nejvyšší letalitou. Katecholy jsou organické sloučeniny, které se vyskytují v potravě jako polutanty, ale i v lidském organismu, kde hrají důležitou roli jako prekurzory neurotransmiterů. Díky přítomnosti fenolických skupin ve své struktuře jsou katecholy...
|
|
| |
|
|
The role of Nuclear Phosphatidylinositol 4,5 bisphosphate in RNA Polymerase II Transcription
Balaban, Can ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Šebesta, Marek (oponent) ; Castano, Enrique (oponent)
(Česky) Fosfatidylinositoly jsou podtřídou glycerofosfolipidů s jejich inositolovou hlavní skupinou spojenou s diacylglycerolovou kostrou. Diferenciální fosforylace inositolové hlavní skupiny poskytuje sedm různých fosfoinositidfosfátů (PIP), které mohou být mono-, bi- nebo tri-fosforylované. Role cytoplazmatických PIP byly rozsáhle studovány ve vezikulárním transportu, iontových kanálech, transportérech, generujících druhé posly a membránové a cytoskeletální dynamice. Zatímco jejich cytoplazmatické funkce jsou velmi dobře popsány, molekulární mechanismus jejich jaderných funkcí je stále málo pochopen. Z jaderných PIP je fosfatidylinositol 4,5-bisfosfát (PIP2) nejhojnějším fosfoinozitidem v buněčném jádru a podílí se na vytváření jaderné architektury regulací procesů, jako je remodelace chromatinu, reakce na poškození DNA a genová exprese. V buněčném jádře se lokalizuje většinou do jaderných skvrn, kde interaguje se sestřihovým apárátemmRNA. V jadérku je PIP2 zapojen do mechanismu regulace transkripce rDAN RNA polymerázou I. Nedávno jsme definovali nukleoplazmatický pool PIP2, který je pozorován v ostrůvcích o průměru 40 - 100 nm (NLI). Vznikající transkripty RNA polymerázy II (RNAPII) byly vizualizovány na jejich periferii a ukázalo se, že RNA je nezbytná pro jejich integritu. V této studii jsme...
|
|
|
CRISPR/Cas9 editing of leukemic B-cells: searching for microRNA-155 targets involved in the process of leukemogenesis
Sypecká, Markéta ; Savvulidi Vargová, Karina (vedoucí práce) ; Zadražil, Zdeněk (oponent)
Editace leukemických B-buněk pomocí CRISPR/Cas9: hledání cílů miR-155 účastnících se procesu leukemogeneze Úvod: Chronická lymfocytární leukémie (chronická lymfoidní leukémie, CLL) je monoklonální porucha charakterizovaná postupnou akumulací funkčně nekompetentních B- lymfocytů. CLL je nejběžnější formou leukémie u dospělých v západních zemích. Průběh onemocnění se může lišit: někteří pacienti umírají rychle, během 2-3 let od diagnózy, převážně kvůli komplikacím z CLL, ale většina pacientů žije 5-10 let. S progresi nemoci stoupá exprese miR-155, která je označována jako oncomiR. MikroRNA (miRNA) představují negativní regulátory genové exprese. MiR-155 ovlivňuje geny, které se účastní leukemogeneze a buněčného cyklu. A je známo, že miR-155 (podobně jako i jiné miRNA) potlačuje své cíle. Předpokládali jsme, že úpravou genů v CLL bunkách odblokujeme cíle miR-155 a zjistíme korelaci mezi těmito cíli (známými a neznámými) s leukemogenezí CLL. Metody: Metodu, kterou jsme použili pro editaci genů, je CRISPR/Cas9, která umožňuje odstranit sekvenci maturované miR-155 v genomu leukemických B-buněk. K přenosu plasmidu CRISPR/Cas9 byla využita metoda nukleofekce. K identifikaci buněčných klonů s úspěšnou transfekcí plasmidu CRISPR/Cas9 došlo pomocí FACS a míra exprese jednotlivých genů byla měřena pomocí...
|
|
|
Identifikace změn expresního profilu genů účastnících se rezistence v experimentálním in vivo modelu ovariálního karcinomu
Bryndová, Barbora ; Václavíková, Radka (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Ovariální karcinom je jednou z nejzávažnějších gynekologických malignit na světě. Jeho vysoká mortalita je způsobena především vznikem mnohočetné lékové rezistence na kon- venční léčbu zahrnující taxany. Současný výzkum se proto zaměřuje na studium nových derivátů na bázi taxanů, které by mohly obcházet doposud známé mechanismy lékové rezistence. Existuje několik slibných derivátů taxanů z řady tzv. Stony Brook taxanů (SB-T taxanů), jejichž účinnost, toxicita a mechanismus působení jsou sledovány. Tato bakalářská práce se zabývá studiem změn exprese genů účastnících se vzniku rezistence v tkáních a nádorech získaných z in vivo modelů po podání derivátu SB-T-121605 v porovnání s konvenčním taxanem paklitaxelem a s neléčenými modely. Byly studovány vybrané geny ABC transporterů (ABCB1, ABCC1 a ABCG2) a enzymů metabolizujících taxany (CYP3A11, CYP3A13 a CYP2C29) a jejich myších ortologů ve vzorcích jater, střev a nádorové tkáně odebraných z in vivo modelů myších xenograftů. Nádorová tkáň byla odvozena od vysoce rezistentní buněčné linie NCI/ADR-RES ovari- álního karcinomu. Stanovení genové exprese bylo provedeno metodou kvantitativní po- lymerázové řetězové reakce v reálném čase. Podání derivátu SB-T-121605 vedlo k několika významným změnám genové ex- prese. V nádorové i střevní tkáni došlo po podání...
