|
|
Analýza trankripčních variant genu TP 53 v lidských leukemických buňkách
Vlahová, Veronika ; Mgr.Diana Grochová, Ph.D. (oponent) ; Malčíková,, Jitka (vedoucí práce)
Teoretická část diplomové práce shrnuje obecné informace o lidském genu TP53 a proteinu p53, který je tímto genem kódován. Je zde pojednáno také o transkripčních variantách – izoformách p53. Experimentální část je zaměřena na detekci izoformy p53 a její kratší, dosud nepopsanou formu. Výchozím materiálem je periferní krev pacientů Fakultní nemocnice Brno, ze které byla po zpracování izolována RNA. Ta byla dále přepsána reverzní transkripcí do cDNA, která byla amplifikována pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Experimentálním měřením bylo dokázano, že p53 se vyskytuje ve všech B-lymfocytech pacientů s chronickou lymfocytární leukémií. Byla také prokázána existence kratší formy p53.
|
|
|
Fixace a mutace
Maloušková, Drahomíra ; Nikitová, Alice (oponent) ; Artamonov, Vasil (vedoucí práce)
Výstup mojí závěrečné bakalářské práce úzce souvisí s mým předešlým snažením zde na škole. Výstup mojí závěrečné bakalářské práce úzce souvisí s mým předešlým snažením zde na škole. Můžu si ho navíc osahat z první ruky prostřednictvím mého otce. Fixace a mutace jsou vlastně jen další procesy, které se v depozitářích hromadičů odehrávají. Vlastně jsou to takové dvě nad skupiny, do kterých se dají ostatní procesy zařadit. Proces fixace spojuje vše, co se odehrává ve vztahu k prostoru (př. navršování, řazení, kumulace, dislokace…) a mutace vše, co se odehrává ve vztahu k času (koroze, krystalizace, rozklad, oxidace….). O čem už jsem však jednou mluvila, nepotřebuji před těmi samými diváky mluvit znovu. Je třeba podívat se na téma z jiného úhlu, konfrontovat ho s diváky jinak. S odstupem času, má navíc pro mě princip nekonečného navršovaní jeden zásadní nedostatek. Není prostě dost tvůrčí. Seberealizovat se v umění pouhou jeho aplikací bez dalšího autorského zásahu po čase přestává stačit. Jako téma sice vyčerpáno není, ale pouhým jeho opakováním se vytrácí smysl oné práce, která by nadále vedla k manýrám a obsesi podobné zaslepené, jako je ta z které vychází. V malbě je pořád třeba aby výsledný obraz za něco stál, a ne, aby jen mechanicky naplňoval zvolená kritéria nebo systém. Zpět k médiu malby mě ale nevedlo jen to. Vztah věci k prostoru je snad lépe vyjádřit v instalaci, vzhledem k času, má malba v umění nezaměnitelnou pozici, i když je vyjádření skrze instalaci a jiná média (třeba video) také velmi dobře možné. To koneckonců zaleží na autorovy a hlavně na jednotlivých projektech. Prakticky se jedná o sérii olejomaleb, podivných předmětů, které nám v některých případech dávají tušit, co jsou zač. Jindy nemáme nejmenší šanci tyto mutanty identifikovat. A pak mezi nimi nalezneme také obrazy, které jsou vlastně ,,pouhým“ zátiším. Dohromady by měl byt zážitek z nich vyrovnaný možná mírně znepokojující. K čemuž by mohl přispět místy mechanizovaný rukopis, nebo práce s kompozicí. (Baví mě hledat na obraze nové, nebo spíš zdánlivě nové kompoziční vztahy.)
|
|
|
Implementace evolučního expertního systému
Bukáček, Jan ; Müller, Jakub (oponent) ; Karásek, Jan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na nastudování problematiky evolučních a genetických algoritmů. A to především na multikriteriální algoritmy VEGA, SPEA a NSGA-II. Dále jednoho FrameWorku pracujícího s genetickými algoritmy a to jmenovitě WWW NIMBUS. Z uvedených algoritmů je vybrán algoritmus VEGA pro implementaci v jazyce JAVA na předem zvolený problém. Tímto problémem je výběr sloupů kvádrového profilu podle předem stanovených kritérií. Vybraný algoritmus pracuje na principu rozdělení populace do několika skupin a každou takto vzniklou skupinu ohodnotí fitness funkcí. Následuje ukázka implementace tohoto algoritmu. Dále je zde ukázka práce s FrameWorkem. V další části jsou srovnány výsledky vytvořeného programu s výsledky, které byly získány pomocí FrameWorku WWW NIMBUS. Jak pro VEGA, tak pro NIMBUS jsou zde ukázány jednotlivé výsledky. U VEGA je předveden i vývoj jednotlivých fitness funkcí. Také jsou zde ukázány grafy, které je možné získat pomocí NIMBUS. Na konci je uvedeno porovnání výsledků a navržení možných vylepšení.
