|
|
Structural biochemistry of human NK cell receptor complex NKp30 and B7-H6
Skořepa, Ondřej ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent) ; Schneider, Bohdan (oponent)
Přirozeně zabíječské buňky (zkráceně NK buňky) jsou lymfocyty nespecifického imunitního systému, které vynikají schopností rychle rozpoznat a eliminovat infikované, či nádorové buňky. Přestože jejich schopnost imunitního dohledu nad maligní transformací byla potvrzena již před lety, aktuální výzkum stále ukazuje, že tento proces je velice komplikovaný. NKp30 je jedním z hlavních aktivačních receptorů NK buněk s potenciálem k využití v cílené imunoterapii. Ektodoména NKp30 v roztoku oligomerizuje, tento jev ovšem závisí na přítomnosti C-koncového "stalk" regionu. Struktura oligomerů NKp30 a jejich role v přenosu signálu je zatím nejasná. Interakce NKp30 s ligandy je navíc ovlivněna přítomností N-vázané glykosylace. V rámci této práce jsme zjišťovali, zda a jak oligomerizace NKp30 závisí na jeho glykosylaci. Naše výsledky ukazují, že NKp30 tvoří oligomery, ať už je na něm glykosylace přirozená, či jednoduchá (získaná expresí v linii HEK293S GnTI- ). Oproti tomu bylo zjištěno, že NKp30 tvoří pouze monomery, je-li enzymaticky deglykosylováno. Dále jsme charakterizovali interakci s ligandem B7-H6, opět s ohledem na oligomerizaci a glykosylaci a vyřešili krystalovou strukturu jeho komplexu s glykosylovaným NKp30, díky které jsme odhalili glykosylací indukovanou dimerizaci NKp30. Tato práce přináší nový...
|
|
|
Načasování snášení vajec u hnízdních parazitů
Studecký, Jan ; Šulc, Michal (vedoucí práce) ; Pipek, Pavel (oponent)
Obligátní hnízdní parazitismus se vyvinul u 109 druhů ptáků, tedy přibližně u 1 % všech v současné době uznávaných žijících druhů. Aby tato životní strategie mohla vzniknout a udržet se, vyvinula se u hnízdních parazitů celá řada adaptací. Důležitými adaptacemi je načasování snášení vajec, ať už v rámci sezóny, denní doby anebo hnízdního pokusu hostitele, a neméně důležitou adaptací je i rychlost, jakou je parazitické vejce sneseno. Protože se hnízdní parazitismus objevuje na různých kontinentech napříč několika fylogeneticky nepříbuznými skupinami ptáků, které navíc využívají odlišné druhy hostitelů, je strategie načasování snášení vajec mezi jednotlivými druhy parazitů poměrně variabilní. Cílem práce je vytvořit přehled dostupných poznatků o načasování snášení vajec u všech parazitujících skupin a s těmito poznatky dále pracovat. Zaměřil jsem se především na rozdíly mezi vysoce specializovanými parazity a generalisty, mezi příbuznými parazitickými druhy s odlišnými hostiteli nebo mezi tažnými a stálými druhy. Hlavní pozornost je věnována otázce koevoluce s hostitelem ve vztahu k jednotlivým strategiím načasování a snaze o vysvětlení rozdílů v těchto strategiích. Klíčová slova: ptáci, koevoluce, adaptace, hnízdní parazitismus, snášení vajec, načasování
|
|
|
Vnitrodruhová variabilita antipredačních mechanismů a automimikry
Stránská, Anna ; Exnerová, Alice (vedoucí práce) ; Šulc, Michal (oponent)
Aposematická kořist je charakteristická tím, že jedinci jsou výstražně zbarveni a jsou chráněni proti predátorům. V rámci jednoho druhu se však může objevit variabilita antipredační obrany. Přítomnost jedinců s variabilní antipredační obranou se nazývá automimikry. Automimici mohou být zcela nechráněni, nebo se lišit kvantitou, či kvalitu obranných látek. Jedním ze způsobů, díky kterému variabilita vzniká, je například konzumace rozdílných rostlin, ze kterých si jedinci sekvestrují své obranné látky. Vnitrodruhová variabilita v antipredační obraně ovlivňuje chování predátorů, kteří jsou v některých případech schopni rozlišit mezi chráněnou, či nechráněnou kořistí. Chránění jedinci však musí investovat do své obrany, na rozdíl od automimiků, kteří využívají svoji podobnost s chráněnými jedinci stejného druhu, ale nemají náklady na obranu.
