|
Mikrobiota trávicího traktu včel a příbuzného hmyzu a faktory ovlivňující její složení
Hroncová, Zuzana ; Havlík, Jaroslav (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Disertační práce se skládá ze šesti výzkumných kapitol, z nichž pět již bylo publikováno ve vědeckých časopisech, jeden je v oponentském řízení a poslední kapitola představuje originální nepublikovaná data v procesu přípravy rukopisu.
Výzkum prezentovaný v této práci se zabývá složitými mechanismy imunitního systému včel a vos, se zaměřením na mikrobiotu jako součást imunity. Jak je popsáno v úvodu, sociální hmyz, jako včely a čmeláci, hrají klíčovou roli v ekosystémech po celém světě. Nedávné ztráty včel jsou připisovány používání pesticidů, špatné výživě, zvýšenému infekčnímu tlaku a ničení přírodních stanovišť. Během několika posledních let se včelaři i široká veřejnost zabývají úbytky včelstev po celém světě a dožadují se dalšího výzkumu zaměřeného na řešení těchto problémů. Naším hlavním cílem bylo prozkoumat vazby střevní bakteriální populace včel a příbuzných druhů, jejich propojení s imunitou a zjistit možnosti ovlivnění těchto vztahů prostřednictvím suplementace. Součástí cíle bylo charakterizovat střevní mikrobiotu čmeláků a vos pomocí 16S RNA sekvenování, použitého při hledání potenciálně nových bakteriálních druhů.
V práci jsme se snažili objasnit, jak mikrobiom interaguje s hostitelem a prokázat, že hlavní členy těchto komunit ho pozitivně ovlivňují. Bakteriální komunity nacházející se v trávicím traktu včel, jsou ideálním modelem pro zkoumání evolučních a genetických vztahů. Informace založené na našich výsledcích můžou díky objasněným fyziologickým podmínkám v trávicím traktu včel pomoci při vývoji vhodných probiotických preparátů.
|
|
Technologie zmrazování spermií býků ve vztahu k jejich přežitelnosti a oplozovací schopnosti
Doležalová, Martina ; Stádník, Luděk (vedoucí práce) ; Jiří, Jiří (oponent)
Cílem optimalizace procesu výroby inseminačních dávek je zajištění co nejvyšší oplozovací schopnosti spermií v průběhu relativně náročného procesu zpracování čerstvého ejakulátu a jeho následná kryokonzervace. Zejména v průběhu chlazení a mrazení spermií dochází k jejich poškození vlivem změny teplot, kdy jsou spermie vystaveny chladovému šoku a dalším limitujícím faktorům, které mají za následek buněčnou smrt a tudíž i snižování oplozovací schopnosti následně rozmrazené inseminační dávky. Pro zvýšení odolnosti spermií, respektive plazmatické membrány, vůči chladovému šoku byla do komerčně vyráběných ředidel přidávána frakce vaječného žloutku LDL cholesterol (low density lipoprotein) v různých koncentracích, takto vyrobené dávky byly testovány pomocí chladového a tepelného testu přežitelnosti spermií. Má se za to, že LDL příznivě ovlivňuje plazmatickou membránu spermií a napomáhá k lepší oplozovací schopnosti spermií po rozmrazení. Dalším krokem v procesu výroby inseminačních dávek je pozvolné chlazení naředěného ejakulátu a ekvilibrace, kdy jsou dávky uloženy v chladicím boxu po bobu 30 minut až 24 hodin, tato doba je nezbytně nutná pro penetraci určitých komponent ředidla do spermatických buněk a nastolení balance mezi jejich intracelulární a extracelulární koncentrací. Současně je důležitý následný teplotní gradient mrazení inseminačních dávek. Jako nejvhodnější způsob mrazení je dostupný systém počítačově řízeného poklesu teplot v mrazicím boxu, který umožňuje přesnou kontrolu tvorby ledových krystalů, které by mohly roztrhat, a tím zabít buňku.
