|
|
Analysis of functional interaction between PKN3 kinase and CARMIL1 protein
Novotná, Petra ; Rösel, Daniel (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Pohyblivost nádorových buněk a cytoskeletální přestavby jsou zásadní pro tvorbu metastáz. Tyto komplexní změny zahrnují mnoho buněčných procesů ovlivňovaných mnoha různými proteiny. Jedním z takových proteinů je i Ser/Thr kináza PKN3. Bylo prokázáno, že tato kináza má zásadní význam pro tvorbu metastáz u některých agresivních typů rakoviny prsu a prostaty. Zajímavé je, že kináza PKN3 není důležitá pouze u zhoubných nádorů, ale také v běžných tkáních. V endoteliálních buňkách kináza PKN3 ovlivňuje jejich adhezi, anebo v osteoklastech pomáhá regulovat jejich schopnost resorpce kostí. Vliv kinázy PKN3 na malignitu nádorů a pohyblivost buněk je dobře zdokumentován, ale mechanismus jejího účinku je stále nejasný. Z toho důvodu se naše laboratoř snaží identifikovat nové substráty a interakční partnery kinázy PKN3. Tato práce se zabývá novým potenciálním substrátem kinázy PKN3, proteinem CARMIL1. Tento protein se podílí na přestavbách aktinového cytoskeletu regulací polymerace aktinu, čímž ovlivňuje buněčnou motilitu. V této práci předkládáme důkaz o tom, že kináza PKN3 interaguje s proteinem CARMIL1. Klíčová slova: PKN3, CARMIL1, aktinový cytoskelet, rakovina, invazivita
|
|
|
Vliv chirurgické revaskularizace mozku na hemodynamiku, kliniku a neurokognitivní výkonnost
Košťál, Petr ; Přibáň, Vladimír (vedoucí práce) ; Grus, Tomáš (oponent) ; Šámal, Filip (oponent)
3 Abstrakt Úvod Od roku 2016 víme, že neuron reaguje na chronickou hypoperfuzi snížením výkonnosti. Je také prokázáno, že revaskularizace mozku pomocí extra-intrakraniálního bypassu při okluzi vnitřní karotidy toto snížení funkce zlepšuje. V případě těsné asymptomatické stenózy vnitřní karotidy (ACS) může při nedostatečné kolateralizaci docházet k hypoperfuzi mozku. Není jasné, zda tento stav může vést ke změnám kognitivní výkonnosti. Stejně tak vliv změn hemodynamiky na kognici u pacientů s ACS po karotické endarterektomii (CEA) zůstává nejasný. Cílem této práce bylo zhodnotit výsledky CEA pro ACS rok po operaci posouzením změn průtoku krve v přední, střední a zadní mozkové tepně, spolu se změnami kognitivní výkonnosti. Metodika V rámci prospektivní studie byl průtok v mozkových tepnách měřen pomocí kvantitativní magneticko-rezonanční angiografie ve skupině 14 mužů a 5 žen před operací a rok po CEA pro ACS. Kognitivní výkonnost byla zhodnocena pomocí Repeatable Battery for the Assessment of Neuropsychological Status (RBANS). Hodnoty průtoku v mozkových tepnách byly zpracovány pomocí simple ratio (SR) a následně byly využity pro analýzu se změnami kognitivní výkonnosti po CEA. Výsledky Rok po CEA pro ACS bylo pozorováno významné zlepšení kognitivní výkonnosti v indexu krátkodobé paměti a vizuálně...
