|
|
Mutations in MLH1 gene and MSI status as molecular characteristics of sporadic colorectal cancer
Čaja, Fabián
Kolorektální karcinom (CRC) je jedním z nejrozšířenějších maligních onemocnění v České republice. Obecně existují dvě molekulární dráhy vedoucí k CRC: první je dráha chromozomální nestability, druhá pak souvisí s poruchou reparace chybně zpárovaných bází DNA (MMR). Gen MutH homologue 1 (MLH1) je jedním z členů genové rodiny opravy chybného párování bazí (MMR) a představuje klíčovou součást systému MMR, zodpovědného ve spolupráci s dalšími významnými proteiny za opravu poruch párování v DNA, vzniklých během replikace. Jak vyplývá z literatury, somatické mutace v MMR genech, včetně genu MLH1, jsou atributem sporadické formy CRC s deficientním MMR systémem. Cílem této práce byla analýza somatických změn v MLH1 genu a stanovení statutu mikrosatelitové nestability (MSI) v souboru 99 DNA vzorků od 96 pacientů s diagnózou sporadické formy CRC. Mutace byly detekovány pomocí HRM techniky. Pozitivní vzorky byly následně ověřovány automatickým sekvenováním. V genu MLH1 byly nalezeny především genové varianty: Identifikovali jsme dvě nové varianty, jednu v exonu 2 na pozici c.. 204 C>G, p. Ile68Met (98 C/C, 1C/G) a druhou v exonu 11 na pozici c. 973 C>T, p. Arg325Trp (98 C/C, 1 C/T). Pouze varianta c.. 204 C>G byla stanovena jako somatická, všechny další varianty byly tzv. "germ line" (varianty zárodečné...
|
|
|
Optimalizace metodiky pro stanovení volné nádorové DNA v plazmě a její klinické využití u pacientů s karcinomy kolorekta, plic a slinivky břišní
Belšánová, Barbora ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Vyšetření cirkulující nádorové DNA (ctDNA) v periferní krvi onkologických pacientů nachází v dnešní době stále širší uplatnění, a to napříč různými nádorovými onemocněními. Jedná se o krátké fragmenty DNA pocházející z nádorové tkáně, které se volně vyskytují v periferní krvi těchto pacientů (převážně v pokročilých stádiích). Díky minimální invazivitě, téměř 100 % specificitě a poměrně vysoké sensitivitě u pacientů ve IV. stádiu onemocnění má toto vyšetření potencionální klinický význam zejména v časném záchytu návratu či progrese onemocnění po resekci tumoru (tzv. pooperační follow-up), predikci a sledování odpovědi na léčbu a odhadu prognózy onemocnění. Vzhledem však k velmi limitním hladinám ctDNA na pozadí vysoké koncentrace ostatních nenádorových fragmentů v plazmě pacientů je pro správnou diagnostiku tohoto markeru zcela klíčová použitá metodika vykazující co nejvyšší záchyt. Ta je zpravidla založena na nalezení mutace v tumorové tkáni a jejím následném průkazu v plazmě. Tato práce je zaměřena na optimalizaci izolace ctDNA a metodiky její detekce na principu PCR s následnou analýzou heteroduplexů pomocí denaturační kapilární elektroforézy (DCE) s cílem dosáhnout co nejvyšší záchyt mutované frakce ve vzorku plazmy. Optimalizovanou metodou jsem vyšetřila přítomnost ctDNA u tří typů nádorových...
|
|
|
Využití nových biomarkerů pro zefektivnění diagnostiky a optimalizace léčby nádorů trávicího traktu
Šafanda, Martin ; Kučera, Radek (vedoucí práce) ; Fínek, Jindřich (oponent) ; Svobodová, Šárka (oponent)
Využití nových biomarkerů pro zefektivnění diagnostiky a optimalizaci léčby nádorů trávicího traktu Úvod: Nádorové markery patří ke standardním diagnostickým prostředkům. Uplatňují se především v monitorování průběhu onemocnění a ke kontrole úspěšnosti léčby. Důležité je sledování dynamiky změn. Změna hladiny biomarkeru může předcházet klinické manifestaci a tím vést k časné diagnostice relapsu, a to ve svém důsledku znamená zlepšení kvality života včetně prodloužení přežití. Poslední dobou se setkáváme s řadou diagnostických algoritmů, kdy se za pomoci statistických metod navrhují algoritmy výpočtů odhadu rizika přítomnosti nádoru, či rizika progrese nádorového onemocnění. Cíle práce: Cílem práce je ověřit nové biomarkery pro diagnostiku rakoviny žaludku a vypracovat optimální algoritmus jejich použití. Dále posoudit význam stanovení cytokeratinových markerů - Tkáňový polypeptidický antigen (TPA) a Tkáňový polypeptidický specifický antigen (TPS) pro diagnostiku metastatického kolorektálního karcinomu v játrech a provedení pilotní studie hladin FGF23 u osob s kolorektálním karcinomem a dalšími nádory trávicího ústrojí. Metody a soubory nemocných: Pro analýzu pacientských vzorků byly použity metody na principu imunoradiometric- kého, chemiluminiscenčního, enzymoimunoanalytického a fluorescenčního...