|
|
|
Hodnocení finanční situace podniku a návrhy na její zlepšení
Šulc, Michal ; Lisický, Adam (oponent) ; Hornungová, Jana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zaměřuje na hodnocení finanční situace společnosti OK PYRUS, s.r.o. v letech 2015-2019 za pomoci vybraných metod finanční analýzy. V teoretické části jsou rozebrány jednotlivé ukazatele finanční analýzy, které jsou využity v analytické části. Analytická část obsahuje výpočty ukazatelů a k nim patřící grafy. Další praktická část je zaměřena na vyhodnocení vypočítaných výsledků a na návrhy, které prostřednictvím změn, jež při aplikaci do reálného prostředí, by měla vést ke zlepšení finanční situace společnosti.
|
|
|
Mapování protein-proteinových interakcí systému cytochromu P-450 metodami chemické modifikace a hmotnostní spektrometrie
Ječmen, Tomáš ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce)
Mapování protein-proteinových interakcí systému cytochromu P-450 metodami chemické modifikace a hmotnostní spektrometrie Abstrakt Cytochromy P-450 (P450) náleží do superrodiny hemoproteinů a v organismu se podílejí na metabolismu široké škály látek, mezi které patří některá léčiva a karcinogeny. V systému oxygenas se smíšenou funkcí plní P450 funkci terminální oxygenasy. Nezbytnou součástí je také NADPH: cytochrom P450 reduktasa (CPR), která je zodpovědná za přenos dvou elektronů na P450 v průběhu jeho katalytického cyklu. Druhý elektron může místo CPR přenášet na P450 také cytochrom b5 (cyt b5). Pro pochopení reakčního mechanismu P450 je nezbytná znalost jeho terciární struktury. V současnosti je v naší laboratoři k dispozici homologní model cytochromu P-450 2B4 (CYP 2B4). Presentovaná diplomová práce měla za cíl označení vazebné domény CYP 2B4 pro cyt b5. Ke studiu bylo použito síťovací činidlo EDC tvořící amidickou vazbu mezi aminokyselinami s opačně nabitými bočními řetězci. Pomocí hmotnostní spektrometrie se nám podařilo nalézt pět párů kovalentně propojených aminokyselin. K ověření a ke zpřesnění modelu CYP 2B4 byla použita metoda fotoafinitního značení se sondou N-(p-azidobenzyl)-N-methyl-p-aminophenylaminu. Tato sloučenina se ligandově váže na centrální atom železa hemu. Po fotoaktivaci byl pomocí...
|
|
|
Proteomika jako nástroj studia molekulárních mechanizmů závažných onemocnění
Pospíšilová, Jana ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent) ; Kovářová, Hana (oponent)
SOUHRN Proteomika je soubor analytických metod umožňující kvalitativní a kvantitativní popis proteomu. Expresní proteomika kvantitativně porovnává proteomy buněk, tkání, tělních tekutin a dalších biologických materiálů za různých podmínek s cílem nalézt rozdíly v expresi proteinů a na základě těchto rozdílů popsat biologické procesy probíhající ve zkoumaných organizmech. Výchozím materiálem expresních proteomických studií jsou složité směsi obsahující tisíce proteinů, které jsou analyzovány kombinací separačních (hlavně elektroforetických a chromatografických) metod a identifikovány, případně kvantifikovány pomocí hmotnostní spektrometrie. Cílem této dizertační práce je demonstrovat využití nástrojů expresní proteomiky k řešení několika biomedicínských problémů. Různé proteomické přístupy a nástroje jsme využili ke studiu molekulárních mechanizmů závažných onemocnění jak na biologických vzorcích pacientů, tak na modelovém organizmu a buněčné kultuře. Konkrétně jsme řešili tři různé projekty, a to hledání potenciálních molekulárních cílů pro selektivní likvidaci buněk lymfomů z plášťové zóny rezistentních na protinádorovou molekulu TRAIL, studium molekulárních mechanizmů srdečního selhání s využitím potkaního modelu objemového přetížení a hledání diagnosticky využitelných biomarkerů karcinomu ovaria....
|
|
|
Excitation of molecules by cold electrons
Šulc, Miroslav ; Horáček, Jiří (vedoucí práce)
Název práce: Excitace molekul studenými elektrony Autor: Miroslav Šulc Katedra / Ústav: Ústav teoretické fyziky, Univerzita Karlova v Praze Vedoucí disertační práce: prof. RNDr. Jiří Horáček, DrSc., Ústav teoretické fyziky, Univerzita Karlova v Praze Abstrakt: Pozornost je věnována vybraným metodám pro popis nízkoenergetických elektron-molekulových srážek. První část práce se zabývá aplikací metody R-matice v kombinaci se Schwinger-Lanczos variačním principem pro potenciálový rozptyl v pří- padě dalekodosahových interakcí. Další sekce se zaobírají aspekty konstrukce ko- relačně-polarizačního potenciálu v metodě Discrete Momentum Representation (DMR) s využitím prostředků aproximace lokální hustoty v kontextu teorie funkcionálu hus- toty (DFT). Získané poznatky jsou následně aplikovány pro body-frame výpočty na úrovni aproximace statické výměny se zahrnutou polarizací (SEP) v rámci analýzy ex- perimentálních dat pro e−-N2 srážky představující součást širšího projektu věnovaného studiu rotačních excitací malých molekul v plynné fázi iniciovaných srážkami s elek- trony. V případě N2 bylo pozorováno potlačení dozadního průřezu pro energie pod 95 meV zdůvodnitelné z teoretického hlediska destruktivní...