|
|
|
SocialMaps Manifesto
Škobrtal, Petr ; Leitgeb, Šimon (oponent) ; Kubíková, Zuzana (vedoucí práce)
V posledních dvou dekádách byla s dokonalou přesností vytvořena digitální kopie světa, která je bezprecedentním počinem třetí moderny a fascinující je i rychlost jejího vzniku. Denně se jí procházíme a jsme její součástí, aniž bychom se zamýšleli nad její existencí, podstatou a nejasným transakčním vztahem. Nejrůznější mapové služby a aplikace jsme se naučili vnímat jako samozřejmou inovaci. Jako pouhý fragment kvanta funkcionalit našich zařízení. Kalkulačka, budík, mail, mapy. Digitální kopii světa ale nebylo snadné vytvořit. A její tvorba byla jistě i nákladná. Přesto je nám bez jakýchkoliv zábran předkládána k užívání. Centrální motivací společností, které vytvořily tento virtuální prostor — v němž se pomyslně odehrávají dramata lidství — je totiž jeho nepřetržité a pečlivé sledování. Naše chování, pohyb a interakce jsou onou kýženou kompenzací. Tyto aktivity jsou neustále analyzovány a interpretovány v data, s nimiž lze obchodovat. Ztráta soukromí je daní, kterou platíme. Nejasný transakční vztah byl zpečetěn, aniž bychom znali jeho přesné podmínky a důsledky; a korporace, které je formulují, se dravě vyvazují z legislativně-právního rámce. Mapové aplikace, které jsou dnes nejvýznamnějším produktem kartografie, se proto stávají plíživou hegemonií redukující svět do několika málo kategorií, jejichž primárním imperativem je zisk. Mnoho z nich užívá mapu jako platformu, do níž jsou zasazována místa, která jsou prostým odrazem kapitalistické percepce světa. Obchody, hotely, bary, restaurace, podniky. Takové mapy manipulují náš pohled na svět tím, jak jej vykreslují a co nám limitovaně předkládají. A naši konformitou nevědomky těmto praktikám přitakáváme a napomáháme udržovat jejich status quo. Můžeme se sice snadno rozhodnout, že dané digitální mapové služby a aplikace nebudeme již používat, jsou však jen symbolickým vrcholem ambiciózního projektu sledování našeho soukromí. Mapy jsou beznadějně vtaženy do spletité sítě technologických gigantů, softwaru a internetu věcí. Jsou zbaveny svého vlivu a bezmezného potenciálu, aby sloužili jedinému účelu. Je proto nutné hledat východiska pro změnu paradigmatu ovlivňujícího podobu, podstatu a funkci digitálních webových map. Některá nabízí právě tento manifest.
|
|
|
Characterization of protein-protein interactions between Forkhead box O (FOXO) and p53 transcription factors
Mandal, Raju ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Hrabal, Richard (oponent) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Transkripční faktor p53 hraje klíčovou roli v regulaci buněčného cyklu, opravě DNA, apoptóze, obraně před nádorovými onemocněními a udržování buněčné homeostázy. Při buněčném stresu p53 přímo interaguje s transkripčním faktorem Forkhead box O (FOXO) 4, čímž zvyšuje expresi proteinu p21, což vede k indukci buněčné senescence. Molekulární mechanismus interakce těchto dvou klíčových transkripčních faktorů však zůstává nejasný kvůli absenci strukturních dat. Hlavním cílem této dizertační práce byla strukturní charakterizace interakce mezi FOXO4 a p53 prostřednictvím několika biofyzikálních technik včetně metody sedimentační rychlosti analytické ultracentrifugace (SV AUC), nukleární magnetické rezonance (NMR), chemického zesítění spojeného s hmotnostní spektrometrií. Dále byla studována DNA vazebná afinita obou proteinů k jejich příslušným konsenzuálním DNA sekvencím v přítomnosti nebo nepřítomnosti jejich vazebných partnerů a byl porovnán p53-vazebný povrch Forkhead domény tří různých FOXO proteinů. Připravené proteiny byly také použity pro optimalizaci nízkomolekulárních sloučenin umožňujících inhibici interakce mezi FOXO3 a DNA. Získané výsledky ukázaly, že p53 interaguje s FOXO4 prostřednictvím komplexních přechodných interakcí zahrnujících strukturované i neuspořádané oblasti obou proteinů. NMR...
