|
|
Noncanonical human eIF4Es in and out of the RNA granules
Frydrýšková, Klára ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent) ; Valášek, Leoš (oponent)
Eukaryontní translační iniciační faktor eIF4E1 řídí iniciaci translace závislou na čepičce, vyskytuje se v P-tělíscích a je důležitý pro vznik stresových granulí (SG). V lidských buňkách jsou obsaženy také dva další nekanonické translační iniciační faktory, eIF4E2 a eIF4E3. Oba váží čepičku, ačkoliv slaběji než eIF4E1. V rámci této práce jsem se zabývala schopností jednotlivých členů z rodiny proteinů eIF4E a jejich variant lokalizovat do stresových granulí a P-tělísek za klidových podmínek a za podmínek tepelného a arsenitanového stresu. Za všech testovaných podmínek lokalizovaly proteiny eIF4E1 a eIF4E2 a všechny jejich testované varianty do P-tělísek na rozdíl od variant proteinu eIF4E3. Za obou stresových podmínek všechny varianty proteinu eIF4E1 a varianta eIF4E3-A lokalizovaly do SG, avšak schopnost jednotlivých proteinů lokalizovat do SG se lišila. Protein eIF4E2 lokalizoval ve zvýšené míře pouze do SG vyvolaných tepelným stresem. Při detailnějším studiu jsme ukázali, že za tepelného stresu vznikají dva typy SG ve vztahu k eIF4E proteinům. Přibližně 75 % SG indukovaných tepelným stresem obsahuje všechny tři eIF4E proteiny, zatímco ve 25 % z nich protein eIF4E2 chybí. Dále jsme ukázali, že protein velké ribosomální podjednotky L22 je specificky nabohacen v SG vyvolaných arsenitanovým stresem....
|
|
| |
|
|
Photodissociation studies of xanthene dyes, iron(III) azido complexes and hemithioindigo molecular switches in the gas phase
Navrátil, Rafael ; Roithová, Jana (vedoucí práce) ; Žabka, Ján (oponent) ; Volný, Michael (oponent)
Elektronová excitace vyvolaná absorpcí světla umožňuje řadu chemických, fyzikálních a biologických procesů a přeměn. Plná kontrola nad procesy zahrnující excitované molekuly vyžaduje důkladnou znalost elektronových UV/vis spekter a hy- perploch potenciální energie. Není překvapivé, že většina elektronových spekter je namě- řena v kondenzované fázi, ve které jsou molekuly rozpuštěny a ve které většina přeměn a procesů probíhá. Naopak znalosti o excitaci, přeměnách a procesech na úrovni izolovaných molekul jsou stále omezené, částečně protože odpovídající studie vyžadují nekonvenční experimentální přístupy a vybavení. Tato disertační práce popisuje expe- rimentální metody pro měření elektronových spekter izolovaných molekul v plynné fázi s pomocí iontové spektroskopie, která kombinuje metody hmotností spektrometrie a optické spektroskopie. Za použití těchto metod byly stanoveny a vyhodnoceny experi- mentální faktory, které ovlivňují elektronovou excitaci a tím pádem elektronová spektra nejrůznějších fluorescenčních xanthenových barviv, komplexů železa a molekulových přepínačů. Také byly studovány faktory, které ovlivňují fotochemické procesy, jakými jsou fotooxidace, fotoredukce a fotoizomerizace, s překvapivě odlišnými výsledky oproti studiím těchto procesů v kondenzované fázi. Všechny výsledky byly...
|
|
|
Metabolipidomic profiling of white adipose tissue by UPLC-MS/MS
Rombaldová, Martina
V současné době je obezita vážný problém [1,2]. Ačkoliv by se mohlo zdát, že jde pouze o vyšší příjem potravy oproti energetickému výdeji, jde o složitou metabolickou chorobu, která se váže na lipidový metabolismus v tukové tkáni a buněčnou signalizaci s ním spojenou [3]. Je velmi důležité porozumět biologii tukové tkáně, abychom mohli rozpoznat nové a potencionální terapeutické cíle, které by nám pomohly předcházet a léčit choroby spojené s obezitou [4]. V našem výzkumu jsme využili především analytickou techniku kapalinové chromatografie s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) ke studiu metabolismu tukové tkáně a rovněž jsme se zaměřili na vliv omega-3 polynenasycených mastných kyselin (PUFA) na tento metabolismus. Prováděli jsme pokusy na hlodavcích a buněčných liniích a analyzovali jsme bílou tukovou tkáň, vzorky séra/plasmy, buněk a mateřského mléka. Nejprve jsme zavedli několik metod ultraúčinné kapalinové chromatografie s tandemovou hmotnostní detekcí (UPLC-MS/MS) k analýze acylkarnitinů (AC), aminokyselin (AmA) a dalších metabolitů. Tyto metody nám umožnily rozdělit isobarické acylkarnitiny, ačkoliv to není obvykle možné. Použití těchto metod také odhalilo několik acylkarnitinů, t.j. AC s dlouhým řetězcem, karnitin, acylkarnitiny C4 a C6, C4DC stejně tak jako aminokyseliny tyrosin, alanin,...
