|
|
Liniová plasticita leukemických buněk
Slámová, Lucie ; Mejstříková, Ester (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent)
Liniový přesmyk z lymfoidní do myeloidní linie během léčby B prekurzorové akutní lymfoblastické leukemie (BCP ALL) je raritní a byl dosud popisován především u pacientů s přestavbou MLL genu. Podařilo se nám objevit zcela novou skupinu BCP ALL, u které dochází k liniovému přesmyku do monocytoidní linie během časné fáze léčby - swALL ("switching" ALL). U žádného pacienta se swALL fenoménem jsme nenašli přestavbu genu MLL. Zastoupení swALL pacientů mezi BCP ALL bylo neočekávaně vysoké (3-4%). Všichni swALL pacienti měli aberantní expresi antigenu CD2 (LFA-2). Zvýšená exprese C/EBPα genu a hypomethylace CEBPA promotoru byly přítomny u většiny swALL pacientů již při diagnóze onemocnění, dříve než jsme pozorovali liniový přesmyk. U pacientů se swALL jsme identifikovali v průběhu liniového přesmyku subpopulaci buněk exprimujících současně B lymfoidní a monocytární znaky. V průběhu transdiferenciace typicky dochází k zvýšení exprese cytokinových receptorů pro M-CSF a GM-CSF. Liniový přesmyk je možné rekapitulovat v in vivo a v in vitro podmínkách. Dětští pacienti se swALL odpovídají pomaleji na iniciální léčbu, často vyžadují intenzivnější léčbu, ale jejich prognóza se zdá být srovnatelná s "ostatními" BCP ALL. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Validace metody High Resolution Melting (HRM) pro účely DNAdiagnostiky; mutační analýza genu cystické fibrózy a vybraných kandidátních genů u mužské infertility
Peldová, Petra ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Korabečná, Marie (oponent)
V posledních letech došlo k výraznému rozvoji molekulárně genetické diagnostiky (DNA diagnostiky). Jsou zaváděny nové metody a technologie a rozšiřováno spektrum genetických služeb. Jelikož výsledky genetických testů zárodečného genomu mohou celoživotně ovlivnit zdraví a kvalitu života pacienta i jeho rodiny, je kladen důraz na neustálé zvyšování kvality poskytovaných diagnostických služeb. Stále více laboratoří přechází z "domácích metod" na komerční diagnostické soupravy, ale často pak svévolně modifikují protokoly výrobce. Proto je pro zajištění kvality genetických testů nezbytné všechny metody a technologie před zavedením do rutinní diagnostické praxe řádně validovat a verifikovat. V této dizertační práci jsem se věnovala otázce vhodnosti a využitelnosti metody High Resolution Melting (HRM) v diagnostice na základě její kompletní validace dle mezinárodních požadavků normy na řízení systému jakosti (ISO 15189). Potvrdili jsme užitečnost této metody a její výhody pro mutační skenování neznámých variant i genotypizaci častých polymorfismů, a to na příkladu různých genů (BRCA1, MTHFR či CFTR). Zároveň jsme poskytli metodické pokyny a postupy pro usnadnění diagnostické implementace této technologie a umožnění jejího úspěšného využití i v dalších genetických laboratořích, a na příkladu validace HRM poskytli...
|
|
|
Genetické příčiny deficitu cytochrom c oxidázy u dětí
Vondráčková, Alžběta ; Tesařová, Markéta (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Procházková, Dagmar (oponent)
Mitochondrie jsou hlavním, nepostradatelným zdrojem ATP, který je produkován především systémem oxidativní fosforylace (OXPHOS). Mutace v genech podmiňujících správnou funkci OXPHOS způsobují mitochondriální onemocnění, jejichž incidence je odhadována na 1:5000 živých narozených dětí. Cytochrom c oxidáza (COX) je klíčovým enzymem dýchacího řetězce, který katalyzuje přenos elektronů na kyslík za vzniku molekuly vody. Izolované nebo kombinované poruchy aktivity COX jsou spolu s deficitem komplexu I nejčastějším typem mitochondriální poruchy u dětí. Způsobeny jsou mutacemi v mitochondriálních nebo jaderných genech kódujících strukturní podjednotky a asemblační faktory jednotlivých komplexů OXPHOS. Přesná genetická podstata poruchy aktivity COX však zůstává u mnoha pacientů neobjasněna navzdory vzrůstajícímu počtu nově charakterizovaných genů. Cílem dizertační práce bylo popsat genetickou příčinu mitochondriálního onemocnění u skupiny 60 nepříbuzných dětí z České republiky s biochemicky potvrzenou poruchou COX. Optimalizovanou metodikou high-resolution melting byly identifikovány čtyři heterozygotní varianty v exonech genů COX4I2, COX5A, COX7A1 a COX10, které byly klasifikovány jako patologické, a proto jsou vhodnými kandidáty pro provedení cílené mutační analýzy u dětí s deficitem COX. Pomocí SNP DNA...
