|
|
Novel fluorescent nucleotides for metabolic labelling and for the construction of DNA probes
Kuba, Miroslav
Cílem této dizertační práce byla syntéza nových nukleosidů, nukleotidů a příslušných DNA sond nesoucích různé fluorescenční značky pro bioanalytické aplikace. V první části práce byl pomocí Sonogashiry cross-kapling reakce syntetizován 2'-deoxycytidin a jeho trifosfát nesoucí imidazolinový fluorofor na bázi tryptofanu. Daný fluorofor vykazoval citlivost na pH a viskozitu. Nukleotid byl použit pro konstrukci modifikovaných oligonukleotidů (ON) a DNA prodlužováním primeru (PEX) nebo polymerázovou řetězovou reakcí (PCR). Značená ON sonda byla použita pro snímání interakce se single-strand vazebným proteinem, což vedlo ke zvýšení intenzity fluorescence modifikovaného ON. Dále byl připraven thymidin a thymidin-5'-O-trifosfát, nesoucí benzyliden- tetrahydroxanthyliový fluorofor, pomocí mědí katalyzované azid-alkynové cykloadice (CuAAC). Fluorescence fluoroforu je závislá na polaritě a viskozitě prostředí. Inkorporace modifikovaného nukleotidu do DNA pomocí PEX nebo PCR vedlo k dramatickému zvýšení fluorescence, pravděpodobně díky interakcím fluoroforu ve velkém žlábku. Bohužel, modifikovaný nukleotid nebyl vhodný pro vizualizace v buňkách kvůli své cytotoxicitě. Modifikovaná dsDNA byla použita jako fluorescenční sonda pro snímání interakcí s malými molekulami a proteiny změnou fluorescence. Nakonec byl...
|
|
|
Novel fluorescent nucleotides for metabolic labelling and for the construction of DNA probes
Kuba, Miroslav ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Slanina, Tomáš (oponent) ; Míšek, Jiří (oponent)
Cílem této dizertační práce byla syntéza nových nukleosidů, nukleotidů a příslušných DNA sond nesoucích různé fluorescenční značky pro bioanalytické aplikace. V první části práce byl pomocí Sonogashiry cross-kapling reakce syntetizován 2'-deoxycytidin a jeho trifosfát nesoucí imidazolinový fluorofor na bázi tryptofanu. Daný fluorofor vykazoval citlivost na pH a viskozitu. Nukleotid byl použit pro konstrukci modifikovaných oligonukleotidů (ON) a DNA prodlužováním primeru (PEX) nebo polymerázovou řetězovou reakcí (PCR). Značená ON sonda byla použita pro snímání interakce se single-strand vazebným proteinem, což vedlo ke zvýšení intenzity fluorescence modifikovaného ON. Dále byl připraven thymidin a thymidin-5'-O-trifosfát, nesoucí benzyliden- tetrahydroxanthyliový fluorofor, pomocí mědí katalyzované azid-alkynové cykloadice (CuAAC). Fluorescence fluoroforu je závislá na polaritě a viskozitě prostředí. Inkorporace modifikovaného nukleotidu do DNA pomocí PEX nebo PCR vedlo k dramatickému zvýšení fluorescence, pravděpodobně díky interakcím fluoroforu ve velkém žlábku. Bohužel, modifikovaný nukleotid nebyl vhodný pro vizualizace v buňkách kvůli své cytotoxicitě. Modifikovaná dsDNA byla použita jako fluorescenční sonda pro snímání interakcí s malými molekulami a proteiny změnou fluorescence. Nakonec byl...
|
|
| |
|
| |
|
|
Vybrané QEEG proměnné v časné predikci antidepresivní odpovědi
Vlček, Přemysl ; Brunovský, Martin (vedoucí práce) ; Kuba, Miroslav (oponent) ; Praško Pavlov, Ján (oponent)
Elektroencefalografie představuje citlivou metodu, která je schopna registrovat neurofyziologické změny (operace) v mozkové kůře, jež lze následně pomocí výstupů různě komplexních matematických transformací interpretovat v kontextu současného neurovědního poznání. Dynamický průběh elektrokortikální aktivity je podmíněn funkčními a strukturálními procesy, jež mohou mít svůj původ jak v kůře samé, tak v různých subkortikálních oblastech, které jsou s ní asociované. Rozvoj matematických metod zpracování biologických signálů (respektive vývoj teorie a praxe zpracování signálů obecně) umožnil postupný nárůst informační výtěžnosti EEG, která se dnes již zdaleka neomezuje na vizuální inspekci záznamu (ačkoliv ta zůstává pro kliniku stále velmi významná). Dnešní počítačem řízená analýza EEG signálů z jednotlivých elektrod umožňuje získat přehled o různých odrazech neuronální aktivity podle konkrétních frekvenčních pásem (spektrální výkon, asymetrie, kordance, frekvenční pík, rozložení proudové hustoty aj.), čímž lze vytvářet různé komplexní elektrofyziologické koreláty zdravé i patologické neuronální činnosti. V tomto kontextu se dnes pracuje s pojmem kvantitativní (tj. na výpočetní analýze EEG signálu založená) elektroencefalografie (QEEG). Mezi významné QEEG metody v elektrofyziologii patří ty, jež jsou...