V průběhu 2012 až 2016 byl opakovaně odebírán ejakulát od skupiny plemenných býků (n=27, býci holštýnského a českého strakatého plemene) na inseminační stanici. Ejakulát splňující standardní vstupní podmínky byl v prvním kroku rovnoměrně rozdělen na několik částí. K ředění ejakulátu byly využity 3 typy komerčně vyráběných ředidel AndroMed, Bioxcell a Triladyl bez a s přídavku LDL do ředidel o koncentraci 4 až 10 % v závislosti na typu ředidla. Naředěný ejakulát byl naplněn do skleněných kapilár o objemu 0,1 ml a teplotě +4 °C a vložen na 10 minut do chladicího boxu o teplotě 0 °C. Po uplynutí stanovené doby byl objem kapiláry smíchán s fyziologickým roztokem o teplotě 37 °C, kde byl vzorek 120 minut inkubován. Byl hodnocen vliv chladového šoku na podíl živých spermií v ejakulátu pomocí barvení Eosinem a Nigrosinem v průběhu tepelného testu přežitelnosti spermií a to ihned po zahřátí vzorku a po uplynutí 120 minutové inkubace. Z výsledků bylo patrné, že vhodnějšími ředidly pro zvyšování odolnosti spermií vůči chladovému šoku byly AndroMed a Bioxcell. Současně byl také zjištěn pozitivní vliv přídavku LDL do ředidel na nižší pokles podílu živých spermií v průběhu tepelného testu (P<0,05). Jako nejvhodnější koncentrace mající příznivý vliv na odolnost spermií vůči chladovému šoku byla vyhodnocena 6% koncentrace LDL v ředidle Bioxcell, kdy byly hodnoty podílu živých spermií vyšší jak na začátku tepelného testu (+1,31 % až +3,2 %) tak po 2 hodinové inkubaci (+5,82 % až +8,41 %) oproti ostatním ředidlům bez a s přídavkem LDL.
V dalším kroku byl optimalizován proces ekvilibrace, který je důležitou součástí výroby dávek a byl vyhodnocen vliv délky ekvilibrace na následnou oplozovací schopnost spermií hodnocenou pomocí motility spermií po rozmrazení zjištěné na základě CASA a podíl živých spermií v průběhu tepelného testu přežitelnosti trvajícím 120 minut (37 °C). Vhodný ejakulát byl naředěn standardně využívaným ředidlem AndroMed na bázi sojového lecitinu, naředěný ejakulát byl naplněn do pejet (0,25 ml), zchlazen a ekvilibrován v chladicím boxu po dobu 30, 120 a 240 minut, následně byl mrazen v programovatelném mrazicím boxu dle 4 typů mrazicích křivek lišících se teplotou a rychlostí poklesu teplot v komoře. K mrazení byla využita standardně využívaná a výrobcem doporučovaná 3. fázová mrazicí křivka, dále 2. fázová mrazicí křivka, a 3. fázová mrazicí křivka s pomalejším a naopak rychlejším poklesem teplot v komoře, oproti standardní mrazicí křivce. Nejvhodnější délka ekvilibrace byla 240 minut, kde byla zjištěna motilita vyšší o +2,72 % a +4,58 % oproti ostatním délkám ekvilibrace (P<0,05 až 0,01). Nejvyšších průměrných hodnot podílu živých spermií bylo dosaženo při délce ekvilibrace 120 minut (+6,87 % a 8,68 %). Nejvyšší průměrné motility spermií po rozmrazení v průběhu tepelného testu přežitelnosti bylo dosaženo při mrazení na základě 2. fázové mrazicí křivky (od +2,97 % do +10,37 %, P<0,05), taktéž při hodnocení podílu živých spermií (od +4,37% do +8,82 %, P<0,01). Při vyhodnocení interakce mezi délkou ekvilibrace mrazicí křivkou ( 2. fázová a 3. fázová standardní) bylo nejvyšších hodnot průměrné motility a podílu živých spermií u obou křivek v kombinaci s délkou ekvilibrace 240 minut, avšak nebyl mezi nimi zaznamenán žádný statisticky průkazný rozdíl. Ve všech hodnocených částech práce byly nalezeny individuální rozdíly mezi jednotlivými býky i mezi jednotlivými odběry ejakulátu od jednoho býka (P<0,05).
