|
|
Kryptosporidiové infekce veverek
ŠVAJLENOVÁ, Kamila
Zkoumali jsme Cryptosporidium spp. infikující veverky obecné (Sciurus vulgaris) z 27 oblastí v České republice a na Slovensku. Zkoumali jsme 157 vzorků trusu, u kterých jsme detekovali oocysty Cryptosporidium spp. u 14 zvířat (21,98 %). Fylogenetická analýza genových sekvencí malých podjednotek rRNA, aktinu a gp60 prokázala přítomnost infekce Cryptosporidium u 14 zvířat. Sekvenční analýza odhalila přítomnost genotypu Cryptosporidium ferret genotyp ve všech pozitivních vzorcích. V populaci veverek byly detekovány tři gp60 subtypy, VIIIb, VIIIc a nový subtyp VIIIe. Výskyt infekce Cryptosporidium se nelišil mezi věkem nebo pohlavím zvířat. Mikroskopická detekce oocyst prokázala infekci pouze u mláďat. Intenzita infekce se pohybovakla od 100000-250000 oocyst na gram trusu. Žádná z přirozeně infikovaných veverek v této studii nevykazovala klinické příznaky. Genotyp Cryptosporidium chipmunk I získaný z přirozeně infikované veverky šedé (Sciurus carolinensis) z Itálie, který byl použit pro experimentální pokusy, byl infekční pro myši ((Mus musculus; kmeny SCID; C57BL/6J; CD4-/- a CD8-/-), fretky (Mustela putorius furo) a veverky obecné s prepatentním obdobím 10, 4, 4, 4, 4 a 11 dní po infekci. Oocysty Cryptosporidium chipmunk genotyp I měřily 5,64 (5,50-5,89) × 5,37 (4,86-5,60) m (index tvaru 1,05 (1,01-1,14)). Všechny myši kromě kmene SCID se infekce zbavily do 8 až 18 dnů po infekci. Klinická kryptosporidióza se projevovala u SCID myší, fretek a veverek, ale pouze veverky trpěly těžkým průjmem a infekce pro ně byla smrtelná. SCID myši představují vhodný laboratorní model pro pomnožování genotypu Cryptosporidium chipmunk genotyp I.
|
|
|
Genotypizace vybraných kandidátních markerů rezistence proti lentivirovým infekcím malých přežvýkavců
FARKOVÁ, Barbora
Lentivirové infekce malých přežvýkavců (SRLV - Small Ruminant Lentiviruses) známé jako onemocnění maede-visna u ovcí a virová artritida a encefalitida u koz jsou rozšířené po celém světě a způsobují značné ekonomické ztráty. Lentivirová onemocnění byla zahrnuta do aktuální Metodiky kontroly zdraví zvířat a nařízené vakcinace pro chovy zařazené v kontrole užitkovosti. Kontrolní programy jsou zpravidla založené na sérologickém screeningu a následně jsou sérologicky pozitivní zvířata vyřazena z chovu. V literárním přehledu uvádím významné lentiviry včetně těch, které nebyly předmětem analýz. Cílem této práce byl screening výskytu lentivirových infekcí u malých přežvýkavců v České republice a dále pak genotypizace vybraného kandidátního markeru a nalezení genotypu souvisejícího s možností genové rezistence. Celkem bylo odebráno přes 3200 vzorků krve ovcí a koz u chovatelů v rámci celé České republiky. Genotypizace byla provedena u stád, kde byl zachycen výskyt sérologicky pozitivních zvířat. Amplifikace zkoumané sekvence DNA byla prováděna pomocí PCR (Polymerase chain reaction) analýzy, při správné amplifikaci daného úseku následovala sekvenační analýza a výsledky byly statisticky vyhodnoceny. V mé práci jsem došla k závěru, že v České republice byl dosud zachycen výskyt 2 z 5 možných genotypů SRLV (genotyp A a B) a distribuce různých subtypů u ovcí a koz. Největší rozdíly vykazovaly sekvence u genotypu A, kde jedna skupina izolátů vykazovala možnost zařazení do zcela nového subtypu. U ovcí se podařilo identifikovat všechny tři genotypy genu TMEM154. Výskyt sérologicky pozitivních byl statisticky významně vyšší u zvířat s rizikovým genotypem. Z důvodu možné mutace viru a vzniku nového subtypu genotypu A je pravděpodobnost větší adaptace viru pro napadení a infekci jedinců s více rezistentním genotypem. U koz byl prokázán pouze jeden genotyp, takže zde s největší pravděpodobností nelze najít marker související s rezistencí proti SRLV infekcím.
|
|
|
Molecular characterization and zoonotic potential of Giardia intestinalis populations from pets.