|
|
|
Charakterizace nádorového supresoru Hypermethylated in cancer 1 (Hic1) a jeho nových cílových genů v rámci střevního epitelu a rakoviny střeva
Baloghová, Nikol ; Janečková, Lucie (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Kolorektální karcinom je celosvětově jedním z nejčastějších nádorových onemocnění. Nejen genetické, ale i epigenetické změny hrají významnou roli v jeho vzniku a progresi. Jedním z genů, které často podléhají epigenetickému umlčování nebo ztrátě v mnoha typech lidských nádorů, je tumor supresor Hypermethylated in Cancer 1 (HIC1). Tento gen kóduje transkripční represor, který je schopen regulovat transkripci svých cílových genů přímo, anebo nepřímo. Dodnes bylo identifikováno jen dvanáct genů, jejichž exprese je regulována HIC1. Tyto geny kódují transkripční faktory, regulátory buněčného cyklu a apoptózy, nebo proteiny účastnící se angiogeneze, buněčné migrace a invazivity. Za využití podmíněné delece Hic1 v myších embryonálních fibroblastech jsme odhalili šest nových genů, jejichž exprese by mohla být potlačována Hic1. Jedním z nich je Toll-like receptor 2 (Tlr2). V této práci se nám podařilo dokázat, že Tlr2 je jedním z cílových genů Hic1 a že inaktivace Hic1 ve střevě vede ke zvýšení produkce Tlr2. Zároveň jsme po deleci Hic1 pozorovali intenzivnější prozánětlivou odpověď ve střevě s chemicky indukovanou kolitidou a zvýšenou tvorbu nádorů u myší ApcMin . Expresním profilováním lidských embryonálních fibroblastů po snížení exprese Hic1 jsme odhalili zvýšenou expresi jiného potenciálně cílového genu,...
|
|
|
Cirkadiánní regulace miRNA a hodinami řízených genů v procesu tumorigeneze
Balounová, Kateřina ; Pácha, Jiří (vedoucí práce) ; Bendová, Zdeňka (oponent)
Cirkadiánní hodiny generují cirkadiánní rytmus, jenž se podílí na regulaci většiny signalizačních drah organismu, včetně buněčného cyklu a apoptózy. Narušení mechanismu cirkadiánních hodin vede ke zvýšenému riziku vzniku a progrese tumoru. Při neoplastické transformaci kolonu byla prokázaná změněná regulace klíčových procesů souvisejících s proliferací, diferenciací a apoptózou. Dalším regulačním mechanismem zasahujícím do regulace klíčových drah souvisejících s tumorigenezí jsou miRNA. Cílem této diplomové práci bylo metodou kvantitativní RT-PCR zjistit existenci cirkadiánního rytmu exprese hodinami přímo kontrolovaných genů (Tef, Dbp), miRNA (miR-1-3p, miR-16-5p, miR-34a-5p, miR-155-5p, miR-192-3p) a genů buněčného cyklu (Ccnd1, Ccne1, Ccna1, Ccnb1) a apoptózy (Casp3, Bcl2, Bad) v kolonu myší a následně porovnat změny cirkadiánní rytmicity během stárnutí a při neoplastické transformaci kolonu. Naší analýzou byla detekována cirkadiánní rytmicita exprese Tef, Dbp, Ccne1, Ccna1, Ccnb1, Casp3 a Bcl2 v kolonu mladé myši, Tef, Dbp, miR-1-3p, Ccne1 a Ccna1 v kolonu staré myši a Tef a Dbp v kolorektálním tumoru. Zjistili jsme, že cirkadiánní rytmus exprese hodinami přímo kontrolovaných genů je utlumen, ale zachován během neoplastické transformace kolonu. Naproti tomu cirkadiánní rytmicita miRNA a genů...