Pro zachování dobré oplozovací schopnosti ejakulátu v průběhu procesu kryokonzervace je zapotřebí zvýšit odolnost spermií vůči chladovému šoku a to přidáním správné koncentrace LDL do vhodného komerčně vyráběného ředidla, kterým bylo ředidlo AndoMed a Bioxcell. Následně je ve velké míře oplozovací schopnost vyrobené inseminační dávky ovlivněna chlazením a délkou ekvilibrace před samotným mrazením. Délka ekvilibrace 120 minut a déle a následný šetrný způsob mrazení dle mrazicí křivky, která zajišťuje pozvolný pokles teplot v komoře, zajistí vyšší průměrnou motilitu spermií a podíl živých spermií po rozmrazení.
|
|
Individuální lidský pach jako kriminalistická stopa vytvořená kontaktním nebo bezkontaktním přenosem a jeho odolnost vůči fyzikálním vlivům
Santariová, Milena ; Bartoš, Luděk (vedoucí práce) ; Chmelíková, Eva (oponent)
Disertační práce je tvořena čtyřmi vědeckými publikacemi, které se zabývají tématy týkající se vlastností lidského pachu a schopností speciálně vycvičených psů lidské pachy ztotožňovat. První tři práce se zaměřují na odolnost pachové stopy vůči fyzikálním vlivům, čtvrtá publikace je věnována tématu vzniku pachové stopy bezkontaktním způsobem.
Cílem první studie bylo ověřit perzistenci pachové stopy na předmětu vystaveného vlivu proudící vody. Vzhledem k vlastnostem chemických látek obsažených v lidském pachu byla stanovena hypotéza, že psi budou schopni pachovou stopu, zajištěnou z předmětu vytaženého z vody, ztotožňovat. Tato hypotéza byla potvrzena a pach vystavený účinkům proudící vody po dobu jedné hodiny je stále způsobilý k pachové identifikaci pomocí speciálně cvičených psů.
V druhé studii byla ověřována účinnost procesu parní sterilizace při odstraňování pachové stopy. Tento proces je rutinně používaný v kriminalistické praxi a předpokladem bylo, že psi vzorek ošetřený parní sterilizací ztotožňovat nebudou. Stanovená hypotéza nebyla potvrzena, výsledky potvrdily, že psi jsou schopni ztotožnit pach prošlý procesem parní sterilizace.
Třetí studie se zabývala perzistencí pachů vůči sálavému teplu. Jelikož teplota varu organických látek nepřesahuje 400 °C, nepředpokládalo se, že by psi byli schopni komparace pachu vystaveného vyšší teplotě, než je zmiňovaná teplota varu. Tento předpoklad se překvapivě nepotvrdil a psi byli schopni komparovat vzorky vystavené teplotě až 900 °C.
Čtvrtá studie řešila možnost vytvoření pachové stopy bezkontaktním způsobem. Přestože minulé studie tuto možnost jednoznačně neprokázaly, výsledky našeho experimentu zcela jasně ukazují, že speciálně vycvičení psi na metodu pachové identifikace jsou schopni ztotožňovat pachovou stopu vytvořenou spadem s ruky držené po dobu třech minut ve výšce 5 cm nad pachovým nosičem.
|
|
Využití sociální sítě Facebook jako didaktického prostředku ve výuce
Kaiserová, Martina ; Tomšíková, Kateřina (vedoucí práce) ; Jana, Jana (oponent)
Cílem bakalářské práce je představení sociální sítě Facebook ve výchovně-vzdělávacím procesu s uvedením konkrétních postupů ve výuce předmětu Informační a komunikační technologie. V teoretické části jsou definovány pojmy jako didaktika odborných předmětů, výchovně-vzdělávací cíle, formy a metody výuky, dále pak historie a typy sociálních sítí s důrazem na sociální síť Facebook. Praktická část práce je rozdělena na dílčí části, v úvodu jsou vytvořeny konkrétní postupy pro využití sociální sítě Facebook v předmětu Informační a komunikační technologie. V další části pak bylo provedeno dotazníkového šetření u žáků střední odborné školy, které zjišťovalo jejich spokojenost s používáním Facebooku ve výuce a individuální rozhovor zjišťující názory pedagogů, jaký oni zaujímají postoj k využívání Facebooku při výuce. Na základě získaných poznatků jsou doporučeny dílčí změny, které by měly vést k tomu, aby používání Facebooku pomohlo k lepšímu dosažení výchovně-vzdělávacích cílů.