|
|
|
Jaderné receptory v regulaci genové exprese, vývoje a metabolismu Caenorhabditis elegans.
Yilma, Petr ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
4 Abstrakt Genetické regulační mechanismy genové exprese podmiňují správný vývoj, funkci a odpověď na potřeby organismu ve vztahu k proměnlivým životním podmínkám. Jsou však relativně pomalé. Životní procesy vyžadující rychlou odpověď na změny prostředí a metabolismu jsou z velké části prováděny na úrovni proteinů, především jejich posttranslačních modifikací a protein-proteinových interakcí. Cílem experimetnální práce spojené s touto disertací bylo využití modelového systému Caenorhabditis elegans ke studiu regulace genové exprese transkripčními faktory ze skupiny jaderných receptorů. Modelový systém C. elegans nabízí velmi výkonné experimetnální přístupy především v oblasti genetiky, genomiky a funkční fenotypické analýzy. V práci spojené s touto disertací jsem studoval regulaci genové exprese za experimantálních podmínek z hlediska funkční proteomiky a zaměřil jsem se na využití separačních metod a metod pokročilé proteomiky, především hmotnostní spektrometrie. V první části práce jsem charakterizoval jaderný receptor NHR-60 na úrovni proteinu. Tento jaderný receptor je exprimován ve dvou proteinových formách o velikosti 50 kDa a 64 kDa, které jsou s různou intensitou detekovány v materiálu z kultur C. elegans a to přes to, že na úrovni mRNA je nhr-60 exprimován ve formě jediné mRNA odpovídající proteinu...
|
|
|
Evolution of euglenid plastid proteome
Novák Vanclová, Anna ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Gruber, Ansgar (oponent) ; Maier, Uwe (oponent)
Vznik plastidů endosymbiózou a jejich horizontální šíření je široce rozšířený evoluční jev a jedna z významných hnacích sil evoluce eukaryot. Integrace nové organely je doprovázena změnami v její struktuře, genovém obsahu, biogenezi a importu proteinů a propojením jejích metabolických drah s drahami hostitele. Studium těchto procesů v různých skupinách sekundárních řas a srovnávání mezi nimi je důležité pro porozumění obecným principům evoluce plastidů. Krásnoočka (Euglenophyta) získala své plastidy od zelených řas po poměrně dlouhém období heterotrofie. V této práci jsem se podílela na analýze nově vygenerovaných sekvenčních datasetů: transkriptomů Euglena gracilis a Euglena longa a plastidového proteomu E. gracilis determinovaného pomocí hmotnostní spektrometrie, a to s ohledem na potenciální inovace související se získáním a integrací plastidu. Ve výsledných publikacích jsme se zaměřili zvláště na složení a evoluci systému pro targeting a import jaderně kódovaných proteinů do plastidu a zjistili, že plastidy krásnooček obsahují extrémně redukovaný TIC a zcela postrádají TOC komplex. Na základě plastidového proteomu jsme identifikovali několik nových potenciálních translokáz odvozených od proteinů endomembránového systému a popsali některé dříve nepovšimnuté vlastnosti N-terminálních...
