|
|
Analýza sekundárních metabolitů streptomycet Ramanovou spektroskopií in vivo
Mikulová, Adéla ; Petříčková, K. ; Bobek, J. ; Chroňáková, Alica ; Samek, Ota ; Pilát, Zdeněk
Práce se zabývá studiem Ramanových spekter sekundárních metabolitů bakterií rodu Streptomyces, zejména polyenních antifungálních látek. Purifikované izoláty a komerční standardy těchto sloučenin byly využity k pořízení referenčních spekter, ze kterých byly odvozeny spektrální markery charakterizující konkrétní detaily chemické struktury. Verifikace pozorovaných markerů byla provedena pomocí predikcí Ramanových spekter in silico. Následně byly tyto poznatky využity ke spektroskopické charakterizaci složení sekundárních metabolitů in vivo, přímo v bakteriích rostoucích na pevném médiu. Vypracované metodiky pomohou optimalizovat podmínky pro biotechnologickou produkci antibiotik.
|
|
|
Příprava geneticky manipulovaných producentů hybridních manumycinů
Krýslová, Dita ; Petříčková, Kateřina (vedoucí práce) ; Doubravová, Linda (oponent)
Bakterie rodu Streptomyces se řadí mezi největší producenty sekundárních metabolitů mezi mikroorganismy. Těchto sekundárních metabolitů produkují celou řadu, významnou skupinou jsou manumycinová antibiotika. Tato antibiotika patří do skupiny polyketidových látek. Zatímco antibiotický účinek u nich není příliš významný, ostatní biologické vlastnosti mají naopak velký potenciál v léčbě zánětů, nádorů apod. Skládají se z hlavní centrální jednotky, ke které jsou připojeny dva polyketidové řetězce, horní a spodní. Na konci spodního polyketidového řetězce je většinou připojená tzv. C5N jednotka. Tato práce vychází především z antibiotika objeveného naší laboratoří, colabomycinu E. Toto antibiotikum je novým členem metabolitů manumycinového typu produkovaných Streptomyces aureus SOK1/5-04. Na základě předchozích výzkumů a popisu jednotlivých genů v genovém klastru colabomycinu E, byla vznesena otázka, zda by nebylo možné vylepšit biologickou aktivitu připojením jiné než C5N jednotky, konkrétně jednotky pocházející z aminokumarinového antibiotika novobiocinu. 4,7-dihydroxykumarinová jednotka novobiocinu je farmakofor, nositel kancerostatické aktivity. Výsledný hybridní metabolit by mohl mít ve srovnání s colabomycinem E posílenou kancerostatickou aktivitu. Za připojení C5N jednotky ke spodnímu...
|
|
|
Specifické vlastnosti streptomycet izolovaných z lidských tkání
Kodatová, Anežka ; Petříčková, Kateřina (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje aktivitám bakteriálního rodu Streptomyces, a to ve vztahu k rostlinám, živočichům a člověku. Je známa řada symbiotických vztahů streptomycet s rostlinami, existuje ale i patogenní zástupce S. scabies. Jakožto primárně půdní bakterie není jejich asociace s živočichy příliš častá, ale ani výjimečná. Symbiotické vztahy byly pozorovány mimo jiné u několika druhů hmyzu. Streptomycety byly opakovaně izolovány z lidského mikrobiomu, o jejich vlivu na lidské tělo je ale prozatím dostupno minimum informací. Vzhledem k široké produkci sekundárních metabolitů ovlivňujících jiné mikroorganismy lze však předpokládat, že jejich role je nezanedbatelná. Vztah lidských streptomycet a člověka by mohl mít paralelu v jejich symbióze s rostlinami a hmyzem, nelze však vyloučit ani jistý vliv na patogenezi. U testovaných zástupců byla dokázána schopnost beta hemolýzy. Mimo to existují případy závažných onemocnění způsobených streptomycetami. Vedle relativně běžných aktinomycetomů v oblastech Súdánu a Indie byly výjimečně popsány choroby jako zápal plic či absces mozku.
