|
|
The impact of cannabidiol consumption on oral microbiome composition
Richweissová, Viktória ; Bartoň, Vojtěch (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
The composition of oral microbiome plays a significant role in maintaining both oral, and overall systemic health. When in equilibrium, the oral microbiome maintains the oral cavity in health. However, certain ecological shifts in the microbiota allow pathogens to manifest and cause various oral and systemic diseases. The analysis of the oral microbiome makes it possible to define the role of its components in health and disease, and the effect of various therapeutic techniques on its composition. This bachelor's thesis investigates the possible effect of toothpaste with cannabidiol on oral microbiome. The aim of this work is the bioinformatics analysis of oral microbiome communities before and after using CBD toothpaste using pipeline QIIME 2.
|
|
| |
|
| |
|
|
Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií
Vancová, Kateřina ; Schwarzerová, Jana (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá detailní analýzou genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií. Antimikrobiální rezistence (AMR) u bakterií je celosvětově rostoucí hrozbou pro veřejné zdraví. U těchto bakterií jsou geny AMR často spojeny s mobilními genetickými elementy (MGE), které pod- porují jejich mobilitu a umožňují jim rychlé šíření mezi různými bakteriemi. V práci je popsán horizontální přenos genetické informace, problematika antimikrobiální rezistence a databáze pro detekci genů AMR a MGE. Poté byla provedena detekce a analýza genů AMR a MGE u zástupců anaerobních bakterií. Téměr polovina z nich obsahovala alespoň 1 gen AMR, celkem 112 různých genů. Poté bylo detekováno 66 různých MGE, 4 z nich přenášely 6 různých detekovaných genů AMR.
|
|
|
Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií
Vancová, Kateřina ; Schwarzerová, Jana (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá detailní analýzou genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií. Antimikrobiální rezistence (AMR) u bakterií je celosvětově rostoucí hrozbou pro veřejné zdraví. U těchto bakterií jsou geny AMR často spojeny s mobilními genetickými elementy (MGE), které pod- porují jejich mobilitu a umožňují jim rychlé šíření mezi různými bakteriemi. V práci je popsán horizontální přenos genetické informace, problematika antimikrobiální rezistence a databáze pro detekci genů AMR a MGE. Poté byla provedena detekce a analýza genů AMR a MGE u zástupců anaerobních bakterií. Téměr polovina z nich obsahovala alespoň 1 gen AMR, celkem 112 různých genů. Poté bylo detekováno 66 různých MGE, 4 z nich přenášely 6 různých detekovaných genů AMR.
|
|
|
Metagenomic analysis of animal gut microbioma based on diet
Spanakis, Martin ; Čejková, Darina (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis deals with the sequencing of the microbiome and its composi- tion. It focuses on the gut microbiome of animals, which differs among animals with different diets. The work describes theoretical knowledge about metagenomic analysis of the microbiome, such as sampling procedures, various sequencing methods and data processing. The practical part of the work includes the preparation of the dataset, which includes the collection of data and their preparation for the following metagenomic anal- ysis. The result of the work is the taxonomic classification of bacterial species in the samples and the analysis of their diversity according to the type of diet of individual animals.
|
|
|
Mobile application for electrophoretic gel image processing
Mojžišová, Anna ; Čejková, Darina (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
The analysis of 1D gel electrophoresis images is a crucial step in molecular biology research, as it allows the identification and quantification of proteins, DNA fragments, and other molecules of interest. However, the traditional analysis process can be time-consuming and requires specialized software and equipment. This paper presents a novel solution to this problem by introducing a mobile application that assists in the analysis of 1D gel electrophoresis images. The application provides a user-friendly interface and a set of powerful tools for image processing, band detection, lane segmentation, and molecular weight approximation. The designed methods were extensively tested using a dataset of diverse gel images, and the results show that the application can accurately and efficiently analyze electrophoresis images. The portability of the application allows researchers to perform analyses on the go, reducing the time and cost associated with traditional analysis methods. This mobile application provides a convenient and practical tool for researchers and clinicians alike, making the analysis of electrophoresis images more accessible and efficient.
|
|
|
Nástroj pro predikci small RNA v RNA-Seq datech
Pomykalová, Barbora ; Čejková, Darina (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zaměřuje na problematiku detekce small RNA (sRNA) v bakteriálním genomu. Small RNA jsou krátké nekódující transkripty, které hrají klíčovou roli v genové expresi. K dnešnímu dni existuje několik algoritmů zaměřujících se na detekci sRNA z RNA-Sequencing (RNA-Seq) dat, jež mohou být získána z některých sekvenačních platforem. Nejčastěji jsou používány platformy Illumina či Ion Torrent, spadající do nové generace sekvenování, a PacBio s Oxford Nanopore patřící do třetí generace sekvenování. V této práci byly popsány principy detekce sRNA u volně dostupných nástrojů a následně byl navržen vlastní nástroj pro detekci sRNA – nástroj SEARCHsRNA. Dva z volně dostupných nástrojů – Rockhopper a DETR’PROK, společně s nástrojem SEARCHsRNA, byly otestovány na datech RNA-Seq pro bakterii Vibrio atlanticus LGP32.
|
|
|
The impact of cannabidiol consumption on oral microbiome composition
Richweissová, Viktória ; Bartoň, Vojtěch (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
The composition of oral microbiome plays a significant role in maintaining both oral, and overall systemic health. When in equilibrium, the oral microbiome maintains the oral cavity in health. However, certain ecological shifts in the microbiota allow pathogens to manifest and cause various oral and systemic diseases. The analysis of the oral microbiome makes it possible to define the role of its components in health and disease, and the effect of various therapeutic techniques on its composition. This bachelor's thesis investigates the possible effect of toothpaste with cannabidiol on oral microbiome. The aim of this work is the bioinformatics analysis of oral microbiome communities before and after using CBD toothpaste using pipeline QIIME 2.
|
|
| |
host ::
RSS.