|
|
|
Functional imaging of cortical evoked potentials following painful and nonpainful stimulation in healthy volunteers and chronic pain patients
Poláček, Hubert ; Stančák, Andrej (vedoucí práce) ; Šonka, Karel (oponent) ; Kuba, Miroslav (oponent)
Skúsenosti s tesnými vzťahmi bolestivého a nebolestivého telesného vnímania viedli už v dávnejšej minulosti k vypracovaniu viacerých dodnes používaných analgetických metód. K vedeckému vysvetleniu ich pôsobenia a ďalšiemu vývoju ešte nedávno prispievali prevažne animálne neuroanatomické a neurofyziologické práce, skúmajúce prepojenie rôznych etáží nervového systému pri bolestivom a nebolestivom dráždení. Recentne sa limitácie spojené so zvieracími modelmi darí preklenovať pomocou sofistikovaných neinvazívnych zobrazovacích metód u humánnych probandov in vivo. Cieľom predkladanej práce je preskúmať u normálnych dobrovoľníkov a pacientov s alterovaným algickým vnímaním časopriestorové vzťahy odpovedí mozgovej kôry pri súčasnom bolestivom a nebolestivom somatickom dráždení. Následne interpretovať nájdené modulačné vplyvy v svetle súčasného poznania a navrhnúť ďalšie využitie nových zistení. Prezentované sú 3 experimentálne štúdie s účasťou zdravých dobrovoľníkov a 1 štúdia s účasťou pacientov s postdiscektomickým syndrómom liečených implantovaným miechovým stimulátorom (SCS). Pri všetkých boli zdrojovou analýzou vyhodnocované kôrové evokované potenciály (SEPy) získané zo záznamu EEG s vysokým rozlíšením (75-111 kanálov, vzorkovacia frekvencia 1024 Hz) po fázickej elektrickej stimulácii n. medianus, n. tibialis...
|
|
|
Functional imaging of cortical evoked potentials following painful and nonpainful stimulation in healthy volunteers and chronic pain patients
Poláček, Hubert ; Stančák, Andrej (vedoucí práce) ; Šonka, Karel (oponent) ; Kuba, Miroslav (oponent)
Skúsenosti s tesnými vzťahmi bolestivého a nebolestivého telesného vnímania viedli už v dávnejšej minulosti k vypracovaniu viacerých dodnes používaných analgetických metód. K vedeckému vysvetleniu ich pôsobenia a ďalšiemu vývoju ešte nedávno prispievali prevažne animálne neuroanatomické a neurofyziologické práce, skúmajúce prepojenie rôznych etáží nervového systému pri bolestivom a nebolestivom dráždení. Recentne sa limitácie spojené so zvieracími modelmi darí preklenovať pomocou sofistikovaných neinvazívnych zobrazovacích metód u humánnych probandov in vivo. Cieľom predkladanej práce je preskúmať u normálnych dobrovoľníkov a pacientov s alterovaným algickým vnímaním časopriestorové vzťahy odpovedí mozgovej kôry pri súčasnom bolestivom a nebolestivom somatickom dráždení. Následne interpretovať nájdené modulačné vplyvy v svetle súčasného poznania a navrhnúť ďalšie využitie nových zistení. Prezentované sú 3 experimentálne štúdie s účasťou zdravých dobrovoľníkov a 1 štúdia s účasťou pacientov s postdiscektomickým syndrómom liečených implantovaným miechovým stimulátorom (SCS). Pri všetkých boli zdrojovou analýzou vyhodnocované kôrové evokované potenciály (SEPy) získané zo záznamu EEG s vysokým rozlíšením (75-111 kanálov, vzorkovacia frekvencia 1024 Hz) po fázickej elektrickej stimulácii n. medianus, n. tibialis...
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.