|
|
|
Mutation Screening in Familial Cardiovascular Diseases
Čapek, Pavel ; Brdička, Radim (vedoucí práce) ; Gregor, Pavel (oponent) ; Baxová, Alice (oponent)
Úvod: Hypertrofická kardiomyopatie je vrozené srdeční onemocnění s autozomálně dominantním typem dědičnosti a neúplnou penetrancí. Se znalostí odpovědných genů, schopností detekovat genetické změny, které jsou podkladem vzniku tohoto onemocnění, a studiem funkční analýzy defektních proteinů, můžeme stanovit, zda konkrétní genotypy vedou ke vzniku odlišných fenotypových projevů hypertrofické kardiomyopatie. Cíle práce: Analyzovat mechanismy vzniku hypertrofické kardiomyopatie u českých pacientů postižených tímto onemocněním z molekulárně genetického hlediska (geny MYH7, TNNT2), až po funkční analýzu 3D molekulárního modelu defektního proteinu těžkého řetězce β-myosinu in silico. Dalším cílem práce bylo studium možnosti snížení tvorby zánětlivých agregátů v kardiovaskulárním systému u pacientů s diabetem mellitem 2. typu. Studie prověřovala možnosti terapeutického ovlivnění vybraných kardiovaskulárních rizik u pacientů s hypertrofickou kardiomyopatií, současně trpících diabetem mellitem 2. typu. Obě tyto skupiny pacientů jsou ohroženy podstatně vyšším rizikem vzniku kardiovaskulárních onemocnění vzhledem k vývoji předčasné aterosklerózy. Materiál a metody: Do studie genu MYH7 bylo zařazeno 170 probandů. Vzorky DNA těchto jedinců byly podrobeny mutačnímu screeningu (PCR, sekvenční analýza)...
|
|
|
Význam neolitické expanze ve střední Evropě - posouzení fylogenetického stáří mtDNA haploskupin u české populace.
Priehodová, Edita ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent)
Zemědělství, resp. první kultury neolitu, vznikly na Předním východě před více než 10 000 lety. Neolit, jakožto nový životní styl s naprosto odlišným archeologickým projevem, pak rychle pronikal do jihovýchodní Evropy. Ve střední Evropě jsou první doklady neolitických kultur staré již 7 000 let. Uvažuje se o tom, že tato kulturní inovace ovlivnila do značné míry i demografický růst na zemědělství se podílejících populací. Za takové situace by ale muselo docházet k fixaci nových mutací, které by mohly vytvořit nové, pro Evropu specifické haploskupiny, jejichž ancestrální vazby by se nacházely na Předním východě. Fylogeografické studie evropských a předovýchodních mtDNA sekvencí zjistily, že se na evropské neolitické komponentě podílejí převážně haploskupiny J a T1, a že příspěvek nově příchozích zemědělců do celoevropského genofondu činí zhruba 10 - 20 %. V jednotlivých částech Evropy ale takové výzkumy povětšinou aplikovány nebyly. Cílem této diplomové práce je určit které klady haploskupin J a T1 by se na neolitické expanzi ve střední Evropě mohly podílet. Tyto haploskupiny jsme určili z D-loop oblasti mtDNA u souboru 281 vzorků současné populace České republiky. 36 sekvencí J a T1 mtDNA haploskupin jsme spolu s dříve publikovanými 124 sekvencemi haploskupiny J a 40 sekvencemi haploskupiny T1 z...