Hammerbauerová, Iva ; Tůmová, Pavla (vedoucí práce) ; Votýpka, Jan (oponent)
Giardia intestinalis je jednobuněčný střevní parazit infikující lidi i zvířata. Druh je dělen na osm genetických skupin, asambláží, s různou hostitelskou specifitou. Vzorky stolice 99 psů, 61 koček a 22 činčil z českých domácností, útulků a chovatelských stanic byly vyšetřeny na přítomnost G. intestinalis pomocí mikroskopie a metody PCR. Nalezené populace byly pomocí vícelokusového genotypizačního schématu přiřazeny do asambláží s cílem zmapovat výskyt zoonotických asambláží A a B a odhadnout tak riziko přenosu giardií z domácích mazlíčků na člověka. Prevalence parazita u vyšetřených psů byla 36,4 %. Většina infekcí psů byla způsobena asamblážemi D a C, které jsou specifické pro psy. Také byly nalezeny ojedinělé infekce asambláží F a směsné infekce asamblážemi A+D, A+F, B+D, C+D a D+F. Prevalence u vyšetřených koček byla 14,8 %. U koček také převažovaly psí asambláže C a D. Ojediněle byly nalezeny infekce asambláží A nebo F, která je specifická pro kočky. Nejvyšší prevalence, 85,7 %, byla zaznamenána u činčil. Většina infekcí u činčil byla způsobena zoonotickou asambláží B (88,9 %). Nalezené sekvence byly porovnány se sekvencemi získanými ze vzorků zvířat s klinicky manifestní giardiózou, ale identické sekvence mezi těmito dvěma soubory nebyly nalezeny. Podstata směsných infekcí byla studována pomocí...
|
|
|
The role and function of stromal enzymes in keratoconus pathogenesis
Ďuďáková, Ľubica ; Jirsová, Kateřina (vedoucí práce) ; Svozílková, Petra (oponent) ; Ardan, Taras (oponent)
Lubica Dudakova Doctoral Thesis ABSTRAKT Keratokonus (KC) je nezánětlivé onemocnění rohovky, při kterém se rohovka ztenčuje a vyklenuje pravděpodobně v důsledku poruch ve vazbě kolagenních vláken. Je jednou z nejčastějších indikací k transplantaci rohovky. KC je multifaktoriální onemocnění, na jehož vzniku se podílí i genetické faktory, nicméně přesná příčina onemocnění ani její mechanismus nebyly zatím objasněny. Cílem práce bylo porovnat výskyt a aktivitu enzymů lysyl oxidáz (LOX a LOX-like enzymy), které katalyzují vznik vazeb mezi elastinovými a kolagenními vlákny v kontrolních lidských rohovkách a v explantátech získaných při transplantaci od pacientů s KC. Zaměřili jsme se i na onemocnění asociované s výskytem KC a pokusili se najít jejich společné znaky. Provedli jsme studii ověřující asociaci jednonukleotidovych záměn (SNPs) v genech pro LOX a hepatocytární růstový faktor (HGF) s výskytem KC. V našem výzkumu jsme použily metody buněčné a molekulární biologie (tkáňové kultury, imunohisto- a imunocytochemie, mikroskopie, měření aktivity enzymů pomocí fluorometrie, genotypování a přímé sekvenování) a statistickou analýzu. Prokázali jsme přítomnost celé rodiny lysyl oxidáz v kontrolní i KC rohovce, ve které jsme pozorovali pokles intenzity a nepravidelné rozmístění LOX, propeptidu LOX, LOXL2 a LOXL3....
|
|
|
Nutrigenetická analýza metabolického syndromu: role chromozomu 4 spontánně hypertenzního kmene potkana
Petrů, Karolína ; Šeda, Ondřej (vedoucí práce) ; Malínská, Hana (oponent)
Metabolický syndrom (MetS) je komplexní onemocnění, na jehož patogenezi se podílí řada interagujících genů, faktory epigenetické a komponenta prostředí. Z analýzy genetických aspektů MetS u experimentálních modelů vyplynulo, že řada definujících parametrů MetS je ve vazbě s oblastmi chromozomu 4 laboratorního potkana. Pro ověření těchto lokusů kvantitativních znaků (QTL) byl vytvořen dvojitě kongenní kmen, u kterého jsou části chromozomu 4 spontánně hypertenzního kmene potkana (SHR, inbrední model MetS) vneseny na genomické pozadí kongenního kmene Brown Norway (BN-Lx). Cílem diplomové práce je detailně geneticky zmapovat diferenciální segment tohoto dvojitě kongenního kmene BN-Lx.SHR4, porovnat jeho metabolický profil za podmínek diet o různém obsahu sacharidů a tuků a identifikovat pomocí komparace sekvencí a genové exprese kandidátní geny či polymorfismy pro aspekty MetS, resp. potenciální nutrigenetické interakce. Klíčová slova: nutrigenetika, experimentální modely, metabolický syndrom, kongenní kmen, genotypizace, potkan
|
|
|
Geneticky podmíněná onemocnění rohovky: možnosti včasné detekce, ovlivnění vzniku a progrese.
