|
|
Diferenciace kolonií Saccharomyces cerevisiae
Čáp, Michal ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Pichová, Iva (oponent) ; Demnerová, Kateřina (oponent)
Kvasinkové kolonie jsou, podobně jako bakteriální biofilmy, mnohobuněčnou strukturou tvořenou jednobuněčnými organismy. Tato společenstva mají svá specifika a v mnoha ohledech se liší od planktonních populací. Dochází zde k vytváření gradientů živin a metabolitů, což poskytuje základ pro buněčnou diferenciaci na rozdílné subpopulace. Přehled současných znalostí na toto téma s důrazem na kvasinkové biofilmy a kolonie je učiněn v Literárním úvodu této práce. Ve výsledkové části se pak věnuji diferenciací kolonií kvasinky Saccharomyces cerevisiae, jako modelové mnohobuněčné mikrobiální struktury. Zabývám se zde hlubší charakterizací dříve popsané horizontální diferenciace, tj. diferenciace mezi středem a okrajem kolonie, a její vztah k amoniakové signalizaci a stresové rezistenci. Zaměřil jsem se na studium významu genů stresové rezistence, jako předpokládaného významného faktoru pro přežití kolonií, pro vývoj a diferenciaci kolonií. Výsledky poněkud překvapivě ukazují na to, že stresová rezistence sama o sobě není zásadní pro přežití a diferenciaci kolonie, pro tu jsou spíše důležité změny vyvolané amoniakovou signalizací. Druhým typem diferenciace v kolonii je vertikální diferenciace na horní a dolní vrstvu popsaná v této práci. Buňky v horní a spodní vrstvě kolonie se výrazně liší morfologií,...
|
|
|
Antagonistic regulation by global transcription factors Tup1p, and Cyc8p of Flo11 and Flo11 -dependent phenotypes in wild yeast
Nguyen Van, Phu ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent) ; Malcová, Ivana (oponent) ; Demnerová, Kateřina (oponent)
Biofilmy jsou běžným způsobem růstu kvasinek, při kterém buňky adherují jak k sobě navzájem tak i k abiotickým povrchům za vzniku složitých mnohobuněčných struktur. Společné soužití v biofilmech poskytuje buňkám několik výhod ve srovnání s planktonními kulturami. Mezi ně patří nepochybně ochrana a odolnost vůči antimikrobiálním látkám, stresovým faktorům prostředí nebo imunitnímu napadení hostitele. Biofilmy se nacházejí v mnoha prostředích a hrají důležité role v komerčních průmyslových odvětvích. Mohou však být také extrémně nebezpečné v klinickém prostředí. Existuje tedy velký zájem o studium biofilmů a o to, jak je eliminovat. V této studii jsme použili biofilm divokého kmene kvasinky Saccharomyces cerevisiae jako ideální systém pro zkoumání potenciálních funkcí komplexu transkripčních korepresorů Cyc8-Tup1 při regulaci buněčné adheze a tvorby biofilmu na agarovém médiu a na rozhraní pevné látky a kapaliny. Neočekávaně jsme zjistili, že Cyc8p a Tup1p antagonisticky řídí tvorbu strukturovaných biofilmových kolonií na pevných médiích prostřednictvím modulace expresí genu FLO11. Samotný Cyc8p působí jako klíčový represor FLO11, zatímco Tup1p podporuje tvorbu biofilmových kolonií a indukuje expresi FLO11 inhibicí represivní funkce Cyc8p a zároveň zabraňuje degradaci Flo11p možnou inhibicí...