|
|
|
Analýza izolátů streptomycet obsahujících gen pro cyklizující aminolevulinátsyntázu
Rašmanová, Petra ; Petříčková, Kateřina (vedoucí práce) ; Felsberg, Jurgen (oponent)
Bakterie rodu Streptomyces jsou známí producenti mnoha biologicky aktivních metabolitů. Jejich sekundární metabolismus je zdrojem mnoha významných skupin aktivních látek, při jejichž výzkumu se poslední dobou uplatňuje celá řada nových metod založených např. na bioinformatické analýze genomových dat, moderních LC-MS technikách a metodách metabolického modelování. Tato práce vychází z genetického screeningu na přítomnost specifického genu (als) pro cyklizující aminolevulinát syntázu, který dle dřívějších studií můžeme považovat za genetickou značku producentů sekundárních metabolitů s tzv. C5N jednotkou (2-amino-3- hydroxycyklopent-2-enonem). Mezi takové látky se řadí několik skupin metabolitů s variabilní strukturou i biologickou aktivitou, mezi nimi i manumyciny. Jedná se o malé polyketidy se slabou antibiotickou aktivitou zejména proti gram-pozitivním bakteriím. Důležitější jsou však jejich kancerostatické a protizánětlivé účinky. Kmeny Streptomyces monomycini BCCO10 1552 a Streptomyces capoamus BCCO10 1636 jsou pozitivními izoláty pocházejícími z genetického screeningu zaměřeného na přítomnost genu als, které se ve fylogenetickém stromu sestrojeném na základě podobnosti sekvencí genu als nacházejí v blízkosti producentů manumycinových látek. Cílem této práce bylo zjistit, zdali tyto nové...
|
|
|
Analýza signální dráhy proteinkinasy StkP u Streptococcus pneumoniae
Holečková, Nela ; Doubravová, Linda (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent) ; Petříčková, Kateřina (oponent)
Analýza signální dráhy proteinkinasy StkP u Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumonaie je nejen významný lidský patogen, ale také vhodný modelový organismus ke zkoumání buněčného dělení u ovoidních bakterií. Tato bakterie postrádá oba systémy výběru místa buněčného dělení Min a NO, a tedy mechanismus, jakým určuje místo, ve kterém nastane buněčné dělení, je neznámý. Navíc ve svém genomu kóduje jedinou serin/threoninovou proteinkinasu eukaryotického typu nazývanou StkP a jedinou serin/threoninovou proteinfosfatasu PP2C typu nazývanou PhpP. StkP je jedním z hlavních regulátorů buněčného dělení a pravděpodobně ovlivňuje průběh buněčného dělení i fosforylací svých substrátů, mezi které mimo jiné patří proteiny buněčného dělení FtsZ, FtsA, DivIVA, MacP, Jag/KhpB/EloR a LocZ/MapZ. První projekt této disertační práce se zabývá určením funkce proteinu LocZ v rámci buněčného dělení. Souhrnně, locZ sice není esenciální, ale účastní se procesu výběru místa dělení u S. pneumoniae a naše výsledky napovídají, že patří mezi pozitivní regulátory umístění Z-kruhu. Buňky s deplecí LocZ jsou schopny tvořit Z-kruh, ale ten je prostorově špatně umístěn, což má za následek defekty v buněčném dělení, deformity buněčného tvaru a tvorbu nerovnoměrně rozdělených dceřiných buněk, které občas neobsahují žádnou DNA. LocZ má...
|
|
|
Colonization of human lung by non-pathogenic streptomycetes
Herbrík, Andrej ; Petříčková, Kateřina (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Streptomycéty, primárně půdní saprofytické mikroorganismy, jsou v centru zájmu mnoha výzkumných skupin zejména díky jejich schopnosti produkce širokého spektra biologicky aktivních látek využitelných v medicíně, biotechnologiích a zemědělství. Okrajovou a málo prozkoumanou oblastí jsou interakce, které streptomycéty vytvářejí s člověkem. Nedávné metagenomické studie dokazují, že streptomycéty kolonizují kůži, respirační a pravděpodobně i urogenitální trakt lidí. Kromě zjevných patogenů jakými jsou druhy S. somaliensis a S. sudanensis je klinický impakt těchto streptomycét na lidské zdraví neznámý. I z tohoto důvodu vznikla unikátní sbírka nepatogenních streptomycét izolovaných z lidských klinických vzorků. Izoláty byly shromážděny Národní referenční laboratoří pro patogenní aktinomycety v Trutnově, Česká republika. Na základě pilotních studií byl z trutnovské sbírky vybrán izolát s označením TR42, který vykazuje velmi široké spektrum biologických aktivit. Tento kmen byl izolován ze sputa od pacienta s neznámou respirační diagnózou. Kmen TR42 vykazuje značný biotechnologický potenciál a po důkladném studiu by mohl být zdrojem nových biologicky aktivních látek s farmaceuticky atraktivními vlastnostmi. Předložená práce je zaměřena na identifikaci a charakterizaci specifických adaptačních mechanismů...