|
|
| |
|
|
Rozlišení zvířecí srsti pomocí hmotnostní spektrometrie
Humpoláková, Karin ; Kučková, Štěpánka (vedoucí práce) ; Kolář, Karel (oponent)
Cílem mé bakalářské práce bylo zjistit, zda je možné pomocí proteinové analýzy zvířecí srsti rozlišit živočišný rod ze třídy savců. Tato informace by mohla napomoci například ve forenzním dokazování v případech pašování exotických druhů zvířat, nebo by mohla být dále využita k řešení kriminalistických případů. Srst je specifickým znakem savců tvořící povrch jejich těla. Je tvořena hlavně keratinem, který je zařazen mezi vláknité proteiny. Tato práce se zabývá proteomickou analýzou zvířecí srsti pomocí hmotnostní spektrometrie pracující na principu MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight). Zkoumaná srst byla odebrána deseti naším místním domácím i divokým zvířatům - daňkovi skrvnitému, jelenovi sika, kočce domácí, koze domácí, koni domácímu, králíkovi domácímu, osmákovi degu, psovi domácímu, srnce obecné a teleti plemena skotu belgického modrého. K analýze vzorků, které jsou bohaté na proteiny, bylo použito specifické štěpení enzymem trypsinem. Proteiny byly rozštěpeny na peptidy, ze kterých byla získána hmotnostní spektra hmotnostní spektrometrií MALDI-TOF. Tato spektra byla následně vyhodnocena metodou hlavních komponent (PCA, Principal Component Analysis). Dále byly prostřednictvím veřejně dostupné proteinové databáze UniProt vyhledány dostupné aminokyselinové...
|
|
|
Determination of proteinogenic amino acids by high-performance separation techniques
Hodek, Ondřej
(CZ) Proteinogenní aminokyseliny patří mezi základní stavební jednotky živých organismů. Proto byl v poslední době výzkum v metabolomice zaměřen na vývoj rychlých a citlivých analytických metod pro stanovení aminokyselin. Tato práce obsahuje dvě studie popisující vývoj vysoce účinných separačních metod pro kvantifikaci aminokyselin. V první studii byla vyvinuta metoda kapilární elektroforézy pro stanovení aminokyselin v rostlinách tabáku. Nedílnou součástí této studie byla optimalizace extrakce aminokyselin z rostlinného materiálu. Extrakce byla optimalizována postupem "design of experiments" (DoE), pomocí kterého byly vyhodnoceny faktory ovlivňující výtěžek extrakce aminokyselin. Nejdůležitějšími faktory byly objem a koncentrace extrakčního činidla (kyselina chlorovodíková), jejichž optimální hodnoty byly určeny pomocí "response surface methodology" (RSM). Poté byly aminokyseliny separovány pomocí kapilární elektroforézy s bezkontaktní vodivostní detekcí a stanoveny za použití kalibrace s vnitřním standardem, což přispělo ke zlepšení přesnosti metody. Druhá studie byla zaměřena na vývoj metody pro stanovení aminokyselin v lidské plasmě pomocí superkritické fluidní chromatografie. Jedním z cílů této studie bylo zvýšit rozpustnost aminokyselin v mobilní fázi bohaté na CO2. Nejdříve byla zvýšena...
|
|
|
Studium klastrů a nanočástic v molekulových paprscích různými metodami hmotnostní spektrometrie a optických spektroskopií
Moriová, Kamila ; Fárník, Michal (vedoucí práce) ; Kopecký, Vladimír (oponent)
Název práce: Studium klastrů a nanočástic v molekulových paprscích různými metodami hmotnostní spektrometrie a optických spektroskopií Autor: Kamila Moriová Ústav: Fyzikální ústav UK Vedoucí bakalářské práce: doc. Mgr. Michal Fárník, Ph.D., DSc., Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR Konzultant: RNDr. Václav Profant, Ph.D., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Kondenzace ledů na povrchu prachových zrn a jejich následná akti- vace kosmickým zářením může v mezihvězdném prostředí vést ke vzniku kom- plexních chemických struktur. Tato práce se především zabývá studiem amonia- kových klastrů, které představují modelový systém ledových prachových částic. Na velké amoniakové klastry připravené v molekulových paprscích byly v zá- chytové komoře adsorbovány molekuly metanolu. Po elektronové ionizaci klastrů (NH3)N (CH3OH)M bylo získáno hmotnostní spektrum iontových fragmentů, ve kterém nad čistými amoniakovými fragmenty (NH3)nH+ převažovaly fragmenty obsahující metanol (NH3)n(CH3OH)mH+ : alespoň jednu molekulu metanolu ob- sahovalo 75 % fragentů. To je v nepoměru se složením původních neutrálních prekurzorů, které neobsahují ani 4 % metanolu. Na základě výsledků měření na- vrhujeme, že se přednostně ionizuje amoniak. Výsledkem ionizace je iontové jádro NH+ 4 obalené jak molekulami amoniaku, tak i metanolu, který má...
|
host ::
RSS.