|
|
|
The Role of Microbiota in the Pathogenesis of Psoriasis
Stehlíková, Zuzana ; Jirásková Zákostelská, Zuzana (vedoucí práce) ; Demnerová, Kateřina (oponent) ; Hrdý, Jiří (oponent)
Psoriáza je chronické zánětlivé kožní onemocnění. Patogeneze psoriázy je asociována s aberantní kooperací keratinocytů s imunitním systémem, s výrazným přispěním environmentálních faktorů včetně mikrobioty. Hlavním záměrem naší studie bylo popsat složení kožní mikrobioty u pacientů s psoriázou a prozkoumat roli bakterií a hub v patogenezi tohoto onemocnění. Využili jsme myší model psoriázy indukované imikvimodem (IISI), a to jak u bezmikrobních, tak u konvenčních myší. Změny ve složení mikrobioty u konvenčních myší jsme docílili orálním podáváním směsi širokospektrých antibiotik (ATB). Podávání ATB výrazně změnilo mikrobiální profil ve střevě, nikoliv však na kůži těchto myší a vedlo k jejich snížené vnímavosti na IISI. Ze směsi širokospektrých ATB byl nejúčinnější metronidazol, jehož podání zmírnilo projevy IISI u konvenčních, ale ne u bezmikrobních myší. Naše výsledky tak potvrzují, že vliv metronidazolu na IISI závisí na přítomnosti a složení mikrobioty. Dále jsme se zabývali rozdíly ve složení kožní mikrobioty psoriatických lézí a zdravé kůže člověka s psoriázou v porovnání se zdravými kontrolami. Zkoumali jsme také vliv různě zvolených metodik na zjištěné složení kožní mikrobioty. U identických vzorků sekvenovaných pomocí primerů specifických pro V1V2 a V3V4 regiony 16S rRNA jsme pozorovali...
|
|
|
Metodika odběru a izolace bakterií, kvasinek a plísní z fotografických materiálů
Demnerová, Kateřina ; Kadavá, Jana ; Purkrtová, Sabina ; Savická, Dana ; Sýkorová, Hana ; Ďurovič, Michal ; Benetková, Barbora ; Hricková, Kateřina ; Koukalová, Lucie ; Nováková, Martina
Metodika odběru a izolace bakterií, kvasinek a plísní z fotografických materiálů navrhuje optimální odběrový materiál a techniku odběru vzorku pro mikrobiologickou analýzu fotografických materiálů, která by v první řadě nepoškodila jejich povrch citlivý především na mechanické poškození, a zároveň vykazuje dostatečný záchyt mikroorganismů z povrchu. Je určena pro konzervátory, restaurátory a výzkumné pracovníky, kteří se věnují preventivní péči o fotografické sbírky v archivech, knihovnách, muzeích a galeriích.
Plný text:  PDF; PDF; PDF
|
|
|
Soil microbial communities in agroecosystems and natural habitats contributing to resistance and resilience of the soil environment
Sarikhani, Ensyeh ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Demnerová, Kateřina (oponent) ; Větrovský, Tomáš (oponent)
Ensyeh Sarikhani Půdní mikrobiální společenstva přispívající k rezistenci a resilienci půdního prostředí v agroekosystémech a na přírodních stanovištích. Souhrn Regulace obecné strupovitosti brambor (CS) zahrnuje rezistentní odrůdy (kultivary), hnojení, zvyšování vlhkosti půdy a chemická ošetření. Přesto tyto postupy nedosahují na různých lokalitách obdobných nebo reprodukovatelných výsledků. Na 32 lokalitách byla provedena monitorovací studie za účelem vyhodnocení vztahu mezi CS a biologickými / chemickými parametry půdy. Byly pozorovány korelace mezi závažností onemocnění a obsahem živin Fe, N a Ca v půdě a peridermu, a mezi závažností onemocnění a množstvím aktinobakterií a celkových bakterií, spolu s determinantem patogenity, genem txtB (biosyntetický gen thaxtominu), rovněž v půdě i v peridermu brambor. Tato zjištění vedla k novým závěrům, které mohou pomoci porozumět vztahům využitelným při kontrole strupovitosti. Přídavky rašeliny a železa chelatovaného DTPA do půdy s vysokým výskytem CS (konduktivní) byly použity v nádobovém pokusu pro zjištění účinků půdní organické hmoty, železa a pH na rozvoj CS. Výsledky byly porovnány s údaji získanými pro půdu z blízkého pole s přirozeně nízkým výskytem CS (supresivní). Přídavky rašeliny i železa snižovaly CS, a kombinace těchto dvou ošetření snižovala...