|
|
|
Specifické vlastnosti streptomycet izolovaných z lidských tkání
Kodatová, Anežka ; Petříčková, Kateřina (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje aktivitám bakteriálního rodu Streptomyces, a to ve vztahu k rostlinám, živočichům a člověku. Je známa řada symbiotických vztahů streptomycet s rostlinami, existuje ale i patogenní zástupce S. scabies. Jakožto primárně půdní bakterie není jejich asociace s živočichy příliš častá, ale ani výjimečná. Symbiotické vztahy byly pozorovány mimo jiné u několika druhů hmyzu. Streptomycety byly opakovaně izolovány z lidského mikrobiomu, o jejich vlivu na lidské tělo je ale prozatím dostupno minimum informací. Vzhledem k široké produkci sekundárních metabolitů ovlivňujících jiné mikroorganismy lze však předpokládat, že jejich role je nezanedbatelná. Vztah lidských streptomycet a člověka by mohl mít paralelu v jejich symbióze s rostlinami a hmyzem, nelze však vyloučit ani jistý vliv na patogenezi. U testovaných zástupců byla dokázána schopnost beta hemolýzy. Mimo to existují případy závažných onemocnění způsobených streptomycetami. Vedle relativně běžných aktinomycetomů v oblastech Súdánu a Indie byly výjimečně popsány choroby jako zápal plic či absces mozku.
|
|
| |
|
|
Vliv rychlosti chůze u pacientů s periferní vestibulární lézí na schopnost udržení přímého směru chůze
Petříčková, Kristina ; Čakrt, Ondřej (vedoucí práce) ; Jeřábek, Jaroslav (oponent)
DIPLOMOVÁ PRÁCE 2017 Kristina Petříčková Abstrakt Tato diplomová práce se zabývá vlivem periferní vestibulární poruchy a rychlosti chůze na schopnost udržení přímého směru chůze. Výzkumu se zúčastnilo 19 pacientů s chronickou periferní vestibulární lézí a 20 zdravých jedinců v kontrolní skupině. Měřena byla odchylka od přímé dráhy při chůzi na 10 metrů s vyloučením zrakové kontroly při třech rychlostech chůze: pomalá, preferovaná a rychlá. Dále byla vyšetřena tandemová chůze s otevřenýma i zavřenýma očima. Mezi skupinou pacientů a kontrolní skupinou nebyl při žádné rychlosti zaznamenán statisticky významný rozdíl v odchylce od přímého směru. V obou skupinách byla ve vychýlení statisticky významná odchylka mezi rychlostmi, konkrétně mezi pomalou a preferovanou, a pomalou a rychlou chůzí. V tandemové chůzi byl mezi skupinou pacientů a kontrolní skupinou statisticky významný rozdíl v počtu kroků při chůzi bez vizuální kontroly. V práci byl prokázán vliv rychlosti na velikost odchylky od přímého směru při chůzi bez zrakové kontroly. Pomalá chůze s vyloučením zraku neprokázala rozdíl u vestibulárně kompenzovaných pacientů a zdravých jedinců. V tandemové chůzi je rozdíl znatelný, nicméně při individuálním testování je třeba k výsledkům přistupovat obezřetně a při hodnocení vestibulárního systému znát stav...
|
|
|
Identifikace a aktivace kryptického genového shluku pro biosyntézu látek manumycinového typu u Saccharothrix espanaensis DSM44229
Zelenka, Tomáš ; Petříčková, Kateřina (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
1 Abstrakt: Sekundární metabolismus grampozitivních půdních bakterií rodu Streptomyces je neocenitelným významným zdrojem přírodních produktů, mezi které patří i skupina polyketidových látek, manumycinů. Tyto látky vykazují kromě slabého antimikrobiálního účinku významné protizánětlivé a protinádorové aktivity. Rod Streptomyces skýtá značné množství dosud neobjevených, potenciálně klinicky využitelných antibiotik, což dělá z těchto organismů nadějné řešení současného problému rozvoje antibiotikových rezistencí u mikroorganismů. Výzkum se ubírá dvěma hlavními směry, jednak je zde snaha o "umělé" vytváření různých modifikací ve struktuře molekul a o porozumění jejich funkcím, jednak jde o objevování úplně nových producentů metodami "genome miningu", optimalizace postupů pro probouzení skrytých kryptických genových shluků a zvýšení produkce požadovaných metabolitů. Jeden z mnoha takových tichých shluků obsahuje i Saccharothrix espanaensis DSM44229. Tato genetická informace byla s cílem charakterizace jejího produktu přenesena do heterologního hostitele, kde následně došlo k aktivaci a produkci nových látek manumycinového typu.
|
host ::
RSS.