|
|
|
Contribution to theory of low-energy electron-molecule collisions
Dvořák, Jan ; Čížek, Martin (vedoucí práce) ; Čársky, Petr (oponent) ; McCurdy, Clyde William (oponent)
Nízkoenergetické srážky elektronů s molekulami vedou k excitaci vibračních stupňů volnosti či dokonce k disociaci vazeb. V případě víceatomových molekul nejsou tyto jevy plně pochopené, protože vícerozměrná vibrační dynamika a interakce několika krátce žijících elektronických stavů ztěžují teoretický popis. V této práci rozšíříme nelokální teorii těchto procesů zahrnutím nepřímé interakce elektronických stavů přes elektronové kontinuum. Konkrétně studujeme vibračních excitaci oxidu uhličitého a disociaci N-H vazby pyrrolu. V případě oxidu uhličitého jsme zahrnuli všechny vibrační módy a tři elektronické stavy. Model vysvěluje nejen dlouhodobě nejasný tvar elektronového spektra ale také nedávno pozorovanou jemnou strukturu. Vliv pohybu vzdálených částí molekuly na disociaci je studován v případě pyrrolu. 1
|
|
|
Efekt kontinuálního krevního toku na cerebrovaskulární perfuzi a hemokoagulaci u pacientů s implantovanou levostrannou mechanickou srdeční podporou
Koňařík, Miroslav ; Szárszoi, Ondrej (vedoucí práce) ; Ošťádal, Petr (oponent) ; Brát, Radim (oponent)
Implantace levostranné mechanické srdeční podpory představuje zavedenou metodu léčby srdečního selhání. V naprosté většině se jedná o přístroje generující kontinuální krevní tok s mitigovaným pulzovým tlakem. Efekt redukované pulzatility na orgánové funkce a homeostatické regulační mechanismy zůstává nadále nejasný. Cílem naší studie bylo zjistit, zdali kontinuální krevní tok generovaný mechanickou srdeční podporou ovlivňuje cerebrovaskulární regulační mechanismy (studie A) a hemokoagulaci ve smyslu výskytu komplikací souvisejících s hemokompatibilitou (studie B). Ve studii A byla využita prstová pletysmografie a TCD ultrasonografie k detekci příp. narušení statické cerebrální autoregulace za rozdílného nastavení otáček LVAD modelující akcentovanou, resp. redukovanou reziduální pulzatilitu. Ve studii B byli pacienti s implantovaným LVAD rozděleni dle záchytu vybraných trombofilních mutací na skupinu s ne/prokázanou mutací. U obou skupin byl aplikován individualizovaný antikoagulační protokol. Hodnoceným parametrem pak byl výskyt tromboembolických a hemoragických příhod a přežívání pacientů. Na základě výsledků naší studie jsme neprokázali narušení statické cerebrální autoregulace, což mj. deklaruje neměnný MAP a střední CBF rychlost navzdory variujícím rychlostem, tj. průtoku LVAD. Sledování...
|
|
|
Nové perfluorované látky v životním prostředí
Leifertová, Karolína ; Cajthaml, Tomáš (vedoucí práce) ; Innemanová, Petra (oponent)
Perfluorované sloučeniny jsou rozsáhlá skupina uměle vyrobených chemikálií. I když jsou spojovány s hepatotoxicitou, neurotoxicitou, nefrotoxicitou a karcinogenitou, mechanismus toxicity zůstává stále nejasný. Teprve nedávno byly dvě z těchto sloučenin (kyselina perfloroktanová a perfluorsulfonová kyselina) plošně zakázány. To vedlo k výrobě tzv. "nových perfluorovaných sloučenin". Tato práce se zaměřuje na hodnocení toxicity 4 perfluorovaných sloučenin, včetně nových perfluorovaných sloučenin (kyseliny perfluoroktanové PFOA, perfluorsulfonové kyseliny PFOS, hexafluorpropylenoxid-dimerní kyseliny GenX a hexafluorpropylenoxid trimerní kyseliny HFPO-TA). Pro testování byly využity gonadální a jaterní buněčné linie pstruha duhového. Byly provedeny příslušné testy toxicity, jako jsou testy životaschopnosti (karboxyfluorescein diacetát, alamar blue a příjem neutrální červeně), aktivace cytochromu P450 1A (ethoxyresorufin-o-deethyláza, EROD) a měření tvorby reaktivních forem kyslíku (2',7'-dichlorfluorescin diacetát). HFPO-TA dramaticky snížila životaschopnost a vedla ke statisticky významnému zvýšení intracelulárních reaktivních forem kyslíku. GenX jako jediná způsobila zvýšení aktivity EROD, ale nebyl pozorován žádný efekt na viabilitu či tvorbu reaktivních forem kyslíku. Měření fosfolipidových...