|
|
|
Genetický základ českých paličáků (A. sativum L. ssp. ophioscorodon) se zaměřením na biosyntetické dráhy sekundárních metabolitů
Čermák, Vladimír ; Ovesná, Jaroslava (vedoucí práce) ; Demnerová, Kateřina (oponent)
Český paličák Allium sativum L. je pojmenování pro české odrůdy česneku, které se kategorizují do poddruhu sativum ssp. Typická je pro něj tvorba květenství a mají specifickou morfologii cibule. Je zde popsán genetický základ, který byl detekován při analýze mikrosatelitů a intronů. Analýza transkriptomu odhalila velké množství unigenů, které byli zařazeny pomocí genové ontologie k jednotlivým funkcím v organismu. Genetické odlišnosti od jiných odrůd byly tedy potvrzeny. Vliv prostředí a pěstitelských postupů včetně velkoprodukčního se zkoumají. Výsledky mohou sloužit pro další výzkum nebo šlechtění. Spotřebitelé a odborníci hodnotili české paličáky jako odrůdy s výraznou štiplavou chutí a aromatem. Látky způsobující tuto silnou charakteristickou chuť jsou sekundární metabolity síry alk(en)ylcystein-S-oxidy (ACSO), v česneku především alliin a methiin. Chemická analýza nepotvrdila výjimečně vysoké hodnoty těchto chuťových prekurzorů ani jiných látek, které by měly české paličáky odlišit. Sekundární metabolismus zahrnuje další důležité látky, které se využívají hlavně ve farmacii a zdravotnictví, kde se česnek využívá už tisíce let kvůli antibakteriálním účinkům, pozitivnímu vlivu na metabolismus tuků apod.
|
|
|
Studium tvorby biofilmu u bakteriálních izolátů z mléka a mlékárenských výrobků
Nováková, Veronika ; Demnerová, Kateřina (vedoucí práce) ; Seydlová, Gabriela (oponent)
Bakteriální biofilm je uspořádané společenství mikrobiálních buněk uzavřené v extracelulární matrix, přičemž charakteristickým rysem biofilmu je schopnost přichycovat se na abiotické nebo biotické povrchy. Tvorba biofilmu je dynamický regulovaný proces, při kterém jednotlivé bakterie vytváří mnohobuněčný útvar. Počáteční fáze kontaktu bakterie s povrchem se nazývá adheze. Po té následuje produkce extracelulární matrix, která určuje životní podmínky buněk biofilmu. Biofilmy se vyznačují velmi vysokou schopností rezistence proti antimikrobiálním látkám. Rezistence zahruje fyzické a chemické bariéry, které efektivně brání difůzi a následné penetraci do biofilmu. Problematika biofilmů zasahuje potravinářský průmysl, kde mohou biofilmy být zdojem kontaminací. Důkladné porozumění vzájemného působení mikroorganismů a materiálů, které se používají při konstrukci povrchů ve výrobních zařízení potravinářství, je zcela zásadní pro vývoj kontrolních systémů tvorby biofilmu Klíčová slova: biofilm, mléko a mléčné produkty, mlékárenský průmysl, dezinfekční činidla, Escherichia coli, Staphylococcus spp.
|
|
|
Diferenciace kolonií Saccharomyces cerevisiae
Čáp, Michal ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Pichová, Iva (oponent) ; Demnerová, Kateřina (oponent)
Kvasinkové kolonie jsou, podobně jako bakteriální biofilmy, mnohobuněčnou strukturou tvořenou jednobuněčnými organismy. Tato společenstva mají svá specifika a v mnoha ohledech se liší od planktonních populací. Dochází zde k vytváření gradientů živin a metabolitů, což poskytuje základ pro buněčnou diferenciaci na rozdílné subpopulace. Přehled současných znalostí na toto téma s důrazem na kvasinkové biofilmy a kolonie je učiněn v Literárním úvodu této práce. Ve výsledkové části se pak věnuji diferenciací kolonií kvasinky Saccharomyces cerevisiae, jako modelové mnohobuněčné mikrobiální struktury. Zabývám se zde hlubší charakterizací dříve popsané horizontální diferenciace, tj. diferenciace mezi středem a okrajem kolonie, a její vztah k amoniakové signalizaci a stresové rezistenci. Zaměřil jsem se na studium významu genů stresové rezistence, jako předpokládaného významného faktoru pro přežití kolonií, pro vývoj a diferenciaci kolonií. Výsledky poněkud překvapivě ukazují na to, že stresová rezistence sama o sobě není zásadní pro přežití a diferenciaci kolonie, pro tu jsou spíše důležité změny vyvolané amoniakovou signalizací. Druhým typem diferenciace v kolonii je vertikální diferenciace na horní a dolní vrstvu popsaná v této práci. Buňky v horní a spodní vrstvě kolonie se výrazně liší morfologií,...