|
|
Hovory s Jindřiškou Křivánkovou
Fröhlichová, Marie ; SOPROVÁ, Jana (vedoucí práce) ; HALAŠ, Adam (oponent)
Cílem této práce je zachytit principy tvorby Jindřišky Křivánkové, profesně starší a zkušenější divadelní performerky a konfrontovat její způsob myšlení a kreativity s vlastními názory na uměleckou tvorbu, stejně jako dovednostmi, získanými během studia na HAMU. Text se nejprve věnuje stručnému přehledu aktivit Jindřišky Křivánkové od počátku dodnes. Poté se snaží specifikovat Jindřiščin divadelní vývoj, okolnosti a hlavní aspekty jejího uměleckého zrání, podobně též vliv konkrétních osobností, které pomohly utvářet její svébytný pohled na divadlo. Následuje debata o nejrůznějších aspektech umělecké tvorby a tvůrčího procesu, ve vzájemné konfrontaci nás dvou, v němž se dotýkáme nejen obecných věcí týkající se kultury a divadla, ale také přístupu k němu.
|
|
Noise, Transport and Structural Properties of High Energy Radiation Detectors Based on CdTe
Šik, Ondřej ; Lazar, Josef (oponent) ; Navrátil, Vladislav (oponent) ; Grmela, Lubomír (vedoucí práce)
Because of demands from space research, healthcare and nuclear safety industry, gamma and X-ray imaging and detection is rapidly growing topic of research. CdTe and its alloy CdZnTe are materials that are suitable to detect high energy photons in range from 10 keV to 500 keV. Their 1.46 -1.6 eV band gap gives the possibility of high resistivity (10^10-10^11 cm) crystals production that is high enough for room temperature X-ray detection and imaging. CdTe/CdZnTe detectors under various states of their defectiveness. Investigation of detector grade crystals, crystals with lower resistivity and enhanced polarization, detectors with asymmetry of electrical characteristics and thermally degenerated crystals were subject of my work in terms of analysis of their current stability, additional noise, electric field distribution and structural properties. The results of the noise analysis showed that enhanced concentration of defects resulted into change from monotonous spectrum of 1/f noise to spectrum that showed significant effects of generation-recombination mechanisms. Next important feature of deteriorated quality of investigated samples was higher increase of the noise power spectral density than 2 with increasing applied voltage. Structural and chemical analyses showed diffusion of metal material and trace elements deeper to the crystal bulk. Part of this work is also focused on surface modification by argon ion beam and its effect on chemical and morphological properties of the surface.