|
|
|
Labor Market Effects of the Working Family Tax Credit on Single Mothers in the UK
Sinani, Sofiana ; Menzel, Andreas (vedoucí práce) ; Žigić, Krešimir (oponent)
The Labor Market Effects of the Working Family Tax Credit on Single Mothers in the UK. Sofiana Sinani August 2022 Bibliographic note SINANI, Sofiana. The Labor Market Effects of the Working Family Tax Credit on Single Mothers in the UK. Prague 2022. Master thesis. Center for Economic Research and Graduate Education - Economics Institute, A joint workplace of Charles University and the Economics Institute of the Czech Academy of Sciences. Thesis supervisor: Andreas Menzel, Ph.D. Abstrakt Working Family Tax Credit (WFTC) byla sociální politika zavedená ve Spojeném Království v roce 1999. Tato politika vytvořila systém finančních pobídek pro rodiče s nízkými příjmy (hlavně matky samoživitelky). Pokud rodiče odpracovali alespoň 16 hodin za týden, obdrželi plný kredit. S rostoucím počtem odpracovaných hodin velikost získaného kreditu klesala, avšak skokově vrostla při odpracování 30 hodin za týden a následně znovu stejným tempem klesala. WFTC přiměla pracovat pouze ty rodiče, kteří před zavedením WFTC nepracovali. Vliv WTFC na počet odpracovaných hodin rodičů pracujících i před zavedením politiky je nejasný. V práci se zabývám vlivem WFTC na počet odpracovaných hodin matek samoživitelek. Využívám k tomu kvantilovou metodu rozdílu v rozdílech (dále...
|
|
|
Non-coding RNAs in oocyte and early embryo
Aleshkina, Daria ; Šušor, Andrej (vedoucí práce) ; Staněk, David (oponent) ; Krylov, Vladimír (oponent)
(česky) Nekódující RNA (ncRNA), které byly dříve považovány za ‚transkripční šum', jsou dnes známé jako klíčové molekuly v hlavních buněčných procesech. NcRNA jsou exprimovány ve vysokých hladinách - pouze 2 % transkribovaného genomu u vyšších eukaryot odpovídá proteinům kódujícím RNA. Je známo, že řada různých ncRNA má strukturní, funkční či regulační role, ale vliv většiny nekódujících transkriptů zůstává nejasný. Mezi ncRNA jsou obzvláště zajímavé dlouhé ncRNA (lncRNAs, delší než 200 bp). LncRNA nemají jednotnou funkci, ale v mnoha studiích byly pozorovány regulace na transkripční a translační úrovni, které jsou založené na regulaci lncRNA. Proto by nové lncRNA mohly pomoct vylepšit syntézu proteinů ve vysoce diferencovaných buněčných typech. Zejména plně dorostlý savčí oocyt a rané embryo vyžadují přesně kontrolovanou translaci maternálních transkriptů k tomu, aby mohla být koordinována meiotická progrese a časný vývoj embrya, zatímco je transkripce umlčena. Zaměřili jsme se tedy na studium zapojení ncRNA do syntézy proteinů a následného vlivu na fyziologii oocytu a raného embrya. Nejdříve jsme analyzovali expresi a distribuci několika ncRNA během meiotického zrání a časného vývoje embrya - jmenovitě BC1 (Brain cytoplasmic RNA 1), Rose (lncRNA in Oocyte Specific Expressed), Rn7sk (RNA Component...
|
|
|
Rozdíly v acetylaci histonů v normoxii a hypoxii
Čepek, Pavel ; Poljaková, Jitka (vedoucí práce) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
Histony a jejich N a C konce podléhají kovalentním modifikacím, které regulují transkripci genů. Mezi histonové modifikace patří methylace, ubikvitinylace, SUMOylace, ADP- ribosylace, fosforylace, prolinová izomerace, deiminace a acetylace. Acetylace histonů je regulována histonacetyltransferasami (HATs) a histondeacetylasami (HDACs). Rovnováha mezi acetylací/deacetylací histonů ovlivňuje kompaktnost chromatinu a podílí se na regulaci genové exprese. U řady lidských nádorů je acetylační rovnováha porušena a může přispívat k rozvoji maligních onemocnění. Inhibitory histondeacetylas (HDACi) umožňují tuto porušenou acetylační rovnováhu vyrovnávat. Jeden z těchto inhibitorů je kyselina valproová (VPA), již používaná k léčbě epilepsie. V několika studiích bylo prokázáno, že VPA vykazuje protinádorové účinky. U nádorových neuroblastomových linií byla zaznamenána např. snížená exprese n-myc onkoproteinu, inhibice buněčného růstu či angiogeneze. Ačkoliv je přesný mechanizmus účinku VPA na nádorové buněčné linie stále nejasný, za jeden z důležitých protinádorových účinků je povážována hyperacetylace histonů H3 a H4. V této práci je ukázáno, že kyselina valproová zvyšuje acetylaci histonů H3 a H4 v lidských neuroblastomových buněčných liniích UKF-NB-3 a SK-N-AS. Nejvyšší acetylace histonu H3 byla v hypoxii...
|
host ::
RSS.