|
|
|
P-selektin-nový protein hemostáze
Hrachovinová, Ingrid ; Brdička, Radim (vedoucí práce) ; Kvasnička, Jan (oponent) ; Penka, Miroslav (oponent)
P-selektin - nový protein v hemostáze RNDr. Ingrid Hrachovinová ABSTRAKT P-selektin je znám.jako adhezivní glykoprotein se vztahem k zánětlivé reakci organismu. První práce o možném vztahu P-selektinu ke krevnímu srážení byly publikovány v polovině devadesátých let. Popisovaly pokusy, kde inhibující protilátky P-selektinu způsobily blokování vzniku fibrinu a potlačily růst krevních sraženin. Bylo prokázáno, že P-selektin zvyšoval expresi tkáňového faktoru (TF) na monocytech. K potvrzení úlohy P-selektinu v hemostáze také přispělo naše zjištění, že nadprodukce solubilního P-selektinu (sP-sel) vede k hyperkoagulačnímu stavu krevní plazmy. Ve své disertační práci jsem se zabývala patofyziologií sP-sel a funkcí mikropartikulí s navázaným TF. Podrobnou studií účinku sP-sel jsme zjistili, že za hyperkoagulační stav plazmy jsou zodpovědné prokoagulační mikropartikule (MPs), z nichž část nese na svém povrchu TF. Potvrdili jsme, že nedávno popsaný "blood-borne TF", tj. cirkulující aktivní TF, může být indukován sP-sel. Produkce MPs byla potlačena "inhibující" protilátkou proti PSGL-1, což je transmembránový receptor P-selektinu přítomný na monocytech a granulocytech. Tím jsem prokázala, že MPs se rekrutují z monocytárních buněk při vazbě P-selektinu na receptor PSGL-1. Zjištěných skutečností, že sP-sel produkuje...
|
|
|
Genetic factors in aetiology and phatogenesisof low gamma-glutamyltransferase cholestasis and hereditary jaundice
Cebecauerová, Dita ; Jirsa, Milan (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Macek, Milan (oponent)
Souhrn (Česky) Identifikace genů kódujících hepatocelulární přenašeče a funkční charakterizace jednotlivých proteinů v posledním desetiletí umožnily vedle zrychlení a zpřesnění diagnostického procesu cholestázy i bližší studium regulace genové exprese a tím potenciální možnosti jejího ovlivnění. Tato práce ilustruje současný pokrok na poli geneticky podmíněných cholestáz a zaměřuje se na cholestázy s nízkou hladinou gammaglutamyltransferázy (γGT) a dědičně podmíněné žloutenky. Studie popisuje různé poruchy transportního systému hepatocytů, charakterizuje mutace a jejich fenotypické následky a rozšiřuje tyto analýzy o podrobnou charakterizaci regulačních oblastí genu ATP8B1. Oddíly týkající se cholestáz s nízkou hladinou gammaglutamyltransferázy - popisují vzácný nalezený typ inserčně-deleční mutace asociované s benigním průběhem progresivní familiární intrahepatální cholestázy 1. typu a diskutují možný mechanismus vzniku mutace a její pravděpodobný vliv na funkci proteinu FIC1. - shrnují rozsáhlou genetickou analýzu pacientů se závažnou formou progresivní intrahepatální cholestázy 2. typu, podmíněnou mutacemi v BSEP (Bile Salt Export Pump). Studie se zabývá korelací genotypu a fenotypu u 109 postižených rodin, diskutuje vliv jednotlivých mutací, zejména typ, lokalizaci a stupeň konzervace, na...
|
|
|
Fetální hemoglobin u pacientů s myelodysplastickým syndromem.
Staňková, Nora ; Beličková, Monika (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent)
4 Abstrakt Cíl Stanovení exprese gama globinového genu HBG1 u pacientů s myelodysplastickým syndro- mem (MDS) v pluripotentních hematopoetických buňkách CD34+ a souvislost výše exprese genu HBG1 s jednotlivými podtypy onemocnění MDS. Dále detekce bodových polymorfis- mů rs 4671393 a rs 11886868 u těchto pacientů a u zdravých dárců české populace a zjištění souvislosti mezi výskytem výše uvedených polymorfismů a zvýšenou expresí genu HBG1, jak bylo u některých hematologických onemocnění prokázáno. Soubor Zdrojem genetického materiálu pro zjištění exprese genu HBG1 bylo 80 vzorků RNA vyizo- lovaných z hematopoetických pluripotentních CD 34+ buněk pacientů s MDS. Jako vzorky zdravé kontroly bylo použito 6 vzorků komerčně zakoupených buněk CD 34+ od firmy Lonza. Zdrojem genetického materiálu pro detekci polymorfismů bylo 140 vzorků DNA vyizolované z granulocytů pacientů s MDS a dále 49 vzorků DNA vyizolované z granulocytů periferní krve od zdravých dárců české populace. Metody Pro stanovení exprese genu HBG1 i detekci bodových polymorfismů byla využita metoda Real-Time PCR. Ke zjištění výše exprese byl využit Taqman Gene Expression Assay a výsledky byly hodnoceny pomocí komparativní metody ΔΔCT. Pro detekci bodových polymorfismů byl využit TaqMan Genotyping Assay. Výsledky Zvýšená exprese genu HBG1 se...