|
|
|
The effects of bacterial lysates on the gut barrier function and microbiota composition
Zákostelská, Zuzana ; Tlaskalová - Hogenová, Helena (vedoucí práce) ; Prokešová, Ludmila (oponent) ; Rada, Vojtěch (oponent)
Dynamické molekulární interakce, které neustále probíhají mezi střevní sliznicí a mikroflórou hrají důležitou roli ve vytvoření a následném udržení sližniční homeostázy. Aberantní odpovědi slizničního imunitního systému na jinak neškodné složky střevní mikroflóry mohou vést ke vzniku mnoha onemocnění jako například nespecifických střevních zánětů. Cílem této práce bylo popsat vliv a schopnost komensálních a probiotických bakterií na vznik patologické nebo naopak zdraví prospěšné reakce hostitele. Jedním z nejdůležitějších faktorů pro vývoj imunitního systému je kontakt s mikrobiálními komponentami. V této práci ukazujeme, ževe vývoji imunitního systému jedince existuje takzvané časové okno (u myší do tří týdnu), které umožnuje artificiální kolonizaci bezmikrobních myší perorálním podánímjedné dávky střevního obsahu. Kolonizace v pozdějším věku zbůsobí nevratné změny v reaktivitě imunitního systému. V této práci jsme popsali, že části mrtvých komensálních a probiotických bakterií na jako je například Parabacteroides distasonis (mPd) a L. casei DN-114 001 (Lc) mají protizánětlivý účinek v experimentálním modelu střevního zánětu. Mechanismus působení bakteriálního lyzátu L. casei DN-114 001 je následující a) zlepšuje bariérovou funkci střeva b) upravuje dysbiosu ve střevě a za c) moduluje slizniční imunitní...
|
|
|
Mutations in MLH1 gene and MSI status as molecular characteristics of sporadic colorectal cancer
Čaja, Fabián ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Kadlecová, Jitka (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) je jedním z nejrozšířenějších maligních onemocnění v České republice. Obecně existují dvě molekulární dráhy vedoucí k CRC: první je dráha chromozomální nestability, druhá pak souvisí s poruchou reparace chybně zpárovaných bází DNA (MMR). Gen MutH homologue 1 (MLH1) je jedním z členů genové rodiny opravy chybného párování bazí (MMR) a představuje klíčovou součást systému MMR, zodpovědného ve spolupráci s dalšími významnými proteiny za opravu poruch párování v DNA, vzniklých během replikace. Jak vyplývá z literatury, somatické mutace v MMR genech, včetně genu MLH1, jsou atributem sporadické formy CRC s deficientním MMR systémem. Cílem této práce byla analýza somatických změn v MLH1 genu a stanovení statutu mikrosatelitové nestability (MSI) v souboru 99 DNA vzorků od 96 pacientů s diagnózou sporadické formy CRC. Mutace byly detekovány pomocí HRM techniky. Pozitivní vzorky byly následně ověřovány automatickým sekvenováním. V genu MLH1 byly nalezeny především genové varianty: Identifikovali jsme dvě nové varianty, jednu v exonu 2 na pozici c.. 204 C>G, p. Ile68Met (98 C/C, 1C/G) a druhou v exonu 11 na pozici c. 973 C>T, p. Arg325Trp (98 C/C, 1 C/T). Pouze varianta c.. 204 C>G byla stanovena jako somatická, všechny další varianty byly tzv. "germ line" (varianty zárodečné...
|
|
|
Využití molekulárně-genetických metod při výzkumu kolorektálního karcinomu
Janáková, Tereza ; Škutková, Helena (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je analýza mutací v genech KRAS, BRAF a PIK3CA. Úvodní část je věnována kolorektálnímu karcinomu obecně. Následující části se zabývají úvodem do genetiky zhoubného bujení, popisem genů, které hrají u kolorektálního karcinomu důležitou roli (KRAS, BRAF a PIK3CA), molekulárně-genetickými metodami, které jsou v genetice hojně využívány (PCR), a metodami detekce mutací. Následně byl navržen způsob detekce mutací, jenž spočíval především ve využití PCR a komerčních kitů. Navazující kapitola "Výsledky analýzy mutací" obsahuje podrobné grafické znázornění výskytu mutací. Frekvence mutací byly porovnány s publikovanými údaji a s údaji laboratoře v Plzni a v Praze. V závěru práce jsou shrnuty výsledky analýzy mutací a možný přínos do budoucna.