|
|
|
Proteomické přístupy ke studiu nádorových onemocnění
Lorková, Lucie ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent) ; Kovářová, Hana (oponent)
Proteomika, jako soubor metod, technik a konceptů, byla využita ve třech projektech zaměřených na diagnózu a terapii onkologických onemocnění. První práce byla zaměřena na hledání spolehlivých a dostatečně senzitivních biomarkerů pro detekci karcinomu ovaria v jeho ranném stádiu. Dvěma odlišnými proteomickými přístupy jsme analyzovali séra žen s epiteliálním karcinomem ovaria a séra zdravých žen. Identifikovali jsme protein -1-antitrypsin s významně zvýšenou koncentrací v sérech pacientek a apolipoprotein A4 a retinol-binding protein 4 (RBP4) s významně sníženou koncentrací v sérech pacientek. Snížená koncentrace RBP4 v sérech žen s karcinomem ovaria může být výsledkem snížené produkce RBP4 ovariem nebo odrazem časných komplexních systematických změn v tělech pacientek. Cílem druhé práce bylo popsat molekulární mechanismus rezistence na cytarabin v buňkách lymfomu z buněk plášťové zóny (MCL). K proteomické analýze byly použity buněčné linie MCL a z těchto buněčných liniích byly získány subklony rezistentní na cytarabin. Mezi nalezenými změnami exprese proteinů byla detekována významná změna exprese deoxycytidin kinázy (DCK), jež je klíčovým enzymem v aktivaci purinových a pyrimidinových nukleosidů a jejich analogů. Buňky MCL rezistentní na cytarabin byly rovněž křížově rezistentní k jiným...
|
|
|
Evoluce a funkce polymorfismu u výstražně zbarvené kořisti
Fárová, Monika ; Exnerová, Alice (vedoucí práce) ; Šulc, Michal (oponent)
Polymorfismus u výstražně zbarvené kořisti lze předpokládat, pokud není tato kořist chráněná před predací žádným jiným způsobem než svým zbarvením. Oproti tomu u chráněné kořisti byl polymorfismus ještě donedávna záhadný fenomén kvůli své delšímu a nákladnějšímu averznímu učení predátorů. Jednotlivé morfy se mohou lišit různými parametry zbarvení: barvou, vzorem, mírou melanizace a vnitřním a vnějším kontrastem zbarvení. To znesnadňuje predátorovi zapamatovat si chráněnou kořist a napříště se jí vyhnout. Selekční tlaky a mechanismy ze strany predátorů vedoucí ke vzniku polymorfismu se u chráněné a nechráněné kořisti liší. U nechráněné kořisti je to negativně frekvenčně závislá selekce podporující vzácné morfy nebo hypotéza více modelů pro jeden mimetický druh. U chráněné kořisti se polymorfismus může objevit na dočasnou dobu (tedy být nestálý), dále je umožněný prostorovou heterogenitou morf nebo, stejně jako u nechráněné kořisti, může mimetik napodobovat více modelů. Také by se na existenci polymorfismu mohla podílet quasi-batesovská mimeze, a to vlivem podobných mechanismů, jako u nechráněné kořisti. Kromě selekce ze strany predátorů se na existenci polymorfismu ve varovné signalizaci kořisti podílí i další faktory jako termoregulace, pohlavní výběr a střet více typů selekce, které mohou být...
|
|
|
Principy tržního hospodářství ve výuce Výchovy k občanství
Šulc, Martin ; Zicha, Zbyněk (vedoucí práce) ; Tichá, Milena (oponent)
Diplomová práce se věnuje tématu tržního hospodářství a jeho výuce v hodinách výchovy k občanství na základní škole. Práce je rozdělena do dvou částí, teoretické a praktické. Teoretická část seznamuje se základními principy tržního hospodářství, vysvětluje pojmy trh, tržní mechanismus, nabídka, poptávka, konkurence, monopol, cena a zisk včetně vzájemných souvislostí. Následuje vhled do kurikula a teorie didaktiky. V závěru teoretické části je vyčleněn prostor pro uvedení do základní problematiky výuky ekonomické tématiky na základní škole. V praktické části představuji projektovou výuku, následně je provedena didaktická analýza principů tržního hospodářství, navržen a vyhodnocen vyučovací celek, který byl zrealizován na ZŠ a MŠ Kralupy nad Vltavou, Třebízského 523. Práce je zakončena sebehodnocením.
|
host ::
RSS.