|
|
New Methods for Increasing Efficiency and Speed of Functional Verification
Zachariášová, Marcela ; Dohnal, Jan (oponent) ; Steininger, Andreas (oponent) ; Kotásek, Zdeněk (vedoucí práce)
In the development of current hardware systems, e.g. embedded systems or computer hardware, new ways how to increase their reliability are highly investigated. One way how to tackle the issue of reliability is to increase the efficiency and the speed of verification processes that are performed in the early phases of the design cycle. In this Ph.D. thesis, the attention is focused on the verification approach called functional verification. Several challenges and problems connected with the efficiency and the speed of functional verification are identified and reflected in the goals of the Ph.D. thesis. The first goal focuses on the reduction of the simulation runtime when verifying complex hardware systems. The reason is that the simulation of inherently parallel hardware systems is very slow in comparison to the speed of real hardware. The optimization technique is proposed that moves the verified system into the FPGA acceleration board while the rest of the verification environment runs in simulation. By this single move, the simulation overhead can be significantly reduced. The second goal deals with manually written verification environments which represent a huge bottleneck in the verification productivity. However, it is not reasonable, because almost all verification environments have the same structure as they utilize libraries of basic components from the standard verification methodologies. They are only adjusted to the system that is verified. Therefore, the second optimization technique takes the high-level specification of the system and then automatically generates a comprehensive verification environment for this system. The third goal elaborates how the completeness of the verification process can be achieved using the intelligent automation. The completeness is measured by different coverage metrics and the verification is usually ended when a satisfying level of coverage is achieved. Therefore, the third optimization technique drives generation of input stimuli in order to activate multiple coverage points in the veri\-fied system and to enhance the overall coverage rate. As the main optimization tool the genetic algorithm is used, which is adopted for the functional verification purposes and its parameters are well-tuned for this domain. It is running in the background of the verification process, it analyses the coverage and it dynamically changes constraints of the stimuli generator. Constraints are represented by the probabilities using which particular values from the input domain are selected. The fourth goal discusses the re-usability of verification stimuli for regression testing and how these stimuli can be further optimized in order to speed-up the testing. It is quite common in verification that until a satisfying level of coverage is achieved, many redundant stimuli are evaluated as they are produced by pseudo-random generators. However, when creating optimal regression suites, redundancy is not needed anymore and can be removed. At the same time, it is important to retain the same level of coverage in order to check all the key properties of the system. The fourth optimization technique is also based on the genetic algorithm, but it is not integrated into the verification process but works offline after the verification is ended. It removes the redundancy from the original suite of stimuli very fast and effectively so the resulting verification runtime of the regression suite is significantly improved.
|
|
Code Characterization for Automated User Interface Generation
Kadlec, Jaroslav ; Slavík,, Pavel (oponent) ; Sochor, Jiří (oponent) ; Zemčík, Pavel (vedoucí práce)
This work presents novel approach to automation of user interface creation. A taxonomy based on data characterization was adopted and new taxonomy for code characterization is proposed. Taxonomy points most important aspects of data and code so that it can be used in a process of automated user interface creation. The taxonomy is platform independent and can be stored as a metadata in the application file or in a separate external file. A process of automated user interface creation based on the taxonomy is proposed and individual parts of the process are described in more detail. Presented taxonomy and process of user interface generation are demonstrated on examples.
|
|
Physically-based Modeling and Simulation
Dvořák, Radim ; Racek, Stanislav (oponent) ; Šujanský,, Milan (oponent) ; Zbořil, František (vedoucí práce)
The thesis deals with the modeling of air pollution transportation and dispersion processes in the atmosphere, more precisely with the numerical approaches to solve such models. The modeling of air pollution has a great importance for prediction of the contaminations and it helps with understanding of the process and with elimination of its consequences. The models which are described by partial differential equations, namely advection-diffusion equations, and thus they can be solved by numerous analytical/numerical methods are in the scope of the thesis. In particular, well known method of lines (MoL) and several models based on it together with the possibility to accelerate the computation are studied in the first half of the work. It is shown that MoL approach is still suitable for many concrete models and it has a great potential for parallelization on graphics cards. Quite young ELLAM method and its application to solved atmospheric advection-diffusion equations is the second objective. A concrete form of ELLAM method and its proposed adaptation approaches are evaluated and it is shown that it overcomes the current state of the art methods in many cases.
|
|
Security of Biometric Systems
Lodrová, Dana ; Busch, Christoph (oponent) ; Provazník, Ivo (oponent) ; Drahanský, Martin (vedoucí práce)
The main contributions of this thesis are two novel approaches for the increase of securing of biometric systems based on fingerprint recognition. The first approach is within the liveness detection and prevents the use of various fake fingers and other spoofing techniques during the capturing processes. This patented approach is based on a combination of change of papillary line color and width caused by pressing of a finger against glass plate. The resultant liveness detection unit can be integrated into an optical fingerprint sensor. The second approach is within standardization and it increases the security and interoperability of minutiae extraction and comparison process. For this purposes, I have created the methodology to determine semantic conformance rates of minutiae extractors. The minutiae extracted by the tested extractors are compared against Ground-Truth-Minutiae obtained by clustering of data provided by dactyloscopic/forensic experts. This proposed methodology is included in the ISO/IEC 29109-2 Amd. 2 WD4.
|
host ::