|
|
|
Primární a sekundární prevence kolorektálního karcinomu u osob nad 50 let
HORNÍKOVÁ, Kateřina
Jak je z názvu patrné, práce se zabývá primární a sekundární prevencí kolorektálního karcinomu u osob nad 50 let. Kolorektální karcinom, tedy nádorové onemocnění tlustého střeva a konečníku, je závažné onemocnění, jehož výskyt se neustále zvyšuje. Česká republika má jeden z nejvyšších výskytů tohoto onemocnění a dosahuje na přední příčky v celosvětových statistikách. Ročně je u nás kolorektální karcinom zjištěn přibližně u 8000 osob a přibližně 4000 pacientů na toto onemocnění každoročně umírá. Zprostředkovanou zkušenost s kolorektálním karcinomem mají téměř 4 lidé z deseti, kteří uvádějí, že v jejich blízkém okolí někdo touto chorobou onemocněl. Velmi důležitý je proto včasný záchyt tohoto onemocnění. Prevence a diagnostika hraje zásadní roli, protože včasně detekované nádory lze dobře léčit. Uvádí se, že z 60 až 80 procent ovlivňuje vznik karcinomu právě životní styl a správná životospráva, dostatek pohybu, zdravé jídlo s přiměřeným podílem vlákniny a vitamínů. Onemocněním jsou ohroženi hlavně lidé po padesátém roce věku a osoby s genetickými predispozicemi. Diplomová práce je rozdělená na teoretickou a praktickou část. Teoretická část se skládá z několika kapitol. Nejprve se věnuji základní anatomii a fyziologii tlustého střeva a konečníku. Dále se zabývám samotným kolorektálním karcinomem, jeho vznikem, příznaky, výskytem či epidemiologickými aspekty onemocnění v České republice. Zabývám se rizikovými faktory kolorektálního karcinomu, ke kterým řadíme věk, životní styl a také dědičné predispozice. Velká část práce je věnována prevenci kolorektálního karcinomu. Zaměřuji se na primární i sekundární prevenci, včetně testu na okultní krvácení do stolice a kolonoskopie. Na závěr se zmiňuji o diagnostice a léčbě kolorektálního karcinomu. V praktické části byla využita výzkumná data získána kvantitativní dotazovací metodou, pomocí dotazníku. Dotazník byl anonymní a skládal se z 32 otázek. První část otázek byla zaměřena na základní informace o respondentech. Další otázky se již týkaly informovanosti dotazovaných o kolorektálním karcinomu, jeho rizikových faktorech a možné prevenci. Zjišťovala jsem postoje respondentů k životnímu stylu, jejich zájem o nádorová onemocní obecně. I to zda pravidelně navštěvují praktického lékaře. Podstatná část dotazníku byla věnována otázkám ohledně testu na okultní krvácení a kolorektálnímu screeningu. Dotazník byl určen pro osoby nad 50 let. Celkem bylo rozdáno 350 dotazníků. 304 dotazníků jsem následně použila pro svůj výzkum. 46 dotazníků jsem musela vyřadit pro nesprávné vyplnění, chybějící odpovědi nebo se mi dotazník vůbec nevrátil. Návratnost tedy byla 86,9 %. Cílem diplomové práce bylo zmapovat informovanost o rizikových faktorech kolorektálního karcinomu. Zjistit informovanost o možnostech sekundární prevence kolorektálního karcinomu a to zda lidé dochází na pravidelná screeningová vyšetření. Zjišťovala jsem také význam medializace a s tím související zájem o tuto problematiku. Zajímalo mě, zda existuje rozdíl mezi pohlavími v zájmu absolvovat kolorektální screeningové vyšetření. Ve výzkumu byly stanoveny čtyři hypotézy. Hypotéza 1: Osoby nad 50 let jsou informované o rizikových faktorech kolorektálního karcinomu. Tato hypotéza se potvrzuje. Hypotéza 2: Osoby nad 50 let znají možnosti sekundární prevence kolorektálního karcinomu. Tato hypotéza se potvrdila pouze částečně. Hypotéza 3: Rozdíl v počtu absolvování kolorektálního screeningového vyšetření u žen nad 50 let je statisticky významnější než u mužů nad 50 let. Tato hypotéza se u vyšetření na okultní krvácení nepotvrdila. Muži ale častěji podstoupili kolonoskopické vyšetření. Hypotéza 4: Zájem o absolvování kolorektálního screeningového vyšetření stoupá s výší dosaženého vzdělání. Vlastní podíl těch, kteří podstoupili vyšetření na okultní krvácení nebo kolonoskopii, se v závislosti na vzdělání nijak neliší, proto se hypotéza číslo 4 nepotvrzuje.
|
|
|
Úloha sestry v prevenci kolorektálního karcinomu v ordinaci praktického lékaře pro dospělé.
