|
|
Photoaffinitive conjugation of biomolecules
Masárová, Petra ; Slanina, Tomáš (vedoucí práce) ; Vrábel, Milan (oponent)
Foto-click chémia zahŕňa skupinu foto-aktivovateľných click reakcií, ktoré sú význačné presnou priestorovou a časovou kontrolou, vysokou selektivitou a kvantitativnými výťažkami. Táto práca sa zameria na niekoľko hlavných tried svetlom kontrolovaných reakcií a pokúsi sa popísať ich chémiu v reverzibilných (nukleofilných) a ireverzibilných (cykloadičných a Diels- Alderových) reakciách iniciovaných po ožiarení fotoaktívneho prekurzoru. Derivatizáciou fotoaktívnych prekurzorov je možné posunúť absorpciu látky do viditelného spektra a teda uskutočniť nedeštruktívnu excitáciu in vivo, čo ponúka značný potenciál v biologicky zameranom výskume. Význam click fotochémie spočíva v neobyčajnej selektivite, ktorá umožňuje, aby reakcie prebiehali v komplexných, nekontrolovaných biologických prostrediach. Foto-aktivovateľné prekurzory je možné konjugovať s biologicky významnými skupinami, čo predstavuje metódu častokrát využívanú vo fotoafinitnom značení. Reaktivita fotoaktívnych substrátov voči biologickým nukleofilom bola skúmaná v rôznorodých oblastiach aplikovaného výskumu - popis a diskusia recentného úsilia bude taktiež témou tejto práce.
|
|
|
Novel fluorescent nucleotides for metabolic labelling and for the construction of DNA probes
Kuba, Miroslav ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Slanina, Tomáš (oponent) ; Míšek, Jiří (oponent)
Cílem této dizertační práce byla syntéza nových nukleosidů, nukleotidů a příslušných DNA sond nesoucích různé fluorescenční značky pro bioanalytické aplikace. V první části práce byl pomocí Sonogashiry cross-kapling reakce syntetizován 2'-deoxycytidin a jeho trifosfát nesoucí imidazolinový fluorofor na bázi tryptofanu. Daný fluorofor vykazoval citlivost na pH a viskozitu. Nukleotid byl použit pro konstrukci modifikovaných oligonukleotidů (ON) a DNA prodlužováním primeru (PEX) nebo polymerázovou řetězovou reakcí (PCR). Značená ON sonda byla použita pro snímání interakce se single-strand vazebným proteinem, což vedlo ke zvýšení intenzity fluorescence modifikovaného ON. Dále byl připraven thymidin a thymidin-5'-O-trifosfát, nesoucí benzyliden- tetrahydroxanthyliový fluorofor, pomocí mědí katalyzované azid-alkynové cykloadice (CuAAC). Fluorescence fluoroforu je závislá na polaritě a viskozitě prostředí. Inkorporace modifikovaného nukleotidu do DNA pomocí PEX nebo PCR vedlo k dramatickému zvýšení fluorescence, pravděpodobně díky interakcím fluoroforu ve velkém žlábku. Bohužel, modifikovaný nukleotid nebyl vhodný pro vizualizace v buňkách kvůli své cytotoxicitě. Modifikovaná dsDNA byla použita jako fluorescenční sonda pro snímání interakcí s malými molekulami a proteiny změnou fluorescence. Nakonec byl...
|
|
|
Photoactivatable Compounds
Slanina, Tomáš
Práce zahrnuje tři projekty zaměřené na syntézu fotoaktivovatelných molekul a studium jejich fotoreaktivity. První projekt představuje nový koncept - fotoodstupitelnou chirální pomocnou látku. Benzoinová fotoodstupitelná chránicí skupina byla použita jako chirální pomocná látka indukující enantioselektivitu v Dielsově-Alderově reakci cyklopentadienu a chráněného akrylátu. Byly optimalizovány reakční podmínky a struktura chromoforu při dosažení až 96 % enantiomerního nadbytku vzniklého norbornenátu. Následné odstranění pomocné látky bylo provedeno pomocí ozáření UV světlem, bezestopým reagentem, ve vysokém chemickém výtěžku (>85 %). Druhý projekt obsahuje pokusy o syntézu derivátu flavinu. Struktura fenantrolin-flavinu byla navržena tak, aby byla schopna fotokatalyzovat jak oxidace, tak redukce. Byly zkoumány tři různé vícekrokové reakční cesty vedoucí k jeho přípravě a bylo připraveno a plně charakterizováno několik nových uracilových a fenantrolinových derivátů. Poslední krok všech reakčních cest, kondenzace substituovaného uracilu s fenantrolinovým derivátem, byl neúspěšný. V posledním projektu je prezentována syntéza komplexu (6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9- yl)methyl diethyl fosfátu s 2,3-dichlor-5,6-dikyano-1,4-benzochinonem a jeho fotoproduktu 6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-karboxylové kyseliny....