|
|
|
Charakterizace beta buněk pankreatu po jejich in vitro stimulované proliferaci syntetickými modifikovanými mRNA
Veľasová, Adriana ; Koblas, Tomáš (vedoucí práce) ; Černá, Věra (oponent)
Vznik diabetu mellitu I., či II. typu přímo souvisí s homeostázou proliferace a apop- tosu β-buněk Langerhansových ostrůvků slinivky břišní. Jakákoliv dysbalance, která vede k úbytku v množství β-buněk organismu zvyšuje pravděpodobnost vzniku to- hoto onemocnění. Pacienti trpící diabetem mellitem jsou odkázáni na částečnou, či úplnou substituci insulinu alternativními cestami, neboť jejich pankreas není scho- pen pokrýt potřeby insulinu organismu. S cílem obnovy přirozené produkce insulinu u pacientů trpících diabetem mellitem dochází k hledání optimálního způsobu, který by zajistil navýšení počtu β-buněk organismu a tím obnovil fyziologickou produkci insulinu. Velkou překážkou se v tomto ohledu jeví nízká citlivost diferencovaných β- buněk k mitogenním signálům, které by mohly zajistit vstup β-buněk do buněčného cyklu. Znovuobnovení buněčného cyklu β-buněk souvisí s G0/G1/S přechodem buněč- ného cyklu, který je pod kontrolou retinoblastomového proteinu (RB). RB musí být pro vstup do buněčného cyklu fosforylován, přičemž fosforylaci zajišťují cyklin de- pendentní kinasy 4 a 6, které asociují s cykliny rodiny D. V rámci této práce byl proto sledován vliv IVT mRNA (in vitro transkribované mRNA) na proliferaci potkaních β-buněk. Transfekce IVT mRNA pro kombinace homologů cyklinů D a cyklin de-...
|
|
|
Interakce lidského patogenu Bordetella pertussis s krevním sérem
Štipl, Daniel ; Večerek, Branislav (vedoucí práce) ; Kamanová, Jana (oponent)
Bakterie Bordetella pertussis je lidský patogen a původce černého kašle, vážné respirační nemoci, jejíž výskyt se v průmyslově rozvinutých zemích v posledních desetiletích zvýšil. Jedním z dosud málo prostudovaných faktorů virulence B. pertussis je sekreční systém typu 3 (T3SS) zajišťující transport efektorových proteinů produkovaných gramnegativními bakteriemi do hostitelských buněk. V této diplomové práci byly studovány faktory ovlivňující aktivitu T3SS in vitro. Bylo zjištěno, že T3SS laboratorního kmene Tohama I lze aktivovat kontaktem buněk s biologicky aktivními termolabilními složkami krve (např. komplement). Naopak u nedávno izolovaného kmene B1917 je T3SS aktivní i bez indukce krví. Indukce T3SS in vitro byla dále studována u nově připraveného kmene bakterie B. bronchiseptica RB50 postrádajícího gen BB0302 kódující regulátor transkripce rodiny GntR (homolog BP0209 bakterie B. pertussis). Delece genu BB0302 však na aktivitu T3SS neměla vliv. Odolnost vůči baktericidnímu působení krevního séra je důležitým faktorem, který hraje roli v patogenezi B pertussis. Bylo zjištěno, že české klinické izoláty (2008-2015) jsou vůči séru in vitro výrazně odolnější než původní vakcinační kmeny (1954-1965). Tento jev pravděpodobně souvisí s postupnou adaptací globální populace B. pertussis na lidského...
|
|
|
Studium exprese a toxicity derivátů katecholu v prsních nádorových buněčných liniích
Vyoralová, Tereza ; Carazo Fernández, Alejandro (vedoucí práce) ; Jirkovský, Eduard (oponent)
Studium exprese a toxicity derivátů katecholu v prsních nádorových buněčných liniích, Tereza Vyoralová ABSTRAKT Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Tereza Vyoralová Školitel: PharmDr. Alejandro Carazo Ph.D. Název diplomové práce: Studium exprese a toxicity derivátů katecholu v prsních nádorových buněčných liniích Estrogeny v lidském organismu mají několik důležitých funkcí, mimo jiné hrají významnou roli při vzniku a rozvoji karcinomu prsu. Své účinky uplatňují vazbou na estrogenní receptory (ER) a vykazují komplexní spektrum účinků, například regulace reprodukce, menstruačního cyklu, funkce mozku, kostní denzity či mobilizace cholesterolu. Navíc přítomnost a množství ER v prsním karcinomu je v současnosti využíváno jako jeden z nejdůležitějších prediktivních biomarkerů u pacientů trpících tímto onemocněním. Výskyt a aktivita ER koreluje s léčebnou odpovědí karcinomu prsu na hormonální léčbu a s pacientovou prognózou. Navzdory intenzivnímu výzkumu je karcinom prsu stále řazen mezi nádory s nejvyšší letalitou. Katecholy jsou organické sloučeniny, které se vyskytují v potravě jako polutanty, ale i v lidském organismu, kde hrají důležitou roli jako prekurzory neurotransmiterů. Díky přítomnosti fenolických skupin ve své struktuře jsou katecholy...
|
host ::
RSS.