TETÍKOVÁ, Hana
Současný stav: Česká republika patří mezi státy s vysokým výskytem kolorektálního karcinomu. Teoretická část práce obsahuje základní informace o karcinomu tlustého střeva a konečníku. Zabývá se jeho příčinami, příznaky i léčbou. Podrobněji je rozpracována prevence kolorektálního karcinomu, primární, sekundární i terciární. Důkladně zpracována je zde i role sestry v této prevenci v ordinaci praktického lékaře pro dospělé. Cíle: Hlavním záměrem práce bylo zjistit informovanost pacientů o prevenci kolorektálního karcinomu a zároveň zmapovat úlohu sestry v této prevenci v ordinaci praktického lékaře pro dospělé. Metodika: Byly zvoleny dvě metody výzkumného šetření, kvantitativní a kvalitativní. Získaná data byla dána do datové matice, vyhodnocena pomocí kontingenčních tabulek a pro statistické testování byl zvolen jednovýběrový t test, dvouvýběrový t test a chí kvadrát test. Druhou použitou metodou výzkumného šetření byl kvalitativní výzkum, kde sběr dat probíhal na základě strukturovaného rozhovoru. Rozhovory byly písemně zaznamenány. Analýzou rozhovorů metodou otevřeného kódování vznikly čtyři kategorie: Primární prevence kolorektálního karcinomu, Sekundární prevence kolorektálního karcinomu, Imunochemický test na okultní krvácení a Terciární prevence kolorektálního karcinomu. Výzkumný soubor: První výzkumný soubor se skládal z pacientů, kterým bylo 50 a více let věku. Druhý výzkumný soubor tvořilo pět sester pracujících v ordinaci praktického lékaře pro dospělé. Výsledky: Prvním cílem práce bylo zjistit informovanost pacientů o prevenci kolorektálního karcinomu. Pro splnění prvního cíle výzkumné práce byly stanoveny čtyři hypotézy. První hypotéza zněla: "Pacienti jsou informovaní o prevenci kolorektálního karcinomu." V testu dosažená hladina významnosti byla 48,1 %, tudíž hypotéza 1 byla potvrzena. U informování pacientů o primární prevenci jsme zjistili rezervy. Pacienti jsou informováni hlavně o sekundární prevenci. Výzkum prokázal, že ve screeningu kolorektálního karcinomu nejsou podchyceni pacienti, kteří navštěvují praktického lékaře jen velmi sporadicky. Proto je dobře, že od ledna 2014 se spouští projekt adresného zvaní cílové populace pro screening kolorektálního karcinomu. Druhá hypotéza předpokládala, že "Informovanost respondentů o prevenci kolorektálního karcinomu se neliší podle pohlaví." Dosažená hladina významnosti byla 2,2 %, tudíž hypotéza 2 se zamítá a platí, že informovanost respondentů se liší dle pohlaví. Výsledky výzkumu prokázaly lepší informovanost žen než mužů. Například více žen je přesvědčeno, že kouření má vliv na vznik onemocnění kolorektálního karcinomu. Třetí hypotéza měla potvrdit či vyvrátit tvrzení: "Ve městě i na vesnici je stejná informovanost o prevenci kolorektálního karcinomu." Dosažená hladina významnosti byla 1,2 %, a proto se hypotéza 3 zamítá. Výzkum prokázal větší informovanost pacientů žijících ve městě. Poslední čtvrtá hypotéza zněla: "Pacienti mají informace o prevenci kolorektálního karcinomu z ordinace praktického lékaře pro dospělé." Dosažená hladina významnosti byla 88,6 %, proto výsledky výzkumu nám potvrzují správnost hypotézy 4. Respondenti jsou informováni o prevenci kolorektálního karcinomu v ordinaci praktického lékaře. Druhým cílem práce bylo zmapovat úlohu sestry v prevenci kolorektálního karcinomu v ordinaci praktického lékaře pro dospělé. Ke splnění cíle jsme si stanovili výzkumnou otázku: "Jakou úlohu má sestra v prevenci kolorektálního karcinomu v ordinaci praktického lékaře pro dospělé?" Sestra má nezastupitelnou a velmi specifickou úlohu v této prevenci.
|
host ::
RSS.