|
|
|
Prediction of the Effect of Mutation on Protein Solubility
Marko, Július ; Smatana, Stanislav (oponent) ; Hon, Jiří (vedoucí práce)
Protein solubility is a key problem in production of functional proteins. Prediction of the effect of mutation on protein solubility could save a lot of time and money, as it would provide in silico prediction of solubility enhancing mutations before performing deep mutational scanning in laboratory. In this work, new predictor of the effect of mutation on protein solubility SoluProtMut is introduced that is based on machine learning methods. Most of the existing predictors predict the effect from the amino acid sequence. In addition to the sequence, the tool presented in this work also uses the spatial structure of the protein, which can significantly increase it's accuracy.
|
|
|
Výpočet atributů pro předpověď důsledku mutace na funkci proteinu
Šinkora, Jan ; Filák, Jakub (oponent) ; Jaša, Petr (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problematikou z oblasti bioinformatiky, algoritmů a datových typů a strojového učení. Základem práce jsou již existující aplikace Caver a Deleterious, na jejichž vývoji se podíleli studenti Fakulty informatiky Masarykovy univerzity a Fakulty informačních technologíí Vysokého učení technického v Brně. Aplikace Deleterious slouží k získávání a výpočtu atributů proteinů důležitých k predikci vlivu mutace proteinu na jeho výslednou funkci a Caver je program pro hledání tunelů v prostorovém modelu proteinu. Výsledkem má být rozšíření těchto aplikací o výpočet nových atributů, které mohou přispět ke zlepšení přesnosti predikce. Přidané atributy souvisí s hledáním a měřením kapes proteinu.
|
|
|
Analýza kvasinkové DNA pomocí pulsní gelové elektroforézy
Kubáčková, Martina ; Drábková, Michaela (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Technika pulzní gelové elektroforézy našla široké uplatnění v analýze genomu všech živých organismů. Využívá se k separaci molekul DNA o velikosti desítek kilobází až několika megabází, kde už není možné užít konvenční elektroforézy (např.chromozomů bakterií, kvasinek či plísní, ale i lidských či zvířecích buněk). Předložená diplomová práce byla pojata jako srovnávací analýza genomu vybraných karotenoidních kvasinek. Byly optimalizovány podmínky izolace a analýzy chromozomální kvasinkové DNA a jako nejvhodnější metoda se ukázala lyze kvasinkových buněk a deproteinace DNA v agarosových bločcích. K analýze DNA předložených kvasinek byla vyhodnocena jako nejvíce vyhovující pozdní exponenciální fáze (50. hodina kultivace). Karotenoidní kvasinky byly také podrobeny náhodné mutagenezi alkylačním činidlem - ethylesterem kyseliny methansulfonové (EMS). Poté byl analyzován genom kolonií vizuálně naznačujících nadprodukci karotenoidů metodou pulzní gelové elektroforézy a množství karotenoidů v sušině metodou HPLC. K nadprodukci b-karotenu došlo u mutantů kmene Rhodotorula glutinis (10,6 g/l biomasy obohacené 0,34 mg b-karotenu /g sušiny) a mutantů Cystofilobasidium capitatum (8,5 g/l biomasy obohacené 0,23 mg b-karotenu /g sušiny). Selekce mutantů schopných nadprodukce karotenů byla v provedené sérii experimentů úspěšná u téměř všech analyzovaných kvasinkových kmenů kromě kmene Rhodotorula aurantiaca.
|
|
|
Molekulárně-genetická analýza karcinomů štítné žlázy u dětských a dospívajících pacientů
Bulanová, Barbora ; Kuklíková, Vlasta (vedoucí práce) ; Ludvíková, Marie (oponent) ; Vícha, Aleš (oponent)
U dětských a dospívajících pacientů se uzly ve štítné žláze objevují vzácně, ale je u nich větší riziko malignity než u dospělých pacientů. Karcinomy štítné žlázy představují nejčastější endokrinní malignitu, jejíž incidence stále narůstá. I když existuje několik typů karcinomů štítné žlázy, z 90 % případů se u dětských a dospívajících pacientů jedná o papilární karcinom štítné žlázy (PTC). Cílem práce bylo zanalyzovat rozsáhlý soubor PTC od dětských a dospívajících pacientů, zjistit jejich genetickou příčinu a nálezy korelovat s klinicko-patologickými daty. Dalším cílem bylo charakterizovat nejčastější nálezy a porovnat je se souborem dospělých pacientů pozitivních na tutéž mutaci. Posledním cílem bylo zoptimalizovat vhodnou metodiku pro detekci nejčastějších nálezů u dětských a dospívajících pacientů pro rutinní využití. Vzorky nádorové tkáně štítné žlázy byly vyšetřeny pomocí molekulárně genetických metod, převážně za využití masivně paralelního sekvenování a analýzy real-time PCR. Zjistili jsme, že nejčastější příčinou PTC dětských a dospívajících pacientů jsou fúzní geny, které jsme detekovali v 56 % pacientů. Celkem bylo identifikováno 20 různých typů fúzních genů, z nichž některé nebyly dosud v literatuře popsány. Fúzní geny zahrnovaly onkogeny RET, NTRK, BRAF, ALK, MET. Dalšími genetickými...