|
|
|
Diferenciace kolonií kvasinek a vývoj nových přístupů pro monitorování dostupnosti kyslíku a přítomnosti živin.
Vopálenská, Irena ; Janderová, Blanka (vedoucí práce) ; Demnerová, Kateřina (oponent) ; Pichová, Iva (oponent)
Kvasinka Saccharomyces cerevisiae jako jednobuněčný organizmus patří mezi nejstudovanější experimentální organizmy. Je důležitým modelovým organizmem pro studium intracelulárních procesů v eukaryotických buňkách. Ovšem kvasinky jsou rovněž sociální organizmy schopné mezibuněčné komunikace a tvorby organizovaných mnohobuněčných struktur (kolonií a biofilmů). Kvasinky stejně jako další mikroorganizmy při růstu v přírodě upřednostňují tvorbu organizovaných mnohobuněčných struktur na pevných površích před růstem v planktonní formě, tedy jako individuální buňky (Palková, 2004; Wimpenny, 2009). Pro kvasinku S. cerevisiae je typická tvorba kolonií, biofilmy byly popsány jen výjimečně. Kvasinkové kolonie se vyznačují rozmanitými morfologiemi, které jsou pro různé kmeny charakteristické (Kocková-Kratochvílová, 1982). Tato práce se zabývá morfologií a diferenciací kolonií S. cerevisiae běžných laboratorních kmenů, tvořících málo strukturované kolonie, a kmenů s genetickým pozadím Σ1278b, tvořících vysoce strukturované "vrásčité" kolonie. Ukazuje, že polarizovaný typ pučení a zejména schopnost buněk tvořit agregáty umožňují vznik strukturované morfologie. Při vývoji "vrásčitých" kolonií dochází ke dvěma rozdílně regulovaným dimorfním přeměnám kvasinkových buněk na pseudohyfální růst; při jedné z nich se uplatňuje...
|
|
|
Zavedení kontaktních testů ekotoxicity pro hodnocení terrestrických ekosystémů
Modlitbová, Pavlína ; Kráčmar, Stanislav (oponent) ; Beklová, Miroslava (oponent) ; Demnerová, Kateřina (oponent) ; Vávrová, Milada (vedoucí práce)
Tématem předložené dizertační práce bylo provedení testů toxicity s využitím testovacího organismu ze zástupců suchozemských stejnonožců Porcellio scaber. Tento testovací organismus byl zvolen jako nejvhodnější pro posouzení toxicity vybraných anorganických sloučenin kontaminujících terestrický ekosystém. Jeho výběr byl proveden na základě důkladně zpracované metodiky tohoto testu, dále známých biologických a biochemických vlastností výše specifikovaného živého organismu, případně na jeho ekologické relevantnosti. Kromě klasických endpointů, jakými jsou mortalita, změna hmotnosti testovacích jedinců a také vliv přítomnosti a koncentrace kontaminantů na konzumaci stravy, byly rovněž sledovány změny v morfometrické charakteristice, a to na úrovni tkání a buněk, cytotoxicita a rovněž byla posuzována možná bioakumulace v různých částech těla tohoto organismu. Vybrané testované látky lze zařadit do oblasti nanočástic a anorganických solí. U vybraných nanočástic zlata byla provedena kompletní ekotoxikologická studie na několika úrovních organizace živé hmoty (organismus, tkáň, buňka). Pro vybrané soli byla provedena studie, která byla zaměřená především na chování organismů a klasické endpointy.
|
host ::
RSS.