|
|
|
Mitochondriální genom v ontogenezi
Töröková, Petra ; Brdička, Radim (vedoucí práce) ; Černý, Viktor (oponent)
Hlavním cílem této práce bylo porovnání sekvence HVRII oblasti mitochondriálního genomu ve vzorcích pupečníkové krve a buněk dutiny ústní stejných jedinců odebrané v průměru 10 let od narození. Je známo, že během ontogeneze probíhají v lidském genomu změny. O to více v mitochondriálním genomu, který vykazuje vyšší mutační rychlost a navíc o něj nepečují opravné mechanismy. Ve starších jedincích byla nalezena celá řada mitochondriálních odchylek nahromaděných v různých tkáních v průběhu ontogeneze. Tato práce se však zaměřuje na detekci těchto změn již u mladších jedinců. Tkáňově specifická variabilita vznikající během ontogeneze může mít nepříznivý dopad na nejrůznější studie, které se opírají o mtDNA. Vzhledem k tomu, že vzorky souboru byly odebrány ve dvou z hlediska životního prostředí odlišných regionech (Teplice / Prachatice), byly vzorky s nalezenými změnami porovnány z hlediska regionu, ze kterého pocházely, ve snaze prokázat vliv životního prostředí na mutagenezi mitochondriální DNA. Vzorky byly také srovnány z hlediska pohlaví. Dále byla zhodnocena variabilita souboru české populace a vypočten odhad genetické diverzity. Klíčová slova: mitochondriální DNA, HVRII oblast, ontogeneze, polymorfismus
|
|
|
Gene flow and its consequences for microevolution in Taraxacum (Asteraceae)
Marván, Richard ; Vančata, Václav (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Lhota, Stanislav (oponent)
Souhrn Mikrosatelity(SIR,)se vyskytujív hojnémpočtuv genomechvšechŽijícíchorganismů,kde jsou téměřrovnoměrněrozmÍstěny,tudížjako analytickýchmarkerŮjich lze využÍtprakticky pro jakýkolivgenetickýúčeLNěkteréSIR /okusyvykazujíextrémněvysokou alelickou variabilitu.Jsou obecně snadno izolovatelnéi z velmiomezenéhozdroje DNA a rychlereplikovatelnépolymerázovou řetězovou reakcÍ(PCR) Díky svým mimořádným vlastnostemse sťa/yatraktivníma populárnÍm nástrojemv mnoha biologickýchaplikacích,Jádro diseftačnípráce tvořípět kapitolpředstavujÍcÍch projekty,v nichžjsme studovaliautozomálnínebo na chromozomY vázané STR lokusy' NašecÍle bylynásledujÍcÍ:(i)Prozkoumatalelickéfrekvencev souboruautozomálníchSTR markerŮ,odhadnout standardnÍpopulačněa forenzněgeneticképarametrya provéstmezipopulačnÍsrovnánÍalelických frekvencÍ;(ii) navrhnout pŮvodnÍ Y_chromozomálnÍSTR multiplex sysÍémk analýze vysoce polymoffníchlokusůa vyhodnotitjej s ohledemna možnévyužitÍpro forenzněa populačněgenetické účely;a (iii)uskutečnitprunÍstudiiu skupinydruhuPan paniscus,v nÍžby kombinacebehaviorálních údajŮo samčÍsociálnÍhierarchiia samčÍmúspéchuv pářenÍa paternitnÍchdat umožnilaprověřit Vzorec vztahŮ mezi těmito proměnnými a následně zhodnotit možnédŮsledky stanovených přÍbuzenskýchvztahŮpro chovná opatřeníve skupině.S těmitozáměry...
|
host ::
RSS.