|
|
|
Detekce variability rDNA u rostlin
Menšíková, Simona
Oblast ITS1–5,8S–ITS2 ribozomální DNA představuje jeden z nejoblíbenějších molekulárních markerů ve fylogenetice. Podrobných analýz 5,8S rDNA je však nedostatek a většina se zabývá kompletní oblastí včetně vnitřních transkribovaných mezerníků ITS. V této závěrečné práci byly sekvence 5,8S rDNA podrobeny bioinformatické analýze za účelem srovnání variability ribozomálních genů jednoděložných a vyšších dvouděložných rostlin. Analyzovaná sekvenční data oblastí ITS1–5,8S rDNA–ITS2 byla získána experimentálním přístupem z izolované DNA a vyhledáním v databázích nukleových kyselin. Variabilita byla hodnocena celkem u 114 sekvencí pro každou skupinu. Na základě mnohačetného přiřazení sekvencí proběhla identifikace konzervovaných oblastí a kvantifikace genových mutací. Vyšší heterogenita byla detekována u sekvencí 5,8S rDNA skupiny vyšších dvouděložných rostlin, nebyl však potvrzen statisticky signifikantní rozdíl v zastoupení variabilních míst (15,2 % a 19,3 %) ani v celkovém počtu mutací. Manuální detekce pseudogenů, založená na vyhledání rostlinných konzervovaných motivů 5,8S rDNA, délce sekvencí, obsahu GC bází a in silico predikci sekundární struktury, odhalila celkem 12 potenciálně nefunkčních kopií genu 5,8S rDNA.
|
|
|
Vývoj nové technologie detekce DNA mutací pro využití v onkologické diagnostice
Janoušková, Kristýna ; Minárik, Marek (vedoucí práce) ; Klepárník, Karel (oponent)
Cílem této diplomové práce bylo otestovat novou technologii detekce DNA mutací a optimalizovat parametry související se zavedením nové metody, která tuto technologii využívá, do onkologické diagnostické praxe. Nová metoda spočívá v experimentální modifikaci již používané metody pro detekci somatických mutací v nádorové DNA, která je založena na heteroduplexní analýze a denaturační kapilární elektroforéze. Novým aspektem je využití specifické sondy, krátkého oligonukleotidu, jehož použití výrazně zjednodušuje interpretaci data a nově také umožňuje současné vyšetření více mutací v jedné reakci (multiplexy). Klíčová slova: DNA, denaturační kapilární elektroforéza, heteroduplex, mutace, PCR, sonda
|
|
|
Sequence variants in metastatic colorectal cancer and their evolution during the disease course and treatment
Jandová, Eliška ; Boublíková, Ludmila (vedoucí práce) ; Vymetálková, Veronika (oponent)
Lepší pochopení molekulárně-genetických charakteristik kolorektálního karcinomu (CRC) může pomoci vysvětlit rozvoj onemocnění i rezistence k léčbě, předpovědět progresi nádoru a predikovat odpověď na léčbu. V současné době jsou součástí klinické praxe minimální molekulární testy, které pomáhají určit, zda pacient bude profitovat z konkrétní terapie, nicméně studie ukazují stále více a více nových mutací zodpovídajících za rezistenci k léčbě. Zlatým standardem pro molekulární testování jsou tkáňové biopsie, konstantně ale roste poptávka po méně invazivní metodě, jako je například tekutá biopsie (liquid biopsy). S využitím sekvenování nové generace jsme analyzovali sekvenční varianty přítomné v tkáni primárního nádoru, metastáz a volné cirkulující DNA nádoru - ctDNA u pacientů s metastatickým kolorektálním karcinomem. Cílem práce bylo analyzovat sekvenční varianty přítomné v primárním tumoru a identifikovat varianty patogenní, porovnat sekvenční varianty primárního tumor a metastáz a zjistit, zda se nějakým způsobem liší, zhodnotit, jestli ctDNA může být použita v diagnostice a zda se v ní mohou nacházet tumor specifické markery, které by se dali použít k monitorování progrese. Výsledky naší práce indikují možné využití ctDNA pro podrobnou molekulární analýzu nádorového onemocnění i pro monitorování...
|
host ::
RSS.