|
|
|
Mechanisms of metal-catalyzed reactions: an electrospray ionization mass spectrometry approach
Anania, Mariarosa ; Roithová, Jana (vedoucí práce) ; Hanusek, Jiří (oponent) ; Slanina, Tomáš (oponent)
Hmotnostní spektrometrie, iontová spektroskopie, NMR spektroskopie a kvantově- chemické výpočty se běžně kombinují za účelem studia struktur, vlastností a reaktivity meziproduktů v reakcích katalyzovaných sloučeninami kovů. Nicméně naše schopnost identifikovat reaktivní komplexy v roztoku pomocí hmotnostní spektrometrie s elektroprejovou ionizací (ESI-MS) a potvrdit, že tyto komplexy jsou skutečně reaktivními meziprodukty, zůstává omezená. Proto jsme vyvinuli novou metodu, zpožděné značení reaktantů (DRL), založenou na izotopovém značení reaktantů s prodlevou, což umožňuje získání kinetických dat z roztoku spojených s komplexy detekovanými pomocí ESI-MS. Tato práce je rozdělena do 5 kapitol. Kapitola 1 podává přehled ESI-MS jako nástroje pro studium mechanismů reakcí katalyzovaných komplexy kovů se zaměřením na chemii zlata. Kapitola 2 popisuje experimentální (ESI-MS, iontovou spektroskopii a plynovou chromatografii) a teoretické (DFT) metody použité v této práci a odpovídající instrumentaci. Kapitola 3 podrobně popisuje vývoj metody zpožděné značení reaktantů pro studium reakční kinetiky pomocí hmotnostní spektrometrie a příklady toho, jak byla použita při zkoumání problémů v následujících kapitolách. Kapitola 4 ukazuje, že komplex Au(I) může působit jako silná báze v roztoku obsahujícím vodu díky...
|
|
|
Photoactivatable Compounds
Slanina, Tomáš
Práce zahrnuje tři projekty zaměřené na syntézu fotoaktivovatelných molekul a studium jejich fotoreaktivity. První projekt představuje nový koncept - fotoodstupitelnou chirální pomocnou látku. Benzoinová fotoodstupitelná chránicí skupina byla použita jako chirální pomocná látka indukující enantioselektivitu v Dielsově-Alderově reakci cyklopentadienu a chráněného akrylátu. Byly optimalizovány reakční podmínky a struktura chromoforu při dosažení až 96 % enantiomerního nadbytku vzniklého norbornenátu. Následné odstranění pomocné látky bylo provedeno pomocí ozáření UV světlem, bezestopým reagentem, ve vysokém chemickém výtěžku (>85 %). Druhý projekt obsahuje pokusy o syntézu derivátu flavinu. Struktura fenantrolin-flavinu byla navržena tak, aby byla schopna fotokatalyzovat jak oxidace, tak redukce. Byly zkoumány tři různé vícekrokové reakční cesty vedoucí k jeho přípravě a bylo připraveno a plně charakterizováno několik nových uracilových a fenantrolinových derivátů. Poslední krok všech reakčních cest, kondenzace substituovaného uracilu s fenantrolinovým derivátem, byl neúspěšný. V posledním projektu je prezentována syntéza komplexu (6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9- yl)methyl diethyl fosfátu s 2,3-dichlor-5,6-dikyano-1,4-benzochinonem a jeho fotoproduktu 6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-karboxylové kyseliny....
|
|
| |
host ::
RSS.