Skalická, Pavlína ; Lišková, Petra (vedoucí práce) ; Netuková, Magdaléna (oponent) ; Vlková, Eva (oponent)
SOUHRN Úvod: Rozvoj molekulárně genetických metod vyvolal v řadě oborů potřebu jejich zařazení do běžné klinické praxe, oftalmologii nevyjímaje. Hlavním cílem této disertační práce byla detailní klinická charakterizace českých pacientů s podezřením na dědičná onemocnění rohovky, využití genetického testování ke stanovení nebo upřesnění jejich diagnózy a následně pak i v klinickém a genetickém poradenství, v konečném důsledku vedoucí k preventivním opatřením bránícím ztrátě zrakové ostrosti. Materiál a metody: Jedinci zařazeni do výzkumu byli buď dlouhodobě sledováni, nebo nově odesláni oftalmology ke konziliárnímu vyšetření na Rohovkovou ambulanci Oční kliniky 1. LF UK a VFN v Praze. Detailní klinické vyšetření zahrnovalo rohovkovou tomografii, zrcadlovou mikroskopii, optickou koherenční tomografii se spektrální doménou, biometrii a genealogickou analýzu. DNA byla izolována z leukocytů venózní krve, popř. buněk bukální sliznice. Příčinné varianty byly hledány pomocí Sangerova a masivně paralelního sekvenování a jejich patogenita prokazována pomocí různých algoritmů, sledováním segregace u rodinných příslušníků. V některých případech bylo přistoupeno i k funkčním studiím, např. analýze sestřihu. U pacientů s Fuchsovou endotelovou dystrofií rohovky (FECD) bylo provedeno genotypování trinukleotidové repetice v...
|
|
|
MHC And KIR Genotyping Of Macaques In HIV Infection Research
Matula, Jan
Modern research of viral diseases relies on genomic data processing. Not only is the sequence of a virus important, genomic sequence of specific receptors in affected organisms also plays an important role. In this paper, a novel package for processing of next generation sequencing data in infectious disease written using R/Bioconductor language is proposed. Functionality of the package, including implementation of advanced SSAHA algorithm for fast database searches, in demonstrated using genotyping of genes for MHC and KIR receptors of HIV positive macaques.
|
|
|
Genotypizace bakterií na základě teploty tání oligonukleotidů
Šandová, Hana ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá genotypizačními metodami, které využívají teplotu tání oligonukleotidů. V teoretické části je popsána DNA, je vysvětlen pojem typizace a jsou zde popsány laboratorní i výpočetní metody genotypizace. V praktické části byly v programovacím prostředí MATLAB navrženy funkce pro výpočet teploty tání ze sekvence a pro jejich spuštění bylo vytvořeno grafické uživatelské prostředí. Dále byla zpracovávána reálná data změřená pro 52 izolátů bakterie Klebsiella pneumoniae poskytnutá FN Brno. Byly porovnávány laboratorně určené teploty tání s teoretickými výpočty. Nakonec bylo zjišťováno, zda je možná klasifikace bakterií shlukovacími metodami na základě teoreticky vypočtených teplot tání oligonukleotidů.
|
|
|
Bioinformatic analysis of single nucleotide polymorphisms in the 1000 Genomes Project database
Parobková, Viktória ; Roy, Sudeep (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
The whole-Genome sequencing and its variations discovery were challenging for many years. The knowledge of all genetic variations is remarkably beneficial in disease research. The bachelor thesis is dedicated to human genetic variations and its two main research projects, the HapMap Project and the 1000 Genomes Project which notably helped the disease analyses. The first part describes both Projects and the following part explains the structure of their databases and presents software which enables to browse and download data from these projects. At last, statistical, population and bioinformatic analyses are performed on structural variant dataset assembled by the 1000 Genomes Project.
|
|
|
Automatic Genotyping Of Bacteria By Rep-Pcr
Pelikánová, Veronika
This paper deals with automatic genotyping of bacteria by rep-PCR. The main goal is to create a program to analyze bacterial type in the samples. The result of the algorithm is phylogenetic tree, which indicates the cluster of samples according to bacterial type. This program consists of two main parts, a transformation function to reduce distortion of data and a clustering apparatus to bacterial type classification.
|
host ::
RSS.